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1.
基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序数据,采用MISA软件进行微卫星序列挖掘,共获得14 767条微卫星序列。统计发现在凡纳滨对虾中微卫星出现的频率为16.76%;在所有的微卫星序列中,2碱基微卫星最多,占59.53%;其次是3碱基微卫星,占35.78%。随机选取其中74条序列设计引物,通过DNA混池扩增和分型的方法进行微卫星标记的开发,PCR扩增的显示有54对(72.97%)能扩增出清晰的目的条带,进一步分型的结果显示27条(36.49%)微卫星显示出多态性,从这些多态性的微卫星位点中选择11个位点在"科海1号"种质库材料中进行个体分型,结果显示在该群体中微卫星标记的等位基因数目为2~11个不等,期望杂合度值为0.256~0.858,观察杂合度为0.213~0.875,多态性信息含量为0.221~0.830,在11个位点中有4个位点显著偏离HWE(P0.05)。本研究结果为后续使用微卫星标记进行对虾遗传学研究,促进对虾的遗传选育和种质资源保护提供了重要基础。 相似文献
2.
中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引：20，自引：1，他引：20
提要运用微卫星DNA技术，以中国对虾渤海湾群体(BH)、辽东湾群体(LD)和海州湾群体(HZ)的3个野生群共计60个个体为实验材料，进行了7个基因位点的遗传参数分析。同时对7对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估，EN0021位点提供的信息含量低于0.5，其他6对微卫星引物的PIC值均在0.5以上，适于应用于中国对虾的群体分析。结果表明，这7个微卫星位点在中国对虾3个地理群60个样品的分析中共获得了56个等位基因，对3个野生群体的7个基因位点共计21个群体位点进行了杂合度观测值(H0)和杂合度期望值(H0)计算；在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行了P检验，发现BH和HZ各有1个群体位点发生平衡偏离，而LD有1个群体位点发生平衡偏离，还有2个群体位点已发生显著平衡偏离。但除此之外，对3个地理群间的遗传分化指数Fst值进行的计算结果表明，BH和LD之间遗传分化较弱，HZ与另2个地理群间则产生了中等程度的分化。从变异贡献率来看，有92.83％的遗传变异来自个体之间，只有7.17％的遗传变异来自群体之间。经过UPGMA聚类，发现BH群体和LD群体的亲缘关系较近，而HZ群体与前两者亲缘关系较远。 相似文献
3.
对我国沿海4个野生群体三疣梭子蟹的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,获得长度为515—571bp的ITS1核苷酸序列,在4个群体的三疣梭子蟹中共检测到变异位点56个,多态位点比例为9.5%,其中简约信息位点25个,共检测到40种单倍型。通过统计单倍型多态性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,结果显示:舟山群体多样性指数最高,其次是鸭绿江口群体和海洲湾群体,莱州湾群体最低。在三疣梭子蟹ITS1序列中共发现5种微卫星位点,AMOVA分析结果显示4个群体间的遗传差异显著。另外,将本研究所得序列结合GenBank数据库中十足目12种蟹ITS1序列构建系统进化树,系统树显示同属的不同种各自聚支,与形态学分类吻合。 相似文献
4.
中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析 总被引：15，自引：1，他引：15
对中国对虾基因组随机测序，获得了总长度约为641000个碱基的基因组DNA序列，从中找到1362个重复序列。其中，两碱基重复类型的重复数目最多(985个)，占重复序列总数目的72．32％；其次是三碱基(149个)和四碱基(102个)，分别占重复序列总数目的10．94％和7．49％。另外，六碱基重复34个，单碱基重复50个，五碱基重复5个，分别占重复序列总数目的2．50％、3．67％、0．37％。在单碱基重复类型中，重复拷贝类别为A的重复数目最多；两碱基重复类型中，AT重复数目最多，其次是AC和AG；三碱基重复类型中以AAT重复拷贝类别最多．其次是AAG和ATC；四碱基重复类型中，AGAT重复数目最多；五碱基重复类型只发现了AGAGA、GAGGC、TCTYC和TTTCT四种重复拷贝类别；六碱基重复中以ATTATC重复数目最多。其中一些序列已经提交GeneBank注册，注册号为AY545898-AY545913。中国对虾基因组二碱基重复类型中以不完全(Imperfect)形式的微卫星序列为主，其中GC重复拷贝类别的重复数目很少。利用8对微卫星引物对60个个体遗传多样性分析，共获得了60个等位基因，因此认为微卫星技术在中国对虾基因组研究中具有较好的应用前景。 相似文献
5.
