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1.
东海原甲藻的分子鉴定 总被引：4，自引：2，他引：4
采用nrDNAITS序列及18S序列两种分子标记,对东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心(CCMP)的具齿原甲藻进行分子鉴定,结果表明,两者之间序列非常相似,两者的nrDNAITS序列碱基差异值仅为0.002,nrDNA18S序列的碱基差异值为0.000,根据分子数据,东海原甲藻和美国国家海洋藻种保藏中心的具齿原甲藻应为同一个种.从基因库获取原甲藻的另外3个种nrD-NAITS序列和8个种的18S序列,用计算机软件进行分析和构建分子系统树,结果显示18S序列用于原甲藻的分子鉴定过于保守,而nrDNAITS更适合于该种属界定的分子标准. 相似文献
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东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)和海洋原甲藻APBM(P.micans APBM)的5.8S rDNA及其转录间隔区(ITS)的克隆和序列分析 总被引：11，自引：5，他引：11
对东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)和海洋原甲藻APBM(P．micans APBM)的5.8SrDNA及其转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增、克隆和序列测定，并分析了甲藻属9株赤潮藻(7株从GenBank获得)的系统进化关系。结果表明，海洋原甲藻APBM的ITS片段(含5.8S区)为631bp，东海原甲藻的(含5.8S区)为552bp；东海原甲藻与从GenBank中获得的微小原甲藻相似程度较高，与甲藻属其他原甲藻相似程度较低；本文研究的海洋原甲藻APBM的ITS序列与其他原甲藻相似程度都较低并且在进化树上距离也较远。用ITS1或．ITS2序列构建的系统树与用ITS 5.8SrDNA序列构建的系统树反映的结果基本一致，5.8S区因过于保守似乎不适于构建系统树反映种下的亲缘关系。 相似文献
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采用PCR扩增的方法获得了第一个松藻目物种长松藻(Codium cylindricum)的ITS序列,长松藻ITS全长515bp,其中ITS1的长度为74bp,5.8S序列长163bp,ITS2的长度为278bp.与已知的绿藻门其它5个目8个属物种的ITS序列的系统发育分析结果表明,绿藻门物种分为三大支,其中团藻目藻类为一支,松藻目和刚毛藻目藻类为一支,石莼目、顶管藻目和丝藻目藻类构成一大支;长松藻与刚毛藻目的刚毛藻属和硬毛藻属物种同为多核藻体,在系统发生上表现出更近的亲缘关系;不同绿藻目海藻的聚类关系表明,其能够准确地反映出其在单核与多核、单细胞与多细胞等生物结构特性方面的差异与水平. 相似文献
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角甲藻属(Ceratocorys)隶属于横裂甲藻纲、多甲藻目、角甲藻科。本属包括的种类均为热带、亚热带种。Stein于1883年建立本属。他绘制了长刺角甲藻(C.horrida)各个观察面的图,对组成壳壁的大甲板都给以描述,并指出藻体上生有六根长刺,但未对腹区进行研究。此后,Courter(1883)、Sch?tt(1895)、Cteve(1903)等相继发表了一些 相似文献
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中国东海和韩国马山湾海域2株原甲藻的形态结构和分子序列比较 总被引：2，自引：0，他引：2
对采自我国东海温岭海域和韩国南部马山湾海域的2株原甲藻进行了藻种分离、纯化培养及rDNA ITS分子序列的PCR扩增与测序,并运用显微镜、扫描电镜、Jukes-Cantor距离矩阵及构建的系统发育树,比较研究了2株原甲藻的形态结构和分子序列.结果表明:温岭藻株(LAMB090508)和马山湾藻株(PDKS0206)具有... 相似文献
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利用光学显微镜、分子生物学方法,对分离自广西北部湾海域的三角棘原甲藻Prorocentrum triestinum BBW-02藻株的形态特征进行了描述,并探讨了其分子系统进化关系。三角棘原甲藻BBW-02细胞呈长卵形或披针形,细胞长20~26μm,宽10~14μm,顶刺形如矛尖,刺丝胞孔数量较少,排列不规则,主要分布于壳板边缘,距离细胞底端1/3处壳板两侧各有2个近于对称排列的刺丝胞孔。18S rDNA序列同源检索和系统进化分析表明,三角棘原甲藻BBW-02与其他地理株系的三角棘原甲藻聚为一支,亲缘关系密切,遗传差异仅为0.000~0.001。与其他种类相比,三角棘原甲藻BBW-02与同属中的P.gracile亲缘关系最近。 相似文献
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五种/株原甲藻核糖体小亚基(18S rRNA)基因克隆及序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
采用分子克隆及序列比对的方法,对五种/株赤潮原甲藻18SrRNA基因全长序列进行扩增、克隆和序列测定,并从GenBank上下载13个原甲藻18SrRNA基因接近全长的序列,用NJ法和ME法构建了原甲藻属的系统树。结果表明,五种/株原甲藻18SrRNA基因扩增序列长度为1782—1783bp,其中来自南海(中国海域)和来自美国海域的两株微小原甲藻(Prorocentrumminimum)的序列完全一致;东海的赤潮原甲藻(Prorocentrumsp·)与具齿原甲藻(P·dentatum)的序列也完全一致,与微小原甲藻只有5个碱基的差异;而海洋原甲藻(P·micans)与微小原甲藻和具齿原甲藻的序列差异较大,分别为27个和28个碱基。通过NJ法和ME法构建的系统树基本一致。由系统树可以看到:原甲藻属大致分为两支,本实验的微藻全部分布在同一支上。18SrRNA基因序列还将有助于有害赤潮藻快速鉴定的特异性分子探针的研制。 相似文献
