强光照和黑暗条件下刺参体壁的基因表达差异     

张立斌  冯其明  孙丽娜  房燕  徐冬雪  张涛  杨红生 《海洋学报(英文版)》2018,37(5):54-66

参对光照变化非常敏感，研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光（“强光”）、正常光照（“对照”）和完全黑暗（“黑暗”）环境下体壁的基因表达谱情况，通过“对照”与“黑暗”，“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较，在|log₂ ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因（DEGs）。基因本体分析表明，“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多，而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对，发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。  相似文献   

利用扩增vvhA基因的环介导等温扩增技术快速，特异而敏感地检测创伤弧菌     

张丽娜  王明义  丛殿霞  丁淑研  丛日楠  岳进勇  耿建利  胡成进 《海洋学报(英文版)》2018,37(4):83-88

创伤弧菌是一种可感染人类的河口病原菌。建立快速，特异而敏感的检测方法，有助于创伤弧菌感染的早期疾病诊断和及时治疗。本研究设计了针对vvhA基因的一系列引物（包括两对外部引物和两对内部引物），采用环介导等温扩增技术（LAMP）来检测创伤弧菌。结果显示，本方法的最适扩增温度是63℃，反应仅需35分钟。扩增产物不仅可以用含有DNA ladder的琼脂糖凝胶电泳检出，也可借助钙黄绿素直接肉眼观察。采用45株菌株检测该方法的特异性，其中所有创伤弧菌均被检出而其他菌株检测结果皆为阴性。本方法的敏感性是普通PCR扩增的100倍，同时利用该方法可以准确检测出所有的模拟样品、临床标本及环境样品。与其他已知方法比较，针对vvhA基因的介导等温扩增技术可以快速、简单、敏感及特异地鉴定创伤弧菌。  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

hedgehog基因在笠贝(Lottia goshimai)早期发育中的表达模式研究     

杨伟红  郇聘  刘保忠 《海洋与湖沼》2020,51(4):960-965

Hedgehog信号通路参与动物神经系统发育、分节等诸多发育过程,研究该信号通路对理解动物的发育与演化机制有重要意义。对软体动物而言,目前Hedgehog信号通路的研究较少。本文克隆了腹足纲软体动物笠贝的hedgehog基因,利用整装原位杂交技术研究了其在胚胎发育过程中的时空表达规律;并与重要发育基因brachyury及soxb的表达模式进行了比较。结果表明,笠贝hedgehog基因与神经外胚层及中/内胚层相关,可能调控了幼虫神经、肌肉及消化道的分化。通过比较原肠胚及担轮幼虫不同阶段的基因表达模式,研究了hedgehog基因相关的组织和细胞随个体发育进程的动态变化。这些结果为理解软体动物形态发生和重要器官的分化机制提供了基础。  相似文献   

基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究     

罗植森  易木荣  刘思杓  邱康文  谷穗  颜云榕 《海洋与湖沼》2020,51(5):1246-1256

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰，同种异名多，种类误鉴等分类问题，结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本，经形态学特征鉴定为：横带银口天竺鲷Jaydia striata（Smith&Radcliffe，1912），特征为体侧有7—11褐色宽横带，腹鳍、臀鳍浅灰色；印度洋银口天竺鲷J.striatodes（Gon，1997），特征为体侧有7—11褐色宽横带，臀鳍后缘黑色；白边银口天竺鲷J.novaeguineae（Valenciennes，1832），特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边；黑边银口天竺鲷J.truncata（Bleeker，1855）特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带，尾鳍后缘黑色带略宽；史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus，1970，特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带，尾鳍后缘黑色带略细；斑鳍银口天竺鲷J.carinatus （Cuvier，1828），特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑；黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera （Cuvier，1828），特征为臀鳍淡黄色，鳍膜间有一暗点。研究发现Apogon arafurae并不是J.truncata同种异名，学名应更正为Jaydia poeciloptera。基于线粒体COI基因K2P遗传距离显示，J.striata、J.smithi、J.truncata种内遗传距离大于2%。构建NJ系统发育树发现红海、阿拉伯海和北部湾的J.smithi分成2个单系支。结合NJ树分析发现，J.smithi和J.poeciloptera均出现错误鉴定，认为GenBank上传的序列（MH085808、JQ681491）存在误鉴，实为J.poeciloptera。  相似文献   

