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1.
应用方差分析和Tukey多重比较对文蛤的辽宁(LN)、山东(SD)、江苏(JS)、广西(GX)4个自然地理群体的7个壳形态参数进行了研究,结果发现,SD和JS群体间差异不显著,LN和Gx群体差异不显著,Gx群体与SD和JS群体间差异显著(P<0.05).利用4对引物组合对这4个群体进行了AFLP扩增,共得到236个位点,其中特有位点14个,这些特有位点可作为群体鉴别的特征性标记.遗传多样性分析表明,4个文蛤群体的遗传多样性水平均较高,而以Gx群体最高,Nei's基因多样性指数和Shannon's多样性指数分别达到0.2636、0.3961,sD群体最低.分别为0.2308、0.3462.从群体间遗传距离和NJ法构建的亲缘关系谱系图来看,LN和SD群体的遗传距离最近(0.0394),首先聚在一起,而Gx群体与其他3个群体间都较远(0.1271-0.1586),单独分出一支,这说明Gx群体已发生了明显的遗传分化,用它与其他3个群体杂交可望较大幅度地提高遗传多样性水平. 相似文献
2.
广西地区文蛤的遗传多样性研究 总被引：13，自引：3，他引：13
以随机扩增多态性DNA（RAPD）研究广西的山口、北海、犀牛角、东兴的文蛤种群的遗传多样性。结果表明，在筛选的60个引物中，23个呈阳性反应，其中10个引物可产生105条稳定、清晰的带。山口、北海、犀牛角、东兴的文蛤种群的遗传多样性指数分别为0.1995,0.2039，0.1773,0.1936；多态位点比例分别为86.32%，90.63%,81.05%,88.00%,4个种群间的遗传距离在0.050～0.070之间，相邻种群的遗传差距较小。除犀牛角种群以外，其它3个种群的遗传变异水平较高。 相似文献
3.
条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析 总被引：1，自引：0，他引：1
简单重复序列中间区域(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一种微卫星类分子标记。为明确条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)中国群体的遗传多样性和遗传关系,作者利用ISSR技术对福建厦门(XM)、福建平潭(PT)、广东湛江(ZJ)、海南海口(HK)和台湾(TW)5个土著地理群体的条纹斑竹鲨进行了遗传多样性和遗传关系分析。从56对ISSR引物中筛选出13对多态性引物,扩增共获得81个重复性的位点,其中多态性位点57个,多态位点百分率为70.37%。5个群体的多态位点百分率、Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为38.27%~58.02%,0.1353~0.2155和0.2032~0.3193。UPGMA聚类分析表明PT群体首先和XM群体聚类,再与TW群体聚类,最后与ZJ群体和HK群体形成的分支聚类,即形成了与地理距离远近相关的基因交流模式。 相似文献
4.
翡翠贻贝3个野生种群遗传多样性分析 总被引：10，自引：0，他引：10
采用表型性状、RAPD和ISSR分子标记对取自广西北海、广东湛江和汕尾的3个翡翠贻贝Perna viridis种群进行遗传多样性分析。翡翠贻贝种群间表型性状(壳长、壳高、壳宽、软体部重、体重和肥满度指数)存在显著的差异(p<0.05)。11个RAPD引物共扩增出114条带,扩增片断大小为237—2099 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为57.14%—60.78%和0.174 8—0.190 1。10个ISSR引物共扩增出134条带,扩增片断大小为218—2 695 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为72.48%—75.22%和0.245 7—0.253 4。RAPD和ISSR分析都表明汕尾与北海翡翠贻贝种群间的遗传距离最大。结果表明,(1)翡翠贻贝种群具有较高的遗传多样性;(2)RAPD与ISSR标记适合于翡翠贻贝遗传多样性分析,但ISSR比RAPD能检测到种群间更高的遗传变异。 相似文献
5.
利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。 相似文献
6.
6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
对文蛤(Meretrix meretrix L.,1758)、青蛤(Cyclina sinensis G.,1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L.,1758)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis L.,1874)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata R.,1850)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A.,1850)6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤(大连、连云港、湛江、防城港)的细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A+T含量(62.2%~67.6%)明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COI基因片段序列为标记,用大竹蛏(Solen grandis)作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COI基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记. 相似文献
7.
