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两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白70基因序列比对分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RACE技术,对两个奥利亚罗非鱼群体(Oreochromis aurea)(美国奥利亚和中国奥利亚)热休克蛋白Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)cDNA的进行克隆测序。序列分析结果表明:两个奥利亚罗非鱼群体热休克蛋白Hsp70基因CDS序列完全相同,全长1 923 bp,编码640个氨基酸,相对分子质量为70.29×103,理论等电点5.462,均具有Hsp70家族的3个签名序列:IDLGTTYS、IFDLGGGTFD、VVLVGGSTRIPKIQK;核定位信号标签KRKHKKDISQNKRALRR;Dank特征基序DLGTT-S-V;胞质Hsp70特征基序EEVD;靠近C端的GGMP4肽序列;2个糖基化位点NKSI和NVSA。对所得基因序列与已发表的青锵(Oryzias latipes)等物种Hsp70基因的氨基酸序列进行同源性比较,发现两个奥利亚罗非鱼群体与莫桑比克罗非鱼最高99.4%,与牙鲆最低83.9%;系统进化树分析表明奥利亚罗非鱼的Hsp70 cDNA序列与青鳉等物种的Hsp70基因聚在一支,而与牙鲆的Hsp70基因相分离。 相似文献
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介绍国内外有关刺鳖生物学和人工繁殖两方面的研究成果。根据形态特征数据,刺鳖可分为7个亚种,但根据分子系统地理学理论,刺鳖则分为2个地理种群,且认为A.S.hartwegi与A.S.spinifera为异名同种;刺鳖食性为肉食性兼腐食性,虾类和水生昆虫为其主要食物的重要组成部分;水体DO丰富时,刺鳖可耐受不低于3℃的低温条件,但对缺氧状态耐受力较低;刺鳖性别由基因决定但未发现异形性染色体,野生雌性约9龄性成熟,繁殖力低;刺鳖与珍珠鳖(Apalone ferox)杂交是可行的。基于相关内容研究现状,提出了有关分类学、冬眠生理、以及资源开发利用的研究方向。 相似文献
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植物抗病基因(R基因)决定对某种病原物的抗性,其产物与病原物的无毒基因产物识别起始信号传导将信号传递到细胞体内,引起防卫基因的表达而导致植物产生抗性反应,这就是基因对基因学说[1]。在过去的10多年中,基因对基因学说得到了大量实验的证实,这得益于许多植物抗病基因和病原物无毒基因的克隆。至今已有40种植物抗病基因(R基因)从拟南芥、番茄、烟草、亚麻、水稻、甜菜、玉米、大麦中出来[2]。根据植物抗病基因产物的结构可将植物抗病基因分为明显的8个类群,最大的一个类群为NBS-LRR类(nucleotide-binding site,NBS;Leucine-richrepe… 相似文献
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《广东海洋大学学报》2017,(4)
Lec-8(C-type lectin 8)属于C-型凝集素超家族,在机体抵抗微生物的感染过程起重要的作用。本研究采用RACE技术克隆出了PmLec-8基因cDNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测了PmLec-8基因在马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)不同组织中的表达模式。结果显示:PmLec-8基因序列全长737 bp,其中5′UTR长为36 bp,3′UTR长为113 bp,开放阅读框(ORF)为588 bp,编码195个氨基酸,预测其分子质量约为22.90 ku,等电点为5.17;PmLec-8具在一个糖类识别结构域(Carbonhydrate-recognition domain,CRD),符合典型的C型凝集素(C-type lectin)家族特征;多序列比对结果表明物种间Lec-8的同源性较低,4个半胱氨基酸残基高度保守;qRT-PCR数据分析表明,PmLec-8在马氏珠母贝肝胰腺、性腺、闭壳肌、鳃、血细胞和外套膜中均有表达,其中肝胰腺中表达量最高,其次是鳃,差异具统计学意义(P0.05)。 相似文献
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鱼类在性别决定机制上是极其多样的，大多数鱼雌雄异体，还有雌雄同体鱼，有些鱼能自然发生性逆转(如黄鳝等)，有些能发生天然的雌核发育(如银鲫)。鱼类性别的可塑性也很强，可以通过激素进行性转。有些鱼类的生长特性与性别有着很大的关系，如雄性罗非鱼的生长速度就比雌性快，雌性鲤鱼、草鱼的生长比雄性快， 相似文献
