共查询到16条相似文献，搜索用时 109 毫秒
1.
在陆架海区沉积物中, DNA高通量测序技术可检获大量浮游寡毛类和舞毛类等非底栖纤毛虫,这些源于水体的环境DNA(eDNA)如何影响对沉积物中纤毛虫分子多样性的评估,以及影响程度如何尚不明确。本研究选取了黄海冷水团中的两个站位,通过提取水体和沉积物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脱法提取沉积物DNA,结合DNA和cDNA测序技术,探讨了水体和沉积物中纤毛虫分子多样性的关系。研究表明,基于洗脱DNA法、直接提取DNA法和cDNA法获得的沉积物中纤毛虫OTUs数分别为451、312和324个,其中211个OTUs同时由三种方法检获;而164个OTUs仅通过洗脱DNA法检获,其中89%为相对丰度低于0.1%的稀有类群。直接提取DNA法所获的寡毛类和舞毛类序列数占比达46%,而在洗脱DNA法和cDNA法中占比仅为12%和10%。沉积物中检获的43%—71%的舞毛类和寡毛类OTUs与浅层水(40m)共有,仅19%—29%与深层水(40m)共有,且这些共有的OTUs可同时在浅层水中检获。本研究发现,对沉积物中纤毛虫分子多样性评价造成影响的浮游类群主要来自浅层水,洗脱DNA与cDNA测序均可显著降低浮游类群eDNA的影响。鉴于洗脱DNA法较之cDNA法操作更简便,且避免了反转录过程导致的偏差,因此推荐用于对近海沉积物中纤毛虫等真核微生物的分子多样性研究。 相似文献
2.
浮游纤毛虫是真核微型生物的重要类群,在浮游生态系统中发挥着重要作用。利用传统形态学与高通量测序技术相结合的方法,于2020年9月至2021年8月对莱州湾三山岛近岸浮游纤毛虫进行每月两次的调查。对环境DNA的18S rRNA基因的V4区进行高通量测序,结果显示无壳寡毛类(占纤毛虫序列丰度的40.14%)和砂壳纤毛虫(10.67%)是优势类群,并且具有明显的季节变化。无壳寡毛类在冬季序列相对丰度最高,主要由急游虫属(Strombidium)和急游虫科未定类群(Strombidiidae_X)组成;砂壳类在春夏季序列相对丰度最高,主要由砂壳目未定类群(Tintinnida_XX)和拟铃虫属(Tintinnopsis)组成。浮游纤毛虫群落的β多样性呈现显著的季节变化,而α和β多样性在站点间差异均不显著。与环境因子的RDA分析显示,总有机碳和溶解氧含量是影响纤毛虫群落结构的主要环境驱动因子。形态学方法共检获鉴定17种纤毛虫,分别隶属于7个属,其中砂壳类在多样性和检获频率上均为最优势类群。研究填补了莱州湾三山岛海域浮游纤毛虫的多样性、群落结构和季节动态研究的空白,同时为深入研究温带海湾近岸浮游纤毛虫群落的长期变化规律以及对环境因子的响应机制提供本底资料。 相似文献
3.
环境DNA（eDNA）技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA（eRNA）可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括：1）样本量不同;2）RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区两个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较四种DNA/RNA提取方法：DNA直接提取（0.9g沉积物）,大样本量DNA直接提取（2g）,DNA洗脱法（2g）,RNA直接提取法（2g）;以及三种RNA提取后的处理方法：无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量（2g）DNA直接提取法所检获的可操作分类单元（OTUs）约为小样本量（0.9g）的两倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。 相似文献
4.
