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1.
条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增 总被引：9，自引：0，他引：9
采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。 相似文献
2.
大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。 相似文献
3.
利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65.86%;三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对,其中13对有扩增产物且均为多态位点。扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳,统计每个微卫星标记等位基因数目,计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价。结果表明,在13个微卫星位点上,等位基因的数目从3到8不等,等位基因长度从175—382bp,观测杂合度和期望杂合度分别为0.158—0.650和0.198—0.841,所筛选微卫星标记可于遗传分析。 相似文献
4.
条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 相似文献
5.
翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记。结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51%。翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10—25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62%和14.23%,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12%和6.36%。随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7%表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发。 相似文献
6.
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。 相似文献
7.
中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析 总被引：15，自引：1，他引：15
对中国对虾基因组随机测序，获得了总长度约为641000个碱基的基因组DNA序列，从中找到1362个重复序列。其中，两碱基重复类型的重复数目最多(985个)，占重复序列总数目的72．32％；其次是三碱基(149个)和四碱基(102个)，分别占重复序列总数目的10．94％和7．49％。另外，六碱基重复34个，单碱基重复50个，五碱基重复5个，分别占重复序列总数目的2．50％、3．67％、0．37％。在单碱基重复类型中，重复拷贝类别为A的重复数目最多；两碱基重复类型中，AT重复数目最多，其次是AC和AG；三碱基重复类型中以AAT重复拷贝类别最多．其次是AAG和ATC；四碱基重复类型中，AGAT重复数目最多；五碱基重复类型只发现了AGAGA、GAGGC、TCTYC和TTTCT四种重复拷贝类别；六碱基重复中以ATTATC重复数目最多。其中一些序列已经提交GeneBank注册，注册号为AY545898-AY545913。中国对虾基因组二碱基重复类型中以不完全(Imperfect)形式的微卫星序列为主，其中GC重复拷贝类别的重复数目很少。利用8对微卫星引物对60个个体遗传多样性分析，共获得了60个等位基因，因此认为微卫星技术在中国对虾基因组研究中具有较好的应用前景。 相似文献
8.
对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70 497条Unigenes中共检测到9 237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR的数量最多,分别占SSR总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO功能分类结果均表明,大量含有SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。 相似文献
9.
对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析,结果表明,乌贼转录组中微卫星位点丰富,每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(38.69%),其次依次为三碱基(31.14%)、二碱基(26.35%)、四碱基(3.29%)、五碱基(0.38%)、六碱基(0.14%)重复,短序列类型占微卫星总量的96.18%。同碱基类型的微卫星序列组成又存在差异,AC(54.51%)和AG(31.22%)是最常见的二碱基重复序列;而AGC(16.37%)和AAC(14.06%)是最常见的三碱基重复序列。通过引物设计和体系优化,共筛选到了24对多态性微卫星位点,对来自福建漳州海域的35只野生曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)个体进行群体遗传学检测,结果表明,每个位点检测到的等位基因数3—10个不等(均值5.9个);平均杂合度观测值(Ho)和期望值(H_e)分别为0.518和0.681。除2个位点外所有位点的多态信息含量(PIC)都大于0.5。Hardy-Weinberg平衡检测表明,仅4个位点有显著偏离(P0.05),未检测到连锁不平衡现象。这表明转录组高通量测序技术适于乌贼微卫星位点的开发,获得的SSR标记可用于今后乌贼资源遗传评估和科学有效管理过程。 相似文献
10.
红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析 总被引：5，自引：0，他引：5
对河豚基因组微卫星分布特征进行研究，在约365Mb基因组序列中共找到49647个微卫星序列，平均每隔7351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20～60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度（2802374bp）占整个基因组的比例为0．77％。两碱基重复类型数目最多，为35339个，占总数的71．30％；其次是四碱基类型，6837个，占13．77％；再次分别是三碱基类型3548个，占7．1496。五碱基类型1856个，占3．73％，六碱基类型1605个，占3．23％，单碱基类型最少，共402个。占0．80％。按降序排列，出现最多的前20个微卫星重复类别为：CA，TG，GT，AC，GA，CT，TC，TA．AG，AT，TCCA，ATCC，TCTG，GATG，ATCT，CATC，TGGA，ATGG，GATA，GAG，占全部微卫星序列的75．21％。在河豚基因组中未发现CC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比，河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性，进行不同基因组的比较研究提供基础。 相似文献
11.
