共查询到18条相似文献，搜索用时 734 毫秒
1.
《中国科学:地球科学》2016,(12)
自1980年湖南医学院学者尝试从马王堆汉代古人类遗存获取核酸分子开始,古DNA研究至今已经历了35年时间.近年来,随着高通量测序技术平台的开发应用及对小片段古DNA分子捕获能力的加强,古DNA研究走出了单纯依靠线粒体基因组及少量核基因的时代,在全基因组测序方面取得重要突破,古基因组数据在人类起源、大型绝灭哺乳动物的迁移演化、动植物家养驯化过程及其对人类社会生活模式的启示、生物与环境的相互关系等诸多方面发挥了独特作用.本文以第二代测序技术问世之后古DNA研究流程为主线,系统回顾古DNA各阶段的进展以及近年来取得的突破,阐明古DNA数据的应用领域,并基于现有研究实例对古DNA将来可能的发展前景提出展望. 相似文献
2.
3.
为了检验已记录的3种裸腹溞(发头裸腹溞(Moina irrasa)、短型裸腹溞(Moina brachiata)、微型裸腹溞(Moina micrura))的系统分类,用试剂盒法分别提取3种裸腹溞的基因组DNA.利用特异性引物,通过PCR扩增了3种裸腹溞的16S r DNA部分序列,并与来自Gen Bank中每个种类相似度较高的裸腹溞属序列进行分析.结果表明,3种裸腹溞的平均种间相似度为88.7%,碱基中A+T含量均明显高于G+C含量.本研究的发头裸腹溞的16S r DNA序列与Gen Bank所下载的多刺裸腹溞(Moina macrocopa)的16S r DNA序列相似度为99%,遗传距离(K2P双参考模型)为0.5%,属种内范围;两个地区的短型裸腹溞测得的16S r DNA序列与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞的16S r DNA序列序列相似度相对较低(88%~90%),遗传距离较大(13.2%~13.5%左右),已达到属内种间分化水平.基于16S r DNA构建的NJ树和贝叶斯树也支持以上结论.结果表明,本研究的发头裸腹溞可能为多刺裸腹溞,本研究用的短型裸腹溞与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞已经达到种间分化的标准.由于缺乏物种形态资料和其他分子标记的对比,3种裸腹溞的分类地位还需进行更深入的探讨. 相似文献
4.
人类活动引起的富营养化对太湖的碳循环模式可能产生严重影响,精细描述太湖藻华暴发-消退周期的溶解性有机质分子是了解太湖碳库动态变化的关键.本研究利用傅立叶变换离子回旋共振质谱技术,以太湖北部梅梁湾2017年5月至2018年5月的表层水体为研究对象,解析藻华暴发-消退周期溶解性有机质的来源和分子组成特征,进而理解浮游藻类异常增殖对水体溶解性有机质的影响及其在区域碳循环中的角色.研究结果表明,藻华暴发期浮游藻类生产力显著增加,使得表层水体的溶解性有机质从含量到分子组成均发生剧烈改变.含量上表现为溶解性有机碳浓度升高,分子组成上表现为CHO类化合物和以脂肪族类化合物为代表的活性组分占比增加,特征化合物以相对高饱和度和高含氧的小质量数分子为主.而在藻华消退期,随着藻类有机质贡献的减少和有机质降解过程的持续进行,含量上表现为溶解性有机碳浓度下降,分子组成上表现为CHOS、CHONS类化合物和富羧酸脂环类化合物等惰性分子占比增加,特征化合物以大质量数分子和相对低饱和度和低含氧的小质量数分子为主.研究结果表明,太湖水体的溶解性有机质分子组成在藻华暴发期受藻类有机质输入控制,在消退期受藻类有机质降解的影响. 相似文献
5.
以洞庭湖流域的典型城市湖泊常德柳叶湖表层沉积物中浮游动物休眠卵为研究对象,采用DNA条形码技术进行种类鉴定,从191个休眠卵中成功获得101条有效序列,鉴定成功率约为53%.根据NCBI数据库比对成功鉴定休眠卵9科12属11种,另有6个样品鉴定到属或科;3个类群的种间遗传距离平均为种内遗传距离的68倍,表明可以利用线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基编码基因(COⅠ)对休眠卵进行有效物种鉴定.通过Neighbor-Joining树进行系统发育分析,发现所鉴定的物种与其参比序列聚类为一支,所有物种分别聚为独立的一个支系,不同物种可有效区分.研究结果均表明,COⅠ基因作为DNA条形码可以实现沉积物中浮游动物休眠卵的物种鉴定. 相似文献
6.
