海湾扇贝微卫星标记开发及其分离方式分析   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

李宏俊  刘晓  杜雪地  宋蕊  张国范  胡景杰  包振民 《海洋科学》2009,33(12):4-8

利用尼龙膜吸附杂交法构建了海湾扇贝的(AC)_(15)、(AG)_(15)微卫星富集文库,随机挑取3 000个克隆,经菌落原位杂交二次筛选共获得阳性克隆1 268个(42.3%).经序列测定和生物信息学分析后得到521个独立的阳性克隆,其中微卫星506个,小卫星15个.微卫星中,完美型248个,占总数的49.0%;非完美型216个,占42.7%;复合型42个,占8.3%;其中AG/TC重复占70.4%(356个),AC/TG重复29.6%(150个).选择其中的55条序列设计引物,筛选出其中的20对引物检测它们在海湾扇贝CC10家系的双亲和94个子代个体中的分离情况,结果表明:(1) 其中6个位点在母本和子代中发生分离,10个位点在父本和子代中发生分离,4个为双亲共享位点;(2) 2个位点存在无效等位基因;(3) 16个位点符合孟德尔遗传定律,4个位点的子代个体基因型频率偏离孟德尔遗传定律.上述结果表明,这些微卫星引物可以用于构建海湾扇贝的遗传连锁图谱,并且所构建的富集文库适用于微卫星标记的大规模开发.  相似文献   

缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库的构建及肌动蛋白基因的研究     

秦玉明  苏秀榕  李晔  马斌  李惠  王孟前  贺静静  李太武 《海洋与湖沼》2010,41(1):54-60

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A method for digitization of archival astroplates of the Fesenkov Astrophysical Institute     

《New Astronomy》2022

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刺参肌肉组织cDNA文库的构建          下载免费PDF全文

陈璐  姜国良  刘云  仇磊  项鹏 《海洋科学》2009,33(12):1-3

用RNA提取试剂--TRIZOL Reagent提取刺参(Apostichopus japonicus)肌肉组织总RNA,用SMART cDNA Library Construction Kit构建cDNA文库.经测定原始文库滴度达到 3.2×10~6,扩增后文库滴度达到 5.1×10~9,重组率达到96.7%,从扩增文库随机挑取12 个克隆进行PCR 扩增鉴定,结果显示,插入片段大小为0.5～2.5 kb.通过各项指标验证成功构建了刺参肌肉组织cDNA 文库.  相似文献   

南移养殖的刺参(Apostichopus japonicus)cDNA文库的构建及原肌球蛋白基因的研究   总被引：1，自引：1，他引：0       下载免费PDF全文

崔静  李太武  苏秀榕  李晔  徐静  周君  应琪  王中华  李松伟 《海洋与湖沼》2010,41(6):850-856

以南移养殖的刺参为实验材料,采用非均一化的Oliga-dT引物定向克隆技术构建了南移刺参混合组织的cDNA文库。对文库质量的分析结果表明,cDNA文库的库容量为2.2×107cfu,重组率达95.8%,平均插入片段长度750bp左右。挑取cDNA克隆进行5’端测序,成功测序185个反应,分析得到136个单基因簇(Unigene),其中包括40个重叠群(Contigs)、96个单拷贝EST(Singletons)。结果表明,克隆南移养殖的刺参原肌球蛋白(tropomyosin,Trp)cDNA全长序列为1112bp,ORF编码284个氨基酸,其预测蛋白的分子量为33.27kDa,等电点为4.56。该氨基酸序列与紫石海胆、南极大磷虾、锯缘青蟹、文昌鱼、河蟹、家蚕同源性分别为62%、51%、46%、49%、47%、46%。  相似文献   

大珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选   总被引：2，自引：0，他引：2  

柳明  喻达辉  黄桂菊 《海洋科学》2010,34(8):1-5

采用生物素标记的(CA)15探针和磁珠富集法构建了大珠母贝(Pinctada maxima)微卫星DNA文库,随机挑选1200个菌落,经PCR筛选得到298个候选克隆,成功测序246个,分析获得251个微卫星序列,其中完美型、非完美型和混合型分别占63%、32%和5%。除探针中使用的CA重复外,还得到AT、GT、TC、AG、GC、TAA、CAA、AGG、GATA、GACA、GTGC、CGTC、GACG、CTGT等重复序列。设计引物90对,挑选其中30对合成并筛选出21对能在大珠母贝基因组有效扩增的引物。种群PCR扩增后利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行检测,获得了10个多态位点,共检测出59个等位基因,片段长度范围为133~444 bp。各位点等位基因数2~8个,平均等位基因数5.9个;有效等位基因数为1.342 3~6.000 0,平均为4.124 0;多态性信息含量(CPI)为0.222 5~0.811 8,平均0.7179;期望杂合度(He)为0.259 3~0.847 5,平均0.717 9;观测杂合度(Ho)为0.300 0~0.800 0,平均0.533 3。这些微卫星多态性标记的获得,为进一步开展大珠母贝遗传育种、保护生物学和种群遗传多样性等研究奠定了一定基础。  相似文献   

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)血细胞cDNA文库的构建及部分EST 序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

王日昕  廖智  刘梅  鲁涛  武梅  何光源 《海洋与湖沼》2009,40(5):603-607

采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随机挑选28个克隆进行序列测定及在线BLAST分析。结果表明,在28个随机克隆中,有4个克隆为rRNA基因,7个克隆为未知基因,推测是新基因,17个克隆为功能基因,包括脱氢酶,细胞色素氧化酶,热休克蛋白,金属结合蛋白,肌动蛋白等。以上研究结果为筛选厚壳贻贝免疫相关的新基因,深入研究厚壳贻贝免疫相关因子的分子多样性及免疫机制奠定了基础。  相似文献   

泥蚶(Tegillarca granosa) cDNA 文库的构建及铁结合蛋白基因(Ferritin)序列分析          下载免费PDF全文

贺静静  李晔  李太武  苏秀榕  王孟前  李松伟  周军  马斌  李强芳 《海洋与湖沼》2009,40(3):289-295

取正常泥蚶肌肉组织获得总RNA，纯化mRNA后，利用含SfiⅠ酶切位点的CDSⅢ引物逆转录合成cDNA第一链，通过LD—PCR合成cDNA双链，经胶回收除去短片段，与pDNR—LIB载体进行连接，电转化到大肠杆菌DH10B中，构建形成原始文库，进行滴度测试和重组率鉴定。结果表明原始文库的滴度为3．17×10^5cfu／ml，重组率为86．3％，插入片段多在500--2500bp间。随机挑选458个克隆测序，经分析获得94种已知基因及87种未知基因。其中包括铁结合蛋白（Ferritin）的全长cDNA序列。该基因序列全长895bp，5’-端非编码区为163bp，3’-非编码区为213bp，开放阅读框为519bp，编码172个氨基酸。推测其蛋白分子量和等电点分别为20kDa和4．89。氨基酸序列与皱纹盘鲍、太平洋牡蛎、血红扇头蜱、文昌鱼、中华蟾蜍、非洲爪蟾、小家鼠以及人等的同源性有62％-82％。比对结果表明，铁结合蛋白基因在动物进化中高度保守。  相似文献