WANG Guoliang TAN Xiaolong SHEN Junling LI Jian ZHANG Lei SUN Jianwei WANG Bin WENG Manli LIU Tao 《海洋学报(英文版)》2011,30(3):112-117
Laminaria (Saccharina) is one of the economic important seaweeds.Through sequence analysis of 4 099 ESTs from Laminaria (971 were generated from our own cDNA laboratories and 3 128 were downloaded from updated EST databases) with SSRIT software,two hundred and fifty-four SSRs in 206 ESTs were found.From the 254 SSRs,sixty-three SSR primer-pairs were designed. In order to test their practicability, the 63 primer-pairs were tested in commonly used SSR reaction conditions using 12 Laminara DNA samples as templates. The results show that 23 SSR primer-pairs gave good amplification patterns on most (more than 80%) of the 12 Laminara DNA templates. Genetic diversity study of 12 Laminaria lines,which were widely used in breeding and economic cultivation in China,was performed based on the obtained SSR data. 相似文献
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Ulva species can grow rapidly in nutrient-rich habitats causing green tides and marine fouling. A more complete understanding of the reasons behind these outbreaks is urgently required. Accordingly, this study attempts to use microsatellite markers based expressed sequence tag（EST） to analyze the genetic variation of several Ulva prolifera populations in the South Yellow Sea of China. Two hundred and thirty-eight SSRs were identified from 8 179 unique ESTs（6 203 newly sequenced and 1 976 downloaded from NCBI database） and 37 primer pairs were successfully designed according to the ESTs; 11 pairs were selected to detect the genetic diversity and relationship of 69 attached U. prolifera samples and 13 free-floating samples collected from coastal and off-coast areas of the South Yellow Sea. The results of cross-species transferability showed that six of the 11 EST-SSR primers could give good amplification in other five Ulva species and the average allele number was 4.67. Genetic variation analysis indicated that all 82 U. prolifera samples were clearly divided and most samples collected from the same site clustered together as a group in the dendrogram tree produced by unweighted pair-group mean analysis（UPGMA） method and the cluster results showed some consistency with the geographical origins. In addition, 13 free-floating samples（except HT-001-2） were grouped as a single clade separated from the attached samples. 相似文献
13.
采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。 相似文献
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Hyun-Sil Kang Hyun-Ki Hong Kyung-Il Park Moonjae Cho Seok-Hyun Youn Kwang-Sik Choi 《Ocean Science Journal》2017,52(1):139-146
Manila clam Ruditapes philippinarum is one of the most important benthic animals in the coastal north Pacific region, where clam populations have been mixed genetically through trade and aquaculture activities. Accordingly, identification of the genetically different clam populations has become one of the most important issues to manage interbreeding of the local and introduced clam populations. To identify genetically different populations of clam populations, we developed 11 expressed sequence tag (EST)-microsatellite loci (i.e., simple sequence repeat, SSR) from 1,128 clam hemocyte cDNA clones challenged by the protozoan parasite Perkinsus olseni. Genotype analysis using the markers developed in this study demonstrated that clams from a tidal flat on the west coast contained 6 to 19 alleles per locus, and a population from Jeju Island had 4 to 20 alleles per locus. The expected heterozygosity of the 2 clam populations ranged from 0.472 to 0.919 for clams from the west coast, and 0.494 to 0.919 for clams from Jeju Island, respectively. Among the 11 loci discovered in this study, 7 loci significantly deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium after Bonferroni correction. The 5 loci developed in this study also successfully amplified the SSRs of R. variegatus, a clam species taxonomically very close to R. philippinarum, from Hong Kong and Jeju Island. We believe that the 11 novel polymorphic SSR developed in this study can be utilized successfully in Manila clam genetic diversity analysis, as well as in genetic discrimination of different clam populations. 相似文献
15.
利用构建的cDNA文库及高通量测序方法,获得金属硫蛋白及硫氧还蛋白基因全长。结果表明,青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白的cDNA全长分别为776bp和804bp,金属硫蛋白基因编码74个氨基酸,包含7个CXC特征结构;硫氧还蛋白基因编码165氨基酸,包含5个氨基酸构成的活性中心。采用实时定量PCR方法分析了两种基因在Cd2+胁迫下的表达变化,结果显示,金属硫蛋白基因在Cd2+胁迫下6—12hmRNA表达量急剧上升,与对照组有显著性差异(P<0.01)。硫氧还蛋白基因在Cd2+胁迫下mRNA在6h明显升高,在6—24h与对照组出现显著性差异(P<0.05)。说明Cd2+能够诱导青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白基因表达的时序性升高,二者的转录过程反映了贝类抵御重金属胁迫的分子调控过程。 相似文献
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采用SSPHunter软件在泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2—6核苷酸重复序列,根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计47对引物,可成功扩增17对且均为多态性引物,多态率100%,平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点,检出率14.83%,平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物,62对可扩增出目的片段,其中29个位点具有多态性,多态率为46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明,46个多态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关,Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.6640 相似文献
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XUAN Jinsong FENG Yanbin WENG Manli ZHAO Ge SHI Jinfeng YAO Jianting WANG Xiuliang GUO Baotai QIAO Lixian DUAN Delin WANG Bin 《海洋学报(英文版)》2012,31(6):139-148
A high quality cDNA library was constructed from the brown alga Laminaria japonica,with the titer of 1.2×10 5 pfu/ml.The average insert size of the cDNA library is about 1.6 kb.From the cDNA library,591 cDNA clones were randomly selected and sequenced.As a result,574 EST(expressed sequence tag) sequences were generated.All of the 574 ESTs were submitted to the dbEST database section of GenBank with the accession numbers from CX942625 to CX943198.The cDNA library was screened with a α-32 p labeled 453 bp T P S gene probe,which is a partial sequence yielded from Porphyra yezoensis.Four positive cDNA clones were screened and the sequencing data showed that these four cDNA clones covered majority of L.japonica TPS cDNA sequence.After PCR amplification,sequencing and assembling,the entire ORF(open reading frame) sequence of the T P S gene was obtained,which was named LjTPS.LjTPS encodes a protein containing 908 amino acids with a calculated molecular mass of 101 674 Daltons.The LjTPS gene was successfully expressed in E.coli and rice.The LjTPS gene has potential application both in plant breeding to stress tolerance and in deciphering the T P S gene function and mechanism to stress tolerance. 相似文献