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本文利用RACE技术克隆获得红鳍笛鲷(Lutjnaus erythropterus)酪氨酸酶相关蛋白1基因全长,并利用生物信息学方法对该基因的m RNA序列特征、氨基酸序列特征、分类及系统发生进行了分析。结果表明,在红鳍笛鲷中,酪氨酸酶相关蛋白1基因含有TYRP1a和TYRP1b两个拷贝,其中TYRP1a序列全长3178bp,开放阅读框(ORF)长1566bp,5?端235bp,3?端1377bp;TYRP1b基因c DNA全长1871bp,ORF区长1656bp,5?端89bp,3?端126bp。序列分析发现,TYRP1a和TYRP1b基因与其它物种的同源基因保守性较高,尤其是酪氨酸酶基因家族典型的酶活性位点序列在脊椎动物中具有高度保守性。进化分析发现,TYRP1a和TYRP1b基因的种间同源性高于两个基因间的同源性。荧光定量PCR数据分析表明,TYRP1a和TYRP1b基因都在眼睛部位具有最高表达,TYRP1b在黑色皮肤也有较高表达。结果可为进一步阐述TYRP1基因在红鳍笛鲷身体和眼睛部位的色素合成机制提供一定的理论基础。 相似文献
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甲壳动物线粒体DNA的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
对于甲壳动物的分子生物学研究特别是其中与进化相关的研究工作目前主要围绕着线粒体基因序列开展。在近20年的生物线粒体序列研究过程中线粒体全序列的数量经历了一个飞速发展的过程，但甲壳动物中仅有8个物种的线粒体全序列完成测序。通过对NCBI(National Center for Biotechnology Infomation)的GenBank中数据的分析我们发现线粒体基因序列的数量占全部序列数的近一半。甲壳动物线粒体序列的研究主要围绕着12s rRNA、16s rRNA和COI进行，国内的相关研究处于起步阶段。 相似文献
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采用分子生物学方法,对分离的米氏凯伦藻4株藻际异养细菌进行分子鉴定和功能分析。结果表明,经16S rRNA序列分析,4株藻际异养细菌分别隶属于Formosa、Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter四个属,P1菌株与Formosa的16S rRNA核苷酸序列的同源性为95%,P2、P3和P4菌株与Erythrobacter、Shewanella和Marinobacter的同源性在99%以上。通过4株异养细菌及其同源性大的24株细菌构建进化树得出,28株细菌在系统发育树中主要分成4个分支,与同源性分析相符。 相似文献
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南沙海区沉积物中细菌和古细菌16S rDNA多样性的研究 总被引：11，自引：1，他引：10
采用细菌16SrDNA通用引物和PCR扩增等方法,构建了南海南沙海区沉积物16S rDNA文库,并通过RFLP酶切分型对所获得的70个克隆进行测序。从国际分子生物学数据库中调取相关序列,以PAUP4．0分析软件构建序列同源性矩阵和系统发育树图。结果表明,与细菌文库中克隆相似的微生物属于4个细菌类群：变形细菌(Proteobacteria)(60％)、革兰氏阳性细菌(Gram-positivre bacteria)(13％)、浮霉菌(Planetomycetes)(10％)和无硫绿细菌(Green nonsulfur bacteria)(6％),其中变形细菌(包括δ-、γ-和α-变形细菌)是明显的优势类群。采用Blast程序对所有序列基因数据库进行搜索,发现只有一个克隆与已知序列完全相似,说明文库具有极高的多样性。但是对古细菌文库中所获得的克隆子进行二级结构和序列特征分析的结果表明,这些克隆子均为海洋未获培养的细菌,因此在作者的文库中并未有古细菌的发现。 相似文献
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南海常见硬骨鱼类COⅠ条码序列 总被引：8，自引：1，他引：7
运用一对特异性引物扩增并测定了南海硬骨鱼类40个物种89个样本的线粒体DNA的细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)约660bp的部分序列,即COⅠ条码序列。综合比较了《中国鱼类系统检索》、《海洋鱼类志》、FishBase鱼类形态学分类库、ITIS综合分类学信息系统和生物条码系统(The Barcode of Life Data System,BOLD)的相应形态学与DNA序列资料,在揭示完善我国鱼类检索系统必要性基础上,探讨了COⅠ条码序列在硬骨鱼类辅助物种鉴别和适用性,并对运用该条码序列库完善我国鱼类检索系统的可能途径进行了初步摸索。结果表明,COⅠ条码序列获取便捷,广泛适用硬骨鱼类物种鉴别,并可用于低级分类阶元的系统进化分析。本研究结果可为分子生物学辅助分类、市场监督、资源有序利用和保护提供参考。 相似文献
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软体动物初生壳形成是贝壳早期发育研究的重要内容。目前,初生壳形成的机制尚不清晰。本文从笠贝(Lottia goshimai)中克隆了一个酪氨酸酶基因(lgo-tyr1),聚类分析表明其与长牡蛎基因cgi-tyr1是直系同源基因。Lgo-TYR1的序列分析显示它具有两个典型的铜离子结合结构域和一个信号肽。通过整装原位杂交和电子扫描显微镜观察,检测到lgo-tyr1在担轮幼虫的圆形贝壳区以及紧邻的环状细胞带中表达,表明lgo-tyr1可能参与了担轮幼虫初生贝壳的生物合成以及贝壳区边界的确立。 相似文献