珠江流域西江支流贺江浮游藻类群落特征及水质分析 总被引：4，自引：2，他引：2
为了解珠江流域西江支流贺江浮游藻类的分布并评价其水质情况,于2013年丰水期和枯水期对贺江的浮游藻类群落结构进行调查和分析,结果表明:调查期间共检出浮游藻类7门130种,其中丰水期7门63种,枯水期5门103种,浮游藻类群落组成以绿藻门、硅藻门和蓝藻门为主,丰水期绿藻门居多,硅藻门次之,藻细胞丰度平均值为2.13×106cells/L;枯水期硅藻门最多,藻细胞丰度平均值为3.71×106cells/L;优势种主要有水华微囊藻、卷曲鱼腥藻、小颤藻、啮蚀隐藻、短小舟形藻、变异直链藻、颗粒直链藻、四尾栅藻、集星藻、小球衣藻和小球藻.RDA分析表明,影响贺江浮游藻类群落分布的主要环境因子是氮、磷营养盐,综合营养状态指数显示贺江处于中营养水平. 相似文献
7.
8.
基于2013年3月-2014年2月的长寿湖浮游藻类以及水质的监测结果,分析浮游藻类物种组成、密度以及多样性指数的季节动态,利用非度量多维尺度和相似性分析检验不同季节浮游藻类群落差异,同时利用典范对应分析法确定影响不同季节浮游藻类群落结构的关键环境因子.结果表明:泽丝藻(Limnothrix sp.)、小尖头藻(Raphidiopsis sp.)、汉斯冠盘藻(Stephanodiscus hantzschii)、具尾逗隐藻(Komma caudata)、鞘丝藻(Lyngbya sp.)和马索隐藻(Cryptomonas marssonii)为长寿湖优势种群,不同季节间浮游藻类群落组成结构存在较大差异.浮游藻类群落结构以春季最为简单,夏季次之,秋、冬季最为复杂.不同季节影响浮游藻类群落结构的环境因子差异较大,水温和营养盐是影响浮游藻类群落结构最重要的环境因子,光照强度、高锰酸盐指数、氧化还原电位、溶解有机碳在秋、冬季节同样成为影响浮游藻类群落结构的关键环境因子. 相似文献
9.
2012-2016年,每年的春、夏、秋季对汾河太原河段进行浮游植物样品采集.通过对样品的形态观察和描述,共鉴定出5种水华优势种,5月发生的裸藻水华优势种为裸藻属的膝曲裸藻(Euglena geniculata)和血红裸藻(E.sanguinea).而7-9月发生的微囊藻水华优势种为微囊藻属的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)、挪氏微囊藻(M.novacekii)和惠氏微囊藻(M.wesenbergii).分离纯化共得到11株单克隆水华藻,其中铜绿微囊藻8株,挪氏微囊藻2株,血红裸藻1株.运用cpcBA-IGS、gyrB和cpSSU基因序列构建分子系统发育树,进一步确定水华藻的系统分类地位,结果表明cpcBA-IGS是研究汾河太原河段铜绿微囊藻分类很好的分子标记,而cpSSU基因可很好地区分血红裸藻和其他裸藻种. 相似文献
10.
利用Long-PCR及普通PCR技术,结合引物步移法测序,经拼接、组装后获得中国淮河大型溞(Daphnia magna)线粒体基因组全序列,并对其基因组成、结构特点等进行初步分析.大型溞线粒体基因组全长为14948 bp,A、T、G、C各碱基含量分别为32.37%、34.73%、15.58%、17.31%,表现出明显的AT偏倚.13个蛋白质编码基因、22个t RNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区(控制区)的排列方式与典型的节肢动物线粒体基因组的排列方式略有不同.除COI基因以CTG、ATP8基因以GTG、ND3基因以ATC以及ND6基因以ATT为起始密码子以外,其余9个蛋白质编码基因均以ATG作为起始密码子;9个蛋白质编码基因具有典型的完全终止子TAG或TAA,COI、COII、ND4和ND5等基因采用不完全终止密码子T.基因组包含9个基因间隔区,共81 bp,长度1~62 bp;13个基因重叠区,共77 bp,重叠碱基数在1~27 bp之间,最大重叠在16 S rRNA和tRNA~(Val)基因之间.在预测的22个tRNA基因的二级结构中,发现只有tRNA~(Ser1)基因未能形成完整的二级结构,其他21个基因均可形成典型的三叶草结构.16 S rRNA和12 S rRNA基因长度分别为1373 bp和752 bp,D-loop区全长289 bp.本研究结果为探讨大型溞在溞属中的系统学地位及其与其他种间的系统发生关系等问题提供了数据资源. 相似文献
11.
