卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析     

《广东海洋大学学报》2015,(3)

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长2 841 bp,其开放阅读框(ORF)为2 363 bp,编码787个氨基酸,3'非编码区(URT)335 bp,5'非编码区142 bp;生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列,脂溶指数高达85.63,亲水性平均值(GRAVY)为-0.213,具有2个跨膜区螺旋,在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点,在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化;二级结构中α螺旋(Alpha helix)占比例最大,为40.66%;该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中;分子系统进化分析显示,卵形鲳鲹CPTⅠ蛋白与花鲈(Lateolabrax japonicas)的同源性最高,达94%,与大黄鱼(Larimichthys crocea)、金鲷(Sparus aurata)的次之,均为93%,与人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)等的同源性较低(65%)。  相似文献   

条斑紫菜锰超氧化物歧化酶原核表达及多克隆抗体制备   总被引：1，自引：0，他引：1  

邵林  茅云翔  阎斌伦  孔凡娜  王健 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(4)

研究紫菜抗逆的分子机制,将本实验室克隆的条斑紫菜(Porphyra yezoensisUeda)锰超氧化物歧化酶(manganese superoxide dismutase,Mn SOD)基因全长cDNA克隆到质粒pET-30c(+)中,构建原核表达载体pET-S,转化大肠杆菌BL21(DE3)表达Mn SOD,表达产物的分子量约为30 KDa。利用不同浓度的Mn2+诱导重组Mn SOD的表达,可以检测到比活力随Mn2+浓度增高而上升的趋势。用重组Mn SOD免疫新西兰大白兔,制备了多克隆抗体,多克隆抗体的效价为1∶8 000。免疫印迹实验(Western Blot)表明该多克隆抗体具有很好的特异性。  相似文献   

PXE协议和Ghost工具在机房管理中的应用     

蔺冰 《成都信息工程学院学报》2007,22(3):327-329

为保证计算机房的软件系统使用率,利用3Com公司的DABS、Syrnantec公司的Ghost、Microsoft公司的windows Server等提供的软件、工具及服务,完成基于PXE协议网络启动和Ghost多播方式对计算机的软件系统克隆.该应用可以方便、快捷、简单的进行计算机房的软件批量管理.  相似文献   

克隆五遍，“9·11”救生犬再获“新生”     

《地图》2009,(4):11-11

日前，美国退役警官詹姆斯·赛明顿带着他的五只“Trakr”在洛杉矶与媒体见面。Trakr原是警察赛明顿的救生犬，它在15岁的一生中战功累累：曾经协助逮捕过上百名逃犯；截获过超过100万美元的赃物：2001年“9·11”搜救行动中更是屡建奇功，在废墟中不知疲倦地搜救幸存者，因为救出了最后一名生还者而闻名美国。由于在“9·11”现场吸入泄漏的有毒气体，Trakr后来患上“衰退性精神障碍”，后腿不能动弹，在两个月前死去。  相似文献   

企鹅珍珠贝热休克蛋白70基因的克隆与序列比较分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

黄桂菊  喻达辉  曲妮妮  郭奕慧  李莉好  杜博  童馨 《热带海洋学报》2008,27(1):46-51

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列.cDNA全长2 308 bp,3'非编码区域(UTR)为234 bp,5'UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论等电点为5.24,有2个糖基化位点:NKSI和NVSA,并含有HSP70家族的3个签名序列:IDLGTTYS,DLGGGTFD和IVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端的保守序列EEVD.结合BLAST分析的结果,可以确认获得的cDNA序列为企鹅珍珠贝HSP70的编码序列.与合浦珠母贝Pinctada fucata hsp70的氨基酸序列相比,企鹅珍珠贝多1个糖基化位点NVSA,少1个氨基酸,包括1个氨基酸插入和2个缺失.两者的氨基酸序列一致性高达92%,突变位点52个;两者的核苷酸序列一致性高达79%,突变位点416个.系统发育分析表明两者的亲缘关系最近,与传统分类相符,然后与太平洋牡蛎等聚合在一起.该基因的克隆和比较分析为进一步深入研究珍珠贝类的抗逆机理、抗性育种及其进化具有重要意义.  相似文献   

两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白70基因序列比对分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

李莉萍  陈明  罗永巨  唐章生  唐瞻杨  陈忠  张永德  曾兰  林勇 《广东海洋大学学报》2009,29(1)

采用RACE技术,对两个奥利亚罗非鱼群体(Oreochromis aurea)(美国奥利亚和中国奥利亚)热休克蛋白Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)cDNA的进行克隆测序。序列分析结果表明:两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白Hsp70基因CDS序列完全相同,全长1 923 bp,编码640个氨基酸,相对分子质量为70.29×103,理论等电点5.462,均具有Hsp70家族的3个签名序列:IDLGTTYS、IFDLGGGTFD、VVLVGGSTRIPKIQK;核定位信号标签KRKHKKDISQNKRALRR;Dank特征基序DLGTT-S-V;胞质Hsp70特征基序EEVD;靠近C端的GGMP4肽序列;2个糖基化位点NKSI和NVSA。对所得基因序列与已发表的青锵(Oryzias latipes)等物种Hsp70基因的氨基酸序列进行同源性比较,发现两个奥利亚罗非鱼群体与莫桑比克罗非鱼最高99.4%,与牙鲆最低83.9%;系统进化树分析表明奥利亚罗非鱼的Hsp70 cDNA序列与青鳉等物种的Hsp70基因聚在一支,而与牙鲆的Hsp70基因相分离。  相似文献   

曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)sigma-型谷胱甘肽硫转移酶基因的克隆及重组表达   总被引：1，自引：0，他引：1  

余作奔  王春琳  母昌考  宋微微  李荣华 《海洋与湖沼》2013,44(2):488-492

采用EST结合RACE技术进行了曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)sigma-型GST(SmGST)基因的克隆。结果表明,该基因的cDNA全长为838bp,其中5′非编码区为73bp,3′非编码区为150bp,开放阅读框为615bp,编码的蛋白含有204个氨基酸。该基因的氨基酸序列中包含1个典型的GST-N结构域和一个GST-C结构域,与栉孔扇贝和长牡蛎的sigma-型GST的相似度分别为40.3%和39.3%。将该基因的编码区重组到pET-21(a+)载体后在大肠杆菌中得到诱导表达。重组SmGST的GST活力为(12.22±0.92)U/mg蛋白。  相似文献   

O1型霍乱弧菌Fosmid文库的构建及分析     

倪鑫  麻丽丹  雷质文  梁成珠  王殿夫  吕秀芳 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(2):36-39

为构建O1型霍乱弧菌Fosmid文库并对文库进行分析,采用低熔点琼脂糖包埋法提取O1群霍乱弧菌N16961完整基因组,用随机剪切法将基因组进行片段化处理,脉冲电泳分离片段化DNA并切胶回收33～48kb之间的DNA片段,然后对DNA片段进行末端平滑化和磷酸化处理,与pCC1FOS载体连接,经包装、转染后构建霍乱弧菌Fosmid文库。平均插入片段为37kb,共保存9 600个克隆,空载率小于2%。本文库符合文库的构建要求,文库的建立为O1霍乱弧菌重要基因及其功能的研究奠定了基础。  相似文献   

基于MSAP技术的海带DNA甲基化初步研究     

曲洁琼  王翔  刘翠  李晓蕾  郑晓丽  刘涛 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(10):54-59

DNA甲基化在调节基因表达和控制细胞分化过程中扮演着重要的角色,其作为表观遗传修饰形式之一,已成为后基因组时代的研究热点。本文采用检测基因组CpG位点甲基化水平的MSAP技术(Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism),对海带配子体与孢子体世代进行研究,研究发现:孢子体世代甲基化水平(25.64%)显著高于配子体世代(♂5.50%和♀4.48%);低温处理能引起DNA甲基化位点及比率的变化,直接反映在配子体克隆同步发育率的显著提高;对于海带孢子体世代不同组织部位甲基化程度的检测表明,同一株海带不同组织部位的甲基化程度不同(21.79%~29.49%),其中以Ⅳ型为主,同一组织部位在不同个体中甲基化程度也存在差异。研究为进一步从表观遗传学角度探讨海带不同倍型的发育机制和配子体对低温的应答机制奠定基础。  相似文献   

密斑刺鲀(Diodon hystrix)gnrh基因的克隆及表达分析     

陈华谱  黄春仁  何睿祺  戴明姝  张明真  李智渊  黄海  李广丽 《海洋与湖沼》2021,52(4):994-1006

密斑刺鲀(Diodonhystrix)不仅具有食用价值,同时也是传统的中药及保健食品,但目前关于密斑刺鲀的生殖内分泌调控研究较少,限制了密斑刺鲀的人工繁育基础理论的发展。总所周知,促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone, GnRH)是生殖内分泌调控的关键因子之一。利用转录组分析及分子克隆技术,获得密斑刺鲀促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasinghormone,GnRH) gnrh2和gnrh3基因的cDNA开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)序列,并利用生物信息学的方法,获得密斑刺鲀gnrh2 cDNA开放阅读框共279 bp,可编码92个氨基酸残基;密斑刺鲀gnrh3cDNA开放阅读框共270 bp,可编码89个氨基酸残基。通过系统进化分析表明,密斑刺鲀GnRH与鲀科类的鱼具有较近的亲缘关系。通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)半定量的方法检测gnrh2和gnrh3基因在密斑刺鲀各组织中的分布,结果发现gnrh2和gnrh3基因在脾、鳃和垂体中的表达量较高,而在心脏中的表达量最低。此外,利用实时荧光定量的方法检测了密斑刺鲀gnrh2和gnrh3基因在性腺发育不同时期的表达模式,结果显示密斑刺鲀gnrh2基因在不同的性腺发育时期中没有显著性的变化,而gnrh3基因随着性腺发育成熟而不断升高。研究主要获得两个创新性的重要结果:首先是证实了密斑刺鲀存在两种gnrh基因(gnrh2和gnrh3),其次是提示了gnrh3基因可能是密斑刺鲀生殖调控的主要gnrh类型。研究结果可为深入研究密斑刺鲀生殖内分泌调控机理提供研究方向和基础。  相似文献