O1型霍乱弧菌Fosmid文库的构建及分析     

倪鑫  麻丽丹  雷质文  梁成珠  王殿夫  吕秀芳 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(2):36-39

为构建O1型霍乱弧菌Fosmid文库并对文库进行分析,采用低熔点琼脂糖包埋法提取O1群霍乱弧菌N16961完整基因组,用随机剪切法将基因组进行片段化处理,脉冲电泳分离片段化DNA并切胶回收33～48kb之间的DNA片段,然后对DNA片段进行末端平滑化和磷酸化处理,与pCC1FOS载体连接,经包装、转染后构建霍乱弧菌Fosmid文库。平均插入片段为37kb,共保存9 600个克隆,空载率小于2%。本文库符合文库的构建要求,文库的建立为O1霍乱弧菌重要基因及其功能的研究奠定了基础。  相似文献   

缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)MC4R克隆、组织分布以及与生长相关SNPs的筛选     

杨扬  周惠强  舒琥  蓝昭军  李强  谷平华 《海洋与湖沼》2017,48(4):830-837

黑色素皮质素受体-4(Melanocortin reporter-4,MC4R)是G蛋白偶联受体超家族成员,在能量调控中发挥重要作用。本实验采用同源克隆以及染色体步移对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)MC4R基因进行克隆,对其核苷酸序列和推测的氨基酸序列进行生物信息学分析,通过Real-time PCR对其m RNA组织分布进行研究,并对缩骨鲫MC4R编码区潜在的与生长相关的SNPs进行筛选。本实验克隆MC4R基因组基因长度为2854bp,只包含一个外显子,长度为981bp,共编码326个氨基酸,MC4R共有七个跨膜结构,是较为稳定的疏水蛋白。缩骨鲫MC4R与鲫鱼的MC4R氨基酸序列的同源度最高达到99.3%,与MC3R和MC5R同源度相对其他MCRs成员较高。缩骨鲫MC4R m RNA在脑中表达量最为显著,眼中次之,肌肉,卵巢和肾脏中表达较少,在鳃、肠、心脏和肝胰腺中微量表达。在MC4R的CDs区内检测到6个与生长潜在相关的SNPs:两个错义突变(A199G和A881C),4个同义突变(A123G,C231T,A444G和C480T)。本实验可为缩骨鲫生长和发育的分子机制研究以及遗传育种提供基础资料。  相似文献   

凡纳滨对虾碱性磷酸酶和酸性磷酸酶基因的克隆、表达及盐度应答效应   总被引：1，自引：0，他引：1  

张明明  王雷  王宝杰  刘梅  战文斌  蒋克勇 《海洋科学》2017,41(1):83-95

本研究通过c DNA末端快速扩增法(RACE)首次克隆得到凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)和酸性磷酸酶(acid phosphatase,ACP)基因的c DNA全长序列,其中ALP基因全长序列1 910 bp,编码536个氨基酸;ACP基因全长序列1 544 bp,编码439个氨基酸。盐度调控设3个盐度组:31(对照)、16和3。养殖45 d后,荧光定量PCR测定对虾肝胰腺、肌肉、胃、肠和鳃5个组织中的ALP和ACP基因m RNA的表达情况。RT-PCR显示,ALP基因在5个组织中普遍表达,在肝胰腺中表达量最高(P0.05),肠道中的表达量最低(P0.05);ACP基因在5个组织中也均表达,在肝胰腺和鳃中表达量明显高于其他3个组织(P0.05)。盐度应答实验表明,不同盐度条件下,不同组织中,ALP和ACP基因存在不同的表达模式。在胃和鳃组织中,ALP基因在31盐度组的表达量显著高于其他两组(P0.05);在肝胰腺和肠道中,ALP基因在16盐度下的表达量明显低于其他两组(P0.05);在肌肉中,ALP基因的表达与其他组织均不同,31盐度组表达量最高,而16盐度组最低(P0.05);在肝胰腺中,ACP基因在31盐度组的表达量明显低于其他盐度组(P0.05);在肌肉和鳃两个组织中,ACP基因在31盐度下的表达量明显高于其余两个盐度组(P0.05);在肠道中,ACP基因的表达量在3盐度组明显高于其他两组(P0.05);而在胃中,ACP基因在3个盐度下的表达量没有显著性差异。上述结果为研究低盐条件下凡纳滨对虾的磷酸酶基因的变化机制提供了参考。  相似文献   

大黄鱼EBI3基因的克隆与表达分析          下载免费PDF全文

霍洁颖  刘小玲  林蠡  陈新华 《应用海洋学学报》2017,36(3):403-410

通过克隆大黄鱼(Larimichthys crocea)的EBI3(Epstein-Barr virus-induced gene 3)基因并对其进行了序列分析.大黄鱼EBI3(Lyc EBI3)基因开放阅读框长747bp,编码248个氨基酸,存在1个信号肽序列和2个FN3结构域(37~130,145~230).多序列比对发现Lyc EBI3分子与其他已知EBI3氨基酸水平一致性为27.68%~57.53%.Real-time PCR结果表明,Lyc EBI3基因在脾脏和血液中表达量最高,且溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)刺激后,大黄鱼头肾和脾脏中Lyc EBI3基因的转录水平会显著升高,说明Lyc EBI3基因可能参与了抑制由细菌引起的炎症反应.  相似文献   

