A culture-dependent survey of thermophilic bacteria from hot springs in Xiamen area in China     

YANG Bo  OUYANG Jianping  AO Jingqun  CHEN Xinhua 《海洋学报(英文版)》2009,28(1):62-71

Microbes are believed to play important roles in ecosystem function in many environments. The hot springs of Xiamen Island are close to the Xiamen Sea, and may have some characteristics different from those of inland hot springs. Microbes living in the hot springs of Xiamen may have new characteristics. However, little is known about microbial communities of hot springs close to the Xiamen Sea. A culturedependent survey of microbial population in the Xiamen hot springs was performed by using an approach combining total cellular protein profile identification and 16S rRNA gene sequencing. A total of 328 isolates of bacteria were obtained from liquid and sediment samples from the Xiamen hot springs, including neutrophilic thermophilic bacteria and moderately thermophilic acidophiles. Neutrophilic thermophilic bacteria, which grow at a temperature range of 55—90℃ including Rhodothermus marinus (Strain 1), Thermus thermophilus (Strain 2), Thermus thiopara (Strain 3), Geobacillus stearothermophilus (Strain 4), Geobacillus thermoleovorans (Strain 5), and Pseudomonas pseudoalcaligenes (Strain 6), were recovered by 2216E plates. Moderately thermophilic acidophiles, which can grow at temperatures above 50℃ and a pH range of 1.8—3.5 such as Alicyclobacillus acidoterrestris (Strain 8), Sulfobacillus acidophilus (Strain 9), and Sulfobacillus thermosulfidooxidans (Strain 10), were isolated on selective solid medium containing sulfur and Fe2+. Among these strains, Rhodothermus marinus, Thermus thermophilus and Geobacillus stearothermophilus are not only thermophiles, but also halophiles. One bacterium strain (Strain 6) shared 99% nucleotide sequence homology with Pseudomonas pseudoalcaligenes on the 16S rRNA gene sequence, but was quite different from Pseudomonas pseudoalcaligenes in biological characteristics, suggesting that it may represent a novel thermophilic species. Results indicated that various species of neutrophilic thermophiles and moderately thermophilic acidophiles were widely distributed in the Xiamen hot springs and that Rhodothermus marinus and Thermus thermophilus dominated the cultivable microbial community.  相似文献   

相手蟹属两种蟹类线粒体16SrRNA基因序列的比较     

徐敬明 《海洋通报(英文版)》2009,11(2):65-71

测定了相手蟹属（Sesarma）红螯相手蟹（S．haematocheir）和褶痕相手蟹（S．plicata）线粒体16SrRNA基因部分片段的序列,二者的序列长度相同,均为533bp,且A、T、G、C的含量相似,分别为198bp（37．1％）,206bp（38．6％）,84bp（15．8％）,45bp（8．4％）和200bp（37．5％）,205bp（38．5％）,81bp（15．2％）,47bp（8．8％）;二者的序列有49处差异,其中21个位点为转换、22个位点为颠换和6个缺失／插入位点。进一步对20种相手蟹属蟹类的长度为361bp的16SrRNA基因同源序列进行分析,发现AT的含量为78．6％～82．9％,明显高于GC的含量,且存有91个变异位点。从NJ树和遗传距离来看,在分布于中国的3种相手蟹中,无齿相手型（S．dehaani）和红螯相手蟹的亲缘关系最近（d=0．0151）,而它们与褶痕相手蟹的亲缘关系则较远（d=0．0924／0．09231。分布于中国的相手蟹和分布于北美的相手蟹之间存在着较大的遗传距离（差异）,表明它们之间有着较远的亲缘关系,互为单系起源。  相似文献   

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

徐岩  潘红平  阎冰  高霆炜  吴斌  杨明柳 《海洋学报》2019,41(8):63-71

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。  相似文献   

缀锦蛤亚科(Tapetinae)贝类线粒体DNA序列的系统学分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

潘鹤婷  袁媛  吴琪  张素萍  潘宝平 《海洋与湖沼》2008,39(3):284-290

采用线粒体16S rRNA和COI序列扩增和测序方法,对隶属于缀锦蛤亚科5属7种动物进行了系统学分析.经Clustal x多重比对和PAuP 4.10 软件分析,得到种间序列的遗传距离并构建了邻接(NJ)系统树.实验数据显示,缀锦蛤亚科为遗传连续的同源类群,其中的浅蛤属(Gomphina)、缀锦蛤属(Tapes)和蛤仔属(Ruditapes)亲缘关系较近,结果与Fischer-Piette等(1971)的缀锦蛤亚科的分类方案基本一致.另外,菲律宾蛤仔R.philippinarum 和杂色蛤仔 R.variegata是蛤仔属在印度洋和太平洋海区的一个组群,尽管两种贝类有明显的重叠分布区和相近的贝壳形态,但二者间的16S rRNA 和COI序列遗传距离均达到了物种间差别.结果支持庄启谦(2001)有关菲律宾蛤仔与杂色蛤仔的形态分类及分布区划分的观点.  相似文献   

