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《热带海洋学报》2016,(3)
选取10对高多态性、非遗传连锁的微卫星引物对分布于广东和福建南部海区若干葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)养殖群体和野生群体种群进行遗传变异分析。3个养殖群体分别采样于福建漳浦(zp1)、广东饶平(zp2)和广东惠州大亚湾(zp4),一个野生群体采样于福建漳浦(zp3)。结果表明无论养殖群体还是野生群体,其种群遗传多样性均较高:3个葡萄牙牡蛎养殖群体期望杂合度为0.769~0.857,野生群体期望杂合度为0.878;3个养殖群体的观测杂合度为0.410~0.518,野生群体为0.641;3个养殖群体基因多样性为0.769~0.820,野生群体为0.878,表明尚未存在种质衰退问题。4个群体间出现显著分化,表明这几个群体间基因交流有限。养殖群体的遗传多样性低于野生群体,提醒要提防葡萄牙牡蛎资源的种质衰退。 相似文献
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在形态分类的基础上,采用多重PCR(Multiplex Species-Specific PCR)和DNA序列分析,基于细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochromeoxidaseI,COI)基因构建系统进化树鉴定牡蛎种类及确定其分类地位,研究了广东雷州半岛东部沿岸牡蛎科(Ostreidae)常见牡蛎的种类及分布。本次研究从雷州半岛东部沿岸的11个地点采集了363个野生牡蛎样品,并对全部样品进行了形态分析和多重PCR的鉴定,对未鉴定出来的114个样品进行COI基因的扩增并测序,构建系统进化树进行种类分析,共检测出3属5种牡蛎。巨蛎属(Crassostrea)有两种,分别为熊本牡蛎(C.sikamea)185个和福建牡蛎(C.gigas angulata)109个;小蛎属(Saccostrea)有两种,棘刺牡蛎(S.echinata)48个和团聚牡蛎(S.malabonensis)19个,牡蛎属未定种Ostreasp.1有2个。结果表明,雷州半岛东部沿岸牡蛎种类丰富,至少有5种牡蛎分布于潮间带,其中优势种为熊本牡蛎和福建牡蛎,分布范围比较广。小蛎属和牡蛎属牡蛎数量较少,分布比较集中。 相似文献
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长牡蛎(Crassostrea gigas)微卫星克隆快速分离及特性分析 总被引：22，自引：2，他引：22
采用磁珠杂交选择和PCR筛选法，从长牡蛎DNA选择片段文库中，快速分离含有微卫星序列的阳性克隆。结果表明，在筛选的200个白色菌落中，56个克隆含有重复次数5以上的微卫星序列，其中41个(20．5％)有随机侧翼区，可以进行引物设计，12个缺乏足够的侧翼序列，3个为中断的微卫星序列。此外，还获得两个小卫星克隆。在获得的微卫星序列中，完全的占54．7％，不完全的占20．8％，复合的占24．5％。除探针中使用的CA重复单元外，还观察到CT、ACT、CGCA、CACT、GACT、GCAC、CCTTA和CCTCA的重复序列。微卫星重复次数主要集中在5-30次之间，占71．7％，最高为60次。本研究中构建的长牡蛎(CA)n富集微卫星文库将为以后开发未知微卫星标记提供帮助。 相似文献
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利用生物信息学方法,从龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)公共核苷酸数据库中筛查到8条含有微卫星DNA的序列,并根据筛查出的微卫星DNA序列设计合成了5对引物,此外还使用了细江蓠的4对已知微卫星DNA引物共9对引物在采集自青岛的26株野生龙须菜个体中进行扩增,结果筛选到2对引物可扩增出具有多态性的产物.然后利用5对龙须菜的微卫星引物对6个龙须菜品系和另外2个种外物种细基江蓠和菊花心江蓠进行系统学分析.根据计算得到的不同样品之间Nei氏遗传相似系数进行聚类分析,显示青岛野生龙须菜QD与栽培品系981、石岛的龙须菜样品SD与龙须岛的龙须菜样品LD之间的遗传相似系数最高,而来自委内瑞拉的龙须菜样品LV与青岛野生龙须菜之间的差异远远高于种内水平的差异. 相似文献
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利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。 相似文献