墨吉明对虾c型溶菌酶基因的克隆及表达     

《广东海洋大学学报》2017,(3)

克隆并鉴定墨吉明对虾(Fenneropenaeus merguiensis)的一种c型溶菌酶基因(Fm-Lyz),其cDNA全长为770 bp,包括71 bp的5′非编码区(UTR)、222 bp的3′UTR和477 bp完整开放阅读框,编码158个氨基酸。SMART分析显示,Fm-Lyz氨基酸序列包含1个LYZ1结构域和1个含18个氨基酸的信号肽。同源性分析发现,Fm-Lyz与斑节对虾(Penaeus monodon)溶菌酶同源性最高;进化树结果显示,Fm-Lyz与不同对虾的c型溶菌酶聚为一类。实时荧光定量PCR结果显示,Fm-Lyz在所测组织中均有表达,其中在血细胞中表达量最高。副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和溶壁微球菌(Micrococcus lysodeikticus)感染后,Fm-Lyz表达量比对照组明显上调(P0.05),最高表达量时间分别为感染后24、12 h,暗示Fm-Lyz参与了墨吉明对虾的抗菌免疫防御。  相似文献   

Construction of a muscle cDNA library of Chinese shrimp <Emphasis Type="Italic">Fenneropenaeus chinensis</Emphasis> and sequence analysis of the troponin I gene     

Jitao Li  Ping Chen  Jian Li  Ping Liu  Yuying He  Qingyin Wang 《中国海洋大学学报(英文版)》2010,9(1):81-86

A muscle cDNA library of Chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis) was constructed with the SMART™ cDNA Library Construction Kit. The titer of optimal primary library was 7.7×10⁵ pfu mL⁻¹ and that of the amplified library was 3.0×10⁹ pfu mL⁻¹. The percentages of the recombinant clones of primary and amplified libraries were over 98%. The insert sizes were longer than 400 bp with an average of 1000 bp. A positive clone containing a 794 bp insert was sequenced and identified encoding fast skeletal troponin I gene. This library provided a useful resource for the functional genomic research of F. chinensis.  相似文献   

虚拟技术在地震前兆技术系统中的应用     

胡玉良  程冬焱  李惠玲 《震灾防御技术》2015,10(3):688-694

地震前兆技术系统长期稳定和可靠运行对管理人员来说至关重要,本文以山西前兆台网为例,基于VMware虚拟机搭建了地震前兆技术系统,并利用其快闪及克隆功能实现了地震前兆技术系统的快速备份及恢复,提升了地震前兆技术系统故障应急处置能力。  相似文献   

三十烷醇对海带三个品系雌配子体克隆生长和发育的影响   总被引：4，自引：1，他引：3  

庄岩  戴继勋 《海洋湖沼通报》1998,(4):39-42

以海带雌配子休克隆为实验材料,通过施用三十烷醇处理。结果表明,三个品系在供试条件下,LH36生长最好,LH30发育率最高。它们对TA的反应为浓度在0．5～1．0×10-5mg／L时,都有促生长作用,其中LH30反应最敏感,LH10次之。浓度在1．0×10-5mg／L时,发育率最高,其中LH30发育率为51．5％,LH10为18．0％。LH36对各浓度处理的发育反应,差异都不明显。  相似文献   

链霉菌FR—008大线性质粒PHZ227末端的克隆     

肖湘  周秀芬 《台湾海峡》1998,17(4):448-450

采用中性溶菌结合超速离心的方法,从链霉菌ＦＲ－００８中直接提取了完整的１３０ｋｂ的大一质粒ＰＨＺ２２７,经蛋白酶Ｋ和限制性内切酶处理后,进行强迫克隆,生内切酶酶解和杂交实验证实已克隆到大线性质粒ＰＨＺ２２７的末端。  相似文献   

眼斑拟石首鱼肌肉生长抑制素基因克隆及组织表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

薛良义  李婷  杨巧一  肖章奎 《海洋学报》2008,30(3):95-101

肌肉生长抑制素(MSTN)基因对肌肉生长起负调控作用,在动物育种上具有潜在的应用前景.报道了眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)的MSTN基因的序列结构特征及其组织特异性表达.MSTN基因具有3个外显子和2个内含子,编码376个氨基酸.在内含子Ⅰ和3'-UTR区内,分别发现了(TC)₄CC(TC)₄CT(TC)₄和(AC)₇微卫星序列.推断的眼斑拟石首鱼的MSTN氨基酸序列具很强的保守性,与石鼓鱼、金鲷、条纹石鮨、白鲈、金眼石鮨之间的相似性在90%以上.在结构上,眼斑拟石首鱼的MSTN包含N端信号序列(1~22氨基酸残基),TGF-β前肽域(41~256氨基酸残基),RXXR蛋白水解位点(264~267位的RARR)和TGF-β区域(282~376氨基酸残基).在检测的10种组织中,MSTN只在眼斑拟石首鱼的肌肉、脑和眼组织中表达,其中在肌肉表达最强.  相似文献