无瓣海桑引种种群遗传多样性的ISSR分析 总被引：9，自引：0，他引：9
采用ISSR（inter—simple sequence repeat）分子标记技术对采白海南和深圳的2个无瓣海桑Sonneratia a petala种群共45个个体进行了遗传变异分析。11个ISSR引物共扩增出196条带，其中128条具多态性，多态位点百分率为65．31％。在种群水平上多态位点百分率为48．47％。Nei的基因多样性、Shannon信息指数在物种水平上分别为0．1556和0．2441，在种群水平上分别为0．1403和0．2142。无瓣海桑从海南引种到深圳后，遗传多样性水平有所降低。依据Nei的基因分化系数和AMOVA（analysis of molecular variance）分析结果，无瓣海桑种群间发生了一定的遗传分化，但绝大多数遗传变异发生在种群内的个体间。种群间遗传一致度为0．9645，遗传距离为0．0362。UPGMA聚类分析表明，来自同一种群的个体一般都聚在一起。 相似文献
8.
斜带髭鲷野生与养殖群体遗传结构的ISSR分析 总被引：11，自引：0，他引：11
采用ISSR分子标记技术,对斜带髭鲷3个群体(柘林湾人工繁育群体、厦门湾人工繁育群体和厦门近海捕捞野生群体)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究.筛选出17个ISSR引物对3个群体共54个样品进行扩增,共得到145个清晰的扩增位点,其中多态性位点80个,多态位点百分率为55.17%.Popgene分析结果表明:厦门野生群体的遗传多样性水平最高(PPB=51.72%,h=0.182 6,I=0.271 9),略高于其他2个人工繁育群体的遗传多样性水平.群体间的Nei's遗传分化系数和基因流分别为:0.087 6和5.209 8.表明斜带髭鲷3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平.本文通过对斜带髭鲷野生群体及人工繁育群体遗传结构和遗传多样性水平的研究,为其种质资源的科学管理提供理论依据. 相似文献
9.
青岛裙带菜孢子体野生种群遗传多样性的AFLP分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用优化的基因组总DNA提取方法,按照经典的AFLP分析路线,对30株青岛近海野生裙带菜(Undaria pinnatifida)孢子体种群内遗传多样性进行了AFLP分析.利用1对引物扩增出38条清晰可重复的带,其中32条呈现多态性,多态位点比例为84.21%,根据引物扩增的指纹图谱,计算出的种群内部平均观测等位基因数(Na)为1.8421、平均有效等位基因数(Ne)为1.375 4、平均基因多样性指数,即Nei's基因多样性指数(H)为0.235 1,Shannon's 多样性信息指数(I)为0.368 4.该种群内遗传距离的分布范围从0.026 7～0.804 4,结果显示,野生种群内个体间各项遗传指数水平均较高,种群内遗传变异丰富.聚类分析表明,在遗传距离为0.21的阈值处,30个个体划分为2大类群,推测青岛野生裙带菜进化上在遗传距离为0.21时发生第一次分化. 相似文献
10.
应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远. 相似文献
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牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析 总被引：33，自引：2，他引：33
利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。 相似文献
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对大刺鳅(Mastacembelus armatus)进行简化基因组测序,开发二、三、四碱基重复类型的微卫星引物共105对(重复次数≥6),其中可稳定扩增的引物有50对(47.6%),通过多态性分析,发现有38个微卫星位点表现出多态性,从中随机选取三种重复类型微卫星各10对对北江群体进行遗传多样性分析,及各6对对澜沧江大刺鳅群体进行遗传多样性分析。结果显示,(1)在大刺鳅中二碱基重复微卫星位点筛选效率为50%,而三、四碱基重复的筛选效率分别为31.1%、35%。(2)北江群体的平均多态信息含量为0.649,比澜沧江群体(0.572)高,30个微卫星位点在北江群体中共检到235个等位基因,且93.3%的引物表现为高度多态水平,18个微卫星位点在澜沧江群体中共检到120个等位基因,66.7%的引物表现为高度多态水平。(3)二碱基重复的微卫星标记在两个野生群体检出的五项多态性指标高于三、四碱基重复。结果表明,二碱基重复的微卫星比三四碱基重复的微卫星具有更高的筛选效率和多态性,北江群体的遗传多样性比澜沧江群体高,本研究所筛选的引物可以应用于群体间遗传多样性分析和遗传图谱的构建,以及亲缘关系的鉴定等方面,为大刺鳅种质资源保护研究奠定分子基础。 相似文献
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皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的研究 总被引：12，自引：0，他引：12
