Evaluation of reference genes for quantitative real-time PCR analysis of gene expression during early development processes of the tongue sole (Cynoglossus semilaevis)   总被引：1，自引：1，他引：0  

MA Qian  ZHUANG Zhimeng  FENG Wenrong  LIU Shufang  TANG Qisheng 《海洋学报(英文版)》2015,34(10):90-97

Differential expression of genes is crucial to growth and development of fish. To select the appropriate genes for gene normalization during Cynoglossus semilaevis early developmental process, eight candidate reference genes (ACTB, B2M, EF1A, GADPH, RPL7, TUBA, UBCE and 18S) were tested for their adequacy by using quantitative real-time PCR. The results showed that the expression of all the examined genes exhibited tissue dependent variations in the mature C. semilaevis. EF1A was listed as the most stable reference among the 14 tissues by RefFinder. Furthermore, the recommended comprehensive ranking of the stability determined by RefFinder showed that 18S was the most stable gene during the early developmental stages (from oosphere to 90 days old) in this study. However, when divided the C_t value data of the above mentioned early developmental stages into two separate periods (embryo and post-hatching periods), TUBA and 18S represented the most stable references of these two developmental periods, respectively. Consequently, the reference gene should be carefully and accurately chosen even for studies of the same species at various developmental processes. The relevant data may help in selecting appropriate reference genes for mRNA expression analysis, and is of great value in the studies of fish growth and development.  相似文献   

花鲈Claudins基因家族的鉴定、进化分析及对环境盐度的表达响应     

李俊杰  于朋  李昀  田源  张凯强  王海亮  齐鑫  温海深 《海洋科学》2022,46(8):65-78

Claudin (cldn)是细胞间紧密连接蛋白的重要功能和结构组件,通过控制细胞旁通路通透性参与渗透压平衡的调节。本研究对花鲈(Lateolabrax maculatus)cldns基因家族进行了系统的鉴定分析,结果表明:花鲈cldns基因家族共包含55个成员,分布于16条染色体上,其中34个cldns基因在哺乳动物体内有对应直系同源基因,其余21个cldns是硬骨鱼所特有。选择压力分析显示预测的花鲈cldns蛋白的跨膜区域存在14个受正选择作用的氨基酸位点,这些正选择位点可能与家族内基因的多样性和功能分化有关。此外,基于花鲈鳃转录组的基因表达结果表明,至少有24个cldns基因在鳃中表达,其中cldn8c、cldn10b、cldn10c、cldn10d、cldn27a和cldn30b在不同环境盐度处理后表达差异显著,表明其可能是花鲈鳃组织中调节渗透压平衡的候选功能基因。本研究成果为研究花鲈及其他广盐性鱼类cldns基因家族成员的渗透调节机制奠定了理论基础。  相似文献   

马氏珠母贝异速生长个体对免疫刺激的差异响应     

许瀚之  张华  熊盼盼  何毛贤 《热带海洋学报》2022,41(5):180-188

文章对马氏珠母贝的异速生长个体的免疫性能进行了研究, 比较了极大和极小个体在免疫刺激后免疫相关基因(CuZn-SOD1、CuZn-SDO2、LAMP1、JRL和Rab7)的表达量以及3种免疫酶(SOD、CAT、AKP)活性的变化情况, 分析异速生长个体对免疫刺激的差异响应。结果显示, 所检测的与免疫相关的基因和免疫酶对免疫刺激均有应答。极小个体的LAMP1、CuZn-SOD1和CuZn-SOD2基因的相对表达量以及CAT和AKP活性的变化幅度均高于极大个体, 而JRL和Rab7基因的相对表达量以及SOD活性的变化幅度低于极大个体, 其中极小个体JRL基因的基础表达量远高于极大个体, 可能导致其变化幅度较小。研究结果表明, 极小个体对外界胁迫的反应更加强烈, 具有较强的免疫响应能力。  相似文献   

小清河河口邻近海域口虾蛄(Oratosquilla oratoria)COI序列特征及遗传多样性分析     

刘英  王全超  李海汇  纪莹璐  陈琳琳  李宝泉 《海洋科学》2022,46(11):38-46

受河流沿岸工农业发展以及人口急剧增加影响,小清河河口及邻近海域受到严重污染。口虾蛄(Oratosquilla oratoria)作为小清河河口及邻近海域重要渔业资源之一,承受着巨大的捕捞和生存压力。为了掌握口虾蛄种群在该区域的种群遗传多样性,本研究于2020年6—10月在小清河河口及邻近海域采集口虾蛄生物样本,进行了基于线粒体COI基因的种群遗传多样性分析。研究结果表明,基于216条长度为655bp的COI基因片段,共定义90个单倍型,63个多态位点,其中包括59个转换位点,1个颠换位点和3个转换与颠换同时存在的位点,核苷酸多样性指数和单倍型多样性分别为0.9700和0.0051。与其他海域相比,小清河河口种群遗传多样性处于相对较高水平;同时遗传结构分析发现黄渤海与东海及南海分布的口虾蛄种群遗传变异较大,但黄渤海海域内遗传变异较小。通过本研究基本掌握了小清河河口及邻近海域口虾蛄种群遗传多样性背景,也可为口虾蛄资源管理以及种质资源库建立等提供科学的基础理论依据。  相似文献   