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贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。 相似文献
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菲律宾蛤仔提取物抑制酪氨酸酶活性的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
菲律宾蛤仔软体部经匀浆、乙醇提取、旋转蒸发浓缩,得到菲律宾蛤仔乙醇提取物,乙醇提取物经有机溶剂萃取,依次得到乙酸乙酯萃取物、石油醚萃取物和水溶性组分.在32 ℃,pH=6.8的Na_2HPO_4-NaH_2PO_4缓冲体系中,研究菲律宾蛤仔提取物对酪氨酸酶活力的抑制作用.结果表明,菲律宾蛤仔乙醇提取物对酪氨酸酶有明显的抑制作用, 其IC_(50)为0.388 mg/mL.进一步动力学分析表明,乙酸乙酯萃取物、石油醚萃取物对酪氨酸酶具有非竞争性可逆抑制作用,水溶性组分对酪氨酸酶具有竞争性可逆抑制作用. 相似文献
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胶州湾浮游植物分子遗传多样性初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序列相似性定义为种内变异 ,38个片段分别代表1 3个不同的物种 ,或称为不同的操作分类单元。与数据库序列比较发现 ,PPJZ0 1 ,PPJZ1 1和 PPJZ2 0可能是已报道的 rbc L基因序列代表的物种 ,其它克隆在数据库中没有对应的近缘物种序列存在。系统学分析表明分离的克隆分别属于隐藻门、硅藻门、绿藻门和 streptophyta等的浮游植物 ,极少数克隆来源于异鞭毛藻类、定鞭藻纲和原细菌。根据各操作分类单元克隆数计算得胶州湾浮游植物分子遗传多样性指数为 1 .97。研究结果为利用分子生物学方法剖分海洋浮游植物群落结构、研究海洋浮游植物动力学积累了基础数据 相似文献
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为了解色素控制基因与壳色的关系,本实验用荧光定量聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术分析了酪氨酸酶基因(Tyrosinase,TYR)在菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)4种壳色蛤仔和7种组织中的表达特性。结果表明,酪氨酸酶基因在鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、内脏团、水管和唇瓣中均有表达,其中外套膜中表达量较高,其次为鳃,在闭壳肌中表达量最少。不同的酪氨酸酶基因在4种壳色的表达量不同,酪氨酸酶基因TYR2、TYR3、TYR6和TYR9在白斑马蛤中表达量居高,且与斑马蛤和白蛤差异显著(P0.05)。TYR2、TYR6和TYR10在橙蛤中表达量最高,推测与橙色形成有关。TYR11在斑马蛤中表达量最高,且与白蛤和白斑马蛤差异显著(P0.05),推测与背景色形成有关。系统发育分析结果表明,TYR3与马氏珠母贝(Pinctada martensii)同源性最高为64%。TYR10与加州双斑蛸(Octopus bimaculoides)同源性最高,为53%。与长牡蛎进化关系最近。 相似文献
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本研究应用形态学和分子生物学方法对福建海域的一种海参——海地瓜（Acaudina molpadioides）进行了观察和分析,描述了海地瓜的骨片、触手、石灰环、波里氏囊、呼吸树、性腺等重要特征。观察到的骨片类型有哑铃体、颗粒体、杆状体、C形体、穿孔板和环形体,数量上以哑铃体为主。与之前的报道相比,颗粒体和C形体是两种新观察到的骨片类型。获得了一段海地瓜的mtCOⅠ基因片段序列（长度为596 bp）,基于mtCOⅠ序列的系统发育树（NJ树、ML树和Bayes树）在一定程度上支持了海地瓜属于海参纲芋参目尻参科物种的分类地位。将该序列与GenBank中已收录的4条海地瓜mtCOⅠ序列（登录号：MK050109、EU827691、FJ971405、KX874336）进行了遗传距离分析,结果显示MK050109序列样本与本研究样本为相同物种,即海地瓜,其余3条mtCOⅠ序列的物种命名还需要进一步论证。 相似文献
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中华鳖（Pelodiscus sinensis）不同种群酪氨酸酶（TYR）基因的克隆及其多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以中华鳖4个种群80个个体（太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和“清溪乌鳖”种群）肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶（Tyrosinase,TYR）基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点。中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异。以此设计酶切位点,选用SmaⅠ内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性。AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群（60％）〉台湾引进种群（30％）〉太湖种群（20％）,以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为“清溪乌鳖”种群（70％）〉台湾引进种群（50％）〉太湖种群（40％）〉日本品系种群（30％）。 相似文献