中国对虾微卫星DNA的筛选 总被引：35，自引：5，他引：35
于2000年2月以中国科学院海洋研究所水族楼暂养的中国虾对材料，采用常规方法从尾部肌肉中提取DNA，构建小片段部分基因组文章，采用人工设计合成的（CT）7，（AT）7重复征段作引物，利用RCR法对中国对虾小片段部分基因组文库进行筛,一实验首冼 对中国对虾中获得31个微卫星序列，分别分析于18个阳性重组克隆中，其中perfect共23个，占74％，imperfect2个，占7％，compound perfect1个，占3％，compound imperfect5个，占16％，结果还表明，在中国对虾基因组DNA中，（CT）n,(AT)n)形式的微卫星序列的含量非常丰富。 相似文献
6.
微卫星的发展主要受限于微卫星及其旁侧特异引物区的分离,在中国明对虾(Fenner-openaeus chinensis)中建立了选择性扩增多态微卫星位点(SAMPL,selective amplified mic-rosatellite polymorphic loci)技术体系,并初步尝试了基于SAMPL的一种微卫星筛选方法。通过5′端锚定引物引入微卫星序列,对传统SAMPL技术加以改进并以期富集简单重复序列。从测序胶上随机选择5条SAMPL条带(分别命名为S11,S13,S14,S22,S24)克隆测序,大小分别为161,157,147,152,298。其中S11,S13,S14,S22四个片段两端引物分别为AFLP选择性引物和SAMPL引物,S13和S22含微卫星序列重复,S24两端引物均为传统的AFLP引物,在此片断中有一(AG)39重复。 相似文献
7.
不同盐度波动幅度对中国明对虾稚虾蜕皮和生长的影响 总被引：13，自引：1，他引：13
研究了盐度波动幅度对中国明对虾稚虾(Fenneropenaeus chinensis)蜕皮和生长的影响.实验在水族箱内进行,实验对虾的初始体重为(0.553 2±0.000 1)g,投喂人工配合饲料.实验结果表明:(1)不同盐度波动幅度对中国明对虾稚虾的蜕皮周期有显著的影响(P<0.05),其中S10能明显抑制对虾的蜕皮,S2则能促进对虾的蜕皮,前者较后者蜕皮周期延长4.97 d;(2)不同盐度波动幅度对中国明对虾的特定生长率有显著影响(P<0.05),其中,S4和S7两组对虾的特定生长率最大,分别大于S0组28.11%和22.6%,并且与S0和其他处理组相比差异均达到显著水平(P<0.05);(3)不同盐度波动幅度对中国明对虾的摄食量有显著影响(P<0.05),S4和S7两组分别高于S0组15.96%和11.46%;(4)不同盐度波动幅度对中国明对虾的食物转化效率未产生显著的影响P>0.05,但S4和S7两组对虾的食物转化效率较高. 相似文献
8.
《海洋与湖沼》2012,43(4)
对我国沿海4个野生群体三疣梭子蟹的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,获得长度为515—571bp的ITS1核苷酸序列,在4个群体的三疣梭子蟹中共检测到变异位点56个,多态位点比例为9．5％,其中简约信息位点25个,共检测到40种单倍型。通过统计单倍型多态性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,结果显示：舟山群体多样性指数最高,其次是鸭绿江口群体和海洲湾群体,莱州湾群体最低。在三疣梭子蟹ITSl序列中共发现5种微卫星位点,AMOVA分析结果显示4个群体间的遗传差异显著。另外,将本研究所得序列结合GenBank数据库中十足目12种蟹ITSl序列构建系统进化树,系统树显示同属的不同种各自聚支,与形态学分类吻合。 相似文献
9.
采用微卫星位点对凡纳滨对虾的海南群体(进口亲虾繁育的第1世代:G1)、山东和饶平群体(G2)、湛江2和湛江3群体(G3)、湛江1和上海群体(G4)共4个世代7个养殖群体的遗传多样性进行了分析.从21对微卫星引物中筛选出12对有效扩增引物,对7个群体共280个个体进行扩增,得到10个多态位点,共获得等位基因数63个.各位点的等位基因数在2-15个之间,各群体的平均等位基因数在4.70-5.80之间.平均观测(期望)杂合度在0.36-0.43(0.53-0.65)之间.杂合子偏离指数(D)为负值,表明存在杂合子缺失现象.对7个群体、10个多态位点进行Hardy-wleinberng平衡检测,共有54个偏离平衡.对7个群体间的遗传分化水平进行检测,得到近交系数FIS在9个多态位点均为正值,两两群体间的固定指数FST值在0.149-0.375之间.FST显著性检验表明,各群体之间的遗传分化极显著(P<0.01).分子方差分析结果显示,大部分遗传变异(72.17%)来自于群体内,来自于群体间的遗传变异(27.83%)较小.凡纳滨对虾不同世代间遗传变异大,随着繁育世代的增加,遗传多样性降低. 相似文献
10.
为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~ 505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)>ITS1 (65.37%)>28S (62.22%)>5.8S (57.67%)>18S (54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式。 相似文献
11.