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《广东海洋大学学报》2016,(3)
输入蛋白α(importinα)是核转运蛋白家族的重要成员,可通过帮助具有核定位信号(Nuclear location signal,NLS)蛋白入核而参与免疫过程。克隆并鉴定凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的importinα1基因,命名为Lv IMα1,基因全长c DNA为2 181 bp,包括1 575 bp的开放阅读框,编码525个氨基酸,5′非编码区长110 bp,3′非编码区长496 bp。Smart分析显示,Lv IMα1蛋白包含一个N端的输入蛋白β结合域和一个包含8个串联重复序列的NLS中央结合结构域。同源性分析发现,Lv IMα1与原鸡(Gallus gallus)IMα1的相似度最高,为73%;与水蚤(Daphnia magna)IMα1相似度最低,为61%。系统进化分析显示,Lv IMα1和多种无脊椎动物IMα1聚为一类。实时荧光定量PCR(QRT-PCR)分析表明,Lv IMα1在所测试组织中均有表达,在神经组织中表达量最高。白斑综合征病毒感染后,凡纳滨对虾血液中Lv IMα1基因的表达量呈先下降后上升趋势,除感染后4 h外,其余时间点的表达量均低于对照组(P0.05),12 h最低,为对照组的0.22倍,随后逐渐升高。副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)感染后,凡纳滨对虾血细胞中Lv IMα1基因表达量低于对照组,在感染后4、24、48、72 h尤为显著,24 h时最低,为对照组的0.38倍。Lv IMα1基因可能参与凡纳滨对虾抗病免疫应答途径。 相似文献
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【目的】更好地了解企鹅珍珠贝性别转换机制。【方法】RACE-PCR技术克隆企鹅珍珠贝Sox9基因cDNA的全长序列,分析其理化性质和进化地位;荧光定量PCR技术分析Sox9基因在各组织及不同时期性腺中的表达特征。【结果与结论】Sox9基因cDNA序列全长2 267 bp,其中开放阅读框(ORF)为1 410 bp,编码469个氨基酸。氨基酸序列比对显示企鹅珍珠贝Sox9基因与黑蝶真珠蛤(Pinctada margaritifera)和马氏珠母贝(Pinctada fucata)有高度同源性(81%)。Sox9在企鹅珍珠贝各组织中均有表达,在足中表达量最高(P0.05),精巢中其次;Sox9在成熟期精巢检测到最大表达量(P0.05),在发育早期精巢、退化期精巢和成熟期卵巢中表达量较低,其中发育早期卵巢表达量最低(P0.05)。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)淋巴毒素α基因(lymphotoxin alpha, LTα),分析该基因的组织分布,探讨该基因在抗菌抗病毒免疫过程中的重要作用。【方法】通过RACE技术获得尼罗罗非鱼淋巴毒素α基因(On-LTα)的cDNA全长,通过生物信息学分析其序列结构特征;利用实时荧光定量PCR检测基因的组织分布特征,以及健康尼罗罗非鱼感染无乳链球菌后该基因的表达变化,并进一步分离出尼罗罗非鱼非特异性毒性细胞(NCC),检测脂多糖(LPS)和聚肌胞苷酸(Poly I:C)刺激后,On-LTα在NCC中的表达变化。【结果】On-LTα基因序列全长为2699 bp,包含705 bp开放阅读框(ORF),编码234个氨基酸(GenBank登录号:MK770358)。该蛋白属于跨膜蛋白,具有肿瘤坏死因子(TNF)家族保守结构域。实时荧光定量结果表明,On-LTα在健康尼罗罗非鱼11种组织中均有表达,在脾脏中的表达量最高;无乳链球菌刺激后,该基因在脾脏中的表达量显著升高;LPS与PolyI:C刺激后,On-LTα在NCC中表达量也显著上调。【结论】On-LTα参与了尼罗罗非鱼抗菌抗病毒的免疫应答过程。 相似文献
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海水养殖生物病毒病是世界性难题,淋巴囊肿病毒中国分离株(LCDV-cn)是牙鲆(Paralichthys olivaceus)淋巴囊肿病的病原。以mcp基因为靶基因,设计siRNA-mcp1、siRNA-mcp2、siRNA-mcp3等3条siRNA序列,研究RNA干扰(RNAi)对淋巴囊肿病毒在牙鲆体内复制的影响。结果表明,牙鲆体内注入siRNA-mcp1和siRNA-mcp3后,mcp基因的表达有所下调;统计分析表明,注入siRNA-mcp1后,mcp基因的表达下调明显,具有显著性差异(p<0.05),注入siRNA-mcp2、siRNA-mcp3后,mcp基因的表达下调不明显,差异不显著(p>0.05)。本实验中初步实现了RNAi对LCDV-cn复制的抑制作用。 相似文献
11.
