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1.
罗非鱼4个选育群体遗传结构SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用SSR分子标记分析了吉富品系罗非鱼的两个家系(GF1和GF2)以及奥利亚罗非鱼(Fo)和奥本尼罗罗非鱼(Fn)群体的遗传结构。结果显示,扩增后等位基因数为3～8个,随引物不同而异,14对引物共扩增60个等位基因,扩增片断大小在102～267 bp之间。微卫星分析表明,奥本尼罗罗非鱼(Fn)的平均观测杂合度(0.764 3)和平均期望杂合度(0.519 6)均最高,吉富尼罗罗非鱼(GF1)平均多态信息含量(0.419 5)最高;吉富尼罗罗非鱼(GF2)平均观测杂合度(0.614 2),奥利亚罗非鱼(Fo)的平均期望观测度(0.446 6)、平均多态信息含量(0.359 2)最低;因此,吉富鱼(GF1)的遗传多样性最高,奥利亚的遗传多样性最低。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(D)奥利亚(Fo)和尼罗(Fn)(0.463 4和0.478 9)明显高于吉富的两家系(0.234 1和0.250 0)。Fo与GF2间遗传距离(0.477 0)最大;而GF1和GF2间的遗传距离(0.302 7)最小,遗传相似系数(0.607 3)最大,可推断新一代吉富罗非鱼与本地选育群体有相对较远的亲缘关系,更具杂种优势。 相似文献
2.
应用RAPD技术,从7个系列140种随机引物中筛选出15个,对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(O.aureus)和星洲银罗非鱼(O.sp.)进行遗传多样性分析。结果表明,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、星洲银罗非鱼的多态位点比例(P)分别为54.7%、44.4%和56.0%,种内个体间遗传距离分别为0.145 0、0.115 6和0.141 3,种内遗传相似系数分别为0.855 0、0.884 6和0.858 7;种间遗传距离的聚类分析表明,星洲银罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系较近,一定程度上验证了星洲银罗非鱼的分类地位。 相似文献
3.
奥尼罗非鱼杂交子代及亲本mtDNA D-loop基因序列的多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR技术扩增奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)及其杂交子代(O.aureus♂×O.niloticus♀)3个群体mtDNA控制区全序列,分析其变异和遗传结构。结果显示:3个群体的mtDNA控制区序列长度多态性并不十分明显,全长921～933bp;3个群体间存在丰富的DNA序列多态性,共检测到138个变异位点(14.9%),44个个体具有44种单倍型(haplotype);3群体间的序列差异平均为4%,Tamura-Nei遗传距离平均为5.1%;采用NJ法和ME法构建的分子系统树中,奥利亚罗非鱼群体内所有的单倍型聚成一支,尼罗罗非鱼与其杂交子代的单倍型混杂在一起,聚成一支,表明杂交后代mtDNAD-loop表现为母系遗传。 相似文献
4.
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从20对西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)的微卫星引物中筛选适用于红鳍笛鲷(L.erythopterus)、勒氏笛鲷(L.russellii)、紫红笛鲷(L.argentimaculatus)和约氏笛鲷(L.johnii)基因组分析的微卫星引物,分析4种笛鲷的遗传多样性及系统发生。经反应条件的优化,从20对引物中筛选出17对可稳定扩增出特异片段的引物。通过测序证实扩增产物含微卫星位点后,以该17对引物对4个种的群体进行遗传多样性分析。其中16对可在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带,分别有65%、65%、60%呈现出种内多态;15对可在红鳍笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态。四种笛鲷中,红鳍笛鲷的多态性最高,高度多态基因座占检测座位的66.67%;勒氏笛鲷的多态性最低,低度多态基因座占43.75%。获得3个种间特异性分子标记。用DS和DA两种方法计算4种笛鲷的遗传距离,构建了系统发生树。 相似文献
5.
