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1.
采用通用引物-PCR扩增法,测定了辽宁营口海蜇成体的部分16S基因序列578bp、部分COI基因序列633bp,以及黄海海域沙海蜇成体部分COI基因序列645bp、部分16S基因序列479bp.结果表明,海蜇个体间的16S序列只有一个变异位点,其余序列完全一致;COI序列共有4个变异位点,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点.沙海蜇个体间的COI序列碱基组成完全一致,16S序列碱基组成也完全一致.从辽宁盘锦和山东胶州所取的水母碟状体和稚水母的测序结果显示,COI序列与海蜇成体的差异为0.5%-0.6%,与沙海蜇成体的差异为18.9%-19.4%;16S序列与海蜇成体的差异为0.0%-0.2%,与沙海蜇成体的差异为13.1%-13.3%.以上结果表明,水母碟状体和稚水母都为海蜇而非沙海蜇.结合GenBank中已有的其它水母类COI基因同源序列信息,构建分子系统发育树.结果显示:轮环水母亚目(Kolpophorae)和指环水母亚目(Daktyliophorae)以及有肩板族(Scapulatae)和无肩板族(Inscapulatae)的分类划分,与传统分类一致.从分子水平上证明,在黄海海域采集的沙海蜇和在日本采集的越前水母的差异只处于种内水平,两者应为同物异名. 相似文献
2.
采用实验室模拟的方法,研究了不同海水温度、盐度、pH、N/P比下,沙海蜇消亡过程中海水溶解氧的变化特征,这对探讨水母灾害性暴发后消亡的环境影响有重要的科学意义。研究结果表明,沙海蜇的消亡可引起海水溶解氧浓度的显著降低,不同海水温度、盐度、pH、N/P比条件下沙海蜇消亡引起的海水溶解氧浓度的降低无显著差异,但与没有沙海蜇消亡时,海水溶解氧的变化相比则差异显著。沙海蜇消亡一般需要6—7天时间,在高N/P比的海水中,沙海蜇的消亡时间延长。沙海蜇的消亡造成水体的严重缺氧,水体氧饱和度低于20%,从第2天到第3天,本底海水、不同过程温度、盐度、pH条件下,消耗水体氧的量剧增,第6天达到峰值,但不同N/P比条件下,水体溶解氧的降低在第2天即可达到一个耗氧的高值,一直持续到第7天出现峰值;海水温度、盐度、pH、N/P比变化,可导致沙海蜇的消亡过程中水体氧消耗量的变化,就这四种影响因素而言,其平均最大耗氧量从大到小的顺序是:温度(23—30℃区间段)>pH(5.0—9.0区间段)>盐度(21—33区间段)>N/P比(16:1—240:1区间段),分别为39.9、39.7、38.0和35.9mg/(kg.d),相对而言,水体温度和pH对沙海蜇消亡过程中氧消耗量影响较大,水体N/P比和盐度影响较小。所以,沙海蜇消亡过程中,由于海水温度和pH的变化形成的低氧区更为严重,而且在当今富营养化(高N/P比)的近海水域中,水母的消亡高耗氧的时间加长,对海水环境造成的影响更为严重。 相似文献
3.
自20世纪90年代末起,沙海蜇频繁暴发于东亚海域,特别是8、9月份为黄海沙海蜇生物量的高峰期/大量暴发期。研究沙海蜇的大量出现对所在生态系统的影响十分必要,最直接的影响表现在对饵料生物浮游动物的影响。本文研究了黄海2006和2007年8、9月份沙海蜇的呼吸率、摄食率,估算了沙海蜇的食物需求量及其在黄海的分布格局,获得了其每天对中、大型浮游动物现存量及生产力的潜在摄食压力。结果表明沙海蜇的食物需求量的分布格局与其生物量的分布格局一致。在沙海蜇的捕获率为最大时,2006年9月上旬沙海蜇的摄食率为47.84(0.7—215.05)mg C/(m2d)。假设中、大型浮游动物都可以作为沙海蜇的摄食对象,那么每天对中、大型浮游动物现存量及生产力的摄食压力平均分别为6.4%(0.09%—28.79%)和76.61%(1.12%—344.28%)。2006年9月下旬及2007年8月沙海蜇的食物需求比2009年9月上旬有所降低。因此,沙海蜇在暴发期间对中、大型浮游动物潜在的消耗非常大,甚至是毁灭性的。尤其是沙海蜇在高生物量站位对浮游动物的食物需求非常高,沙海蜇对浮游动物的摄食压力远超过了浮游动物本身的生产力(大于100%),这时的浮游动物远远不能满足沙海蜇的食物需求。本文的研究结果为探讨沙海蜇暴发对黄海浮游生态系统的影响程度提供了基础资料。 相似文献
4.