【目的】哺乳动物pik3r1基因参与多种免疫途径,探索pik3r1基因在罗非鱼(Oreochromis)中的作用。【方法】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)pik3r1(命名为On-pik3r1)cDNA全长,对该基因进行生物信息学分析,并运用荧光定量PCR方法分析无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)刺激后On-pik3r1 mRNA在各组织种的表达模式。【结果与结论】On-pik3r1基因编码区2190 bp,编码729个氨基酸,5′端非编码区(UTR)为542 bp,3′UTR为2248 bp,理论分子质量为83.99 ku,等电点为5.73。On-pik3r1与斑马拟丽鱼(Maylandia zebra)相似性最高(98.53%),与其他物种的同源性在70%以上,表明pik3r1在物种进化过程中高度保守。On-pik3r1在健康尼罗罗非鱼各组织中均有表达,在肌肉中表达量最高,其次是鳃、皮肤,在胸腺中表达量最低。经灭活无乳链球菌刺激后,On-pik3r1表达量在肠道、鳃、脾脏、头肾、脑部等5个组织中均极显著下调(P<0.01),在胸腺中表现为4 h时极显著下调(P<0.01),24、48、72 h时为显著下调(P<0.05)。On-pik3r1参与了罗非鱼的对无乳链球菌的免疫应答过程。 相似文献
12.
《广东海洋大学学报》2015,(4)
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。 相似文献
13.
《广东海洋大学学报》2016,(6)
采用RACE技术克隆了马氏珠母贝细胞周期分裂基因45(Pm-CDC45)全长序列,利用荧光定量PCR检测该基因在闭壳肌、鳃、性腺与外套膜组织的表达量,并估计基因表达量与金黄壳色第3代选育群体壳高性状的相关性。结果表明:Pm-CDC45基因序列全长为2 091 bp,5′非编码区(5′UTR)为157 bp,3′非编码区(3′UTR)为34 bp,其中开放阅读框为1 967 bp,编码655个氨基酸;Pm-CDC45在各组织的相对表达量存在显著差异(P0.05),其中闭壳肌表达量最高,鳃和性腺为其次,外套膜最低;Pm-CDC45基因相对表达量与选育群体壳高性状与存在显著的正相关(r=0.531,P0.05);马氏珠母贝Pm-CDC45为影响壳高性状基因。 相似文献
14.