【目的】研究快速鉴定弓背青鳉遗传性别的方法。【方法】以中国南海沿岸弓背青鳉群体为对象提取基因组DNA,根据基因组数据设计性别特异引物Ocsex-F/Ocsex-R,通过PCR方法对弓背青鳉遗传性别进行鉴定。【结果】引物Ocsex-F/Ocsex-R在雄性DNA中扩增获得959 bp和656 bp的两个DNA条带,在雌鱼中仅可扩增出959 bp的单一条带,PCR产物经电泳可清晰分辨;对汕头、湛江、钦州、文昌等南海沿岸的地理群体扩增结果一致。【结论】Ocsex-F/Ocsex-R引物可对弓背青鳉进行遗传性别鉴定,在南海沿岸不同群体中具有稳定性和通用性,可广泛用于弓背青鳉遗传性别鉴定。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2020,(5)
【目的】研究尼罗罗非鱼(Oreochromisniloticus)Galectin-4基因(记作OnGal-4)的原核表达,为大量获取尼罗罗非鱼Galectin-4蛋白(OnGal-4)和后续功能研究奠定基础。【方法】根据NCBI上公布的尼罗罗非鱼Galectin-4基因序列(Genbank:XM-019345120)设计引物,构建原核表达载体,诱导Galectin-4重组蛋白(r OnGal-4)在BL21原核表达系统中表达,并优化其诱导条件。【结果与结论】成功扩增出OnGal-4基因,并构建原核表达载体pGEX-4T-On Gal-4。rOnGal-4最佳诱导条件是温度28℃,IPTG浓度0.4 mmol/L,诱导时间4 h。在此条件下,rOnGal-4在可溶性蛋白中大量表达。Western-blot结果显示,rOnGal-4可与抗GST标签的单克隆抗体发生特异性反应。 相似文献
7.
《广东海洋大学学报》2015,(6)
根据Gen Bank中类立克次氏体基因的保守序列,设计一对针对鱼类类立克次氏体PCR检测的特异性通用引物,通过对PCR扩增条件的优化,建立快速检测鱼类类立克次氏体的PCR方法,并用该方法对类立克次氏体阳性罗非鱼(Oreochromis nilotica)进行PCR扩增,结果得到与实验设计相符的390 bp的特异性扩增条带,而对健康罗非鱼、乌鳢(Ophiocephalus argus)、海鲈(Dicentrarchus labrax)、中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其他对照组的扩增结果为阴性。测序比对结果证实,该PCR方法检测结果准确,最低可检测出约1 pg的类立克次氏体质粒DNA;利用建立的PCR方法,对来自广东、云南、海南、天津、江苏、安徽、湖北等地的252份临床样品进行检测,共检出阳性样品30份,提示该PCR方法可用于类立克次氏体的临床快速检测。 相似文献
8.
【目的】建立快速检测罗非鱼罗湖病毒(Tilapia Lake Virus,Ti LV)的RT-PCR方法。【方法】参照GenBank中罗非鱼罗湖病毒全基因序列,依据其假定蛋白基因片段3设计合成1对特异性扩增引物,提取罗湖病毒RNA,逆转录成cDNA,进行PCR扩增,通过优化扩增条件和扩增体系,建立快速检测罗非鱼罗湖病毒的RT-PCR方法。用该方法对自然感染罗湖病毒发病的罗非鱼样品进行RT-PCR扩增。【结果】RT-PCR扩增得到与试验设计相符的499 bp的特异性目的条带,而对健康罗非鱼、野生罗非鱼及其他病毒对照组的扩增结果均为阴性。测序比对结果表明,该方法检测结果准确,最低可检测出约10fg/mL的质粒DNA,具有较好的特异性和较高的敏感性。用该方法对332份临床样品进行RT-PCR检测,其中36份样品扩增出特异性的目的条带,经测序比对,检测结果正确。【结论】建立的检测方法可用于TiLV的检测。 相似文献
9.