采用Ludox-QPS方法,研究了2011年8月采自长江口邻近海域9个站位沉积物中纤毛虫的群落结构及分布特点,并结合沉积环境进行综合分析。结果表明,表层8cm沉积物中底栖纤毛虫的平均丰度为(2782±1493)cells/10cm2,生物量为(10.06±6.41)μgC/10cm2。长江口海域北部站位的丰度和生物量呈从近岸向外海增加,南部的站位呈现相反的分布趋势。在垂直分布上, 62%的底栖纤毛虫分布在表层2cm, 12%分布在5—8 cm。本研究共检获纤毛虫106种,隶属于15纲/亚纲, 24目, 69属,前口纲在丰度及生物量上均为最优势类群(丰度占45.5%,生物量占56.4%),核残迹纲在生物量上居第二位。就食性来看,肉食性纤毛虫物种数最多(44种),其丰度和生物量所占比例也最高(40.3%,66.8%),但在长江口外站位(M1站),菌食性纤毛虫为最优势摄食类群。分析表明,研究海域底栖纤毛虫群落结构与底层水盐度最相关。聚类分析结果显示,由于较多量的伪钟虫属(Pseudovorticella)和原领毛虫属(Prototrachelocerca)种类出现导致长江口北部L1站的纤毛虫群落结构不同于其他站位。本研究所获底栖纤毛虫的丰度和生物量较东海离岸海域已有研究结果均高,表层8cm沉积物中纤毛虫的丰度约是上层30m水柱中浮游纤毛虫的116倍,生物量约是后者的150倍。基于目前黄东海有关底栖纤毛虫物种多样性的已有报道,其多样性在长江口离岸海域高于近岸潮间带,且在离岸海域东海低于黄海。 相似文献
5.
黄渤海底栖纤毛虫分子多样性和生物地理学研究 总被引：3，自引：0，他引：3
对中国渤海、北黄海和南黄海三个海域底栖纤毛虫的分子多样性与生物地理学进行了研究。从底栖真核微生物18S rDNA的焦磷酸测序数据中提取出隶属于纤毛门的序列，并在此基础上分析了纤毛虫群落的阿尔法多样性和贝塔多样性。结果表明，纤毛虫操作分类单元的丰富度在渤海比北黄海和南黄海都高，但夏冬两季无显著差异。在所有检测的环境因子中，水体深度与阿尔法多样性的相关性最强。就纤毛虫群落组成上看，总体上旋唇纲的序列及操作分类单元丰富度均占优势地位（占比分别为77.0%和66.5%）；旋唇纲主要由环毛亚纲以及未能进一步分类的类群组成。底栖纤毛虫群落结构在三个海域之间显著不同，但夏冬两季无显著差异。从各主要类群的相对比例来看，唯有侧口纲的序列比例在三个区域间呈现显著的不同。偏门特尔分析表明，相对于地理距离和环境因子而言，水体深度在调控底栖纤毛虫群落结构中扮演者更为重要的角色。本研究同时也发现，超过60%的操作分类单元未能被进一步分类到纲或目级水平，约45%的操作分类单元与GenBank数据库中已描述种类的序列相似度低于或等于97%，表明在近海沉积物中可能存在大量待发现的纤毛虫类群或物种。本研究发现底栖纤毛虫阿尔法多样性从北黄海到南黄海降低的趋势，这一点与之前基于形态学方法的调查结果相似。然而，测序数据显示旋唇纲是最主要类群，而形态学调查表明前口纲和核残迹纲是主要类群。本文也探讨了可能造成分子与形态学研究结果差异的一些潜在原因。 相似文献
6.
纤毛虫是潮间带沉积物中多样性高且丰度占优势的类群,其群落结构可反映环境状态。于2013年11月(秋季)、2014年2月(冬季)、5月(春季)和8月(夏季)开展了南麂列岛火焜岙砂质潮间带沉积物中纤毛虫物种多样性和群落结构的时空分布研究。结果表明,该生境中底栖纤毛虫物种丰富,共检获148种纤毛虫,涉及19目70余属;纤毛虫的丰度和物种组成呈现显著的季节差异和垂直分层差异。其中,丰度占优势的纤毛虫按食性依次为菌食类群、肉食类群和藻食类群;已非典型的砂隙纤毛虫区系,而是呈现出某些有机质丰富的泥沙质沉积物中的纤毛虫群落的特点,这可能是该生境受人类活动影响的后续效应。但纤毛虫物种多样性较高,这表明尽管存在人类干扰的长期效应,潮间带周边环境良好,对周边居民及设施的动迁等多样性保护措施可能已经产生了向好的结果。 相似文献
7.
荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1 612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。 相似文献
8.
为了解红树林不同潮位沉积物中底栖真核生物群落分布,基于18S rRNA基因采用高通量测序方法分析了广西北仑河口陆缘、林中和海缘3个潮位红树林沉积物中底栖生物群落结构。结果表明,北仑河口潮间带红树林沉积物中底栖生物多样性丰富,Shannon-Wiener指数变化范围在6. 08～6. 73之间; PCA分析表明潮间带中底栖生物群落差异较大,陆缘红树林中扁形动物、节肢动物和软体动物相对丰度较高,林中区域中纤毛虫、环节动物和轮虫相对丰度较高,海缘红树林中硅藻相对丰度较高;红树林中主要OTUs有桡足类的太平洋纺锤水蚤(Acartia pacifica)、硅藻类的海链藻(Thalassiosira sp.)、纤毛虫类的前管虫(Prorodon teres)、多毛类的小头虫(Capitella sp.)。高通量测序方法能较全面反映红树林区微型/小型底栖生物群落,研究结果为丰富红树林底栖生物群落研究和解析底栖生物在红树林生态系统发挥的作用提供基础数据。 相似文献
9.