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对五株赤潮异弯藻核糖体转录单元内间隔区(ITS区)进行了PCR扩增和序列测定,并结合GenBank中收录的所有赤潮异弯藻ITS序列信息,比较了它们的遗传距离和相似系数,同时结合GenBank中发布的针胞藻纲其他三个属的代表种ITS序列信息,采用邻接法(neighbour-joining,NJ)和最小进化法(minimum evolution,ME)构建系统发育树。结果表明,五株赤潮异弯藻ITS全序列总长度及碱基组成完全一致,均为538 bp,与GenBank中收录的四株赤潮异弯藻仅有一个碱基不同,遗传距离和相似系数分别为0.002和0.980,而与其他赤潮异弯藻ITS序列完全相同,遗传距离和相似系数分别为0.000和1.000。用两种方法构建的系统发育树结构完全一致,赤潮异弯藻属与海洋卡盾藻属亲缘关系较近,而与另外两属的亲缘关系较远。 相似文献
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利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定 总被引：5，自引：1，他引：5
测定了 1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属 (Gymnodiniumsp,编号为 GYN- 1 5)的核糖体基因 (r DNA)和转录单元内间隔区 (Internal Transcribed Spacer,ITS)序列 ,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定。测定的序列长 2 658bp,涵盖了小亚基 (smallsubunit,SSU) r DNA基因 3'端 1 747bp,ITS1 - 5.8S r DNA- ITS2全长和大亚基 (large subunit,LSU) r DNA基因 5'端 337bp。同源性分析该序列发现 GYN- 1 5与共生甲藻属 (Symbiodinium)中的 2个种 (Symbiodinium californium和 Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性 ;3株藻的各段 r DNA和 ITS序列的相似性均为 99%以上 ;以 SSU r DNA序列中的 3个可变区 (V1 V2 V3)和邻接法构建的系统树表明 ,GYN- 1 5与 S.californium和 G.varians构成 1个独立的新的子类群 ,该子类群属于共生甲藻属 ,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远。根据这些结果可将GYN- 1 5初步鉴定为属于共生甲藻属。鉴于 GYN- 1 5和其它 2个种所构成的分支明显与 5个已知的子类群 (A,B,C,D,E)不同 ,因此将该分支命名为子类群 F。 相似文献
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Population Development of the DinoflagellatesCeratium furca andCeratium fusus during Spring and Early Summer in Iwa Harbor, Sagami Bay, Japan 总被引：2，自引：0，他引：2
To examine the population development of the dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus, daily field monitoring was
conducted between April and July 2003 in the temperate coastal water of Sagami Bay, Japan. During the study period, the concentrations
of C. furca were always lower than those of C. fusus. A sharp increase in the densities of both species was recorded on 5
May showing the maximum cell concentrations (C. furca = 14,800 cells L-1, C. fusus = 49,600 cells L-1). In the 7 days prior to the May bloom of the Ceratium species (29 April to 1 May), the highest density of the heterotrophic
dinoflagellate Noctiluca scintillans was observed. Additionally, a second bloom of C. fusus occurred on 22 July. Here, two
causes of the significant increases in the Ceratium populations during the two blooming periods (first time; 1 to 8 May, second
time; 15 to 22 July) are presented. First, an increase in the nutrients of the surface layer regenerated by the breakdown
of blooms by N.scintillans could be considered as a major cause of the population increase of the two Ceratium species. Second,
a decrease in salinity (to 27 psu) was correlated with the later bloom ofC. fusus. These results suggest that the population development of the two Ceratium species requires nutrients regenerated after the
reduction of the diatom population byN. scintillans and, forC. fusus, continuous low salinity conditions, compared to other environmental factors during the rainy season. Key words: Ceratium
furca; Ceratium fusus; Noctiluca scintillans; Bloom process; Environmental factor 相似文献
