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1.
大黄鱼野生与养殖群体遗传结构的比较研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用垂直板型不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对福建野生与养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)4个群体(湄洲野生群体、宁德野生群体、宁德养殖群体、连江养殖群体)的遗传结构进行了比较研究。结果表明,4个大黄鱼群体的平均每位点有效等位基因数为1.1250～1.1293,多态位点百分数为12.50%～18.75%,观察杂合度为0.1250,期望杂合度为0.0636～0.0677。湄洲湾野生群体的遗传多样性高于养殖群体。4个大黄鱼群体间的遗传分化很低,4个大黄鱼群体间遗传距离在0.0000～0.0001,平均遗传距离为0.0005,遗传分化系数(Fst=0.0004)低,基因流(Nm=609.6667)大。 相似文献
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长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析 总被引：15，自引：1，他引：14
我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。 相似文献
3.
我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域, 经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明：(1) 29个SSR标记共检测到943个等位基因,各位点等位基因数在11-52之间, 平均为32.52个; 各位点的平均观测和期望杂合度分别为0.723和0.876,仅5个位点处于Hardy-Weinberg平衡中;各位点平均多态信息含量(PIC)为0.864,其中28个为高多态性位点(PIC>0.5)。(2) 6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(HO=0.702-0.744);香农信息指数(I,介于2.566-2.661)显示6群体的遗传多样性水平依次为：长江野生>长江养殖>黄河野生>辽河养殖>黄河养殖>辽河野生。(3)方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体遗传分化指数FST仅为0.0008-0.0050,群体间的遗传分化处于较低水平(FST<0.05);基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类结果显示,长江野生群体单独聚为一支, 其余5群体共同聚为大一支, 其中长江养殖群体、黄河野生群体与黄河养殖群体聚为一小支,辽河野生群体和养殖群体聚为另一小支。(4) 瓶颈效应分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低。群体遗传结构分析显示显示,6种群内个体的遗传组成混杂,不能根据其遗传结构划分出最佳理论群体数。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。 相似文献
4.
实验选取的7个杂色鲍(Haliotis diversicolor)养殖群体分别来自广东汕头、汕尾、惠东、湛江和徐闻,深圳野生驯养,利用7对微卫星引物对上述群体进行了遗传多样性和群体遗传结构的分析。结果显示:7个位点产生的等位基因数从7～13个不等,共检测到68个等位基因,平均每个位点的等位基因数为9.71个。有效等位基因数的范围为3.8～8.1,平均观测杂合度范围为0.422～0.906,平均期望杂合度范围为0.748～0.917。7个群体的多态信息含量变化范围为0.657～0.883,PIC值均在0.500以上,表现为高度多态性。与两个野生驯养的养殖群体相比,其他5个养殖群体均存在不同程度的遗传多样性降低。AMOVA分析显示,4.79%的遗传变异来自于群体之间,95.21%的变异来自于群体内的个体之间。研究表明,广东沿岸的杂色鲍具有较高的遗传多样性水平,7个群体之间呈现一定的遗传分化。 相似文献
5.
卵形鲳鲹3个养殖群体的微卫星多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
运用6对微卫星引物分别对海南、深圳、福建3个地区的卵形鲳鲹Trachinotus ovatus养殖群体的遗传差异进行分析。结果表明,3个养殖群体的平均等位基因数(Na)为3.67—3.83,平均有效等位基因数(Ne)为2.43—3.03,平均观测杂合度(Ho)为0.48—0.66,平均期望杂合度(He)为0.56—0.64,平均多态信息含量(PIC)为0.49—0.55,可见3个养殖群体的遗传多样性较高。Hardy-weinberg平衡遗传偏离指数(d)显示海南和深圳养殖群体杂合子过剩(分别为0.10和0.12),而福建养殖群体则出现杂合子缺失(-0.08)。统计检验发现3个群体中各位点的遗传偏离并不显著(p>0.05)。3个养殖群体的遗传相似度及遗传距离信息聚类分析结果表明,福建与深圳养殖群体的亲缘关系较近,两者与海南养殖群体的亲缘关系较远。3个养殖群体的确切来源还有待进一步研究。 相似文献
6.