10.
运用高通量测序技术分析微型生物多样性时, 生物学重复间常表现出明显的异质性, 这可能是高比例的稀有可操作分类单元(operated taxonomic unit, OTU)造成的“假象”。为明晰陆架海区站位间及同一站位重复间底栖纤毛虫群落的异质性水平, 并探明稀有OTU与群落异质性的关系, 给出去除稀有OTU阈值的科学建议。本研究在东海选取具有明显环境梯度的4个站位, 每站位采集3个重复沉积物, 采用高通量测序技术研究纤毛虫群落与分布。研究表明同一站位重复间群落不相似度在30%~34%, 重复间群落的高差异性会掩盖地理距离较近的站位间差异(33%)。各个站位重复间共有OTU分别占该站位检获的总OTU数的34.4%, 31.9%, 39.5%和36.5%, 而序列数基本占据94%以上。相对丰度小于0.1%的OTU占总OTU数的80%。依次去除相对丰度低于0.01%至0.1%的OTU, 发现去除稀有OTU能够有效降低重复间差异, 去除越稀有的OTU, 降低效果越强; 对站位之间的差异影响较小, 且站位差异越大影响越小。稀有OTU的分布随机性极强, 基本与站位无关。相对丰度低于0.015%的OTU是造成重复间群落异质性的主要原因, 去除该部分OTU可更真实地展现底栖纤毛虫的群落异质性。 相似文献
11.
杭州西溪湿地沉积物细菌的群落结构和多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术,对杭州西溪湿地4种不同植被下沉积物的细菌多样性进行了研究。通过提取样品基因组DNA,对16S r RNA V3、V4区测序,共获得有效序列67734条,产生2181个OTU,序列平均长度为441 bp,其中大于400bp的序列占99.74%。对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析,结果表明,沉积物具有很高的细菌多样性,涵盖了30个门252个属的细菌。其中变形菌门(Proteobacteria)是各样品的优势类群,所占比例高达30.0%—64.7%。同时,β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲在变形菌门中占主导地位,在这些类群中发现有大量与N、S等元素代谢相关的菌群,应该在湿地沉积物的元素循环中发挥着重要作用。此外,4个样品中约有10%—15%的序列属于无法确定分类位置(Unclassified)的类群,说明西溪湿地沉积物中蕴藏有较多的潜在新物种。本研究结果将为西溪湿地的保护和修复提供理论和实践依据。 相似文献
12.
Surface sediment samples were collected from sixteen sites of the southern Chinese coastline in this study. Diversity of eukaryotic microalgae was examined using high-throughput sequencing of 18S rDNA to understand the community structure and geological distribution of microalgal resting stages. A total of 218 operational taxonomic units (OTUs) were detected for eukaryotic algae, and only 75 OTUs (34.40%) were detected into species level. The algal communities were composed of sixty-four genera belonged to twelve classes of four phyla. Dinoflagellates were the most abundant and diversified group, which accounted for the average of 56.26% and 53.70% DNA reads and OTUs, respectively. Dinoflagellates were dominated by Protoperidinium, Euduboscquella, Amylax, and Paragymnodinium. Chaetoceros, Thalassiosira, and Skeletonema were abundant in diatoms, while Pedospumella and Paraphysomonas in Chrysophyceae were the most abundant genera due to their massive occurrence in some particular sites. The high abundance of Protoperidinium sequences suggested the high nutrient levels in the southern Chinese coastline. Nineteen of the detected OTUs were assigned to harmful and/or bloom-forming microalgae. The wide occurrence of the toxic dinoflagellate Azadinium poporum and high abundance of Alexandrium pacificum in some particular sites suggested the potential risk of human poisoning. 相似文献
13.
