基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析     

李喜莲  顾志敏  慎佩晶  徐洋  张宇飞  高强  程海华  陈雪峰 《海洋与湖沼》2021,52(1):231-241

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR, GO, COG, KEGG, SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。  相似文献   

高温胁迫下坛紫菜的数字基因表达谱研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

赖晓娟  严小军  杨锐  骆其君  陈海敏 《海洋学报》2014,36(6):104-111

坛紫菜是潮间带重要的经济藻种,对高温、渗透压等逆境具有独特的调控机制。本文采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术研究了坛紫菜在高温胁迫下的基因表达差异,并分析其相应的响应方式;利用实时定量PCR技术对DGE部分数据进行验证;检测了其中较有代表性的应答基因hsp70的差异表达。结果显示,高温胁迫下坛紫菜中有256个unigene上调表达,以HSP、核糖体蛋白L12、延伸因子EF-Tu及部分光合作用相关基因为代表,3 820个unigene下调表达,主要为核酸、蛋白以及糖类等合成代谢相关基因。Gene Ontology分析表明,差异表达基因主要定位于质体等有膜细胞器,参与繁殖和发育过程,行使催化和连接酶活性的功能。Pathway分析显示,这些基因分布于107条pathway中。其中,下调表达基因最显著富集于mRNA监督和RNA转运途径,而上调表达基因部分富集于内质网的蛋白加工、RNA降解及光合作用途径。验证表明此次DGE结果具有较高准确性,hsp70基因对高温响应积极。综上所述,DGE结果反应出,在高温胁迫时,坛紫菜出现基础代谢减慢、合成速度下降、能量合成受阻、碳同化降低等现象,但光合作用前期未受影响,同时补救途径启动。  相似文献   

黄花水龙化感物质对铜绿微囊藻生长及藻毒素产生和释放的影响   总被引：3，自引：1，他引：2  

吴湘  吴昊  叶金云 《海洋与湖沼》2014,45(4):783-788

本文研究了黄花水龙化感物质对铜绿微囊藻生长的抑制作用及其最佳抑藻浓度范围,以及对微囊藻毒素(MC-LR)产生和释放的影响。结果表明:黄花水龙化感物质在培养7d内对铜绿微囊藻(FACHB-905)具有较强的抑制作用,半效应质量浓度(EC50,7d)值为47mg/L,但抑制效果会随时间的延长而减弱。黄花水龙化感物质的最佳抑藻浓度范围为50—75mg/L,藻细胞培养4—7d内相对抑制率达50%—95%。同时发现整个培养期间,黄花水龙化感物质对MC-LR的胞外释放无显著影响。培养7d后,单位藻细胞内MC-LR的含量随黄花水龙化感物质浓度的增加而升高,16d后无显著影响。藻细胞培养液中MC-LR总量不会增大。由此可知,利用黄花水龙化感物质抑制铜绿微囊藻,既能有效控制藻细胞生长又不会促进藻毒素的释放,生态安全性高,可应用至实际水体水华处理中。  相似文献   

菲律宾蛤仔脂多糖诱导的肿瘤坏死因子α VpLITAF基因克隆及其对微生物侵染的应答研究     

张林宝  孙伟  宁璇璇  蔡文贵  张喆  陈海刚  马胜伟  贾晓平 《海洋与湖沼》2014,45(4):895-901

脂多糖诱导的肿瘤坏死因子α(LITAF)是一种重要的转录因子,在调节LPS诱导炎症因子TNF-α的表达过程中发挥重要作用。采用表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)结合cDNA末端快速克隆技术(rapid amplification of cDNA Ends,RACE),获得了菲律宾蛤仔LITAF基因cDNA全长(VpLITAF),并利用实时荧光定量PCR技术研究VpLITAF的组织分布以及鳗弧菌、藤黄微球菌刺激下的时序表达特征。VpLITAF基因序列包含393bp的开放阅读框,编码130个氨基酸,预测分子量为14.39kD,理论等电点7.47。序列分析表明,VpLITAF具有高度保守的LITAF结构域,与其它贝类LITAF具有高度同源性,并在系统进化树中与海洋软体动物LITAF聚为一簇。VpLITAF基因主要表达于蛤仔肝胰腺,肌肉中的表达量则相对较低。鳗弧菌和藤黄微球菌刺激在某些时段可显著诱导VpLITAF基因的表达水平,最高可达对照组表达量的3.5倍,且鳗弧菌对VpLITAF基因表达的诱导作用明显强于藤黄微球菌。以上结果表明,VpLITAF在菲律宾蛤仔的固有免疫反应中发挥着重要作用。  相似文献   

16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China   总被引：4，自引：0，他引：4  

ZHENG Lianming  HE Jinru  LIN Yuanshao  CAO Wenqing  ZHANG Wenjing 《海洋学报(英文版)》2014,33(4):55-76

