一种基于16S rRNA基因检测海洋浮游细菌群落的微阵列基因芯片     

赵维  王敬敬  梁亚杰  黄志勇 《海洋学报(英文版)》2017,36(10):106-114

A better understanding of bacterioplankton community shifts following change in marine environments is critical to predict the marine ecosystem function. In order to get a snapshot of the microbial taxonomy profiling of a wide range marine area, a quick, convenient and low cost method would be favorable. In this study, we developed a 16S rRNA gene-based microarray using ARB software, which contained 447 probes targeting 160 families of marine bacteria. The specificity, sensitivity and quantitative capability of this microarray were assessed by single cloned16S rRNA genes. The reliability of this microarray was tested by eight environmental samples. The results showed that the microarray was specific, only 1.16% false results were detected in five single-clone hybridization tests. The microarray could detect DNA samples as few as 1 ng/μL and the signal intensity could reflect the relative abundance of the bacteria in the range of 1 ng/μL to 100 ng/μL of DNA concentration. Hybridization with environmental samples showed that it can discriminate bacterioplankton communities by sites and time. High throughput sequencing results from the eight samples confirmed the hybridization results. It indicated that this developed microarray could be used as a convenient tool to monitor the bacterioplankton community in marine environment.  相似文献   

2010年5月与2013年6月黄、渤海大型底栖动物群落组成和结构的比较研究          下载免费PDF全文

李帅  吕腾腾  韩庆功  郑俊勇  韩庆喜 《海洋学研究》2017,35(1):86-94

基于2010年5月和2013年6月采集的黄、渤海海域的大型底栖动物数据,对该海域大型底栖动物的种类组成和群落结构等进行了研究,对该海域大型底栖动物群落结构的时间和空间差异进行了分析,并利用AMBI和m-AMBI生物指数对各站位的生态质量状况进行了评估。研究结果表明:在2010年5月和2013年6月所采站位的大型底栖动物共有131种,其中软体动物和甲壳动物占据了较大比例的物种数量,分别为51种和42种;其次为鱼类、多毛类和棘皮动物。该海域的优势物种为日本鼓虾 Alpheus japonicus、日本褐虾 Crangon hakodatei、司氏盖蛇尾Stegophiura sladeni和奇异指纹蛤Acila mirabilis,其中司氏盖蛇尾具有最大的丰度和优势度。生物指数(AMBI和m-AMBI)的结果显示黄、渤海区域底栖生态环境仍相对稳定,但与历史资料比较得知,该海域大型底栖动物生存环境整体趋于恶化。  相似文献   

天津海域春夏季节游泳动物的组成特征   总被引：1，自引：1，他引：0  

缴建华  白明  李彤 《海洋科学》2017,41(9):13-20

根据2014年5月及8月在天津海域进行的底拖网调查资料,对该海域游泳动物组成特征进行了初步研究。结果表明,在该海域共捕获游泳动物36种,平均资源密度为126 297.13个/km~2和1 494.40 kg/km~2。以个体密度计算群落多样性,Shannon-Wiener种类多样性指数H′平均为1.803,Margalef种类丰富度指数d平均为0.592,Pielou种类均匀度指数J平均为0.537。资源密度及物种多样性,8月均优于5月。优势种为口虾蛄,重要种为火枪乌贼、日本、斑、六丝钝尾虾虎鱼。天津近岸海域游泳动物渔业资源呈现出低质化的趋势。  相似文献   

