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D. maculates is a kind of specialized Schizothoracinae fish has been locally listed as a protected animal in Xinjiang Province,China. Ili River located in north of Tianshan Mountain and Tarim River located in north of Qinghai-Tibetan Plateau were two main distribution areas of this fish. To investigate the genetic diversity and genetic structure of D. maculates,four populations from Tarim River system and two populations from Ili River system were collected in this study. A 570-bp sequence of the control region was obtained for 105 specimens. Twenty-four haplotypes were detected from six populations,only Kunes River population and Kashi River population shared haplotypes with each other. For all the populations examined,the haplotype diversity(h) was 0.904 8±0.012 6,nucleotide diversity(π) was 0.027 9±0.013 9,and the average number of pairwise nucleotide differences(k) was 15.878 3±7.139 1. The analysis of molecular variance(AMOVA) showed that 86.31% of the total genetic variation was apportioned among populations,and the variation within sampled populations was 13.69%. Genetic differences among sampled populations were highly significant. F st statistical test indicated that all populations were significantly divergent from each other(P 0.01). The largest F st value was between Yurungkash River population and Muzat River population,while the smallest F st value was between Kunes River population and Kashi River population. NJ phylogenetic tree of D-loop haplotypes revealed two main clades. The neutrality test and mismatch distribution analysis suggested that the fish had went through a recent population expansion. The uplift of Tianshan Mountain and movement of Qinghai-Tibetan Plateau might contribute to the wide genetic divergence of D. maculates in northwest China. 相似文献
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为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。 相似文献
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本文采集了位于新疆水生野生动物救护中心和乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地的鱼菜共生池塘水样及水培空心菜根系,基于Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对上述样本的宏基因组ITS基因序列进行了测定和分析。在6份样品(4份水体样品、2份根系样品)中,共检测到78348条平均长度为256 bp的有效序列,这些真菌包括了6个门、25个纲和72个目。不同地点、不同样品类型间的真菌微生物群落存在明显差异,隶属于子囊菌门(Ascomycota)锤舌菌纲(Leotiomycetes)白粉菌目(Erysiphales)白粉菌科(Erysiphaceae)的菌群为根系样品所特有。乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘的空心菜根系真菌的Alpha多样性指数均最高,相应的对照池塘真菌多样性组成则最低。Beta多样性指数表明,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地水样和新疆水生野生动物救护中心空心菜根系真菌组成差异最大。从蔬菜长势情况来看,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘明显好于新疆水生野生动物救护中心,推测其原因为:前者水体中真菌种类和数量较多,特有菌类(如石黄衣、酵母菌)能够改善水质、提供动植物生长繁殖的养分。 相似文献
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中、日青鳞小沙丁鱼形态学比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
运用主成分分析、多变量解析和单因子方差分析方法对青岛、舟山以及日本爱知、香川4个群体的青鳞小沙丁鱼Sardinella zunasi(125尾)5个分节特征和15个量度特征进行了比较分析.多重比较和单因子方差结果显示4个群体在6～8个形态特征上均存在显著性差异(P=0.05).通过聚类分析得出,4个群体间存在一定程度的分化,中、日群体间有明显的差异,且分布存在着一定程度的南北或东西的地理变化.通过计算差异系数,根据Mayr等提出的75%规则,认为它们的形态差异仍然是种内不同地理种群的差异. 相似文献
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角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)是中国近海重要的经济鱼类,本研究基于线粒体DNA控制区第一高变区部分序列,对采自青岛和舟山近海的角木叶鲽群体进行遗传多样性研究。线粒体DNA控制区序列分析显示:舟山和青岛两群体均呈现较高的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度;单倍型邻接关系树与最小跨度树均显示青岛、舟山两个群体个体相互混杂,无显著的分支;群体间遗传分化指数(F_(ST)=0.027 6;P=0.030 3)揭示了两群体之间存在微弱的遗传分化;TaJima’s D中性检验和贝叶斯天际线分析的结果显示角木叶鲽群体可能经历过近期扩张事件。基础形态学特征测量结果表明,舟山群体的可量性状比值,如体长/尾柄高、体长/头长、体长/有(无)眼侧胸鳍长等均略高于青岛群体,其中体长/有(无)眼侧胸鳍长差异显著。 相似文献
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本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。 相似文献
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