采用磁珠富集法,利用生物素标记的(GT)15寡核苷酸探针从泥蚶基因组DNASau3A1酶切的500—1000bp片段中筛选GT/CA微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18-T载体上构建富集微卫星基因组文库后,通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序。在139条序列中有115条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点,阳性序列比例达到82.7%。其中perfect类型微卫星最大的重复次数为35次。在112条非冗余序列中,共有100条(88.5%)微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。 相似文献
5.
采用磁珠富集法,利用生物素标记的(GT)15寡核苷酸探针从三疣梭子蟹基因组DNA的Sau3A1酶切的500-1000bp片段中筛选微卫星序列.洗脱的杂交片段克隆到PMD18-T载体上构建富集微卫星基因组文库后,通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序.在56条测序序列中有49条非冗余序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点,阳性序列比例达到87.5%.其中perfect类型微卫星最大的重复次数为47次.在47条非冗余序列中,共有40条(85.1%)微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计.本研究中筛选的微卫星位点将为下一步的三疣梭子蟹种群遗传结构分析、经济性状的QTL定位提供遗传标记. 相似文献
6.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(3)
本研究采用PCR-SSCP技术,对长牡蛎(Grassostrea gigas)转化生长因子受体基因(Cg-TGF-βRⅠ)编码区单核苷酸多态性(SNP)与来自5个家系316个长牡蛎个体的生长性状(壳高、壳长、壳宽、总体量和软体部量)和糖原含量进行了关联分析。研究表明,在Cg-TGF-βRⅠ基因编码区扩增出的671bp基因片段中检测到4个SNP,其中3个SNP位点(T726C,A741G,A786G)与经济性状相关;A741G和A786G与生长性状和糖原含量均存在显著相关性(P0.05),T726C仅与壳长和软体部重有显著相关性(P0.05);3个SNP位点构建得到5个单倍型,H1(TAG)和H4(CAG)单倍型的个体在总体重和软体部重上均显著高于其它3种单倍型的个体。研究结果表明,Cg-TGF-βRⅠ基因多态性影响长牡蛎的生长性状和糖原含量,可用于以后的长牡蛎的分子标记辅助育种和遗传性状的改良。 相似文献
7.
探究横带髭鲷(Hapalogenysanalis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明,横带髭鲷基因组大小为543Mb;微卫星位点丰富,共检测到280 378个完美型微卫星位点,相对丰度为415.17个/Mb。二核苷酸重复是最丰富的微卫星类型(56.05%),其次为单核苷酸(29.20%)、三核苷酸(10.28%)、四核苷酸(2.99%)、五核苷酸(1.03%)、六核苷酸(0.45%)重复,短序列重复类型占95.53%。重复单元中A/T, TG/CA为优势重复单元,分别占总微卫星位点数的22.37%和21.98%;10次重复和6次重复的微卫星位点数量最多,占横带髭鲷基因组微卫星总数的14.60%和12.46%。利用筛选出的20对多态性微卫星位点扩增一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数从5到13不等,均值为8.75个;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.808和0.863;多态信息含量(PIC)均... 相似文献
8.
利用实验生态学方法,研究温度(15、19和23℃)、光照(明和暗)、仔鱼大小[全长(3.01±0.08)mm初孵仔鱼和(3.79±0.13)mm孵化后5天仔鱼]对稚海蜇[伞径(21.1±0.4)mm]捕食褐牙鲆仔鱼的影响。结果表明,稚海蜇对初孵仔鱼的捕食率随着水温升高而显著升高。光照条件在各仔鱼密度(10,30,50和80ind/L)下均不显著影响稚海蜇对初孵仔鱼的捕食率,说明光条件并不显著改善稚海蜇捕食仔鱼的能力。在高仔鱼密度(50和80ind/L)下,稚海蜇对孵化后5天仔鱼的捕食率显著低于对初孵仔鱼的捕食率;但在低密度(10和30ind/L)下,稚海蜇对两个不同发育阶段仔鱼的捕食率之间无显著差异。在低仔鱼密度下,稚海蜇对仔鱼的捕食率较低,这会降低仔鱼个体大小对稚海蜇捕食率作用的显著性。这既表明仔鱼逃避被稚海蜇捕食的能力随其发育生长而提高,也反映了稚海蜇对不同个体大小仔鱼捕食作用受仔鱼密度制约。 相似文献
9.
