基于高通量测序的象山港水域细菌多样性的研究     

刘岩  李志恩  袁一鸣  张真  钱鹏宇  叶欢  刘松怡  王泽  韩姣姣  周君  苏秀榕 《海洋与湖沼》2022,53(3):645-653

象山港位于浙江省宁波市东南部沿海,属于半封闭式海湾,是以海水养殖区和海洋牧场示范区为主的重要多功能水域,近年来生态环境问题日益突出。为研究象山港海域在早春低水温环境中细菌的多样性,通过高通量测序方法对3月份的象山港水域进行检测。沿象山港南部海湾随机选取6个取样点(G04,G06,G08,G09,G011,G012),共检出836属和2 166种细菌,隶属33个门、91纲、186目和352科。其中优势细菌类群主要包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝细菌门(Cyanobacteria)。变形菌门在G04中占比最高(91.45%),拟杆菌门在G09中占比最高(18.05%);而放线菌门在G12中占比最高(7.95%)。在经度较高且离海岸较远的水域,细菌丰富度也越高;同时随着取样位点纬度的增加,γ-变形菌丰度逐步增高,其中在G04中最高(72.76%),在G12中最低(29.11%)。各取样点的细菌分离培养结果也表明弧菌属丰度较高,且主要集中在G04中。利用高通量测序方法揭示了象山港早春全水域的细菌结构组成框架图,可为象山港的水产养殖和可持续发展提供参考依据。  相似文献   

大菱鲆CD55负调控补体激活及其广谱细菌结合能力     

吴蒙  李墨非  孙黎 《海洋科学》2022,46(7):24-31

CD55蛋白在哺乳动物中是一种补体调控因子,但其在鱼类中的功能未知。本研究探索了大菱鲆(Scophthalmus maximus) CD55(SmCD55)蛋白的功能。结果表明,SmCD55蛋白由344个氨基酸残基构成,含有一个N端信号肽和3个补体调控蛋白(CCP)功能域。SmCD55基因在大菱鲆多种组织中均有表达,其中,在肌肉中表达量最低,在脑组织的表达量最高。通过原核表达获得了重组的SmCD55(rSmCD55)蛋白,发现rSmCD55蛋白能够抑制大菱鲆血清的溶血活性和杀菌活性,表明其负调控补体系统的激活。此外,本研究还发现rSmCD55蛋白可以结合包括重要水产病原菌迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、荧光假单胞杆菌(Pseudomonas fluorescens)、鳗弧菌(Vibrio anguilla­rum)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)和海豚链球菌(Strep­tococcus iniae)在内的多种细菌,其中与哈维氏弧菌的结合能力最强。以上这些研究结果丰富了鱼类补体系统的理论知识,加深了对鱼类补体激活调控的了解。  相似文献   

海水养殖真鲷弧菌病病原菌外毒素的分离、纯化及生物学活性   总被引：18，自引：2，他引：18  

吴后波  潘金培 《海洋与湖沼》2002,33(1):83-89

1996年6月初，对福建省平潭县真鲷网箱养殖场发生的弧菌病进行研究，并确定该病病原菌为最小弧菌（Vibrio mimicus）。采用硫酸铵沉淀、DEAE－纤维素层析及Sephadex-G100层析等方法对最小弧菌产生的外毒素进行研究。结果表明，该外毒素为单一的多肽，分子量为30．456kD，对真鲷的LD50为4．48μg，对真鲷等养殖动物的溶血性最强，对Vero细胞的CD50值为0．48μg，肠毒性弱阳性。该外毒素与最小弧菌产生的其他毒力因子相比，性质独特，是一类新的毒力因子，建议命名为Vm-Pm毒素。  相似文献   

基于SPE与SPATT的水体中麻痹性贝类毒素检测方法构建与应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

