香鱼(Plecoglossus altivelis)肿瘤坏死因子-α (TNF-α) 基因的分子克隆、鉴定及免疫相关性表达     

杨智景  李长红  张浩  苗亮  陈炯 《海洋与湖沼》2015,46(6):1380-1389

肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-alpha, TNF-α)是TNF 超家族成员之一, 在动物机体抵 抗细菌和病毒入侵时发挥重要作用。本研究基于香鱼(Plecoglossus altivelis)单核/巨噬细胞转录组数 据库, 获得了香鱼TNF-α 基因(PaTNF-α)全长cDNA 序列。PaTNF-α 由1932 个核苷酸组成, 包含一 个大的开放阅读框, 编码235 个氨基酸, 预测分子量为26.4 kDa.氨基酸序列多重比对分析表明, PaTNF-α 具有TNF 超家族的特征序列、1 个TACE 酶切位点和1 个保守的二硫键, 与虹鳟 (Oncorhynchus mykiss)TNF-α 同源性最高, 为53.4%; 系统进化树分析表明, 鱼类TNF-α 形成一个大 簇, PaTNF-α 与虹鳟TNF-α 进化相关性最高。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR) 结果显示, PaTNF-α mRNA 在头肾中表达量最高; 鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后香鱼肝、脾、头 肾和外周血细胞中PaTNF-α mRNA 表达量显著上调; 香鱼单核/巨噬细胞经鳗弧菌、LPS 和poly(I: C) 处理后, PaTNF-α mRNA 表达量显著上调。原核表达了PaTNF-α 成熟肽, 并制备了抗血清。Western blot 分析表明, 鳗弧菌感染后香鱼血清和单核/巨噬细胞上清中的PaTNF-α 表达量含量也显著增加。 综上, 香鱼TNF-α mRNA 及蛋白的表达与病原体感染密切相关, 为深入研究鱼类TNF-α 的生物学功 能及其在病原体感染中的作用机制提供理论基础。  相似文献   

鲤JAK2基因分子克隆及组织表达分析     

付友  高谦  文春根  吴平  刘德立 《广东海洋大学学报》2015,(1):8-17

采用同源克隆策略和RACE-PCR技术,克隆得到可能的鲤(Cyprinus carpio)两面神激酶2(JAK2)基因的c DNA全长序列,包括3 378 bp的开放阅读框,732 bp的5'-非编码区,529 bp的3'-非编码区,总长度达4 639bp。开放阅读框可编码1 125个氨基酸,推测分子质量和理论等电点分别为129.33 ku和6.99。同源性分析显示,克隆的鲤鱼基因与斑马鱼(Danio rerio)JAK2同源性最高,其氨基酸序列同一性和相似度分别达89%和95%。结构域预测表明,所编码氨基酸序列包含FERM、SH2及两个酪氨酸激酶结构域,这4个结构域也保守地存在于其他脊椎动物的JAK分子中。高级结构预测显示,鲤JAK2主要包括α-螺旋(α-helix)、β-折叠(β-sheet)和连接环(loop)等3类结构元件。脊椎动物JAK分子系统进化树显示,JAK1、JAK2、JAK3和TYK2等4类JAK分子分别聚类,鲤JAK2处于JAK2支系中,与所有其他的鱼类JAK2聚为一大支,并与两栖类和哺乳类组成的另一大支构成姊妹群,表明它们具有共同的祖先基因,为直系同源关系。实时荧光定量PCR检测结果表明,鲤JAK2在皮肤中表达量最高,其次是肠、血液和脑,而在肌肉、鳃、头肾、心、肝、脾中表达量较低;鲤JAK3在脾中表达量最高,在其他组织中表达量均很低,甚至未检出。  相似文献   

卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析     

《广东海洋大学学报》2015,(4)

采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptors-α,PPARα)基因的c DNA序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征。结果表明:卵形鲳鲹PPARα基因(Gen Bank登录号KP893147)c DNA全长1 930 bp,开放阅读框(ORF)为1 425 bp,共编码474个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs基因家族典型的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD);序列对比表明,卵形鲳鲹PPARα基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、金头鲷(Sparus aurata)、军曹鱼(Rachycentron canadum)等有较高的同源性(81%~89%);蛋白系统进化树分析显示,在人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、鸭(Gallus gallus)、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPARα蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切(94%),与人(68%)、鼠(68%)、鸭(67%)等的同源性较低。荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPARαm RNA在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低。  相似文献   

多粒度时空对象的校史信息可视化研究     

郭玥晗  江南  曹一冰  陈敏颉 《测绘科学》2021,46(10):145-150

针对现有校史信息可视化存在的形式单一、表达内容缺乏等问题,该文基于多粒度时空对象的思想对校史信息可视化进行了探索.分析了校史信息可视化数据的特点,构建了基于多粒度时空对象的校史信息及其可视化表达方法的分类体系.最后在该分类体系的指导下,以某大学为例,进行了校史信息可视化的技术实现.研究结果表明,基于多粒度时空对象的校史信息可视化更有利于校史的全面、真实和动态展示.  相似文献   