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裂殖壶菌OUC88 及10 个派生菌株18S rDNA 基因克隆和分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用PCR方法从裂殖壶菌Schizochytrium limacinum OUC88及以其为出发菌株经紫外诱变筛选的10个菌株中扩增出18S rDNA基因序列(1751bp到1758bp)进行序列测定,以上序列已登录GenBank(HM042904-HM042914)并与已登录的裂殖壶菌属5条18S rDNA序列比对分析。结果表明,S.limacinum OUC88以及10个派生菌株间18S rDNA的遗传距离是0.000~0.013,与Schizochytrium sp.FJU-512 18S rDNA(GenBank No.AY758384)的同源性最高,为98%~99%;与S.limacinum(GenBank No.AB022107)的同源性为96%;与同属异种S.mangrovei(GenBank No.DQ100293)只有93%的同源性。并运用序列比对分析和MEGA4.0系统进化树,结果显示种内诱变产生的细微变异小于同属内不同物种之间的变异。本研究除了为裂殖壶菌这种重要的经济海洋真菌提供分子生物学资料以外,同时表明18S rDNA序列不仅在分子分类上是一个重要的标志,也可分析由突变引起的物种内细微的遗传变异。 相似文献
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海链藻目核糖体RNA基因片段的扩增及多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18S核糖体RNA基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18S核糖体RNA基因片断。 相似文献
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条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增 总被引：9，自引：0，他引：9
采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。 相似文献
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采用RT-PCR技术和RACE技术成功克隆淡水鱼类斑鳢sGST基因cDNA全序列,推测得到氨基酸序列,初步分析其结构功能域及系统进化关系。结果表明,斑鳢sGST基因cDNA序列全长为898bp,编码225个氨基酸。斑鳢sGST与真鲷、金头鲷、鲽、黑头鲦、川鲽、大口黑鲈等最新定名为ρ型的sGST氨基酸同源性较高,ρ型sGST为水生生物所特有并共同占据进化树上独立的分枝;与大鼠、小鼠、人等哺乳动物sGST现有所有类型同源性均很低,并且在进化树上距离也较远,表明本研究成功克隆的sGST基因应属于ρ型,可能在鱼类等水生生物对水栖环境的适应上有重要作用。 相似文献
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为了探讨半胱氨酸-氨糖美拉德反应产物(GCMRPs)对酪氨酸酶催化活性的影响及其在对虾冷藏保鲜中的作用,以半胱氨酸及虾蟹壳氨基葡萄糖盐酸盐为原料,在碱性条件下(pH=10)制备美拉德反应产物,并分别测定其酪氨酸酶二酚酶活抑制能力及对南美白对虾黑变腐败的影响。结果显示,GCMRPs具有很强的二酚酶活抑制能力,对酪氨酸酶二酚酶活的抑制类型为不可逆的竞争性抑制。通过比较,在同浓度下,其抑制酪氨酸酶二酚酶活能力比半胱氨酸、曲酸更为优越,可做为一种有效的酶抑制剂。同时,鲜虾保鲜实验显示该产物有很好的防止黑变的能力,且有一定的防腐能力。 相似文献
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以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列.扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点.中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异.以此设计酶切位点,选用SmaI内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性.AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群(60%)＞台湾引进种群(30%)＞太湖种群(20%),以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为"清溪乌鳖"种群(70%)＞台湾引进种群(50%)＞太湖种群(40%)＞日本品系种群(30%). 相似文献