九龙江河口区微生物多样性及群落结构的时空分布          下载免费PDF全文

洪璇  张永雨  陈仲巍  李鹤宾  赵春贵  杨素萍 《应用海洋学学报》2017,36(2):167-176

河口区由于其独特的地理环境和理化条件,拥有丰富的微生物资源,在生物地球化学循环中起着重要作用.然而,由于人类活动带来的河口区环境因素改变,引起的微生物群落结构的时空变化目前还知之甚少.本研究选取九龙江河口区7个近年来遭受较为严重人类活动干扰的采样点,分别在丰水期和枯水期采集表层水体,采用流动注射法测定了水体的三氮、电导率、pH值和溶解性磷酸盐等环境参数,采用海水和淡水培养基,基于纯培养技术分析了可培养细菌的总数和分布特征,并通过构建16S rRNA基因克隆文库的方法研究细菌的多样性和群落结构变化.研究表明,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是各克隆文库中最优势的类群.在河口下游海水区,变形菌门微生物与放线菌门微生物的比例约为2∶1~3∶1,而在河口上游淡水区,变形菌门和放线菌门的比例约为1∶1.在河口下游海水区,α变形菌纲(Alphaproteobacteria)为变形菌门中的优势类群,而在河口上游淡水区,β变形菌纲(Betaproteobacteria)为优势类群.厚壁菌门(Firmicutes)是克隆文库中丰度占第四的类群,说明水体可能遭受畜牧养殖粪便污染.本研究表明,九龙江河口区微生物群落结构受水体盐度、温度、水文情况等时空因子及人类活动造成的营养物浓度上升、动物粪便污染等共同影响,呈现出独特的时空分布特点.  相似文献   

生物多样性     

《中国地理与资源文摘》2008,(4)

  相似文献   

天柱山黄山松群落特征及其环境功能评价   总被引：1，自引：0，他引：1  

周葆华  余世金 《地理研究》2008,27(2):257-265

应用样方法,通过野外实地调查、数理统计,分析了天柱山黄山松群落特征和物种多样性;采用因子分析法、专家评价法和模糊评价方法,评价了天柱山黄山松群落环境功能及价值。结果表明:天柱山黄山松群落物种组成较复杂,科属分散,共有52科105属,区系成分多样,覆盖了9个种子植物科的分布区类型,具有明显的从北亚热带常绿阔叶林向暖温带落叶阔叶林过渡的特点;物种多样,乔木层、灌木层、草本层的Shannon-Wiener指数分别为1.9814、2.3175、2.1077,但由于人类活动的影响,乔木层黄山松的相对密度和优势度较大,多样性指数相对较低;群落顺行演替,环境服务功能多样,保护价值较重要。  相似文献   

距离式森林活力评价的研究与实践     

马遵平 《云南地理环境研究》2008,20(1):26-30

森林活力是森林生长、更新的能力,其主要受垂直结构功能和水平景观格局的影响和制约。通过与原生林的比较,揭示与原生林群落结构或功能的差距可以一定程度上反映森林的活力水平。目前,中国基于“距离式”思想的森林活力评价方法仍局限于群落尺度,而新西兰学者则提出了结合多尺度、多要素且简单实用的森林活力评价方法。通过典型群落样方调查和森林斑块格局分析,获取云南石林喀斯特公园森林恢复更新数据和斑块格局,对照目标群落,依据6个评价项目与指标,评价了公园4种主要森林植被恢复的森林活力,结果显示：依滇青冈林（Form．Cyclobcdanopsis glaucoides）,云南木樨榄-滇青冈林（Form．Olea yunnanensis—Cyclobcdanopsis glaucoide）,团花新木姜子林（Form．Olea yunnanensis）,云南松林（Form．Pinus yunnanensis）的顺序森林活力降低;影响公园森林活力最主要的因素是森林斑块的抗干扰能力和物种源水平。  相似文献   

湛江湾大型底栖动物的群落结构和多样性特征     

周伟男  孙省利  李荣冠  江锦祥  张才学 《广东海洋大学学报》2013,(1):1-8

2010年5月,在湛江湾海域设立10个站点对大型底栖生物进行调查,分析湛江湾大型底栖生物的种类组成、生物量、栖息密度和生物多样性特征,并通过聚类(CLUSTER)和MDS排序对大型底栖生物群落进行划分。结果表明,调查海域共有底栖生物共7门112种,环节动物门、软体动物门和节肢动物门为湛江湾大型底栖生物的主要类群。生物量分布范围为0.93～98.20 g.m-2,其中软体动物门的平均生物量最高值。栖息密度分布范围为6.11～24.80 ind.m-2,其中以环节动物门(24.08 ind.m-2)和星虫动物门(22.22 ind.m-2)最高。该海域大型底栖生物群落物种较为丰富,但多样性差。根据Bray-Curtis相似性系数聚类分析和多维尺度排序分析结果,可将湛江湾大型底栖动物划分为4个群落。丰度生物量曲线(ABC)分析结果,湛江湾大型底栖生物受到严重的环境污染或者扰动,群落结构不稳定。与其他海域大型底栖生物种类数、生物量和丰度的比较分析结果,湛江湾的生物量和丰度偏低。  相似文献   

