长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述   总被引：1，自引：0，他引：1  

韩斐斐  亓海刚  李莉  张国范  闫喜武  李慧娟  杨霏  王琳楠 《海洋通报》2011,30(5):566-571

长牡蛎于20世纪80年代从日本引进中国.在我国,长牡蛎已经成为重要的贝类养殖产业之一.本实验从全基因组上筛查微卫星序列,在微卫星筛查的范围、数目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的.利用基因组微卫星序列总共设计了104对引物,54对引物能扩增出目的片段,其中有34对引物显示多态性扩增,占32.7％,20对引...  相似文献   

大菱鲆亲子鉴定的微卫星多重PCR技术建立及应用     

苗贵东  杜民  杨景峰  徐营  樊廷俊  陈松林 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,(Z1):97-106

用8个微卫星标记组合建立了2个微卫星多重PCR体系,对大菱鲆7个人工选育家系进行了系谱认证、亲子鉴定和遗传多样性研究。2个多重PCR体系中8个微卫星位点共检测到等位基因49个,每个位点等位基因数为3~8个。根据已知亲本及子代基因型,成功推断出了3个缺失亲本的基因型。在双亲未知的情况下2个多重PCR的8个微卫星位点累积排除概率是96.58%,已知1个亲本时累积排除率为99.71%,亲子鉴定准确率为96.42%。采用70个个体进行双盲验证,利用UPGMA法对7个家系的70个体进行了聚类分析,同一家系95.71%的个体聚类分析结果与系谱来源一致。Cervus 2.0软件亲子鉴定结果表明亲子鉴定准确率为92.86%。2个多重PCR体系的建立为大菱鲆不同家系混养后的亲子鉴定、系谱分析和分子辅助家系管理提供了技术手段。  相似文献   

刺参雌核发育二倍体的诱导及其早期生长发育     

聂鸿涛  李琪  于瑞海 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(9):31-35

紫外线照射使精子遗传物质失活,用细胞松弛素B(CB)处理受精卵抑制第二极体释放,诱导刺参(Apostichopusjaponicus)雌核发育二倍体。用强度为2561μW/(cm2.s)的紫外线(254 nm)照射不同时间的精子与正常卵子受精。结果发现随照射时间的增加,卵裂率、早期胚胎存活率和小耳幼虫发生率逐渐降低,照射30 s时小耳幼虫发生率降为0。受精后35 min,显微镜下观察到有20%~30%受精卵排出第1极体时,用浓度0.5μg/mL的CB持续处理受精卵20 min,诱导出刺参第二极体抑制型雌核发育二倍体,雌核发育二倍体发育速度低于正常二倍体。微卫星分析表明,雌核发育二倍体诱导成功率为93.3%。  相似文献   

基于点云数据构建树木骨架的方法     

周广宇  徐毅  陈楠  蔡军 《测绘与空间地理信息》2015,(9):174-176

树木骨架在树木三维建模及林业研究中具有重要意义。基于地面三维激光扫描系统获取的树木点云数据,提出了一种利用体素空间转换方法而快速构建树木骨架的方法。首先,根据树木的点云数据构建特定的体素空间;然后,对投影变换的每层体素进行连通成分分析,解算出每个体素层所包含的骨架结点;最后,利用单源最短路径算法构建树木的骨架。实验证明,文中提出的方法是可行且有效的。  相似文献   

中国鲎基因组微卫星富集文库的构建及分析     

宁晔凤  黎中宝  戴刚  上官静波  李清荟 《海洋科学》2015,39(4):15-20

本研究旨在从DNA分子水平上研究中国鲎(Tachypleus tridentatus)种群遗传多样性及种群结构等相关信息,以期为保护其野生群体种质资源提供科学依据。本研究通过生物素—磁珠富集法筛选微卫星标记,构建中国鲎基因组微卫星文库。基因组DNA经Fast Digest Tru1I酶切后,选取400 bp~1000 bp片段,用生物素标记的(GT)15、(CT)15混合探针与其杂交,杂交复合物与链霉亲和素磁珠结合,捕获含有重复序列的微卫星片段,纯化后连接PMD19-T载体克隆,构建基因组微卫星文库。从334个阳性克隆中随机选取196个片段大于400 bp的阳性克隆进行测序,共获得127个微卫星序列,其中完美型占69.3%、非完美型占11.0%、复合型占19.7%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到多碱基GCT、TGG、AAAC、ACAA、GATTT、TTTTA的重复序列。根据微卫星序列设计选择合成40对引物,结果显示其中3对具有较高多态性,可作为进一步评价中国鲎野生种质资源等遗传信息的有效遗传标记。  相似文献   

哮喘呼吸器植入GPS     

《测绘信息与工程》2011,(3):4

两年前曾报道过国外一家大学利用GPS进行标记,研究是什么东西引发了哮喘疾病。最近又看到一篇报道,他们将会把这个名为Spiroscout的哮喘呼吸器变成一个商业产品。这样病人在使用呼吸器时可将GPS数据传入服务器,  相似文献   

龙须菜微卫星DNA的初步研究     

逄巧巧  隋正红  张学成  孔繁娜 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(7)

为从龙须菜中分离含微卫星DNA的片段采用了2种方法,总共筛选了1 100个克隆。其中应用地高辛标记探针,通过菌落原位杂交方法,筛选得到13个克隆,测序结果显示仅有1个克隆含有微卫星DNA;PCR方法筛选出28个克隆,测序显示有23个克隆含有微卫星DNA。在总共测序的24个克隆中共有77个微卫星序列,每个克隆中含有的微卫星DNA在1～7个不等。核心序列重复次数在10次(含10次)以上的微卫星有38个,重复次数在10～38不等,重复次数在7～9次之间的微卫星有39个。在获得的微卫星序列中GA重复占97%,CA重复仅占3%。完全型微卫星55个,占71.4%;不完全型微卫星21个,占27.3%;复合型微卫星1个,仅占1.3%。龙须菜微卫星DNA的含量较低。  相似文献   

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

田美  申欣  孟学平  程汉良 《台湾海峡》2012,31(2):189-194

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.  相似文献   

尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体遗传多样性的比较     

李莉好  喻达辉  黄桂菊  杜博  符云  童馨  郭奕惠  叶卫 《热带海洋学报》2012,(2):102-109

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。  相似文献   

基于WMM2010地磁模型的微卫星姿态确定          下载免费PDF全文

李忠亮  边少锋  李忠美 《海洋测绘》2012,32(5):11-14

概述了微卫星的特点和发展应用概况,简述了微卫星借助单个磁强计完成三轴姿态确定的原理;并以WMM2010模型为研究对象,介绍了确定卫星姿态的统计性方法;分析了几种不同截断阶数的地磁模型与地磁场真值的差异,指出对于定姿精度要求不高的中低轨道(数百千米)卫星,可将低阶模型作为磁场真值存储在卫星处理器中,有助于提高卫星定姿的实时性。  相似文献