中国"海陆河"一体化地理信息服务平台关键技术研究和应用     

刘丽芬  莫建顺  陈田  李华光  魏海洋  左培丽 《测绘与空间地理信息》2021,44(8):125-128

随着我国海洋强国发展战略的不断推进,海洋与陆地、内河领域的资源整治融合、信息共享共建需求日益增加.本文围绕"大交通"海事地理信息应用服务需求,以地理信息资源整合为核心,以应用服务为主线,深入开展了海陆河要素语义关联数据整合与治理技术、海陆河一体化地理信息数据资源池建设技术、无缝衔接海陆河一体可视化表达技术,海图地图服务快速更新等关键技术研究,解决了数据不一致、地图服务更新机制缺乏、数据资源分散等问题,实现了基于网络环境的全国"海陆河"地理数据资源的互联互通和开放共享,提高了我国的水陆"大交通"一体化的服务能力,促进了我国海洋海事行业发展.  相似文献   

城市地下空间设施普查及测量技术研究     

徐洪秀  胡勤军 《测绘与空间地理信息》2021,44(6):65-67,71

城市地下空间测量是比较新的测量研究领域,本文在对地下空间测量相关技术标准进行大量研究的基础上,从地下空间设施普查内容、地下空间测量方法及地下空间设施成果表达三方面阐述了地下空间普查及测量的关键技术,并将其用于天津市滨海新区主城区的地下空间设施测量,对开展城市地下空间设施普查及测量有一定的借鉴作用.  相似文献   

《第一次全国地理国情普查地图集》设计与编制     

殷红梅  于荣花 《测绘地理信息》2021,46(1):34-37

《第一次全国地理国情普查地图集》是第一部综合反映中国地理国情基本特征的大型专题地图集,多尺度、多层次地展现了中国山、水、林、田、湖、草等地表自然要素以及房屋建筑区、铁路与道路等人文地理要素的地理位置与空间分布信息,是地理国情普查成果体系的重要组成部分。阐述了该地图集的内容设计与制图表达概况,重点介绍了该地图集设计思想、内容设计与组织、制图表达、装帧设计等方面的内容。该地图集可为政府与行业部门优化国土空间、建设生态文明、实施发展战略等工作提供基础资料和科学依据。  相似文献   

泛地图学理论研究框架   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭仁忠  陈业滨  赵志刚  贺彪  闾国年  李志林  应申  马丁 《测绘地理信息》2021,46(1):9-15

信息与通信技术的快速发展带动人类进入地理空间、人文社会空间和信息空间相融合的三元空间。地图制图的目的、人员、对象和环境等均发生巨大变化,地图的类型、空间对象、表达维度、地图角色等呈现出显著泛化特征,现有地图学理论无法引领和指导当代的地图实践。地图学理论亟待"突围"。从地图学研究的角度出发,重新梳理泛地图的对象空间理论、表达维度模型,以及表达机制与方法,构建适应新环境背景,满足地图新视角、新思维、新制图需求的泛地图学理论框架,以适应地图学在新时期发展的需要。  相似文献   

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)组织蛋白酶D基因的克隆及其表达分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

段亚飞  刘萍  李吉涛  李健  陈萍  高保全  徐文斐  王有昆 《海洋与湖沼》2013,44(3):599-605

采用RACE技术获得了总长为1853bp的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)组织蛋白酶D基因全长cDNA序列。该基因5′和3′非编码区分别为120bp和572bp,开放阅读框为1161bp,推测编码386个氨基酸,预测分子量为42.36kDa,理论等电点为7.54,命名为EcCatD基因。同源性和系统进化分析表明,EcCatD基因与斑节对虾、美洲螯龙虾的相似性分别为86%和80%,与斑节对虾和美洲螯龙虾紧密聚为一支。荧光定量RT-PCR结果表明,EcCatD基因在血细胞中的相对表达量最高,其次为肝胰腺。该基因在鳗弧菌和WSSV感染后的脊尾白虾血细胞和肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的时空表达趋势。结果表明EcCatD基因在脊尾白虾免疫反应中具有重要作用。  相似文献   

草鱼出血病病毒VP7蛋白基因的人工合成与原核表达   总被引：2，自引：0，他引：2  

韦先超  杨泽晓  王印  裴腊梅  姚学萍  汪开毓  杨水仙 《海洋与湖沼》2013,44(3):645-650

根据GenBank已发表的GCRVVP7蛋白基因序列,设计合成2条特异性引物和19条搭桥引物,通过搭桥PCR人工合成带有3处变异碱基的GCRVVP7蛋白基因整个编码框,经过酶切、连接、PCR鉴定和测序鉴定克隆到原核表达载体pColdTF中,并转化大肠杆菌BL21(DE3),进行IPTG诱导表达和表达产物的SDS-PAGE、Western-blotting分析、纯化以及反应原性的iELISA检测。结果表明,成功人工合成了长831bp的GCRV VP7蛋白基因编码框和构建了VP7蛋白基因的重组质粒pCold TF-VP7,pColdTF-VP7转化菌经IPTG(1mmol/L)诱导3—4h即可获得特异性蛋白VP7重组蛋白的高效表达,VP7重组蛋白相对分子量大小约为73.9ku,与预期大小相符,且与鼠抗GCRV血清有良好反应原性。  相似文献