中国是东亚蚌类（蚌目：蚌超科）物种分布中心,共记录有26属.然而,在世界蚌目框架下,中国仍缺乏一个完整科学的蚌类分类系统.本研究基于多位点分子标记（COI、16S、28S）和线粒体基因组学重构聚焦于蚌超科的蚌目系统发育关系,ML、BI和BEAST系统发育结果均支持蚌科5亚科分类系统,即（（（Ambleminae+Gonideinae）+Rectidentinae）+Unioninae）+Parreysiinae;珍珠蚌科2亚科分类系统,即（Gibbosulinae+Margaritiferinae）;中国蚌类隶属蚌科4亚科（Gonideinae,Rectidentinae,Unioninae,Parreysiinae）13族和珍珠蚌科两亚科（Gibbosulinae,Margaritiferinae）.基于化石标定的分子钟显示：蚌科物种分化时间为中三叠世（median=232.07 Ma）,其中雕刻蚌亚科（Parreysiinae）起源和物种分化时间早于其他亚科;矩形蚌亚科（Rectidentinae）物种分化时间最晚,为晚白垩世（median=94.72 Ma）;小方蚌亚科（Ambleminae）和隆脊蚌亚科（Gonideinae）最近共同祖先分化于晚侏罗纪世（median=144.69 Ma）,珍珠蚌科起源于晚石炭世（median=312.61 Ma）,物种分化于晚白垩世（median=91.59 Ma）,中国蚌科现生物种最早起源时间可追溯到白垩纪（中国尖嵴蚌（Acuticosta chinensis）,median=114.36 Ma）.蚌超科线粒体基因重排分析显示：蚌超科线粒体基因组有4种基因排列方式（GO）,珍珠蚌科独享一种（GO1）;蚌科中Unioninae和Ambleminae共享一种（GO2）;Gonideinae有2种基因排列方式（GO3和GO4）,其中室蚌（Chamberlainia hainesiana）独享一种（GO4）,其余物种共享一种（GO3）.以往作为高阶元分类的贝壳形态、钩介幼虫形态以及育儿囊类型,并不能作为蚌科属及以上阶元分类依据.本研究重构了世界蚌目聚焦于蚌超科的系统发育关系和进化历史,建立了中国蚌类分类系统,为今后该类群区系多样性研究及资源保护提供了分类依据. 相似文献
12.
以采自山西晋祠泉的一株淡水红藻JC1712001为实验材料,对其进行分子系统发育分析和形态特征鉴定,同时利用分子数据对其进行生物地理学研究.结果显示,该株淡水红藻JC1712001与美国、西班牙地区报道的马赫拉熊野藻（Kumanoa mahlacensis Kumano）遗传距离最近,基于rbcL、COI和UPA序列的遗传距离均为0.基于3个序列,利用贝叶斯法、最大似然法和邻接法3种方法构建的系统发育树具有高度一致的系统发育关系,JC1712001均与西班牙及美国地区已报道的马赫拉熊野藻聚为一支,支持率都在97%以上,支持其为马赫拉熊野藻,同时也表明3个基因的高度保守性.形态特征的观察也支持这个结果.马赫拉熊野藻在欧洲、亚洲、北美洲均有分布,RASP软件构建的地理起源图谱显示,欧洲类群地理起源更为古老.马赫拉熊野藻为稀有种,本文的研究结果丰富了我国淡水红藻的分布,为其系统发育和地理起源研究提供了依据. 相似文献
13.
于2021年1月,利用环境DNA宏条形码（eDNA）技术,对广州海珠国家湿地公园海珠湖的水体和沉积物进行无脊椎动物多样性和群落结构调查,并比较了eDNA和传统形态学鉴定对浮游动物的检出能力。结果表明：eDNA检出海珠湖无脊椎动物9门16纲34目71科93属137个可操作分类单元（OTUs）;其中,水采样品中共检出9门50属68个OTUs,网采样品中共检出6门27属35个OTUs,沉积物休眠卵样品中共检出9门70属103个OTUs。水采和网采样品中,主要的无脊椎动物均为轮虫动物门和节肢动物门;沉积物中主要的无脊椎动物为环节动物门和节肢动物门。沉积物休眠卵OTU丰富度最高,水采样品的OTU丰富度高于网采样品。比较浮游动物的形态鉴定和eDNA鉴定,发现后者在属水平上能鉴定出更多的种类;形态学鉴定的桡足类（100%）和多数轮虫（58.82%）可被eDNA注释出,而eDNA注释出的多数桡足类（71.43%）和轮虫（58.82%）在形态学鉴定中未发现;eDNA未注释出枝角类。结果表明,eDNA在无脊椎动物调查中具有较高的应用潜力,与传统形态学鉴定组合应用能更全面地了解无脊椎动物的种类和水生生物多样... 相似文献
14.