张亚亚  闫国旺  吴海燕  谭志军  张志华  江涛  李玉 《海洋与湖沼》2020,51(2):298-306

为实现麻痹性贝类毒素(paralytic shellfish poisoning,PSP)的实时监控与提前预警,本研究构建了基于固相萃取技术(solid phase extraction,SPE)与固相吸附毒素跟踪技术(solid phase adsorption toxin tracking,SPATT)的水体中PSP检测方法,重点优化了吸附材料及前处理方法,评价了回收率、检出限等指标,并将方法应用于2019年春季秦皇岛山海关海域PSP消长过程的监测中,比较评估了两种方法的监控预警效果。结果表明:SPE方法选用ENVI-Carb 500mg/6mL固相萃取柱,过样体积为50mL,13种PSP组分的平均回收率为82.2%±10.0%、检出限为4.0-20.0ng/L;SPATT方法选用SP207大孔吸附树脂,洗脱时间为静置Id最佳,整体回收率约为9.2%;在实际应用中,结合产毒藻密度及贻贝富集毒素含量的变化,发现SPE方法的检测结果可实时表征海域PSP风险状况,对于贻贝中PSP的预警效果也显著优于SAPTT方法,后者不仅因监控方式相对滞后一个监测周期,且灵敏度及准确性均较差。对于秦皇岛海域,当SPE方法检测结果达到100ng STX eq/L时,该海域贻贝中PSP残留将具有潜在的食用安全风险,跟踪过程表明这一阈值可提前两周预警贻贝富集毒素含量超出我国限量标准(800μg STX eq/kg),这对于强化风险警示并制定防范措施具有积极作用。  相似文献   

大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris) Gal-8L基因序列及其细菌凝集活性的鉴定     

梁亚芳  史雨红  苗亮  陈炯 《海洋与湖沼》2018,49(2):413-421

半乳糖凝集素-8基因(galectin-8,Gal-8)属于凝集素家族一员。已知Gal-8在哺乳动物的先天免疫中发挥重要作用,然而在鱼类中却鲜有报道。本研究通过转录组测序获得大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)半乳糖凝集素-8样基因(galectin-8 like,Bp Gal-8L)c DNA序列。首先确定其序列特征,其次采用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,q PCR)的方法鉴定Bp Gal-8L组织表达分布及其与迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)感染相关性;最后分别通过原核表达获得N端和C端CRD区重组蛋白Bp Gal-8L-N和Bp Gal-8L-C,并采用玻片法观察这两个CRD区的细菌凝集活性和糖类结合特性。多重序列比对显示,Bp Gal-8L蛋白含有两个糖识别结构域(carbohydrate recognition domain,CRD),但只有C端的CRD区存在Gal家族典型的β-半乳糖苷糖类结合基序。系统进化树表明Bp Gal-8L属于鱼类Gal-8的一种亚型。q PCR结果显示,Bp Gal-8L基因m RNA在各组织中普遍表达,并且在迟缓爱德华氏菌感染后大弹涂鱼肝和脾中表达量呈上调趋势。细菌凝集实验结果显示,只有Bp Gal-8L-C重组蛋白对检测的5种革兰氏阴性菌及2种革兰氏阳性菌有凝集作用,并与乳糖和脂多糖特异性结合。综上所述,Bp Gal-8L与大弹涂鱼抗菌免疫密切相关,且其N端和C端CRD区发挥不同作用。  相似文献   

黄海西北近岸沉积物中细菌群落空间分布特征   总被引：3，自引：0，他引：3  

张健  赵阳国  李海艳  白洁  田伟君 《海洋学报》2010,32(2):118-127

采用16S rDNA文库和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术,对黄海西北部3个近岸站位沉积物中细菌群落多样性及空间分布特征进行了调查和解析。对表层沉积物16S rDNA序列统计表明,各站位细菌群落多样性很高,γ-和δ-变形菌纲分别占克隆序列总数的20%~32%,是沉积物中的绝对优势类群。DGGE图谱分析表明,同一站位中不同深度的细菌群落结构相似性较高,而不同站位间群落结构相差较远。研究表明在黄海西北近岸沉积物中细菌群落多样性较高,优势类群明显,在较小尺度范围内群落结构的垂直变化不明显。  相似文献   