《海洋湖沼通报》2020,(1)
目前半滑舌鳎的人工繁育中普遍存在近亲繁殖现象,种质资源和优良性状无法保障,关于半滑舌鳎野生群体和养殖群体的群体结构、混杂程度、遗传多样性分析等研究工作近10a内没有持续跟进,随着大量的半滑舌鳎人工繁育苗种增殖放流入海,野生和养殖种群的混杂程度有待评估。本研究对半滑舌鳎3个海捕野生群体和3个养殖群体进行遗传多样性分析和种质资源状况研究,通过GBS技术对87个半滑舌鳎样本进行测序,产生的高质量序列数据量为55.12Gb,共获563109个高质量的SNP位点用于遗传多样性分析。通过SNP分析遗传多样性发现,野生群体的遗传多样性略高于养殖群体,个别养殖群体高于野生群体,说明近年来增殖放流对野生群体的遗传多样性有所影响,遗传距离最远的是天津野生群体和河北养殖群体。在种群分化方面, 6个群体间不存在明显分化,尚未形成明显的地理隔离,不过聚类分析还是可以把野生群体和养殖群体分成两个亚群。本研究发现了一些高分化位点,计划通过设计引物扩增该段序列找出能够区分野生和养殖群体的候选标记。 相似文献
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8.
福建省位于我国东南沿海, 海岸线曲折, 港湾众多, 有多条河流入海, 适宜牡蛎栖息繁衍, 是我国牡蛎资源最丰富的地区之一。迄今关于福建沿海牡蛎种类组成及分布情况的研究报道尚少, 鉴于近20余年福建主要海湾经历了高强度的牡蛎养殖, 有必要了解福建沿海牡蛎自然群体的物种组成和数量占比等自然种质资源状况。基于现场调查取样, 结合采用多重种特异性PCR、ITS2杂交种鉴定和CO I测序共同鉴定福建沿海巨蛎属(Crassostrea)牡蛎种类及其分布情况。研究结果表明, 从福建沿海由北至南牡蛎野生种苗海区的19个采样点共960个样品中发现3种巨蛎属牡蛎, 分别是福建牡蛎(Crassostrea angulata)、熊本牡蛎(C. sikamea)和香港牡蛎(C. hongkongensis), 并未发现以往报道的近江牡蛎(C. ariakensis)。其中福建牡蛎(607个)占63.23%、熊本牡蛎(343个)占35.73%、香港牡蛎(10个)占1.04%。除个别采样点外, 福建牡蛎和熊本牡蛎在各采样海区均有分布。香港牡蛎仅在泉州湾河口湿地自然保护区(新发现群体)有少量分布。研究结果揭示的福建沿海地区巨蛎属的物种种类及其分布为后续开展牡蛎遗传多样性分析和遗传分化等种群遗传研究提供了关键基础资料, 为牡蛎种质资源的保护和利用打下重要基础。 相似文献
9.
采用24条随机引物对曼氏无针乌贼1个野生群体和5代养殖群体共120个个体(每个群体20个个体)进行了RAPD群体遗传多样性分析,共扩增出119个位点,片段大小为400-2800bp,平均每条引物的扩增带数为4.96条。各群体的多态位点数19-24个不等,多态位点比例为13.33%-20.16%,Shannon指数为0.0768-0.1018。6个群体的平均杂合度为0.0825-0.1231,期望杂合度为0.1325-0.1524,平均杂合子偏离指数均为负值,表明存在杂合子缺失的现象。乌贼6个群体遗传分化系数FST值在0.0188-0.2436,其中最大出现在野生群体和第5代养殖群体之间。表明6个群体间遗传分化已基本处于遗传分化中等的范围内,而野生群体和第5代养殖群体之间已接近中等分化的底线。分子方差分析(AMOVA)结果表明,6个群体的遗传变异中有29.34%是由不同群体间的基因差异造成的。而如果将养殖后的5代群体作为一个总的群体,养殖群体内部有19.38%是由群体间的差异造成的。由此可见,养殖后的曼氏无针乌贼群体相比野生群体多样性指数有所降低,且随着养殖时间的增长养殖群体内部开始出现分化。 相似文献
10.
皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的研究 总被引：12，自引：0，他引：12
用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对山东长岛（CW）、辽宁大连（DW）两个野生群体和山东崆峒岛（KC）一个养殖群体的皱纹盘鲍遗传多样性进行了分析.结果表明,CW和DW群体间的遗传距离为0.170 3,CW和KC群体间的遗传距离为0.367 3,DW和KC群体间的遗传距离为0.347 7,显示野生群体与养殖群体之间的亲缘关系已发生了变化.CW,DW和KC三个群体的多态位点比例分别为49.22%、50.78%和43.75%;平均杂合度分别为0.350 6,0.340 8和0.307 9.与野生群体相比,养殖群体的多态位点比例和杂合度都有不同程度的降低. 相似文献
11.
2008年夏季,从海南三亚分别采集26份养殖牡蛎和32份野生牡蛎样品(1份样品代表1个体),开展扩增片断长度多态性(AFLP)和数量性状分析,采用POPGENE 32软件计算多态性位点百分率、遗传多样性指数、Hardy-Weinberg遗传偏离指数、群体遗传相似度和遗传距离。基于AFLP分析获得的遗传距离和线粒体细胞色素氧化酶I亚基(CO I)基因序列,采用邻接法构建养殖和野生牡蛎的系统发育树。结果表明,选择性引物对牡蛎品种具有较好的鉴别效率;相比养殖牡蛎,野生牡蛎多样性丰富、品种间同源性较低、亲缘关系相差较远、遗传基础较宽;通过CO I基因序列分析可知,养殖牡蛎均为香港巨牡蛎Crassostrea hongkongensis,而野生牡蛎属于囊牡蛎属Saccostrea,主要为僧帽牡蛎Saccostrea cucullata。目前海南三亚牡蛎种质资源多样性相对丰富,引种还未对三亚自然环境的牡蛎资源造成明显影响。 相似文献
12.
基于线粒体DNA控制区的黄姑鱼养殖群体与野生群体比较研究 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2021,(8)
黄姑鱼(Nibea albiflora)是我国重要的经济鱼类。由于受到过度捕捞和环境污染等因素的影响,野生黄姑鱼资源量急剧下降。为了解黄姑鱼野生群体与养殖群体的种质资源现状,本研究扩增了2个野生群体和2个养殖群体的线粒体DNA控制区高变区部分序列,同时结合NCBI数据库中部分已发表序列进行分析。研究显示:173个黄姑鱼个体共检测到62个单倍型,其中养殖群体仅7个;养殖群体和野生群体之间仅存在1个共享单倍型;养殖群体单倍型多样度(0.416 0～0.712 3)明显低于野生群体(0.913 0～0.992 6)。基于线粒体DNA控制区单倍型构建的网络图未发现明显的谱系结构。群体间遗传分化指数F_(ST)显示,黄姑鱼养殖群体间以及养殖群体与野生群体间产生了较大的遗传分化。AMOVA分析结果显示,群体内部遗传变异占绝大部分。黄姑鱼野生群体的历史动态分析结果暗示,其可能经历过近期群体扩张事件。综合上述结果,黄姑鱼养殖群体遗传多样性显著降低,有必要开展黄姑鱼遗传多样性监测工作,并采用科学的人工繁育方法,保护黄姑鱼的优质种质资源。 相似文献
13.
大黄鱼(Pseudosciaena crocea)岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异分析 总被引：8，自引：0，他引：8
应用RAPD技术对大黄鱼岱衢洋选育群体和官井洋养殖群体的遗传差异进行研究,选取15条10bp随机引物,共检测出96个RAPD位点。结果表明,岱衢洋选育群体的多态位点比例为33.33%,平均杂合度为0.3008,Shannon多样性信息指数为0.0879,群体内个体间平均遗传相似系数为0.9079,平均遗传距离为0.0921;官井洋养殖群体的多态位点比例为43.75%,平均杂合度为0.3298,Shannon信息指数为0.1221,群体内个体间平均遗传相似系数为0.8784,平均遗传距离为0.1216。大部分遗传变异(93.52%)存在于群体内,少部分遗传变异(6.48%)存在于群体间。两群体间的Nei氏标准遗传距离为0.0123。以上分析表明,大黄鱼官井洋养殖群体的遗传多样性水平高于岱衢洋选育群体,但两个群体都处于较低的遗传多样性水平,需要对大黄鱼的种质资源进行科学管理和保护,以避免遗传多样性下降。 相似文献
14.