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2000年秋季渤海的网采浮游植物群落 总被引：19，自引：0，他引：19
研究了2000年秋季覆盖渤海60个测站的网采浮游植物物种及其群落特征,共发现浮游植物3门35属64种(不包括未定名物种).物种主要以硅藻为主,但甲藻在群落中的比重也很明显,在个别站位上会成为优势类群.优势种主要为偏心圆筛藻、三角角藻、浮动弯角藻等,其中的偏心圆筛藻、浮动弯角藻、布氏双尾藻、梭状角藻和叉状角藻是秋季渤海浮游植物的关键种.细胞丰度的平面分布由浮游硅藻的分布决定,其高值区分布在渤海中北部、渤海湾南部和渤海海峡南部.浮游甲藻在渤海湾北部存在高值区.由于渤海环流的影响在渤海中北部存在浮游植物群落的交错区,此区物种丰富度高、多样性水平高和细胞丰度高.秋季渤海浮游植物群落物种丰富度、Shannon-Wiener多样性指数和均匀度的高值区在渤海中部,但整个秋季浮游植物群落的多样性程度是较低的. 相似文献
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长菱形藻(Nitzschia longissima)和新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)分子分类研究 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分类结果一致。在依据形态指标难以确定藻类分类地位的情况下,18S rDNA和rbcL基因序列是有用的鉴定工具。 相似文献
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采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。 相似文献
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应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨。实验共获得10 条18S rDNA序列,长度为1780~1787 bp,其中A、T, G,C平均含量分别为23.72%, 24.58%,24.52%和27.17%;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp 到130 bp 约 50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017。18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同-海洋蟹类祖先提供了分于生物q证惦,开上火亚N内尔量分别为26.88%.弓蟹科。获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T,G、C平均含量分别为26.88%,37.62%,17.50%和18.00%;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138。COⅠ基因系统发育树真实地反映了住属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的姆类鉴定提供了-种快速准确的方法。 相似文献
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本文分析了1999?2017年大亚湾夏季浮游植物群落结构的长期变化及其与环境因子的关系,结果显示,大亚湾海域海水温度呈显著下降趋势,盐度呈显著上升趋势;溶解无机氮浓度出现较大幅度提升,2008?2017年间大亚湾溶解无机氮浓度平均值比1999?2007年提升了72.73%;大亚湾浮游植物种类数变化趋势不明显,主要优势种没有发生明显变化,柔弱伪菱形藻（Pseudonitzschia delicatissima）为区域第一优势种,其次为中肋骨条藻（Skeletonema costatum）;浮游植物总丰度、硅藻丰度、甲藻丰度以及主要种类中的柔弱伪菱形藻、中肋骨条藻和叉角藻（Ceratium furca）丰度均呈现显著上升趋势;浮游植物生物多样性指数（H′）和均匀度（J）均呈下降趋势。人类活动所引起的溶解无机氮浓度大幅升高以及外海水入侵加强所引起的海水温度降低和盐度上升导致了浮游植物丰度的上升、优势种的单一化和生物多样性指数的下降。 相似文献
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尽管18S rRNA基因序列极其保守,但是在一些种类中仍然发现其存在序列多态性。本研究在线纹舌鳎18S rRNA基因中发现了3种差异显著的序列类型（Type A,B和C）,说明其为非协同进化,而不是严格遵循协同进化方式。基于以上三种类型序列GC含量、二级结构、最小自由能等差异,我们推测Type A和B可能是假基因类型。此外,在Type A类型中还发现了一段长达189 bp的重复序列。据我们所知,如此长的重复序列,这在硬骨鱼类核糖体基因中还是首次报道。通过比较分析产生重复序列常见的模型,我们认为不等交换模型最有可能解释该重复序列的形成。本研究结果不仅为不等交换模型提供了罕见的分子证据,而且为鱼类18S rRNA基因研究奠定了很好的基础。 相似文献
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天津港驴驹河附近海域的浮游植物与赤潮植物 总被引：1，自引：0，他引：1
于 2 0 0 3年 7月在天津港驴驹河附近海域设 5个点采样。鉴定表明 ,共有浮游植物 19属 31种 ;优势种类有星脐圆筛藻 (Coscinodiscusasteromphalus)、太阳双尾藻 (Ditylumsol)、菱形海线藻 (Thalassionemanitzschioides)、链状亚历山大藻 (Alexandriumcatenella)等。天津港浮游植物密度较高 ,各站点平均总生物量为 1.2 16× 10 5个 /m3,各站点生物量与叶绿素含量变化规律基本一致。经单项营养指数和营养状态综合指数分析表明 ,除一个站点的COD和两个站点的无机磷略高外 ,所有站位均未达到富营养化水平。调查期间 ,共发现赤潮生物 14种 ,其中主要有星脐圆筛藻、链状亚历山大藻、叉状角藻 (Ceratium furca)、窄隙角刺藻(Chaetocerosaffinis)等。 相似文献
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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。 相似文献