《广东海洋大学学报》2018,(6)
【目的】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)CD247基因(Gen Bank登录号:MF975639;On-CD247),分析On-CD247的生物信息学特征及其在正常和经灭活无乳链球菌注射刺激的尼罗罗非鱼组织中的表达。【方法】设计CD247基因引物并对CD247基因片段进行扩增,运用荧光定量PCR技术分析尼罗罗非鱼CD247组织分布。【结果与结论】CD247基因编码区为453 bp,编码150个氨基酸,理论分子质量为16.9 ku,等电点为6.33,在跨膜区域有保守的ASP27、Asp35残基,胞内具有三段保守的免疫受体酪氨酸激活基序(ITAM)。On-CD247序列与红笛鲷(Lutjanus sanguineus)相似性最高,为74.0%,与其他鱼类的相似性介于35.8%～73.0%之间。On-CD247在健康尼罗罗非鱼各组织中均有表达,其中在胸腺中表达量最高,其次是皮肤、肌肉、鳃,在头肾中表达量最低。经灭活无乳链球菌刺激后,On-CD247的表达量在胸腺、头肾和肠道中均显著上调,而在脾脏中却显著下调,且有明显的时序性。胸腺、头肾和肠道均在3 h表达量最高,脾脏在12 h表达量最低,头肾中的表达量也在12 h回落,表明On-CD247表达可被无乳链球菌所诱导。 相似文献
10.
《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)淋巴毒素α基因(lymphotoxin alpha, LTα),分析该基因的组织分布,探讨该基因在抗菌抗病毒免疫过程中的重要作用。【方法】通过RACE技术获得尼罗罗非鱼淋巴毒素α基因(On-LTα)的cDNA全长,通过生物信息学分析其序列结构特征;利用实时荧光定量PCR检测基因的组织分布特征,以及健康尼罗罗非鱼感染无乳链球菌后该基因的表达变化,并进一步分离出尼罗罗非鱼非特异性毒性细胞(NCC),检测脂多糖(LPS)和聚肌胞苷酸(Poly I:C)刺激后,On-LTα在NCC中的表达变化。【结果】On-LTα基因序列全长为2699 bp,包含705 bp开放阅读框(ORF),编码234个氨基酸(GenBank登录号:MK770358)。该蛋白属于跨膜蛋白,具有肿瘤坏死因子(TNF)家族保守结构域。实时荧光定量结果表明,On-LTα在健康尼罗罗非鱼11种组织中均有表达,在脾脏中的表达量最高;无乳链球菌刺激后,该基因在脾脏中的表达量显著升高;LPS与PolyI:C刺激后,On-LTα在NCC中表达量也显著上调。【结论】On-LTα参与了尼罗罗非鱼抗菌抗病毒的免疫应答过程。 相似文献
11.
星洲银罗非鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
克隆并测定了星洲银罗非鱼(Oreochromis sp.)细胞色素b基因(cyt b)的全序列,得到全长1 141bp的序列用于分析,用MEGA4.0分析软件与GenBank中的线粒体DNA序列进行序列比较,显示星洲银罗非鱼与其他鱼类的cyt b基因的同源性较高,同源度介于83%~93%间;根据星洲银罗非鱼与莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼等12种鱼类的cyt b基因序列构建的系统进化树,初步确定尼罗罗非鱼、莫桑比克罗非鱼为星洲银罗非鱼的父母本。 相似文献
12.
盐度对尼罗罗非鱼血清甲状腺素浓度和成活率的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)由淡水逐渐向不同盐度海水(5,10,15,20,25)适应过程中,运用放射免疫测定法研究血清中三碘甲腺原氨酸(T3)浓度的变化,并分析盐度变化对尼罗罗非鱼成活率的影响。结果表明,盐度对尼罗罗非鱼血清中T3水平和成活率有着显著的影响。在盐度5~20的范围内变化后,血清T3的浓度在6 d内随着盐度上升而增大,第7天达到高峰;随后,逐渐降低并趋于稳定,在第14天时,各盐度组尼罗罗非鱼血清中T3开始处于稳定状态;稳定后,各实验组血清中T3的浓度均比对照组升高,并表现出随盐度的升高而升高的趋势。在盐度20时,实验第17天,尼罗罗非鱼的成活率为80%。而在盐度为25时,实验第11天,尼罗罗非鱼的成活率仅为54%。对不同盐度下尼罗罗非鱼死亡原因及血清甲状腺激素在盐度变化下的生理意义和对死亡率的影响作了讨论。 相似文献
13.