利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的2种分子标记（线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因COI和核糖体RNA内转录间隔区基因ITS）进行测序,探讨COI序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚（Porites lutea）群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．结果显示COI序列变异位点少,成对序列差异在群体内、群体间都很小,不适于澄黄滨珊瑚的群体研究;而ITS区序列个体内成对的序列差异仅为0．35％,可以作为研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记;通过对ITS1、ITS2、5．8SrRNA、ITS1＋ITS2及ITS区序列的比较,认为ITS1＋ITS2序列是最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．本研究为以后研究我国沿岸造礁石珊瑚澄黄滨珊瑚的群体遗传结构提供方法依据,从而为保护管理扣恢复受损珊瑚礁生态系统提供遗传学数据支持． 相似文献
12.
对五株赤潮异弯藻核糖体转录单元内间隔区(ITS区)进行了PCR扩增和序列测定,并结合GenBank中收录的所有赤潮异弯藻ITS序列信息,比较了它们的遗传距离和相似系数,同时结合GenBank中发布的针胞藻纲其他三个属的代表种ITS序列信息,采用邻接法(neighbour-joining,NJ)和最小进化法(minimum evolution,ME)构建系统发育树。结果表明,五株赤潮异弯藻ITS全序列总长度及碱基组成完全一致,均为538 bp,与GenBank中收录的四株赤潮异弯藻仅有一个碱基不同,遗传距离和相似系数分别为0.002和0.980,而与其他赤潮异弯藻ITS序列完全相同,遗传距离和相似系数分别为0.000和1.000。用两种方法构建的系统发育树结构完全一致,赤潮异弯藻属与海洋卡盾藻属亲缘关系较近,而与另外两属的亲缘关系较远。 相似文献
13.
利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。 相似文献
14.
应用rDNA-ITS和线粒体cox1片段扩增序列,分析了厦门杏林湾的2株绿色未知江蓠（Gracilaria sp.;四分孢子体GR-1和雌配子体GR-2）及2株紫褐色真江蓠（G.vermiculophylla;四分孢子体PU-1和雌配子体PU-2）.运用MEGA5.0估算了4个供试样本与GenBank中相似度最高序列的遗传距离并构建了系统发育树.ITS序列分析显示绿色未知江蓠GR-1、GR-2都与真江蓠聚集在一起,推断两者与真江蓠的亲缘关系非常近.cox1片段序列分析表明,绿色未知江蓠GR-1、GR-2和紫褐色真江蓠PU-1、PU-2都与索引的真江蓠聚集在相同类群.其中GR-1、GR-2与真江蓠JQ619142、JQ619143的相似度都为100%,它们之间的遗传距离范围在0.000～0.002,低于种群内部的遗传距离范围0.000～0.015,从分子水平上确定了绿色未知江蓠是真江蓠.联合ITS和cox1片段序列的分子标记适用于真江蓠的种质鉴定. 相似文献
15.
In order to clarify the phylogeny and relationships of the most confused hypotrichous ciliates, Holosticha-complex, four closely related holostichids (five populations), Holosticha bradburyae, H. diademata, Anteholosticha sp., and A. manca, were compared and analyzed using ITS2 secondary structures, ITS1-5.8S-ITS2 region and SSrRNA gene sequences. The ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of these four species were first sequenced, and they shared sequence identities ranging from 68.0% to 90.1%, while two populations of Anteholosticha sp. differed in three nucleotides (sequence identity 99.8%). There were several minor differences among ITS2 secondary structures of these species, while two populations of Anteholosticha sp. had the identical secondary structure. Phylogenetic trees inferred from the ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of stichotrichs using multiple algorithms (Neighbor-Joining, Maximum Parsimony and Bayesian) revealed similar topologies. The results show that:(1) Holosticha bradburyae and H. diademata firmly clustered together with strong bootstrap supports, forming a sister clade with Anteholosticha sp., (2) Anteholosticha appeared to be a paraphyletic assemblage, in which the morphotype A. manca was more closely related to Diaxonella trimarginata than to its congener Anteholosticha sp. Phylogenetic analyses based on the SSrRNA gene and the combined sequences of SSrRNA gene and ITS1-5.8S-ITS2 region revealed the similar relationships between Holosticha and Anteholosticha, nevertheless their positions within the subclass Stichotrichia differed from each other inferred from different genes. 相似文献
16.
