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1.
两种新贝尼登虫28S rRNA序列分析及其亲缘关系探讨 总被引：2，自引：3，他引：2
采用一对特定引物对形态相近的单殖吸虫纪新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的基因组DNA进行PCR扩增,获得其28SrRNA的350bp左右的特异片段.测序后经软件分析发现两者同源的337bp序列仅存在一个碱基的差异,遗传相似度达99.70%,甚至高于不同海区不同宿主梅氏新贝尼登虫间99.41%的相似度,与贝尼登虫属3个虫种的同源序列间的遗传差异度为2.08%～11.73%.通过UPGMA和MP聚类分析也可看出,纪新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的遗传相似性是极为相近的.虽然两种新贝尼登虫的形态特征和遗传多样性极为相似,但它们是否同属于一个种还不能确定,需要经进一步的形态系统比较和更多的基因分析才能得出客观的、公认的结果. 相似文献
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本研究通过结合形态学与DNA分子标记等生物学手段，对印度尼西亚峇淡岛海域海水鱼类养殖中的本尼登虫(Isolate Batam, IB)进行形态学分析和种类鉴定。IB虫株在形态上与鱾新本尼登虫(Neobenedenia girellae)相似，属于新本尼登属。28S rRNA序列扩增得到序列为394 bp，与其他本尼登虫属比对相似性在85.86%～99.47%之间。进化树构建结果显示IB虫株与其他珻氏新本尼登虫(Neobenedenia melleni)和鱾新本尼登虫构成一簇，而本尼登虫自成一簇。综上所述，本研究结果支持鱾新本尼登虫与珻氏新本尼登虫为同种异名的分类学观点，并将IB虫株定种为鱾新本尼登虫。 相似文献
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核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulva prolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8 948 bp,其中18S rDNA 1 760 bp,28S rDNA 3 259 bp,ITS1 205 bp,5.8S rDNA 160 bp,ITS2 176 bp和IGS 3 388 bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18S rDNA和28S rDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。 相似文献
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利用PCR扩增、克隆和测序的方法对青岛市红岛虾池生长的缘管浒苔(Enteromorpha linza)的5.8S rD-NA及其转录间隔区ITS序列进行了分析,并依据ITS序列构建了浒苔属不同种之间的进化树。结果表明,获得了核糖体DNA完整的ITS和5.8S rDNA序列,ITS1为195 bp,5.8S rDNA为155 bp,ITS2为184 bp,总长度GC含量为63%。缘管浒苔与浒苔和曲浒苔的序列差异百分率较小,分别为2.4%和4.6%,与(U.olivascens)的序列差异百分率最大,为16.7%。Kimura-2参数遗传距离结果表明缘管浒苔和浒苔的遗传进化关系较近。 相似文献
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从cDNA文库中获得了梅氏新贝尼登虫卵黄铁蛋白(NmYF)的编码序列。序列全长739个核苷酸,3′-末端具有polyA尾,单一大开放阅读框编码一个由226个氨基酸组成的分子量为26.1kDa的蛋白。序列比较表明,NmYF与卫氏并殖吸虫卵黄铁蛋白最相似,氨基酸序列同源性为23.7%。系统进化树分析表明,NmYF、卫氏并殖吸虫卵黄铁蛋白和头槽绦虫卵黄铁蛋白形成了一个小的进化簇,而体铁蛋白序列形成了一个大的进化簇,揭示了卵黄铁蛋白和体铁蛋白间的差异以及进化上的相关性。这是梅氏新贝尼登虫卵黄铁蛋白基因序列的首次报道。随后,构建了插入有全长NmYF基因开放阅读框序列的原核表达质粒pET-22b-NmYF,转化大肠杆菌BL21pLysE菌株,经IPTG诱导表达后,SDS-PAGE检测表明预期大小的目的蛋白大量表达。随后制备了目的蛋白的多克隆抗血清,它能与目的蛋白起强的特异性反应,但与细菌自身蛋白不起反应,可用于后续研究。 相似文献
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棕囊藻渤海株核糖体18S rDNA和ITS基因结构序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648 bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列.对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa). 相似文献
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利用ITS-5.8S rDNA序列对2株海洋亚历山大藻进行的分子鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
扩增2株分离自青岛胶州湾、从形态上初步确定为亚历山大藻属(Alexandrium sp. qd2, Alexandrium sp. qd3)的5.8S 核糖体基因(5.8S rDNA), 转录单元内间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS) 序列、部分18S rDNA和28S rDNA序列.通过blastn比对、系统进化树以及遗传距离分析将A.sp.qd2和A.sp.qd3鉴定为A.catenella,且属于A.catenella 的不同株型. 相似文献
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对7株赤潮原甲藻28S rDNA 5'端部分序列进行扩增、克隆和序列测定,并从GeneBank上获取14个原甲藻28S rDNA序列,用NJ法和ME法构建了原甲藻属的系统树,并对序列进行分析.结果表明,7株原甲藻28S rDNA扩增序列长度为950~958 bp,通过NJ法和ME法构建的系统树完全一致.大部分分离自不同海域的同种原甲藻的序列高度保守,而不同种间在序列高变区却有较大的差异.但来自南海海域的海洋原甲藻(Prorocentrum micans)与分离自其他海域的株系序列差异较大,甚至超出了有些种间的差异.由28S rDNA高变区获得的序列,有望成为浮游植物特异性分子探针设计的良好靶区域. 相似文献
11.