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福建省位于我国东南沿海, 海岸线曲折, 港湾众多, 有多条河流入海, 适宜牡蛎栖息繁衍, 是我国牡蛎资源最丰富的地区之一。迄今关于福建沿海牡蛎种类组成及分布情况的研究报道尚少, 鉴于近20余年福建主要海湾经历了高强度的牡蛎养殖, 有必要了解福建沿海牡蛎自然群体的物种组成和数量占比等自然种质资源状况。基于现场调查取样, 结合采用多重种特异性PCR、ITS2杂交种鉴定和CO I测序共同鉴定福建沿海巨蛎属(Crassostrea)牡蛎种类及其分布情况。研究结果表明, 从福建沿海由北至南牡蛎野生种苗海区的19个采样点共960个样品中发现3种巨蛎属牡蛎, 分别是福建牡蛎(Crassostrea angulata)、熊本牡蛎(C. sikamea)和香港牡蛎(C. hongkongensis), 并未发现以往报道的近江牡蛎(C. ariakensis)。其中福建牡蛎(607个)占63.23%、熊本牡蛎(343个)占35.73%、香港牡蛎(10个)占1.04%。除个别采样点外, 福建牡蛎和熊本牡蛎在各采样海区均有分布。香港牡蛎仅在泉州湾河口湿地自然保护区(新发现群体)有少量分布。研究结果揭示的福建沿海地区巨蛎属的物种种类及其分布为后续开展牡蛎遗传多样性分析和遗传分化等种群遗传研究提供了关键基础资料, 为牡蛎种质资源的保护和利用打下重要基础。 相似文献
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太平洋牡蛎和葡萄牙牡蛎养殖群体数量性状比较分析 总被引：4，自引：0，他引：4
太平洋牡蛎和葡萄牙牡蛎是两个近缘种,属亚种关系,二者都是中国重要的养殖贝类。为了查明这两种牡蛎养殖群体数量性状间的相关性及影响产量的组成因素,分别对179只太平洋牡蛎和140只葡萄牙牡蛎1龄贝的形态性状(壳长、壳宽、壳高)和活体重4个性状进行了测量,并应用通径分析等方法讨论了形态性状对活体重的影响。结果表明,3个形态性状都能够显著地影响活体重,其中壳高的作用是最大的,其对太平洋牡蛎和葡萄牙牡蛎活体重的直接作用分别为19.5%和23.89%。形态性状对太平洋牡蛎和葡萄牙牡蛎活体重间接决定作用差异较大,其中太平洋牡蛎3个形态性状对活体重的间接决定作用较大,均达到10%以上,而葡萄牙牡蛎3个形态性状对活体重的间接决定作用却非常小。利用多元回归分析建立了壳长、壳宽、壳高估计这两种牡蛎活体重(Y1,太平洋牡蛎)和(Y2,葡萄牙牡蛎)的回归方程,分别为:Y1=-119.456 5+1.389 7x1+2.089 0x2+0.777 8x3(R2=0.767 9),Y2=-42.373 9+0.532 8x1+1.289 5x2+0.5 177x3(R2=0.490 9)。本研究结果可为这两种牡蛎的选择育种提供理论依据,即以提高活体重为目标,主要选择壳高,但对太平洋牡蛎还应该加强对壳宽的协同选择。 相似文献
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条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增 总被引：9，自引：0，他引：9
采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。 相似文献
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采用FIASCO方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性,其等位基因数为5—14个,每个位点平均具有8.1个等位基因。9个位点之间不存在连锁。利用该9个具有多态性微卫星标记分析了中国沿海9个中国鲎地理群体的种群遗传多样性和遗传结构。结果表明:中国沿海的中国鲎种群遗传多态性水平仍较高, 9个地方群体间无遗传差异,它们之间未见显著分化,且有着较高的基因流;推测人为的迁移是造成遗传无分化的主要原因。我们建议中国鲎已绝迹的海域可从其他海域引入中国鲎个体来恢复地方群体资源。 相似文献
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采用高通量测序法从单环刺螠基因组中开发微卫星标记,并通过一个秦皇岛单环刺螠野生群体对其进行多态性评价,利用获得的多态性引物对秦皇岛、烟台、潍坊、青岛、大连5个不同海区的野生单环刺螠群体进行了遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:本实验设计的50个微卫星标记能稳定扩增的有38个,其中22个微卫星位点在5个群体中均表现为高多态性,等位基因数(Na)介于24—44之间,多态信息含量(PIC)介于0.921—0.967之间。5个群体总的平均有效等位基因数(N_e)范围为6.629—8.850,平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)范围分别为0.790—0.912、0.851—0.896,大连群体的杂合度最大(H_e=0.8962),潍坊群体的最小(H_e=0.8510),其中有12个微卫星位点在不同群体中出现显著偏离Hardy-Weinberg平衡的现象。平均遗传分化指数(FST)表明,群体分化水平处于中等分化水平(FST值为0.0880—0.1136);聚类分析显示烟台群体先与青岛群体聚为一支,再与秦皇岛群体聚类,然后跟潍坊群体聚为一支,大连群体单独聚为一支;遗传距离模式(IBD)显示单环刺螠群体的地理距离与遗传距离间不存在显著的线性关系。本研究开发的22对微卫星标记可以用于单环刺螠遗传结构分析研究,为下一步单环刺螠种质资源保护和人工繁育提供参考依据。 相似文献