利用Hoechst 33258荧光染色法检测紫外线B(UVB)辐射诱导HaCaT细胞凋亡率。结果表明,扇贝多肽(Polypeptide from Chlamys farreri,PCF)可以剂量依赖性抑制UVB诱导的HaCaT细胞凋亡;表皮生长因子受体(EGFR)抑制剂AG1478能明显抑制UVB诱导的HaCaT细胞凋亡。采用3’-RACE法构建EGFR的cDNA片段,克隆测序检测突变位点。结果表明,UVB照射后EGFR发生碱基突变A→G,A→G,T→C,G→A,G→A;预加入5.69mmol/L的PCF,产生部分抗突变作用,1,2,3突变位点处未发生碱基的突变。 相似文献
10.
日本(虫寻)和底栖短桨蟹线粒体DNA 12SrRNA基因序列的初步研究 总被引：6，自引：1，他引：6
以相应引物对日本和底栖短桨蟹的线粒体 DNA1 2 S r RNA基因片段进行了 PCR扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间序列差异。结果表明 :日本 1 2 S r RNA基因片段长度为 41 4 bp,底栖短桨蟹为 41 5bp,2种的 A,T,G,C含量分别为 1 51 bp(36.47% ) ,1 53bp(36.96% ) ,43bp(1 0 .39% ) ,67bp(1 6.1 8% )和 1 50 bp(36.1 4 % ) ,1 55bp(37.35% ) ,44bp(1 0 .60 % ) ,66bp(1 5.90 % )。 2种间共出现了 3个碱基的缺失 /插入和 38bp的序列差异 ,其碱基转换与碱基颠换比约为 2 .1 7。 相似文献
11.
翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记。结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51%。翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10—25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62%和14.23%,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12%和6.36%。随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7%表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发。 相似文献
12.
针对海蜇早期生活史阶段幼体种类鉴定困难的问题,建立一种快速、灵敏、操作简便的环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法.根据海蜇的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)编码序列,设计LAMP引物,建立了海蜇幼体LAMP快速检测方法,并对LAMP反应体系、反应温度和反应时间进行了优化.结果表明,LAMP方法对海蜇目的基因的最小检测限为0.1 ng DNA.该检测方法特异性较强,与黄渤海其他常见钵水母种类海月水母、白色霞水母、沙海蜇均无交叉反应.利用本研究建立的海蜇LAMP检测方法对不同海域采集的成体海蜇样品和海蜇螅状幼体进行检测,结果显示,成体海蜇和海蜇幼体均呈现阳性结果,表明海蜇LAMP检测方法可以对海蜇幼体进行快速有效的检测.海蜇LAMP检测方法简单快速、灵敏且特异性强,可使其运用于沿海渔业部门海蜇资源的调查工作. 相似文献
13.
采用FIASCO (Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats)法和标记初步筛选法, 进行了大菱鲆(Scophthalmus maximus)微卫星标记开发的研究, 分析了大菱鲆基因组中微卫星DNA序列的特征, 并进行了拟作图标记的初步筛选。结果表明, FIASCO法的富集效率为78.56%, 二次筛选出655个阳性克隆, 测序后经分析有469条含有微卫星位点的单一序列, 共得到597个微卫星位点。其中完美型占51.76%, 非完美型占34.67%, 复合型占13.57%; 核心序列的重复次数在3—96次之间, 平均重复数为13.39次; 重复单元类别最多的是(CA/GT)n, 占77.6%。利用Primer Premier 5.0共设计413对引物, 其中有360对能够得到稳定表达的产物; 再经标记初筛试验得知, 183对引物(50.8%)的PCR产物有多态性, 其中110个微卫星位点(30.6%)符合遗传连锁图谱作图标准。 相似文献
14.