Su(H)基因(Suppressor of Hairless gene)对生物体细胞的分化、增殖和凋亡起重要的调控作用。根据马氏珠母贝(Pinctada martensii)转录组数据库中注释为Su(H)的unigene序列设计基因特异性引物,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得了马氏珠母贝Su(H)[pm-Su(H)]基因cDNA全长序列。结果表明:pm-Su(H)基因全长3 830 bp,其中开放阅读框含有1 920 bp,编码640个氨基酸残基,5'UTR为1 568bp,3'UTR为342 bp,含有27 bp polyA;预测其分子质量为70.6 ku,等电点为7.38;多序列比对显示,pm-Su(H)与其他物种的Su(H)有较高的保守性,与牡蛎(Crassostrea gigas)的同源序列高达80%;荧光定量PCR分析表明,pm-Su(H)在马氏珠母贝闭壳肌、鳃、珍珠囊、外套膜、肝胰脏、性腺、足、血淋巴等8组织中均有表达,其中以性腺中表达量最高,其次是珍珠囊和外套膜。 相似文献
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【目的】克隆合浦珠母贝(Pinctada fucata)丝氨酸蛋白酶抑制因子pfser1基因,探讨该基因的组织表达及其在天然免疫过程中的作用,以及与生物矿化过程的关系。【方法】通过RACE技术获得pfser1基因的全长,通过生物信息学分析其序列结构特征,利用实时荧光定量PCR方法检测pfser1基因在不同组织中的表达,检测健康合浦珠母贝在被大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655刺激后和在贝壳损伤修复实验中pfser1基因表达量的变化。【结果】合浦珠母贝pfser1基因cDNA全长为1240 bp,包含1035 bp的开放阅读框(ORF),编码344个氨基酸,氨基酸序列的功能结构域含有丝氨酸蛋白酶抑制因子Serpin家族保守结构域。pfser1基因在合浦珠母贝各个组织中均有表达,在外套膜边缘膜中表达量最高;大肠杆菌MG1655刺激后,该基因表达量显著升高;在贝壳损伤修复过程中,pfser1基因表达先升高后受到抑制。【结论】pfser1基因所表达的蛋白参与了合浦珠母贝的天然免疫应答过程,并与生物矿化过程有一定关系。 相似文献
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鱼类的性别决定和分化及其研究方法综述 总被引：2，自引：0，他引：2
鱼类在性别决定机制上是极其多样的,大多数鱼雌雄异体,还有雌雄同体鱼,有些鱼能自然发生性逆转(如黄鳝等),有些能发生天然的雌核发育(如银鲫).鱼类性别的可塑性也很强,可以通过激素进行性转.有些鱼类的生长特性与性别有着很大的关系,如雄性罗非鱼的生长速度就比雌性快,雌性鲤鱼、草鱼的生长比雄性快,通过养殖单性鱼可以大幅度提高养殖产量.因此需要对鱼类性别决定和分化的机制进行广泛和深入的研究,这样不仅可以通过性别分化来研究动物的进化过程,而且可以利用性别差异来改善鱼类的养殖情况. 相似文献
17.
【目的】克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)HY9901 vscH基因,并分析其序列结构。【方法】参照Gen Bank上的溶藻弧菌全基因组序列设计1对特异性引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株的Ⅲ型输出蛋白Yop R核心家族蛋白vscH基因全长,用生物信息学手段分析VscH序列,构建VscH系统进化树及亚基三维结构模型。【结果】vscH基因序列全长636 bp,编码211个氨基酸,推导的蛋白分子质量为24.09 ku。经预测,VscH不存在信号肽与跨膜区;含有2个ASN-糖基化位点,14个磷酸化位点,2个N-豆蔻酰化位点,2个内质网靶向序列及2个微体C-末端靶信号位点;有1个主要功能域,T3SS_needle_reg(第71-211氨基酸);α-螺旋占66.35%,无规则卷曲占23.22%,延伸链占5.69%,β-折叠占4.74%;可能的B细胞抗原优势表位,分别是第20~23,25~28,37~40,48~51和109~112区段。溶藻弧菌VscH系统进化树与弧菌(Vibrio)聚为一簇。VscH亚基三维结构模型与鼠疫耶尔森菌毒力因子Yop R蛋白的编码基因ysc H相似。 相似文献
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【目的】开发弓背青鳉（Oryzias curvinotus）三亚群体（下称“三亚青鳉”）遗传性别鉴定分子标记,为进一步挖掘其性别决定基因奠定基础。【方法】用染色体商（Chromosome quotient,CQ）法比较雌雄两性个体的全基因组重测序覆盖度,筛选潜在的性别特异性序列区域（CQ <0.1）并设计引物,通过PCR扩增验证引物区分三亚青鳉群体及其子代性别的适用性。【结果】经CQ分析筛选,CQ <0.1的特异性区域279个,设计引物279对。随机挑选的60对引物中,29对标记引物在三亚青鳉群体雄鱼中扩增得一个DNA条带,雌鱼无条带,均可鉴定三亚青鳉遗传性别。从29对引物中随机挑选2对引物（命名为Marker1和Marker2）进一步验证,引物Marker1、Marker2在雄鱼中扩增产物分别为791、556 bp,两对引物对三亚青鳉子代群体的扩增结果与亲本一致。用两对性别特异性标记对三亚群体的F2代全同胞家系94个个体进行扩增,结果发现F2群体自然性别比约1:1。【结论】性别特异性引物Marker1和Marker2均可对三亚青鳉群体进行遗传性别鉴定,在三亚青鳉野生亲本及... 相似文献
19.