用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对山东长岛（CW）、辽宁大连（DW）两个野生群体和山东崆峒岛（KC）一个养殖群体的皱纹盘鲍遗传多样性进行了分析.结果表明,CW和DW群体间的遗传距离为0.170 3,CW和KC群体间的遗传距离为0.367 3,DW和KC群体间的遗传距离为0.347 7,显示野生群体与养殖群体之间的亲缘关系已发生了变化.CW,DW和KC三个群体的多态位点比例分别为49.22%、50.78%和43.75%;平均杂合度分别为0.350 6,0.340 8和0.307 9.与野生群体相比,养殖群体的多态位点比例和杂合度都有不同程度的降低. 相似文献
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为充分挖掘绿鳍马面鲀(Thamnaconus modestus)基因组资源,开发可用于群体遗传学研究的分子标记,本研究利用NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛查微卫星位点并在野生群体中验证,在85个选取的位点中筛选得到30个新的多态性较高的微卫星标记。每个微卫星标记的等位基因数为4~16,平均为8.5个;观测杂合度范围为0.207~0.916,平均值为0.685;期望杂合度范围为0.315~0.971,平均值为0.756;多态信息含量范围为0.301~0.898,平均值为0.716,其中属于高度多态的位点有26个,占总位点数的86.67%;经过Bonferroni校正后,有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。将30个绿鳍马面鲀多态性微卫星标记在丝背细鳞鲀(Stephanolepis cirrhifer)中进行通用性检测,其中13个位点成功扩增,9个位点具有多态性。本研究开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀及相关物种的遗传多样性分析、QTL定位以及系统进化等研究。 相似文献
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鲈鱼群体生化遗传学研究Ⅱ.种群生化遗传结构及变异 总被引：3，自引：6，他引：3
1995年6月—1996年5月分别在汕头及青岛收集共100尾鲈鱼生化样品，采用淀粉胶及聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了鲈鱼17种同工酶，记录出31个基因座位，统计了基因频率。结果表明，2群体间遗传相似度和遗传距离分别为0.9920和0.0080。作者初步认为中国近海鲈鱼为1个种，分南、北2个种群。汕头种群多态座位比例为22.6%，青岛种群为25.8%。x2检验表明，2个群体多态座位等位基因频率除汕头的Est-4外均符合Hardy-Weinberg平衡。汕头与青岛种群平均杂合度分别为0.079和0.099，表明目前鲈鱼种质资源状况尚好，但当前捕捞鲈鱼苗的压力过大，应严格控制鲈鱼苗的捕捞，以免因滥捕仔稚幼鱼而导致资源衰竭。 相似文献
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Assessing genetic diversity of wild populations of Japanese flounderusing AFLP markers 总被引：8，自引：1，他引：8
XU Xiaofei ZHANG Quanqi WANG Zhigang QI Jie ZHANG Zhifeng BAO Zhenmin Heisuke Nakagawa 《海洋学报(英文版)》2006,25(3):82-89
1IntroductionThe Japanese flounder,Paralichthys olivaceus,is one of the most important commercial marine flat-fish that inhabits the coastal waters of China,Japanand Korea.(Tanaka et al.,1989;Masuda andTsukamoto,1998).However,because of overfis-hing durin… 相似文献
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“黄海1号”中国对虾不同世代间的AFLP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用AFLP技术对中国对虾野生群体和第9、10代选育群体的遗传多样性及遗传分化进行分析,计算了3个群体间的遗传多态度、遗传距离及分化系数.结果显示,5对引物共产生了137条带,其中多态性条带有63条,平均每对引物检测到 12.6条多态性条带.3个群体的多态位点比例分别为45.99%、40.57%和41.02%;Shannon 多样性指数分别为0.181 8,0.180 7和0.177 4;野生群体与选育群体之间的遗传距离及分化都比较大,但选育群体之间的遗传距离和分化都很小分别为0.003 1和0.020 6.结果表明,选育群体相较于野生群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降,随着选育时间的延长,相邻世代群体间遗传距离和分化也均有所下降,出现趋同现象,显示出"黄海1号"新品种具有遗传上的稳定性. 相似文献