瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)Toll样受体2(TLR2)基因克隆及免疫功能     

覃川杰  龚全  文正勇  袁登越  王均  贺扬  邵婷 《海洋与湖沼》2018,49(1):198-206

为探究Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)及下游免疫分子对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)机体的保护作用,本研究采用RT-PCR及RACE法获得瓦氏黄颡鱼TLR2全长c DNA(2611bp),编码789个氨基酸残基,含有10个富含亮氨酸的重复序列(Leucine Rich Repeat,LRR)和Toll/IL-1R(Toll/IL-1 Receptor Domain,TIR)同源区结构域,属I型跨膜受体。序列同源性比对发现,瓦氏黄颡鱼TLR2 c DNA与斑点叉尾、鲤及虹鳟的同源性分别为78%、62%及49%。系统进化树分析表明,瓦氏黄颡鱼TLR2与斑点叉尾聚为一支。q RT-PCR分析表明,TLR2 m RNA在检测的组织中均有表达,且在头肾和脾脏中表达水平显著高于其他组织(P0.05)。嗜水气单胞菌感染能显著上调瓦氏黄颡鱼肝脏、头肾及脾脏中TLR2 m RNA表达(P0.05),分别在24h、48h及12h达到最大值。头肾中的TLR 2信号通路下游的髓样分化因子、半胱氨酸蛋白酶8、核转录因子kappa B、肿瘤坏死因子α、白细胞介素1βm RNA均显著上升(P0.05),分别在24h、12h、48h,48h和48h达到最大值。结果表明,嗜水气单胞菌感染激活了TLR2信号通路,通过上调表达,肿瘤坏死因子α,白细胞介素1β等。本研究表明,TLR2在瓦氏黄颡鱼抵御嗜水气单胞菌侵染的过程中发挥了重要的免疫作用。  相似文献   

卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析     

《广东海洋大学学报》2015,(4)

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。  相似文献   

《中国海洋湖沼学报》（英文版，SCI-E收录）2011年第5期论文导读     

《中国海洋湖沼学报》编辑部 《海洋科学》2011,35(8):119-121

任世英,刘飞,李相前,等：以海洋聚磷菌（Halomonas）YSR-3的总DNA为模板,用PCR法扩增D-海因酶基因,将扩增片段克隆到pGM—T载体,转化大肠杆菌（Escherichiacoli）TOP10菌株,经蓝白斑筛选、菌落PCR得到阳性克隆,  相似文献   

Cold-adaptive alkaline protease from the psychrophilic Planomicrobium sp.547: enzyme characterization and gene cloning     

YANG XiangSheng  CHEN XingLin  XU XianZhong  ZENG RunYing 《极地研究(英文版)》2011,22(1):49-54

A psychrophilic bacterium strain 547 producing cold-adaptive alkaline protease was isolated from the deep sea sediment of Prydz Bay, Antarctica. The organism was identified as a Planomicrobium species by 16S rRNA analysis. The optimal and highest growth temperatures for strain 547 were 15℃ and 30℃, respectively. The extracellular protease was purified by ammonium sulfate precipitation and DEAE cellulose-52 chromatography. The optimal temperature and pH for the activity of the purified enzyme were 35 ℃ and pH 9.0, respectively. The enzyme retained approximately 40% of its activity after 2 h of incubation at 50℃. The enzymatic activity was inhibited by 1 mmol/L phenylmethyl sulfonylfluoride (PMSF) and hydrochloride 4-(2-aminoethyl)-benzenesulfonyl fluoride (AEBSF), indicating that it was a serine protease. The presence of Ca2+ and Mn2+ increased the activity of the enzyme. The protease gene with a size of 1 269 bp was cloned from Planomicrobium sp. 547 using primers designed based on the conserved sequences of proteases in GenBank. The Planomicrobium sp. 547 protease contained a domain belonging to the peptidase S8 family, which has a length of 309 amino acid (AA) residues. The alignment and phylogenetic analysis of the AA sequence indicated that the protease belonged to the subtilisin family.  相似文献   

元胞自动机和克隆选择算法的蓝藻水华预测模型     

邵芳芳  刘炼  晁怡  刘修国 《测绘科学》2015,(8):53-57

针对蓝藻水华频发影响水体质量和生态环境的问题,该文以太湖为例,探讨了元胞自动机和克隆选择算法在蓝藻水华预测方面的可行性。使用遥感经验算法计算水体叶绿素a浓度;将叶绿素a浓度分布数据作为预测模型的输入数据,将基于平衡方程的预报模型与元胞自动机进行耦合,对蓝藻水华时空变化过程进行了动态模拟;在预测方面实现了蓝藻水华空间分布情况的可视化,并采用克隆选择算法优化了预测模型中的重要参数。研究结果表明:利用克隆选择算法优化的元胞自动机模型能够在蓝藻水华预测中直观地显示蓝藻水华的时空变化特征;能够在短时间内重复性地预演蓝藻水华的变化过程,为决策者提供有用的参考。  相似文献   