4种石斑鱼的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用25个引物,对海南养殖的点带石斑鱼、广东养殖的斜带石斑鱼、南海西沙野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼的基因组DNA进行了RAPD分析,并用UPGMA法对4种石斑鱼进行聚类分析.研究结果表明:(1)野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼群体内遗传多样性较高,多态位点比率分别为58.07%和55.65%,平均遗传杂合度分别为0.1793和0.1622,表明南海野生石斑鱼遗传变异水平较高,种质资源状况良好;而养殖的点带石斑鱼和斜带石斑鱼遗传多样性偏低,多态位点比率分别为49.70%和40.38%,平均遗传杂合度分别为0.1349和0.1135,表明石斑鱼养殖群体遗传多样性水平有所下降,应及时采取适当的保护措施.(2)4种石斑鱼种间遗传距离及聚类分析表明,点带石斑鱼与斜带石斑鱼遗传距离最近(D=0.2570);鲑点石斑鱼与蜂巢石斑鱼遗传距离次之(D=0.5146);斜带石斑鱼与蜂巢石斑鱼的亲缘关系最远(D=0.5810).(3)在8个引物中,有区分4种石斑鱼的特异性片段,可用于这些石斑鱼的鉴定. 相似文献
15.
泥蚶人工选育群体的微卫星分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用微卫星分子标记技术对人工选育的泥蚶(Tegillarca granosa)群体进行遗传多样性分析。结果表明:在12个标记位点中,每个位点的等位基因数为2~9个,观测杂合度平均范围0.4195~0.4725,期望杂合度平均范围为0.5700~0.6323。哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在48个群体-位点组合中有32个群体-位点组合显著偏离平衡。Shannon遗传多样性指数为1.0608~1.2242。群体间的遗传分化系数Fst值从0.0347~0.4549,平均值0.1930;基因流Nm值为0.2996~6.9617,平均值2.3367;群体近交系数Fis范围0.0052~0.7135,平均值0.2468。结果表明,连续的人工选育过程,群体的遗传多样性仍然比较高,但选育过程对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。 相似文献
16.
马氏珠母贝金黄壳色系F3和基础群体 总被引：2，自引：0，他引：2
2003年4月,从广东湛江流沙港养殖群体选取金黄壳色个体为亲本建立育种基础群体,2004-2007年期间,按照壳色性状对基础群体进行连续3代选择建立选系F3。2009年5月,利用10对微卫星引物分析了金黄壳色系F3和基础群体的遗传结构。结果表明:在10个位点中共检测出40个等位基因,每个位点产生的等位基因数2~6个,平均每个位点产生4个等位基因;金黄壳色系F3和基础群体的平均有效等位基因数分别为2.286 2和2.264 6,平均表观杂合度分别为0.411 9和0.440 3,平均期望杂合度分别为0.533 3和0.546 4,平均多态信息含量分别为0.472 2和0.465 5;两个群体的平均遗传分化系数为0.038 9,属于轻度偏中度分化水平。本研究说明了,经过3代连续选择后选系具有较高的遗传多样性。 相似文献
17.