【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)抗酒石酸酸性磷酸酶(Tartrate resistant acid phosphatase,TRACP)基因,分析该基因在不同组织中的表达模式。【方法】用RACE技术克隆得马氏珠母贝TRACP基因(PmTRACP),用实时荧光定量PCR分析该基因在外套膜、闭壳肌、足、性腺、珍珠囊、肝胰腺和鳃中的表达。【结果与结论】PmTRACP基因长度为2 034 bp,开放式阅读框972 bp,编码323个氨基酸,5′UTR长度为27 bp,3′UTR长度为1 035 bp。预测PmTRACP分子质量约为36.39 ku,理论等电点为5.97。该基因含有一个钙调神经磷酸酶样磷酸酯酶结构域。PmTRACP与其他物种TRACP的同源性为48%～65%,与长牡蛎(Crassostrea gigas)TRACP的同源性最高,同时D~(32)、D~(70)、Y~(73)、N~(108)、H~(203)、H~(212)、H~(237)、H~(239)等8个氨基酸活性位点和N~(114)糖基化位点在不同物种TRACP中高度保守。PmTRACP与长牡蛎TRACP的亲缘关系最近。PmTRACP在马氏珠母贝各个组织均有表达,且在肝胰腺和珍珠囊中高表达。 相似文献
20.
根据地质建造和成矿特征,借鉴我国地质学家创立的矿床成矿系列理论,对阿尔泰成矿省的成矿系列进行了深化研究。
按照成矿作用与地质建造的时间关系,将成矿系列细化为“同生”、“准同生”、“后生”、“表生风化”等类别,再将同一套地质建造有
关的几个世代的成矿系列构成一个成矿系列家族。本次将北阿尔泰成矿带(Ⅲ-1)总结为4个成矿系列家族:加里东期伟晶岩有关
RM-白云母-宝石成矿系列家族、华力西期火山-沉积岩系有关Fe-Pb-Zn-Cu-Mo-Au-Ag成矿系列家族、华力西期中酸性伟晶岩有
关RM-白云母-宝石成矿系列家族、新生代沉积物有关的Au成矿系列家族;将南阿尔泰成矿带(Ⅲ-2)总结为5个成矿系列家族:
加里东期伟晶岩有关RM-白云母-宝石成矿系列家族、华力西期火山-沉积岩系有关Fe-Cu-Pb-Zn-Au-Ag成矿系列家族、华力西期
中酸性侵入岩有关Cu成矿系列家族、印支期伟晶岩有关RM-白云母矿床成矿系列家族、新生代陆相沉积物有关Au-RM-石英砂
成矿系列家族。该成矿系列家族的建立为阐明区域成矿规律奠定了基础。 相似文献
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关的几个世代的成矿系列构成一个成矿系列家族。本次将北阿尔泰成矿带(Ⅲ-1)总结为4个成矿系列家族:加里东期伟晶岩有关
RM-白云母-宝石成矿系列家族、华力西期火山-沉积岩系有关Fe-Pb-Zn-Cu-Mo-Au-Ag成矿系列家族、华力西期中酸性伟晶岩有
关RM-白云母-宝石成矿系列家族、新生代沉积物有关的Au成矿系列家族;将南阿尔泰成矿带(Ⅲ-2)总结为5个成矿系列家族:
加里东期伟晶岩有关RM-白云母-宝石成矿系列家族、华力西期火山-沉积岩系有关Fe-Cu-Pb-Zn-Au-Ag成矿系列家族、华力西期
中酸性侵入岩有关Cu成矿系列家族、印支期伟晶岩有关RM-白云母矿床成矿系列家族、新生代陆相沉积物有关Au-RM-石英砂
成矿系列家族。该成矿系列家族的建立为阐明区域成矿规律奠定了基础。 相似文献