Inhibition of photosynthesis in the microalga Chaetoceros curvisetus （Bacillariophyta） by macroalga Gracilaria lemaneiformis （Rhodophyta）     

叶长鹏  张梦成  杨宇峰 《中国海洋湖沼学报》2013,31(6):1174-1180

We investigated the effects of dried macroalga Gracilaria lemaneiform （Rhodophyta） on photosynthesis of the bloom-forming microalga Chaetoceros curvisetus. C. curvisetus was cultured with different amounts of dried G. lemaneiformis under controlled laboratory conditions. We measured the photosynthetic oxygen evolution rate and established the chlorophyll a fluorescence transient （OJIP） curve coupled with its specific parameters. We observed concentration-dependent and time-dependent relationships between dried G. lemaneiformis and inhibition of photosynthesis in C. curvisetus. Co-culture with dried G. lemaneiformis also resulted in a decrease in the light-saturated maximum photosynthetic oxygen evolution rate （P~ax） in C. curvisetus, and a decrease in the OJIP curve along with its specific parameters; the maximum photochemical efficiency of PSII （FJFm）, the amount of active PSII reaction centers per excited cross section at t=0 and t=--tFM （RC/CS0 and RC/CSm, respectively）, the absorption flux per excited cross section at t=0 （ABS/ CS0）, and the efficiency with which a trapped exciton moves an electron into the electron transport chain （~u0）. The dark respiration rate （Rd） increased in C. curvisetus co-cultured with dried G. lemaneiformis. The JIP-test and the oxygen evolution results indicated that dried G. lemaneiJbrmis decreased the number of active reaction centers, blocked the electron transport chain, and damaged the oxygen-evolving complex of C. curvisetus. This result indicated that dried fragments of G. lemaneiformis could effectively inhibit photosynthesis of C. curvisetus, and thus, could serve as a functional product to control and mitigate C. curvisetus blooms.  相似文献   

太湖浮游藻类的后向散射分离及其叶绿素a浓度反演     

阎福礼  刘韶菲  王世新  周艺 《地球信息科学学报》2014,16(6):989-996

浮游藻类的后向散射是水体光谱构成的重要组成部分,作为水体辐射传输模型中的重要参数,高精度的藻类后向散射系数对水体叶绿素a浓度的遥感反演精度至关重要。本文以简化的辐射传输模型-生物光学模型为基础,尝试性分离了太湖浮游藻类的后向散射系数。通过藻类后向散射规律分析,建立了浮游藻类吸收、后向散射特征的叶绿素a反演模型,改善了叶绿素a浓度的遥感反演精度。分析表明：藻类颗粒物的后向散射系数与吸收系数之间存在反比关系,且在560 nm、700 nm附近存在明显的散射峰,与叶绿素a浓度之间相关性显著;低密度藻类水体总悬浮颗粒的后向散射以非色素颗粒为主导,适合采用经典的指数模型模拟后向散射系数,而藻类密度较高的富营养化水体,水体总悬浮颗粒的后向散射以藻类颗粒为主导,传统的指数模型已不适用;采用分离藻类后向散射系数的方法,使得叶绿素a浓度的反演值与真实值相关系数从0.66提高到0.98,相对误差从55%降低到38%,均方根误差(RMSE)也由60.95 μg/L降低至13.98 μg/L。其真实性检验表明,与经典指数模型方法相比,利用藻类颗粒后向散射分离方法反演叶绿素a浓度,能够显著改善反演精度。  相似文献