适宜浓度的维生素E促进半滑舌鳎生长激素基因的表达     

王蔚芳  向玲  王琳  黄滨  李会涛 《海洋科学》2020,44(2):113-119

本实验旨在探究维生素E对半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因表达的影响。作者在每千克等氮等能的基础饲料中分别添加0、400和1 600mg的DL-α-生育酚乙酸酯(维生素E)投喂半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)成鱼(464±2.6) g,进行为期8周的养殖实验;另外,在L-15培养基中添加0、18和54μmol/L的维生素E,对半滑舌鳎成鱼(464±2.6) g的垂体细胞进行为期3 d的体外原代培养实验。分别取垂体组织和原代细胞,通过荧光实时定量PCR分析其gh mRNA的相对表达量。实验结果表明:垂体组织中gh mRNA的相对表达量随着饲料中维生素E含量的增加而呈现先升高后下降的变化趋势,在400 mg/kg组时显著高于其他各组(P0.05);随着细胞培养液中维生素E浓度的升高, gh mRNA的相对表达量显著增加(P0.05)。由此可见,适宜浓度的维生素E能够促进半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因的表达。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

Boussinesq相位解析的海岸水动力学数学模型研究进展     

张尧  谢欣  陶爱峰  王岗  陈新平  郑金海 《海洋通报》2018,(5):481-493

由于在平衡计算效率和精度上具有优势,Boussinesq相位解析数学模型研究不断取得突破,已成为波浪和水流精细化模拟的较优解析方式,为海岸工程、环境、地质等问题提供了实用和高效的研究手段。本文对已有Boussinesq类模型的研究进行了评述,深入探讨其重要发展、实际应用和理论瓶颈,从高阶非静压修正、GPU准三维高性能算法编译、波浪破碎和泥沙运移沉积等4个方面提出未来可能的科学突破方向。  相似文献   

On Minerogenetic Series: The Third Discussion     

CHEN Yuchuan  PEI Rongfu  WANG Denghong 《《地质学报》英文版》2020,94(1):1-9

The minerogenetic (or metallogenetic) series of mineral deposits (called minerogenetic series for short) is an academic idea (concept) of studying minerogenetic characteristics in mineral deposit geology. It uses the views of systematology and mobilism to study mineralizing processes and naturally occurring mineral deposit assemblages formed in various stages of geological development in specific tectonic environments. The minerogenetic series is also a natural classification of mineral deposits. There are five hierarchical orders in the classification, with the minerogenetic series as the basic order and the core. The first order includes three categories: minerogenetic series association, minerogenetic series type, and minerogenetic series group. The second is the minerogenetic series, which is decomposed into three orders, i.e. the third, fourth, and fifth orders. The third is the minerogenetic subseries, the fourth is mineral deposit models (types), and the fifth is mineral deposits. Minerogenetic series is comparable to a certain extent metallogenic systems both in the research content and in their own research content. The study of minerogenetic series has both great theoretical significance and practical value for mineral prospecting. However, the study is still in its initial stage and a further study remains to be conducted.  相似文献   

Dynamic,discontinuous stream networks: hydrologically driven variations in active drainage density,flowing channels and stream order          下载免费PDF全文

S. E. Godsey  J. W. Kirchner 《水文研究》2014,28(23):5791-5803

Despite decades of research on the ecological consequences of stream network expansion, contraction and fragmentation, surprisingly little is known about the hydrological mechanisms that shape these processes. Here, we present field surveys of the active drainage networks of four California headwater streams (4–27 km²) spanning diverse topographic, geologic and climatic settings. We show that these stream networks dynamically expand, contract, disconnect and reconnect across all the sites we studied. Stream networks at all four sites contract and disconnect during seasonal flow recessions, with their total active network length, and thus their active drainage densities, decreasing by factors of two to three across the range of flows captured in our field surveys. The total flowing lengths of the active stream networks are approximate power‐law functions of unit discharge, with scaling exponents averaging 0.27 ± 0.04 (range: 0.18–0.40). The number of points where surface flow originates obey similar power‐law relationships, as do the lengths and origination points of flowing networks that are continuously connected to the outlet, with scaling exponents averaging 0.36–0.48. Even stream order shifts seasonally by up to two Strahler orders in our study catchments. Broadly, similar stream length scaling has been observed in catchments spanning widely varying geologic, topographic and climatic settings and spanning more than two orders of magnitude in size, suggesting that network extension/contraction is a general phenomenon that may have a general explanation. Points of emergence or disappearance of surface flow represent the balance between subsurface transmissivity in the hyporheic zone and the delivery of water from upstream. Thus the dynamics of stream network expansion and contraction, and connection and disconnection, may offer important clues to the spatial structure of the hyporheic zone, and to patterns and processes of runoff generation. Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd.  相似文献