九孔鲍BMP-2基因cDNA克隆及表达分析     

艾加林  栗志民  刘建勇  申玉春 《海洋科学》2018,42(8):107-115

为探究BMP-2基因在九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)中的功能,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍外套膜中获得了BMP-2基因cDNA全长,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了BMP-2基因在各组织和发育时期的表达水平。结果表明:九孔鲍BMP-2基因cDNA全长2572bp,其中5′非编码区(5′UTR)123bp, 3′非编码区(3′UTR)1150bp,开放阅读框(ORF)为1299 bp,编码432个氨基酸,其分子质量为48.59ku,理论等电点(pI)为9.84;具有N端信号肽(1-39 aa)、TGF-β前肽区域(63-294 aa)和TGF-β成熟肽区域(331-432 aa),以及蛋白酶水解位点RLRR (272-275 aa)和7个保守的半胱氨酸残基,符合TGF-β超家族蛋白典型结构特征。系统进化树结果显示九孔鲍BMP-2基因和耳鲍聚为一支。qRT-PCR结果表明BMP-2基因在九孔鲍的6个组织中均有表达,在足、右侧壳肌、外套膜及肝脏中显著高表达;在检测的7个发育时期均表达,其中在受精卵、4细胞、8细胞、原肠胚、稚鲍时期表达量显著高于卵、幼鲍时期。研究表明BMP-2基因可能在九孔鲍贝壳形成中具有重要作用。  相似文献   

大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄伟  薛良义  李婷  杨斌 《台湾海峡》2010,29(2):189-195

以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明：cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇（unigene）,其中包括58个重叠群（contigs）,172个单拷贝ESTs（singletons）,冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性（E值≤1.00×10-10）,为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台.  相似文献   

东海原甲藻cDNA文库构建及尝试性EST分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

张秀芳  杨官品  刘永建  李瑞香  朱明远 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(3):361-364

东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是中国沿海频繁发生的大规模赤潮的原因种之一,大规模分离鉴定东海原甲藻功能基因是理解东海原甲藻赤潮形成过程和机理的重要基础。取对数生长期藻体,经微量总RNA抽提、cDNA合成、cDNA扩增和克隆等步骤,构建了东海原甲藻cDNA文库并进行了尝试性表达序列标签分析。从含有约5000个转化子的文库中随机取150个测序,获得126条EST序列。经网上BlastN及BlastX分析,共发现11个是已知功能的基因的标签。这些基因与东海原甲藻生长发育、物质转换和能量代谢相关。  相似文献   

Molecular cloning and expression analysis of interleukin-1β from Japanese sea perch (Lateolabrax japonicus)     

QIU Lihu  SONG Linsheng  WU Longtao  CAI Zhonghu  JIANG Shigui 《海洋学报(英文版)》2006,25(1):127-136

1 Introduction IL-1βis a pleiotropic proinlammatory cytokine with a wide spectrum of inflammatory, metabolic, hematopoietic and immunological activities and is re- sponsible for the symptoms of sickness during the host response to infection (Dinarello, 1…  相似文献   

检测cDNA文库克隆中插入片段大小的简易方法   总被引：6，自引：0，他引：6  

刘振辉  张士璀 《海洋科学》2002,26(11):9-9

在ｃＤＮＡ文库克隆的大规模测序之前 ,一般需对克隆中插入片段的大小进行检测。传统的检测方法是首先用煮沸法［１,２］或碱裂解法［１,３］提取质粒ＤＮＡ ,然后用限制性内切酶进行酶切分析。在对大量的克隆进行检测时 ,这种方法则显得十分烦琐、费时。Ｚｏｎ等［４］于１９８９年提出了一种基于ＰＣＲ技术的直接用于克隆检测的方法。与传统的酶切检测法相比 ,此种方法相对简单、快速得多。但是它仍然需要提取质粒ＤＮＡ ,而且实验成本较高。新近 ,Ｔａｒｉｇ［５］等对Ｚｏｎ等的方法进行了进一步的改进。改进后的方法不需要提取质粒Ｄ…  相似文献