中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码   总被引：1，自引：0，他引：1  

张晓洁  孔令锋  李琪 《海洋与湖沼》2018,49(3):614-623

DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。  相似文献   

基于COⅠ基因序列的长腹剑水蚤系统进化关系     

王兴霞  徐磊  王亮根  陈骁  郑媛媛  王雪辉  杜飞雁 《海洋学报》2018,40(6):92-103

长腹剑水蚤属（Oithona）是广泛分布于海洋近岸和外海海域的中小型桡足类中最为丰富的类群之一，由于个体小且形态差异微小，通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大。本文对南海分布的长腹剑水蚤属内的5个种，即瘦长腹剑水蚤（O.tenuis）、羽长腹剑水蚤（O.plumifera）、刺长腹剑水蚤（O.setigera）、伪长腹剑水蚤（O.fallax）和长刺长腹剑水蚤（O.longispina）线粒体COⅠ基因序列以及DNA数据库中长腹剑水蚤属其他地区种类COⅠ基因序列进行比较分析，使用ABGD （Automatic Barcode Gap Discovery）和GMYC （Generalized Mixed Yule Coalescent）模型进行物种界定，分析种间种内遗传距离，并构建系统进化关系。结果显示ABGD和GMYC模型均可以很好地对长腹剑水蚤进行种类划分；种内遗传距离为0.0%~1.6%，种间遗传距离为17.7%~44.5%（Kimura 2-parameter双参数模型），表明种间出现较高的分化；贝叶斯系统树和最大似然树进化树结果均表明，简长腹剑水蚤（O.simplex）与其他种类相距较远，羽长腹剑水蚤和拟长腹剑水蚤（O.similis）中存在隐种的分化，分别是我国南海海域和地中海的羽长腹剑水蚤以及朝鲜海峡和北海的拟长腹剑水蚤，种间遗传距离分别为18.6%、22.9%。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究     

吴仁协  肖瑶  牛素芳  翟云  张浩冉  陈伟勇  黎晓 《海洋与湖沼》2019,50(2):365-377

黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。  相似文献   

Sensitive and rapid detection of two toxic microalgae Alexandrium by loop-mediated isothermal amplification     

ZHANG Fengying  SHI Yanhong  JIANG Keji  XU Zhaoli  MA Lingbo 《海洋学报(英文版)》2018,37(2):139-146

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was designed and evaluated for rapid detection of the toxic microalgae Alexandrium catenella and A. minutum, which can produce paralytic shellfish poisoning (PSP). Two sets of four specific primers targeting these two species were derived from the sequence of internal transcribed spacer (ITS) of ribosomal DNA. The method worked well in less than an hour under isothermal conditions of 65℃. LAMP specificity was validated in closely related algae as a comparison, suggesting the strict specificity of the LAMP primers. Two visual inspection approaches were feasible to interpret the positive or negative results. The detection limits of A. catenella and A. minutum samples using the LAMP assay were found to be 5.6 and 4.5 pg DNA, respectively. The sensitivity of this LAMP assay was 10 or 100-fold higher than Polymerase Chain Reaction (PCR) method in detecting the two microalgae. These characteristics of species specificity, sensitivity, and rapidity suggest that this method has the potentiality in the monitoring of red tide caused by A. catenella and A. minutum.  相似文献   

基于DNA条形码技术的乌苏里江中下游漂流性鱼卵鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

唐富江  王继隆  那荣滨  刘伟  鲁翠云 《湿地科学》2020,18(6):653-659

  相似文献   

Morphological and molecular evidence supports the first occurrence of two fishes,Siganus sutor(Valenciennes, 1835)and Seriolina nigrofasciata(Rüppell, 1829)(Actinopterygii:Perciformes), from marine waters of Odisha coast,Bay of Bengal,India     

Barik Tapan K.  Swain Surya N.  Sahu Bijayalaxmi  Tripathy Bibarani  Acharya Usha R. 《海洋学报(英文版)》2020,39(6):26-35

Marine ecosystems provide a wide variety of diverse habitats that frequently promote migration and ecological adaptation. The extent to which the geographic distribution of marine organism has reshaped by human activities remains underappreciated. The limitations intrinsic to morphology-based identification systems have engendered an urgent need for reliable genetic methods that enable the unequivocal recognition of fish species,particularly those that are prone to overexploitation and/or market substitution. In the present study, however, an attempt has been taken to identify two locally adapted fish species, Siganus sutor(Valenciennes, 1835) and Seriolina nigrofasciata(Rüppell, 1829) of order Perciformes, which happens to be the first record in Odisha coast,Bay of Bengal. The diagnostic characteristics of Siganus sutor are: dorsal fin XIII-10, anal fin VII-9, pectoral fin 15,pelvic fin II-3, while that of Seriolina nigrofasciata dorsal fin VI-I-35, anal fin I-17, pectoral fin 16, pelvic fin 5. All COI barcodes generated in this study were matched with reference sequences of expected species, according to morphological identification. Bayesian and likelihood phylogenetic trees were drawn based on DNA barcodes and all the specimens clustered in agreement with their taxonomic classification at the species level. The phylogeographic studies based on haplotype network and migration rates suggest that both the species were not panmitic and the high-frequency population distribution indicates successful migration. The result of this study provides an important validation of the use of DNA barcode sequences for monitoring species diversity and changes within a complex marine ecosystem.  相似文献   

北京西北城区一次重污染过程中PM₁₀的氧化损伤能力研究     

席春秀  邵龙义  吴凡  常玲利  李杰 《岩石矿物学杂志》2018,37(3):492-496

为评估大气重污染期间北京市可吸入颗粒物(PM_(10))的毒性,采集2016年3月份一次大气重污染过程中北京市大气PM_(10)样品,应用质粒DNA损伤评价法来研究其氧化损伤能力。结果表明,雾霾期间PM_(10)对DNA的损伤率高于雾霾逐渐消退时期,远高于雾霾前期清洁天,颗粒物对DNA损伤率随剂量的增加而增加。雾霾前后PM_(10)水溶样品的平均TD_(20)值表现为雾霾前清洁天(788.01μg/mL)雾霾消退后期(470.40μg/mL)雾霾期间(55.78μg/mL),说明氧化能力雾霾期间雾霾消退后期雾霾前清洁天。另外通过雾霾前后数据对比得到,暴露毒性指数TI大小顺序为雾霾期间(13 245.06)雾霾消退后期(1 658.87)雾霾前清洁天(254.08),说明雾霾期间PM_(10)对人体危害更大。  相似文献   

环境DNA——洞穴生物研究中的新技术     

白洁  邢迎春  高婉茹  赵亚辉 《中国岩溶》2021,40(6):1014-1020

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

徐岩  潘红平  阎冰  高霆炜  吴斌  杨明柳 《海洋学报》2019,41(8):63-71

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析，结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%，均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示，14种相手蟹分别为独立有效物种，但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹，没有分别形成2个独立的支系，而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支，再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支，表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源，也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。  相似文献