现代分子生物学技术为蓝藻的生物多样性研究提供了更多信息和证据.单细胞蓝藻——双囊藻属（Geminocystis）是2009年从集胞藻（Synechocystis）分离出来的新属.2017年5月从青海湖的封闭子湖——月牙湖采集分离到一株单细胞蓝藻藻株,16S rRNA基因序列显示此藻株和双囊藻的藻种显示出最高的相似性,都在97%以上,并且在分子系统树聚为一束.此株的细胞结构以及超微结构显示,细胞纵轴具有窝式结构以及类囊体不规则的排列等双囊藻属所具有的特征.双囊藻是我国蓝藻的新报道纪录属,本研究还对双囊藻的分类和生态进行了讨论. 相似文献
15.
eDNA (environmental DNA)是指从环境样品（水体、土壤、沉积物、空气、混合物等）中提取的DNA,是各种生物的DNA混合物,区别于传统从单物种样品中提取的DNA。eDNA监测是指从环境样品中提取DNA,用物种特异性引物或特定DNA metabarcoding引物对其进行扩增测序、分类学分析、相对丰度分析、功能预测等,以监测环境中是否存在某特定物种,或者获得环境中物种组成、群落结构、生态功能等相关信息。eDNA监测主要应用在特定物种监测检出、生物多样性调查评估、群落结构和功能分析、生态系统过程分析评估等领域。eDNA监测可以应用在陆地、水体、空气、器物表面、生物（内）表面等任何有可能存在不确定DNA的场景。因为eDNA监测的非侵入性、灵敏检出、大类群检出、易标准化方法与结果、低人力物力时间成本、结果可核查等特点,未来很有希望发展成为一种常规的物种监测、群落功能预测、生态过程分析的方法,对象可涵盖所有生境条件下的所有生物类群。但要实现这个图景,需要从普遍性和特殊性层面完成eDNA监测技术链条中10个关键环节的技术标准化：样品重复数设计、采样时间设计、采样点设计、采样方法设... 相似文献
16.
《Limnologica》2020
Niphargus puteanus is the oldest described species of its genus and, in the past, was used as a taxonomic annotation for any subterranean amphipod record. For that reason, no clear knowledge exists about its actual range size and habitat preferences. We here applied a molecular taxonomic and phylogeographical approach based on mitochondrial and nuclear DNA to shed light on its distribution and to infer its demographic history. Furthermore, we analysed aquifer types and water flow regimes to provide a clearer picture of the species’ ecological requirements.Our results indicate that N. puteanus is widely distributed north of the Alps, having its core range in the geomorphological natural region of the ‘South German Scarplands’ (SGS). Additionally, isolated satellite populations exist in the Taunus and the Sauerland, and two single individuals were collected in Luxembourg and in Austria, respectively. The species’ maximal distribution range reaches 756 km between the two single-specimen records and 371 km within the SGS. A very high haplotype diversity was observed, revealing the presence of seven haplotype groups. All the haplogroups were present in the SGS and exhibited distinct spatial-genetic patterns. We thus inferred a high degree of population isolation, with the SGS being a potential long-term refugium for N. puteanus. Historical drift of specimens along major riverine networks (Rhine, Danube) may provide an evolutionary dispersal mechanism explaining the formation of satellite populations.From an ecological perspective, populations of N. puteanus were found to be closely associated with fast-flowing spring environments within fissured aquifers. This species should therefore be classified as both crenophile and stygophile, effectively exploiting resources of surface as well as subsurface spring waters. 相似文献
17.
采用特异性引物对中华刺鳅基因组DNA进行扩增和测序,获得了江苏省5个湖泊的中华刺鳅种群线粒体cyt b基因767 bp的序列.分析表明,cyt b基因中A+T含量略高于G+C含量,144个中华刺鳅共获得cyt b基因单倍型28个,变异位点38个,其中单倍型Hap1分布最为广泛,可能为祖先型单倍型.平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性指数分别为0.58751和0.00214,遗传多样性较低.群体间遗传分化系数为0.0356,绝大多数的遗传变异都来自群体内部,而群体间的遗传分化极小.构建的系统进化树未出现明显的以单个湖泊群体的聚簇,5个湖泊的种群间基因交流极其强烈.研究结果表明,当前5个湖泊的中华刺鳅遗传多样性水平比较低,亟待加强保护. 相似文献
18.
蓝藻水华暴发前,浮游植物群类结构的变化可通过其指示型色素的浓度变化来反映.为了同时反演叶绿素a、叶绿素b(绿藻门指示型色素)、叶绿素c(硅藻门指示型色素)和藻蓝素(蓝藻门的指示型色素)的浓度,利用偏最小二乘回归构建线性模型,通过2011年太湖实测吸收数据,较为准确地反演了叶绿素a和藻蓝素的浓度;针对无明显优势藻的春季数据集较为准确地反演了叶绿素b和叶绿素c的浓度.相对于经典最小二乘算法,偏最小二乘法在多色素混合的吸收光谱分析上更为有效.通过反演指示性色素浓度来反映藻类的分布,为富营养化湖泊主要藻类时空分布变化的遥感监测提供了一定的理论与技术支持. 相似文献