三株赤潮硅藻5.8S rDNA及转录间隔区(ITS)的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对引发赤潮的3株硅藻——1株尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzshia pungens)和2株中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的5.8SrDNA和ITS(internal transcribed spacers)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定,并分析了硅藻门10株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系.研究结果表明,尖刺拟菱形藻的ITS和5.8SrDNA的长度为693bp,SK-1(分离自东海赤潮暴发区)测序得到715bp,除ITS和5.8SrDNA外,还包含部分18SrDNA和28SrDNA;SK-2(分离自青岛养殖场)的ITS和5.8SrDNA的长度为331bp,尖刺拟菱形藻与从GenBank中获得的2株尖刺拟菱形藻相似程度最高,为100%,与该属的多列拟菱形藻相似程度稍低,为82.9%.SK-2的ITS序列与SK-1的相似程度很低,只有51%,但与拟中肋骨条藻的ITS序列相似程度高,为95.5%.SK-1的ITS序列与拟中肋骨条藻的相似程度也低,为56.7%.系统进化树反映的结果与相似性反映的结果一致.研究的该株尖刺拟菱形藻从根据ITS序列研究的结果与形态鉴定的结果看是一致的;SK-2可能属于拟中肋骨条藻;SK-1比较特殊,有待于用其他的方法进一步研究确定其分类地位. 相似文献
17.
为了明确分布于中国海域点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、巨石斑鱼(E.tauvina)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)和宝石石斑鱼(E.areolatus))等石斑鱼属(Epinephelus)鱼类的系统发育关系,作者采用PCR和DNA测序技术,测定了5种石斑鱼属鱼类的核糖体DNA ITS1序列,获得其ITS片段长度分别为537、536、535、528、532 bp。研究结果表明:5种石斑鱼r DNA ITS1序列的碱基组成趋势相似,A+T含量皆低于C+G含量,A+T含量最低为宝石石斑鱼(37.6%),最高为六带石斑鱼(41.5%);基于Kimura-2双参数模型计算得到上述石斑鱼种间遗传距离在0.0000~0.3002。基于MP法、ML法和NJ法构建的3种分子系统树表明,r DNA ITS1序列与形态呈同步进化关系,宝石石斑鱼与其他4种石斑鱼的亲缘关系较远,表明在所研究的物种中最早分化而出,而点带石斑鱼与青石斑鱼的亲缘关系最近,分化的时间最晚。 相似文献
18.
采用三对通用引物(ITS1/ITS4,EF3/EF4,NS1/NS4)检测其对东海陆架DH-13站点表层沉积物真核微型生物的扩增特异性和多样性差异。对323个有效克隆子进行OTU分型和多样性分析,结果表明,NS1/NS4引物扩增所获得的文库多样性最高,EF3/EF4其次,ITS1/ITS4最后。通过NCBI比对和分类学研究,发现优势种群主要为原生生物界,包括丝足虫门(Cercozoa,占所有OTU的36.4%)、横裂甲藻纲(Dinophyceae,占14.2%)、不等鞭毛门(Stramenopiles,占7.4%)和纤毛虫门(Ciliophora,占6.3%);另含部分真菌界如子囊菌门(Ascomycota,占7.4%)和壶菌门(Chytridiomycota,占6.3%)。原生生物方面,NS1/NS4引物表现的多样性最高,适合于扩增丝足虫门、横裂甲藻纲和不等鞭毛门,并扩增到独有的眼虫门(Euglenozoa)、隐藻门(Cryptophyta)和顶复门(Apicomplexa);ITS1/ITS4适合于扩增甲藻和纤毛虫门;EF3/EF4则适合于丝足虫门。真菌方面,ITS1/ITS4适合于扩增子囊菌门;EF3/EF4适合于子囊菌门和壶菌门,而NS1/NS4适合于壶菌门。系统发育分析表明,三对引物的原生生物系统树中的相似序列多来自海洋环境样品,真菌序列则分别来自陆地土壤真菌和海洋真菌,说明三对引物更适合于海洋沉积环境微型原生生物的分子生态分析。 相似文献
19.
贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。 相似文献
20.
The ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) region is a useful genomic region for understanding evolutionary and genetic relationships. In the current study, the molecular phylogenetic analysis of Pectinidae (Mollusca: Bivalvia) was performed using the nucleotide sequences of the nuclear ITS region in nine species of this family. The sequences were obtained from the scallop species Argopecten irradians, Mizuhopecten yessoensis, Amusium pleuronectes and Mimachlamys nobilis, and compared with the published sequences of Aequipecten opercularis, Chlamys farreri, C. distorta, M. varia, Pecten maximus, and an outgroup species Perna viridis. The molecular phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining and maximum parsimony methods. Phylogenetic analysis based on ITS1, ITS2, or their combination always yielded trees of similar topology. The results support the morphological classifications of bivalve and are nearly consistent with classification of two subfamilies (Chlamydinae and Pectininae) formulated by Waller. However, A. irradians, together with A. opercularis made up of genera Amusium, evidences that they may belong to the subfamily Pectinidae. The data are incompatible with the conclusion of Waller who placed them in Chlamydinae by morphological characteristics. These results provide new insights into the evolutionary relationships among scallop species and contribute to the improvement of existing classification systems. 相似文献