本文分别对雌雄白缘(鱼央)的5S rDNA进行了PCR扩增和序列分析,并采用双色荧光原位杂交(FISH)技术,以白缘(鱼央)的5S rDNA序列和小麦的45S rDNA为探针,对其在白缘(鱼央)雌雄中期染色体上进行了FISH定位研究。结果表明,白缘(鱼央)5S rDNA序列无雌雄差异;5S rDNA的保守区序列为117 bp;5S rDNA和45S rDNA分别被定位于白缘(鱼央)的性染色体和第5号染色体上。同时从GenBank中获得了22种鱼的5S rDNA,运用DNAman软件构建了23种鱼的系统发育树,对白缘(鱼央)的进化地位进行了初步研究。本研究为阐明白缘(鱼央)在鱼类系统进化中的位置、重复序列在脊椎动物性染色体上的分布状况以及与性别决定与分化的关系,提供了资料积累和分析依据。 相似文献
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The fragments of 350 bp in 28S rRNA from the closely related monogenea of trematoda, Neobenedenia girellae and N. melleni are obtained by polymerase chain reaction (PCR) amplified using a couple of special primers and then sequenced. The results show that the comparison of 28S rRNA sequences, with only a base varying in 337 bp accounting for 0.3% genetic difference, from the relative species N. girellae and N. melleni parasitized on the different fishes in different farms displays that they possess a very high genetic similarity of 99.7%, higher than that of 99.41% for the single species N. melleni sampled in different areas, and the intraspecific divergence of N.melleni is 0.59%. Meanwhile, the interspecific differences between the two Neobenedenia and three Benedenia (i.e., B. lutjani, B. rohdei and B. seriolae) range from 2.08% tol 1.73%. In addition, UPGMA and MP molecular phylogenetic trees are constructed and proved to be consistent with each other. Though the morphological characteristics and the results of genetic diversity for the two Neobenedenia show a high similarity, whether they belong to a single species or not are still undefined, and the more genes of them should be further investigated, in combination with the systematical and detailed morphological study. 相似文献
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New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellateAlexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected
rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA,
were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report inAlexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp
(44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance,
91% sequence similarity) in comparison withProrocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains.
In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton,A tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic
ambiguities ofAlexandrium genus, particularly of the tamarensis complex. 相似文献
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通过形态构造观察和分子生物学相结合的方法,对栽培于我国海南的长心卡帕藻(Kap-paphycus alvarezii)株系XC-03(陵水)和麒麟菜族未知种株系LD-02(三亚)和LD-06(三亚)进行了鉴定,并与细齿麒麟菜(Eucheuma denticulatum)株系TSNY-05进行比较分析,结果表明:长心卡帕藻株系XC-03与麒麟菜族未知种株系LD-02和LD-06之间在分枝形状、长短、分布以及突起数量等藻体外部形态特征方面具有明显差异;它们的表皮、皮层和髓部细胞大小、皮层细胞层数和胶质层厚度等显微结构特征亦不相同,但分子鉴定表明该3个株系为同一个种,即长心卡帕藻。它们的ITS序列相似度为99.69%~99.85%,株系XC-03与LD-02之间仅有1个碱基转换和1个碱基颠换,株系XC-03与LD-06和株系LD-02与LD-06之间均分别仅有1个碱基转换和1个碱基颠换。长心卡帕藻与细齿麒麟菜的ITS序列相似度只有41.28%,两者差异较大。用RAPD,ISSR和ITS标记分析表明长心卡帕藻3个株系的两两间遗传距离分别介于0.122 9~0.153 5,0.068 8~0.112 4和0.002~0.005。用neighbor-joining和UPGMA聚类分析皆显示长心卡帕藻株系XC-03与LD-06的亲缘关系较近,与株系LD-02相对较远,而细齿麒麟菜单独列为一支。该研究为长心卡帕藻的种质鉴定和遗传育种研究提供了依据。 相似文献
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对引发赤潮的3株硅藻——1株尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzshia pungens)和2株中肋骨条藻(Skeletonema costatum)的5.8SrDNA和ITS(internal transcribed spacers)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定,并分析了硅藻门10株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系.研究结果表明,尖刺拟菱形藻的ITS和5.8SrDNA的长度为693bp,SK-1(分离自东海赤潮暴发区)测序得到715bp,除ITS和5.8SrDNA外,还包含部分18SrDNA和28SrDNA;SK-2(分离自青岛养殖场)的ITS和5.8SrDNA的长度为331bp,尖刺拟菱形藻与从GenBank中获得的2株尖刺拟菱形藻相似程度最高,为100%,与该属的多列拟菱形藻相似程度稍低,为82.9%.SK-2的ITS序列与SK-1的相似程度很低,只有51%,但与拟中肋骨条藻的ITS序列相似程度高,为95.5%.SK-1的ITS序列与拟中肋骨条藻的相似程度也低,为56.7%.系统进化树反映的结果与相似性反映的结果一致.研究的该株尖刺拟菱形藻从根据ITS序列研究的结果与形态鉴定的结果看是一致的;SK-2可能属于拟中肋骨条藻;SK-1比较特殊,有待于用其他的方法进一步研究确定其分类地位. 相似文献
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