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对5个西施舌自然群体的遗传多样性进行了研究.在选择的20个随机引物中共检测到168条标记条带.每个引物扩增谱带数在3～15之间.片段长度250～3 000 bp不等.利用Popgen1.32和PHILIP统计软件对实验数据进行处理,确立了5个群体间的亲缘关系,并对3个形态参数进行了方差分析,探讨了与RAPD结果的关联.结果表明:5个群体内和群体间遗传距离都较大,广西北海群体由于地理环境等因素的影响,无论是外部形态和遗传距离与其他4群体有较大差异,可能已经形成了地理种群.5个群体多态位点比例和平均遗传杂合度都较高,平均值为78.97%和0.308 7,香农多样值在0.301 8～0.367 3之间,聚类分析显示,山东群体与江苏群体亲缘关系最近,然后依次是浙江群体和福建群体.我国西施舌遗传多样性处于较高的水平,种质资源良好,西施舌养殖有很好的发展前景. 相似文献
18.
皱纹盘鲍野生与养殖群体微卫星标记遗传变异研究 总被引：9，自引：3，他引：6
采用7个微卫星标记对辽宁大连、山东烟台、荣城、崂山和胶南5个皱纹盘鲍养殖群体,以及山东长岛、荣城、日本岩手、韩国仁川4个皱纹盘鲍野生群体进行了群体遗传多样性与遗传分化的研究.结果表明,从等位基因数与杂合度上分析,养殖群体(N=8.0～9.4,He=0.754～0.787)遗传多样性显著低于野生群体(N=11.3～15.0,He=0.821～0.866);等位基因频率分布揭示出野生群体中一些稀有等位基因在养殖群体中有所丢失;亲鲍选用数量少与性别比例不均衡可能是产生养殖群体中遗传多样性显著减少的原因.通过对等位基因频率比较分析,5个养殖群体之间以及养殖群体与野生群体之间观察到显著差异的Fst与Rst值,野生群体之间日本群体Fst与Rst值与其他3个野生群体差异显著,群体间存在遗传分化;养殖群体间遗传距离与地理距离不相关,可能是皱纹盘鲍育苗过程中亲鲍和苗种频繁交流所造成的结果;日本群体与其他3个野生群体间存在显著遗传分化与皱纹盘鲍短暂的浮游期与有限的扩散能力有关. 相似文献
19.
采用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直平板电泳对湛江、北海和汕尾三地翡翠贻贝(Perna viridis)野生群体10种同工酶21个的位点的生化遗传特性进行分析.分析结果表明8个位点(Alp-1, Alp-2, G6pdh-1, Me-1, Me-2, Sdh-1, α-Est-5, β-Est-2)具有多态性.湛江、北海、汕尾群体的多态位点比例分别为0.381,0.286,0.381,平均期望杂合度分别为0.6 097, 0.5 407和 0.6 893.群体内杂合度较高,遗传多样性较丰富.群体间的基因分化系数在 0.0 140 ～ 0.0 389 范围内,北海和湛江群体间,湛江和汕尾群体间以及北海和汕尾群体间的遗传相似性分别为0.9 838,0.9 861 和 0.9 630; 聚类分析表明湛江和汕尾群体遗传距离极小,而与北海群体分歧稍明显.上述的结果表明,翡翠贻贝 3 个群体种质资源遗传多样性依然处于良好状态. 相似文献
20.
马氏珠母贝是重要的海水养殖贝类, 为了探究繁育亲本及其子代的遗传结构和关系, 本研究运用多元性形态学和SNP标记对马氏珠母贝母本深圳群体、父本海南群体和其杂交子代F1的外部形态和分子遗传结构进行分析。结果发现, 3个群体的综合判别率为72%, F1和母本群体的形态差异最小, 父本群体与母本、F1的形态差异较大。采用HRM法 (high resolution melting) 应用4个SNP位点对这3个群体进行分型, 3个群体的平均观测杂合度Ho和期望杂合度He分别为0.2110~0.2879和0.3317~0.4685, F1的杂合度高于两个亲本; 平均多态信息含量PIC值为0.2643~0.3556, 呈现中等程度遗传多样性。F1与母本之间的基因流Nm最大(7.7701), 遗传距离最小(0.0546), 亲缘关系最近; 两个亲本之间的Nm最小(1.9662), 遗传距离最大(0.1759)。rs8位点可以判别两个亲本群体, 可作为特异性的标记。该结果可以为马氏珠母贝群体遗传结构鉴别、育种群体管理提供指导。 相似文献