三亚天涯海角潮间带趋磁细菌特性     

徐丛  陈海涛  张文燕  陈一然  董逸  潘红苗  杜海舰  王明玲  刘佳  滕兆洁  肖天 《海洋科学》2016,40(7):8-16

在三亚天涯海角潮间带沉积物中发现了一定量的海洋趋磁细菌,最大丰度可达100个/cm3。透射电子显微镜(TEM)观察发现该区域趋磁细菌绝大多数为趋磁球菌。磁小体形状单一,皆为棱柱形;磁小体排列方式多样,以链状排列为主,包括单链、双链,也有少数成簇排列。高分辨率透射电子显微镜(HRTEM)与X-射线能谱仪(EDXS)结果表明,磁小体成分为Fe3O4。趋磁细菌的铁含量平均为2.05%(0.70%~7.53%)。通过16S r RNA基因文库的构建与测序,在78个阳性克隆中得到了16个趋磁细菌序列,分属9个OTU。系统发育分析结果表明,其中8个OTU属于α-变形菌纲,1个OTU属于γ-变形菌纲。在全部9个OTU中,有8个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于97%,有5个OTU与已知趋磁细菌序列的相似性低于93%,说明该区域存在可观的趋磁细菌资源。  相似文献   

基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定     

刘国强  刘锐  魏春雷  张春华 《海洋科学》2016,40(9):18-22

传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。  相似文献   

仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析   总被引：10，自引：0，他引：10  

李颖  刘萍  孙慧玲  马甡  高天翔  王清印 《海洋与湖沼》2006,37(2):143-153

采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。  相似文献   

中国和越南青蟹线粒体16S rRNA基因序列分析   总被引：13，自引：0，他引：13  

王玉江  高天翔  韩志强  刘进贤  于常红 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2005,35(4):554-558

为确定我国青蟹的分类地位及其资源的合理利用与保护提供理论依据，对中国和越南青蟹的线粒体16S rRNA基因片段序列进行了测定，并同Genbank中其他青蟹的序列进行了比较，分析研究了青蟹种内和种间的遗传差异及其分类地位。结果显示：中、越青蟹个体间序列差异极小，与Genbank中Scylla paramamosain同源片段序列的相似性达到99％以上．而与其他3种青蟹的差异达3．91％～8．41％。所得序列与S．paramamosain，S．serrata，S．olivacea及s．tranquebarica的遗传距离分别为0．002，0．075，0．087，0．042，种间遗传距离远大于种内距离。序列特征、遗传距离和系统进化分析结果都表明本文研究的中国和越南青蟹均为S．paramamosain。  相似文献   

牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

孔晓瑜  刘亚军  喻子牛  庄志猛  武云飞 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2001,31(5):713-722

以相应引物对牙鲆(Paralichthysolivaceus)和石鲽(K.areiusbicoloratus)的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,均得到了590bp的碱基序列,并将其与GenBank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽(Platichthysflesus)相应片段进行比较,结果表明,川鲽和石鲽序列差异很小(核苷酸差异数为7,同源性为98.8%);而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显(核苷酸差异数为90～93,同源性约为84%),且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约200bp的区域.  相似文献   

内蒙古河套灌区湿地芦苇根际可培养细菌多样性     

孙磊  刘莹  姚娜  邵红  李潞滨 《湿地科学》2012,10(2):176-180

以内蒙古河套灌区湿地植物芦苇(Phragmites australis)根际土壤为材料,采用分离培养法对天然湿地和退化湿地的芦苇根际细菌多样性进行了研究。16SrRNA基因系统发育分析的结果显示,分离自天然湿地芦苇根际的45株细菌分属于γ-变形菌纲(44.44%)、厚壁菌门(Firmicutes)(42.22%)和放线菌门(Actinobacteria)(13.33%)3大类群,其中,γ-变形菌纲为最优势类群,芽孢杆菌属(Bacillus)(42.2%)为最优势菌属;分离自退化湿地芦苇根际的44株细菌分属γ-变形菌纲(13.63%)、β-变形菌纲(6.82%)、厚壁菌门(47.73%)及放线菌门(Actino-bacteria)(31.82%)4大类群,其中厚壁菌门为最优势类群,芽孢杆菌属(40.9%)为最优势菌属。研究结果表明,天然湿地和退化湿地芦苇根际细菌都具有较丰富的多样性,但天然湿地与退化湿地芦苇根际细菌群落结构存在一定差异。  相似文献