2019年南海北部近海水母暴发原因种的分子鉴定     

杜崇  贺君  孙婷婷  王雷  王方晗  董志军 《热带海洋学报》2022,41(2):142-148

我国水母暴发主要发生在黄渤海和东海海域, 在南海海域较为少见。文章对2019年5月海南海口、文昌和广东茂名等南海北部多处海域的水母暴发原因种进行了形态学观察和分子鉴定。形态学观察结果显示, 海口与文昌附近海域的暴发水母为同一种水母, 其伞部为半球形, 生殖下穴呈梨形突起, 口腕布满丝状物并在末端有1条鞭状附属物, 与鞭腕水母(Acromitus flagellatus)形态相似; 而茂名附近海域暴发水母区别于海口和文昌, 该水母伞部呈较平的半球形, 生殖下穴乳状突起, 口腕无丝状物, 与端棍水母(Catostylus townsendi)形态相似。基于线粒体核糖体大亚基基因(16S rRNA)序列比对, 海口和文昌附近海域暴发水母与东太平洋鞭腕水母相似性为97.5%和97.7%, 茂名附近海域暴发水母与马六甲海峡端棍水母相似性为93.5%。基于线粒体COI基因和16S rRNA基因构建的系统发育树结果表明, 海口和文昌附近海域水母为同一种水母, 与鞭腕水母聚在一支, 而茂名附近海域水母与端棍水母亲缘关系近。结合形态学观察和分子系统数据认为, 海口和文昌附近海域暴发水母为鞭腕水母(Acromitus flagellatus), 茂名附近海域暴发水母为端棍水母(Catostylus sp.)。  相似文献   

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica)热休克蛋白70(HSP70)基因克隆及在金属胁迫下的表达分析     

李彬  景斐  武敏敏  张建设 《海洋与湖沼》2017,48(5):1060-1070

热休克蛋白70(HSP70)是生物体内一种重要的机体与细胞保护性蛋白。本文利用RT-PCR以及RACE技术首次克隆获得太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica)HSP70简称Ep.HSP70 c DNA的全长序列,序列全长为2252bp(KY807149),开放阅读框(ORF)长1947bp,编码649个氨基酸,5′端99bp,3’端206bp;预测蛋白分子量为70.81k Da,等电点为5.16,为一种亲水性蛋白,不存在信号肽及跨膜区,含有丰富的α螺旋结构(37.60%),β折叠(18.80%)。同源氨基酸序列比对发现,与其他甲壳动物的同源基因保守性较高,尤其是HSP70家族典型的结构位点序列在甲壳类动物中具有高度保守性。系统进化分析表明,太平洋真宽水蚤和安氏伪镖水蚤(Pseudodiaptomus annandalei)进化关系最近;桡足类种内同源性要高于虾蟹类,与虾类同源性高于蟹类。荧光定量数据分析表明,不同浓度铜、镉、锌胁迫下太平洋真宽水蚤HSP70基因表达水平具有显著的时间效应与浓度效应的特征,三种金属对Ep.HSP70抑制效应呈现CuCdZn的趋势。Ep.HSP70基因的成功克隆及金属胁迫下的表达分析为深入研究HSP70蛋白生物学功能具有重要意义。  相似文献   

Lack of population genetic structure in the marine nematodes Ptycholaimellus pandispiculatus and Terschellingia longicaudata in beaches of the Persian Gulf,Iran          下载免费PDF全文

Narjes Sahraean  Jelle Van Campenhout  Annelien Rigaux  Hadi Mosallanejad  Frederik Leliaert  Tom Moens 《Marine Ecology》2017,38(3)