Identification of hydrozoan species is challenging, even for taxonomic experts, due to the scarcity of distinct morphological characters and phenotypic plasticity. DNA barcoding provides an efficient method for species identification, however, the choice between mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I（COI） and large subunit ribosomal RNA gene（16S） as a standard barcode for hydrozoans is subject to debate. Herein, we directly compared the barcode potential of COI and 16S in hydrozoans using 339 sequences from 47 pelagic hydrozoan species. Analysis of Kimura 2-parameter genetic distances（K2P） documented the mean intraspecific/interspecific variation for COI and 16S to be 0.004/0.204 and 0.003/0.223, respectively. An obvious ＂barcoding gap＂ was detected for all species in both markers and all individuals of a species clustered together in both the COI and 16S trees. These results suggested that the species within the studied taxa can be efficiently and accurately identified by COI and 16S. Furthermore, our results confirmed that 16S was a better phylogenetic marker for hydrozoans at the genus level, and in some cases at the family level. Considering the resolution and effectiveness for barcoding and phylogenetic analyses of Hydrozoa, we strongly recommend 16S as the standard barcode for hydrozoans.  相似文献   

Comparative analysis of four essential Gracilariaceae species in China based on whole transcriptomic sequencing     

XU Jiayue  SUN Jing  YIN Jinlong  WANG Liang  WANG Xumin  LIU Tao  CHI Shan  LIU Cui  REN Lufeng  WU Shuangxiu  YU Jun 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):54-62

  相似文献   

Phylogenomic analysis of transcriptomic sequences of mitochondria and chloroplasts of essential brown algae (Phaeophyceae) in China   总被引：1，自引：1，他引：0  

JIA Shangang  WANG Xumin  LI Tianyong  QIAN Hao  SUN Jing  WANG Liang  YU Jun  REN Lufeng  YIN Jinlong  LIU Tao  WU Shuangxiu 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):94-101

The chloroplast and mitochondrion of brown algae （Class Phaeophyceae of Phylum Ochrophyta） may have originated from different endosymbiosis. In this study, we carried out phylogenomic analysis to distinguish their evolutionary lineages by using algal RNA-seq datasets of the 1 000 Plants （1KP） Project and publicly available complete genomes of mitochondria and chloroplasts of Kingdom Chromista. We have found that there is a split between Class Phaeophyceae of Phylum Ochrophyta and the others （Phylum Cryptophyta and Haptophyta） in Kingdom Chromista, and identified more diversity in chloroplast genes than mitochondrial ones in their phylogenetic trees. Taxonomy resolution for Class Phaeophyceae showed that it was divided into Laminariales-Ectocarpales clade and Fucales clade, and phylogenetic positions of Kjellmaniella crassi-folia, Hizikia fusifrome and Ishige okamurai were confirmed. Our analysis provided the basic phylogenetic relationships of Chromista algae, and demonstrated their potential ability to study endosymbiotic events.  相似文献   

Origin and evolution of alginate-c5-mannuronan-epimerase gene based on transcriptomic analysis of brown algae     

WANG Ren  WANG Xumin  ZHANG Yalan  YU Jun  LIU Tao  CHEN Shengping  CHI Shan 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):73-85

  相似文献   

海洋生物DNA条形码研究现状与展望   总被引：5，自引：1，他引：4  

林森杰  王路  郑连明  董云伟  柳淑芳  丁少雄  叶乃好  曹文清  庄志猛 《海洋学报》2014,36(12):1-17

海洋生物种类多样,分布广泛,具有复杂性、多样性和趋同性等特点,为了对物种进行更快速、准确地鉴定,急需在传统形态分类学基础上,建立并结合便捷准确的分子鉴定手段。DNA条形码提供了可信息化的分类标准和有效的分类学手段,已成为近年来分类学与生物多样性研究中重要的技术依托。本文概述了DNA条形码当前的发展现状与趋势,并介绍了DNA条形码技术在主要海洋浮游植物(红藻、褐藻、绿藻、硅藻、甲藻)、无脊椎动物(海绵动物、刺胞动物、甲壳动物和软体动物等)和鱼类中的研究进展,以及不同条形码基因针对于不同生物类群的有效性和适用性,指出了目前条形码技术在各海洋类群中存在的主要问题,并对未来的相关工作做了展望,希望为今后我国的海洋生物DNA条形码研究提供理论基础。  相似文献   

广西茅尾海牡蛎天然种苗种类鉴定和群体组成的初步分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

钟方杰  严雪瑜  高扬  蒋钦杨  贾峥  李琼珍  李文红  陈琴 《海洋科学》2014,38(3):91-97

了解广西茅尾海牡蛎种质资源现状,有助于提高牡蛎采苗效果。通过在茅尾海采集常见5种牡蛎成体,并在牡蛎不同繁殖高峰期分别采集牡蛎D型幼虫DⅠ、DⅡ,在不同附着期分别采集牡蛎幼苗MⅠ、MⅡ、MⅢ,采用多重PCR技术对牡蛎成体、稚贝及幼虫进行种类鉴定。香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)在茅尾海牡蛎稚贝和幼虫高峰期均属于优势种;稚贝中香港巨牡蛎、有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)和熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)3个种类的平均比例分别为88.3%、6.7%和5.0%,香港巨牡蛎与熊本牡蛎、有名巨牡蛎相比差异显著(P0.05),熊本牡蛎与有明巨牡蛎差异不显著(P0.05)。香港巨牡蛎是茅尾海牡蛎优势种,7月12日之前投放采苗器可采集到数量多、种类单一的香港巨牡蛎。7月12日之后投放采苗器,附着的稚贝中有明巨牡蛎和熊本牡蛎比例增加,影响采苗效果及养殖生产。  相似文献