Haiyang Yu Liming Jiang Wei Chen Xubo Wang Zhigang Wang Quanqi Zhang 《中国海洋大学学报(英文版)》2010,9(4):365-370
The expressed sequence tags (ESTs) of Japanese flounder, Paralichthys olivaceus, were selected from GenBank to identify simple sequence repeats (SSRs) or microsatellites. A bioinformatic analysis of 11111
ESTs identified 751 SSR-containing ESTs, including 440 dinucleotide, 254 trinucleotide, 53 tetranucleotide, 95 pentanucleotide
and 40 hexanucleotide microsatellites respectively. The CA/TG and GA/TC repeats were the most abundant microsatellites. AT-rich
types were predominant among trinucleotide and tetranucleotide microsatellites. PCR primers were designed to amplify 10 identified
microsatellites loci. The PCR results from eight pairs of primers showed polymorphisms in wild populations. In 30 wild individuals,
the mean observed and expected heterozygosities of these 8 polymorphic SSRs were 0.71 and 0.83 respectively and the average
PIC value was 0.8. These microsatellite markers should prove to be a useful addition to the microsatellite markers that are
now available for this species. 相似文献
14.
《中国海洋大学学报(英文版)》2016,(3)
Microsatellites or simple sequence repeats(SSR) function widely and locate dependently in genome. However, their characteristics are often ignored due to the lack of genomic sequences of most species. Kelp(Saccharina japonica), a brown macroalga, is extensively cultured in China. In this study, the genome of S. japonica was surveyed using an Illumina sequencing platform, and its microsatellites were characterized. The preliminarily assembled genome was 469.4 Mb in size, with a scaffold N_(50) of 20529 bp. Among the 128370 identified microsatellites, 90671, 25726 and 11973 were found in intergenic regions, introns and exons, averaging 339.3, 178.8 and 205.4 microsatellites per Mb, respectively. These microsatellites distributed unevenly in S. japonica genome. Mononucleotide motifs were the most abundant in the genome, while trinucleotide ones were the most prevalent in exons. The microsatellite abundance decreased significantly with the increase of motif repeat numbers, and the microsatellites with a small number of repeats accounted for a higher proportion of the exons than those of the intergenic regions and introns. C/G-rich motifs were more common in exons than in intergenic regions and introns. These characteristics of microsatellites in S. japonica genome may associate with their functions, and ultimately their adaptation and evolution. Among the 120140 pairs of designed microsatellite primers, approximately 75% were predicted to be able to amplify S. japonica DNA. These microsatellite markers will be extremely useful for the genetic breeding and population evolution studies of kelp. 相似文献
15.
采用两因素交叉分组的方法,初步研究了温度对尼罗罗非鱼急性耐盐性的影响。结果表明:温度与盐度的交互作用非常明显(P<0.05),在温度为25、28、31℃时,尼罗罗非鱼的96h半致死盐度(MSL-96)分别为26.2、22.5、16.6,三者之间差异显著(P<0.05),表现出随温度升高而MSL-96降低的趋势。不同盐度和温度水平的平均成活时间(MST)均差异显著(P<0.05),同时也表现出随温度和盐度升高而MST降低的趋势;在同一温度下各盐度水平的50%死亡时间(ST50)差异显著(P<0.05)。 相似文献
16.
Development of a SCAR marker for male gametophyte of Gracilariopsis lemaneiformis based on AFLP technique 总被引：1，自引：0，他引：1
The red alga Gracilariopsis lemaneiformis （Bory） is an economically valuable macroalgae. As a means to identify the sex of immature Gracilariopsis lemaneiformis, the amplified fragment length polymorphism （AFLP） technique was used to search for possible sex- or phase-related markers in male gametophytes, female gametophytes, and tetrasporophytes, respectively. Seven AFLP selective amplification primers were used in this study. The primer combination E-TG/M-CCA detected a specific band linked to male gametophytes. The DNA fragment was recovered and a 402-bp fragment was sequenced. However, no DNA sequence match was found in public databases. Sequence characterized amplified region （SCAR） primers were designed from the sequence to test the repeatability of the relationship to the sex, using 69 male gametophytes, 139 female gametophytes, and 47 tetrasporophytes. The test results demonstrate a good linkage and repeatability of the SCAR marker to sex. The SCAR primers developed in this study could reduce the time required for sex identification of Gracilariopsis lemaneiformis by four to six months. This can reduce both the time investment and number of specimens required in breeding experiments. 相似文献