We investigated genetic diversity and population genetic structure of two common benthic nematode species, Ptycholaimellus pandispiculatus and Terschellingia longicaudata, from sandy beaches in the area of Bandar Abbas (Iran), Persian Gulf. Based upon partial mitochondrial cytochrome oxidase c subunit 1 (COI) gene data, 17 and two haplotypes were found for P. pandispiculatus and Te. longicaudata, respectively. Analysis of molecular variance did not reveal a significant population genetic structure for either species. The absence of genetic structuring indicates substantial dispersal and gene flow in our study area. To assess the species structure of Te. longicaudata at a larger geographic scale, we compared 18S rDNA and COI sequences from Iran and the Scheldt Estuary in The Netherlands to ascertain whether they truly belong to the same species. Our data confirmed previous studies that Te. longicaudata likely constitutes a complex of multiple cryptic species, with one of these species having a (near) cosmopolitan distribution.  相似文献   

瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

杨铁柱  沈和定  史艳梅  刘欣  吴欣  李杰 《海洋科学》2017,41(3):8-16

首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分析结果发现其含有2个保守的EGF结构域和1个EGF-like结构域,每个结构域中均包含至少6个半胱氨酸残基,且形成CX7 CX4-5 CX10-13CXCX8 C结构,其结构域由C1~C3、C2~C4和C5~C6之间形成的3个二硫键维持,符合表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余氨基酸序列与现有相关基因差异较大,推测可能是一种新的EGF-like基因。利用MEGA6.0软件构建Os-egf1与EGF家族相关蛋白的系统进化树,表明EGF家族蛋白具有一定的物种特异性。  相似文献   

脂肪营养对封闭循环水养殖道氏虹鳟生长、相关代谢酶及基因表达的影响     

张静  李勇  孙国祥  赵宁宁  马骏  王顺奎 《海洋科学》2017,41(10):24-32

为探讨饲料脂肪营养对封闭循环水养殖道氏虹鳟(Oncorhynchus mykiss)生长、脂肪代谢及相关酶基因表达的影响,作者采用单因素设计,即4个脂肪水平——12%、15%、18%、21%(以Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组表示),共4个处理组,每处理3重复,每重复25尾鱼。试验鱼为初始体质量(333.25±20.71)g的道氏虹鳟幼鱼,试验期77 d。结果表明,与后3组相比,Ⅰ组试验鱼增质量率显著提高17.20%~33.17%,Ⅰ和Ⅱ组饲料系数显著低于Ⅲ和Ⅳ组6.20%~20.56%(P0.05);脂肪合成酶类FAS活力随饲料脂肪水平升高而降低,脂肪分解酶类LPL、HL及L-CPTⅠ活力变化特征与之相反(P0.05)。其中,Ⅰ组FAS活力显著高于Ⅲ、Ⅳ组7.5%、8.7%;L-CPTⅠ活力显著低于后3组13.08%~16.35%;Ⅳ组LPL活力显著或极显著高于前3组18.8%~44.7%(P0.05或P0.01);I组肝脏FAS的mRNA表达量比后3组显著高48.29%~55.15%(P0.05);LPL呈相反特征,Ⅳ组显著高于前3组36.72%~113.59%(P0.05或P0.01);Ⅰ组肌肉FAS mRNA表达量显著高于Ⅳ组66.82%(P0.05);LPL表达丰度随脂肪水平升高先下降后显著上升(P0.05)。该结果特征与肝脏中该两种酶活力变化具有同步性。研究发现,随饲料脂肪水平变化,肌肉FAS mRNA表达量变化比肝脏更明显且规律性更强,而肝脏LPL mRNA表达量变化较肌肉更明显。本试验初步确定,在封闭循环水养殖模式下,330 g左右道氏虹鳟饲料蛋白水平在45%时,脂肪水平以不超过12%为宜。  相似文献   

鱼类spexin系统鉴定及其生理功能研究          下载免费PDF全文

田振方  王滨  崔爱君  徐永江  柳学周  姜燕  田云臣 《海洋科学》2023,47(2):100-108

所有脊椎动物生殖均受下丘脑-垂体-性腺轴的调控,多种下丘脑神经肽参与了生殖调控过程。大多数神经肽具有促进生殖的功能,例如促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasinghormone,GnRH)、神经激肽B (neurokinin B, NKB)、神经肽Y (neuropeptide Y, NPY)、神经分泌素(secretoneurin, SN)、刺鼠相关蛋白(agouti-related peptide, AgRP)、甘丙肽(galanin, GAL)和吻素(kisspeptin, Kiss)。Spexin (SPX)是一种新型下丘脑神经肽,属于SPX/GAL/Kiss家族成员。SPX的成熟肽由14个氨基酸组成,该氨基酸序列在不同物种间高度保守。SPX可以激活GAL受体2和3 (GALR2/3)参与生殖、摄食等多种生理过程。本文围绕鱼类SPX基因鉴定、进化分析、组织分布、表达调控、生理功能以及信号转导机制等方面,简要总结鱼类SPX及其受体的研究进展,以期为后续深入研究提供参考。  相似文献