本研究利用青蛤(Cyclina sinensis)的转录组信息开发微卫星标记,共获得12418个微卫星位点。其中单核苷酸重复次数最多,共8422个,占比67.08%;其次是三核苷酸重复,共1501个,占比12.09%;双核苷酸的重复有1419个,占比11.43%。在所有重复单元类型中,A/T重复出现频率最高,占单核苷酸重复的48.75%。随机选取81对引物进行微卫星标记验证,最终获得27个具有多态性的微卫星标记。对30个青蛤进行多态性位点检测和评价,共扩增到等位基因99个,每个位点的等位基因数Na为2~6个,期望杂合度He为0.0333~0.8085,观测杂合度Ho为0.0000~0.6786,多态信息含量(PIC)为0.0323~0.7645,有19个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(p<0.01)。本研究开发的微卫星标记为青蛤的分子遗传学研究、种质鉴定和自然种群资源保护等研究提供了基础数据。 相似文献
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长牡蛎(Crassostrea gigas)微卫星克隆快速分离及特性分析 总被引：22，自引：2，他引：22
采用磁珠杂交选择和PCR筛选法，从长牡蛎DNA选择片段文库中，快速分离含有微卫星序列的阳性克隆。结果表明，在筛选的200个白色菌落中，56个克隆含有重复次数5以上的微卫星序列，其中41个(20．5％)有随机侧翼区，可以进行引物设计，12个缺乏足够的侧翼序列，3个为中断的微卫星序列。此外，还获得两个小卫星克隆。在获得的微卫星序列中，完全的占54．7％，不完全的占20．8％，复合的占24．5％。除探针中使用的CA重复单元外，还观察到CT、ACT、CGCA、CACT、GACT、GCAC、CCTTA和CCTCA的重复序列。微卫星重复次数主要集中在5-30次之间，占71．7％，最高为60次。本研究中构建的长牡蛎(CA)n富集微卫星文库将为以后开发未知微卫星标记提供帮助。 相似文献
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南黄海夏秋季纤毛虫等微小型浮游动物丰度和生物量变动及其与沙海蜇旺发的关系 总被引：1，自引：1，他引：0
大型水母沙海蜇旺发已成为黄海夏季的一个常见的生态现象。然而,沙海蜇旺发与微小型浮游动物尤其是纤毛虫的相互作用关系依然不明。本研究基于2013年6月(水母旺发初期)、8月和9月(水母旺发期)三个航次的调查,对黄海水母高发的I(33°N)、G(34°N)、E(35°N)断面的表层微小型浮游动物的丰度及生物量分布变化与水母发生关系进行探讨。微型鞭毛虫丰度6月平均丰度和生物量分别为357ind./m L和3.92μg C/L,至8月降为145ind./m L和2.55μg C/L,9月回升至160ind./m L和2.84μg C/L。共鉴定纤毛虫31属64种,三个月份纤毛虫的种类组成差别不大。纤毛虫6月的平均丰度和生物量分别为2282ind./L和8.93μg C/L,至8月降为933ind./L和3.92μg C/L,9月回升至2319ind./L和6.55μg C/L。与丰度和生物量的较大变化不同,纤毛虫6月的平均生产力为12.74μg C/(L·d),8月降至7.39μg C/(L·d),9月略增至7.79μg C/(L·d)。桡足类无节幼体仅见于6月(10.59ind./L)和8月(8ind./L),在沙海蜇旺发的8月其平均生物量(0.08μg C/L)和生产力(0.032μg C/(L·d))远低于纤毛虫。本研究表明,在南黄海水母发生过程中,纤毛虫在微小型浮游动物的生物量和生产力中占据了主导地位,并受到水母旺发的直接和间接(级联效应)影响。 相似文献
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黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。 相似文献
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三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 总被引：19，自引：2，他引：19
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。 相似文献
19.
采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅠ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅠ基因片段的长度都为652bp,4种碱基组成非常相似,并且A+T的含量都大于G+C的含量。6种鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列之间有105bp的差异,其中有18处发生碱基颠换,87处发生碱基转换。非洲鳗鲡和欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最大为54bp,同源性为91.72%,而美洲鳗鲡与欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最小为24bp,同源性为96.32%。 相似文献
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人工雌核发育大黄鱼(Pseudosciaena crocea)的AFLP分析 总被引：7，自引：0，他引：7
采用6对选择性扩增引物(E-AAG/M-CAG、E-AAG/M-CTC、E-ACA/M-CAA;E-ACG/M-CAT、E-AGG/M-CAA、E-AGG/M-CTA)对冷休克法诱导的大黄鱼雌核发育家系G1、G2和对照组C1、C2的鱼苗及其亲本进行了扩增片段长度多态性(AFLP)标记的比较分析。结果表明,6对引物共检出了33条雄亲特有条带(G1中13条,G2中20条)、31条雌亲特有条带(G1中16条,G2中15条)。家系G1的24尾鱼苗均无雄亲特有条带,雌核发育成功率为100%,G2家系中有3尾鱼苗各出现了不同数量的雄亲特有条带,属正常受精个体(12.5%),其雌核发育成功率为87.5%,两个家系平均雌核发育诱导成功率为93.75%。31条雌亲特有条带中有14条在雌核发育后代中出现了分离。对亲子间遗传关系的分析表明了雌核发育个体之间的遗传差异最小,与雌亲的亲缘关系最近。研究表明,雌核发育是促进基因纯合的一个有效途径,AFLP技术是鱼类雌核发育鉴定和遗传分析的有效方法。 相似文献