岱海水体及沉积物细菌多样性及群落组成特征     

张雨晴  邵克强  胡洋  丁艳青  张恩楼  高光  汤祥明 《湖泊科学》2022,34(6):2070-2082

采用高通量测序技术,研究了内蒙古岱海流域入湖河流、湖水及沉积物细菌多样性及群落组成.结果显示,细菌多样性从高到低依次为：沉积物>河流>湖泊.聚类分析表明入湖河流、湖水和沉积物细菌群落可分为明显不同的3支,说明这3种生境中细菌群落结构有较大差异.物种注释结果表明,河流中优势细菌菌群为髌骨细菌(Patescibacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria);湖水中优势细菌菌群为放线菌门(Actinobacteria);而沉积物中优势细菌菌群为变形菌门和绿弯菌门(Chloroflexi).典范对应分析及Monte Carlo检验表明,电导率和悬浮物含量对水体中(河流与湖泊)细菌群落影响显著,二者共解释了细菌群落变化的86.5%;而冗余分析及Monte Carlo检验表明,泥深、磁化率和总有机碳对沉积物中细菌群落影响显著,三者共解释了细菌群落变化的47.9%.近30年来,岱海地区气候变化和人类活动导致湖水咸化,沉积物碳氮指标显著增长.岱海水体及沉积物细菌多样性及群落组成的差异及其主要驱动因...  相似文献   

原始黄铁矿莓体的发现与研究     

余江滨  潘侊 《矿物学报》1988,(4)

用扫描电子显微镜研究晋东南太原组下部黄铁矿矿石和煤岩中的黄铁矿,发现许多原始莓体保留着形成时的特征。这些特征反映出原始莓体大多数为硫磺细菌化石,少数由胶体形成。本文对莓体的成因、特征、形成环境等进行了论述。  相似文献   

Bacterial contribution to sedimentary organic matter; a comparative study of lipid moieties in bacteria and Recent sediments     

H. Goossens  W. Irene  C. Rijpstra  R.R. Düren  J.W. De Leeuw  P.A. Schenck 《Organic Geochemistry》1986,10(4-6)

A systematic study of the lipid composition of thirteen bacterial species and three Recent sediments (methanogenic sediment, cyanobacterial mat and evaporative gypsum crust) was undertaken in an attempt to recognize bacterial organic matter in sediments. A sequential method, which distinguishes between three different modes of occurrence of lipid moieties (free, OH⁻- and H⁺-labile), was applied. The acid-labile fractions are discussed.The three main groups of bacteria, archaebacteria, gram-positive eubacteria and gram-negative eubacteria, are easily distinguished. Methanogenic and extremely halophilic archaebacteria are characterized by the presence of diphytanyl glyceryl ether and the absence of fatty acids. The gram-positive eubacteria contain primarily iso- and anteiso-branched fatty acids whereas the gram-negative bacteria and sediments are dominated by β- and α-hydroxy fatty acids. A wide variety of H⁺-labile hydroxy fatty acids was observed which included several, as yet unknown, structures.β-Hydroxy fatty acids in this H⁺-labile mode of occurrence are exclusively present in bacteria. Their distribution patterns in sediments are considered “fingerprints” of past and present bacterial populations. The specific differences in β -hydroxy fatty acid compositions observed in the different bacteria and the three sediments investigated, suggest that amide-linked β-hydroxy fatty acid patterns are useful as markers of bacterial populations and therefore of environmental conditions.  相似文献   

Growth of Daphnia magna males and females fed with the cyanobacterium Microcystis aeruginosa and the green alga Scenedesmus obliquus in different proportions     

Miquel Lürling  Wendy Beekman 《洁净——土壤、空气、水》2006,34(4):375-382

Laboratory experiments were used to study the sensitivity of both male and female Daphnia magna to a toxic cyanobacterium, Microcystis aeruginosa. Male and female D. magna were fed with M. aeruginosa and a green alga (Scenedesmus obliquus) in different mixtures that included 0%, 25%, 50%, 75% and 100% Microcystis. Growth of both males and females declined with increasing proportion of Microcystis in the diet. Males were slightly less sensitive to Microcystis than females with EC₅₀ for growth inhibition at 72% and 63% Microcystis in the diet, respectively. On monospecific Microcystis diet, mortality rates for males (0.16 d^–1) and females (0.17 d^–1) were similar. The reproductive rate of females was the most sensitive endpoint with an EC₅₀ of 42% Microcystis in the diet, whereas population growth rates were the least sensitive (EC₅₀ of 74% Microcystis). Microcystis in the diet severely depressed growth and reproduction in Daphnia and poses a severe threat to its survival in which only a switch in reproductive strategy might provide Daphnia a refuge to a Microcystis environment that gradually becomes uninhabitable.  相似文献