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许氏平鲉(Sebastes schlegeli)微卫星标记开发及野生、养殖群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对许氏平鲉进行简化基因组测序,设计微卫星引物200对,可稳定扩增的引物190对,占95%。利用一个荣成野生群体对24个多态性较高的微卫星标记进行了评价,每个位点的等位基因数(Na)为2—21个,观测杂合度(Ho)为0.0417—0.9167,期望杂合度(He)为0.0278—0.9722,多态信息含量(PIC)为0.1948—0.9496,结果显示有20个微卫星位点为中高度多态。利用这些引物对荣成野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性进行了比较分析,野生和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为8.5000、6.9583,有效等位基因数(Ne)的均值分别为4.5484、3.6365,期望杂合度(He)均值分别为0.6421、0.5840,多态信息含量均值(PIC)分别为0.6088、0.5490,平均香农-威纳指数均值为1.4605、1.2834,但F检验发现无显著差异,发现两个群体的遗传多样性都处于高度多态水平,但养殖群体遗传多样性水平低于野生群体。本研究结果说明许氏平鲉的人工繁育中,通过使用较大数量的亲本进行繁育可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工定向选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。Bonferroni校正后在两个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。本研究开发的微卫星标记为许氏平鲉遗传图谱构建、分子标记辅助育种等提供了更多标记选择,对野生和养殖群体遗传多样性分析为下一步的遗传育种提供参考。 相似文献
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广东沿海杂色鲍养殖群体遗传多样性的微卫星分析 总被引：1，自引：0，他引：1
实验选取的7个杂色鲍(Haliotis diversicolor)养殖群体分别来自广东汕头、汕尾、惠东、湛江和徐闻,深圳野生驯养,利用7对微卫星引物对上述群体进行了遗传多样性和群体遗传结构的分析。结果显示:7个位点产生的等位基因数从7～13个不等,共检测到68个等位基因,平均每个位点的等位基因数为9.71个。有效等位基因数的范围为3.8～8.1,平均观测杂合度范围为0.422～0.906,平均期望杂合度范围为0.748～0.917。7个群体的多态信息含量变化范围为0.657～0.883,PIC值均在0.500以上,表现为高度多态性。与两个野生驯养的养殖群体相比,其他5个养殖群体均存在不同程度的遗传多样性降低。AMOVA分析显示,4.79%的遗传变异来自于群体之间,95.21%的变异来自于群体内的个体之间。研究表明,广东沿岸的杂色鲍具有较高的遗传多样性水平,7个群体之间呈现一定的遗传分化。 相似文献
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采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对5个西施舌自然群体的遗传多样性进行了研究.在选择的20个随机引物中共检测到168条标记条带.每个引物扩增谱带数在3～15之间.片段长度250～3 000 bp不等.利用Popgen1.32和PHILIP统计软件对实验数据进行处理,确立了5个群体间的亲缘关系,并对3个形态参数进行了方差分析,探讨了与RAPD结果的关联.结果表明:5个群体内和群体间遗传距离都较大,广西北海群体由于地理环境等因素的影响,无论是外部形态和遗传距离与其他4群体有较大差异,可能已经形成了地理种群.5个群体多态位点比例和平均遗传杂合度都较高,平均值为78.97%和0.308 7,香农多样值在0.301 8～0.367 3之间,聚类分析显示,山东群体与江苏群体亲缘关系最近,然后依次是浙江群体和福建群体.我国西施舌遗传多样性处于较高的水平,种质资源良好,西施舌养殖有很好的发展前景. 相似文献