本文采集了位于新疆水生野生动物救护中心和乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地的鱼菜共生池塘水样及水培空心菜根系,基于Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对上述样本的宏基因组ITS基因序列进行了测定和分析。在6份样品(4份水体样品、2份根系样品)中,共检测到78348条平均长度为256 bp的有效序列,这些真菌包括了6个门、25个纲和72个目。不同地点、不同样品类型间的真菌微生物群落存在明显差异,隶属于子囊菌门(Ascomycota)锤舌菌纲(Leotiomycetes)白粉菌目(Erysiphales)白粉菌科(Erysiphaceae)的菌群为根系样品所特有。乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘的空心菜根系真菌的Alpha多样性指数均最高,相应的对照池塘真菌多样性组成则最低。Beta多样性指数表明,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地水样和新疆水生野生动物救护中心空心菜根系真菌组成差异最大。从蔬菜长势情况来看,乌鲁木齐市米东区长山子镇水源地养殖基地鱼菜共生池塘明显好于新疆水生野生动物救护中心,推测其原因为:前者水体中真菌种类和数量较多,特有菌类(如石黄衣、酵母菌)能够改善水质、提供动植物生长繁殖的养分。 相似文献
14.
海洋蓝洞作为一种独特的海洋地貌单元,洞内的生物群落结构与生态系统特征一直是国内外同行学者关注的热点问题之一。南海三沙永乐龙洞是世界上最深的海洋蓝洞(300m),其独特的生态特征更为引入瞩目。本研究以古菌16S rRNA基因序列为目标,采用Illumina高通量测序技术对西沙永乐龙洞内水体与沉积物中的古菌群落结构进行了研究。结果表明,本研究所获得的古菌类群可归为4门、21纲、29目、42科、45属,广古菌和奇古菌是丰度最高的两种古菌。龙洞内表层水体中古菌群落多样性与洞外水体相差不大,但随深度增加,洞内古菌群落多样性显著降低,深水层古菌群落结构与浅水层差异显著。龙洞内沉积物中的古菌生存环境与水体差异巨大,为大量特殊物种提供了生存空间。侧壁沉积物中的古菌群落多样性随深度增加显著降低,而150m平台处古菌群落多样性则远高于侧壁沉积物。水温对龙洞内水体中的古菌群落结构具有显著影响(P0.01)。研究结果显示永乐龙洞古菌群落有很高的多样性,其垂向分布与洞内环境多要素的变化密切相关。本研究对认识三沙永乐龙洞内的生态系统特征有显著意义。 相似文献
15.
真核微生物是海洋生态系统中生物多样性高且功能重要的组成部分，但因个体微小且形态特征不明显，传统的分类学方法很难全面评估其多样性。环境DNA结合高通量测序技术为真核微生物多样性研究提供了可靠技术支撑，然而采水量对于评估寡营养海域浮游真核微生物多样性的影响仍知之甚少。本研究在吕宋海峡及菲律宾海盆中设置5个采样点，每个站点各取4个10 L表层海水样品用于真核微生物高通量测序分析。对各站每个重复所获得的真核微生物多样性进行研究，并分析了采水量与真核微生物OTU数量、群落结构及优势种和稀有种之间的关系。研究发现，采水量和真核微生物OTU数量之间呈正相关关系，10 L水所获得的平均OTU数量为40 L水的64%，20 L水可获得82%，30 L水为92%。10 L样品所获得的群落多样性指数显著低于30 L和40 L样品检获的群落，而20 L样品与30 L和40 L样品在多样性指数上无显著差异。随着采水量增加，更多的稀有OTUs被检获，而丰富OTUs数量变化不明显。但统计分析显示，10 L与40 L组样品检获的真核微生物群落结构无显著差异。因此，综合考虑样品的可得性和现场处理时间，最低20 L的采水量可用于评估这一寡营养海域的真核微生物多样性和群落结构特点。 相似文献
16.
山东省渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
海洋微生物在生态系统循环中发挥重要作用。为系统了解山东省渤海海洋保护区表层海水微生物群落多样性,作者利用Illumina高通量测序及生物信息学分析技术研究了12个水体样本的菌群构成和多样性特征。实验结果表明,山东渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落丰富,12个水体样品OTU分属于25门、56纲、103目、163科、227属;门、纲、目、科、属分类等级上的优势类群分别为变形菌门(Proteobacteria)(57.95%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(21.88%)、黄杆菌目(Flavobacteriales)(4.31%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)(10.68%)、Candidatus portiera(7.94%);保护区内表层海水微生物具有其独特的菌群特征和多样性。本研究结果为进一步认识海洋微生物多样性与海洋生态环境保护的关系奠定了基础。 相似文献