印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘艳  黄晓航  何培青  彭亚林  林学政  安利国 《海洋科学进展》2009,27(2)

采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.  相似文献   

斑点叉尾(Ictalunes punctatus)源鲁氏耶尔森氏菌的分离鉴定及系统发育分析   总被引：3，自引：1，他引：2       下载免费PDF全文

范方玲  汪开毓  耿毅  黄小丽  陈德芳 《海洋与湖沼》2010,41(6):862-868

从发病的斑点叉尾肝脏和肾脏均分离到一高致病性的菌株(FF003),感染该菌后斑点叉尾表现为体表多处点状出血,特别是在下颌、腹壁、体侧处,各内脏器官不同程度出血,尤其是腹内膜和鳔内膜斑块状出血。该菌为非发酵型需氧,革兰氏阴性杆菌,对除麦芽糖、甘露糖、果糖、海藻糖、D-甘露醇以外的多种糖类不利用产酸,氧化酶阴性,精氨酸双水解酶、鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR阳性。在以该菌16S rDNA序列(GenBank登录号为FJ908709)和GenBank数据库内同源性较高的细菌16SrDNA序列构建的系统发育树中,分离菌FF003株与鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)聚为一个分支,结合形态和生理生化特点将其鉴定为鲁氏耶尔森氏菌。药敏实验结果表明氟哌酸、环丙沙星、强力霉素、氯霉素对其高度敏感,头孢拉定、克拉霉素、磺胺甲基异唑、庆大霉素、麦迪霉素等药物不敏感。  相似文献   

天津近海可培养细菌多样性的初步调查          下载免费PDF全文

郭非  耿绪云  李翔  魏俊利  孙金生 《海洋科学》2009,33(6):35-40

根据天津近海地理地貌特征设置了5个调查站住,分别采集不同水层的水样,进行了可培养细菌调查和多样性分析.调查结果表明,天津近海海水细菌总数为0.28×107～6.08×107cfu/L.划线培养获得的菌株经16S rDNA扩增后,用RsnⅠ、Msp Ⅰ限制性内切酶酶切,共获得27种酶切谱型.对27种谱型的细菌进行16S rDNA克隆和序列分析表明,天津近海海水可培养细菌分属于3个分类单元,即变形细菌(18种)、厚壁菌(5种)、拟杆菌(4种).对天津近海海水可培养细菌的可能代谢类型进行了比较分析,为今后开发利用海洋生物资源和修复天津近海生态环境提供了数据.  相似文献   

南海细菌胞外多聚物的神经保护活性筛选          下载免费PDF全文

卫茂生  王清池  耿丽华  岳洋  孙超岷  张全斌 《海洋科学》2023,47(3):79-88

本文采取传统的醇沉水溶的工艺提取了深海细菌的胞外聚合物(extracellularpolymericsubstance,EPS),使用过氧化氢作为损伤剂建立SH-SY5Y人神经母细胞瘤体外氧化损伤模型。在安全剂量下评价EPS的体外神经保护活性,确定16种活性良好(细胞活力>90%)的EPS。16种EPS的成分分析结果如下:1)16种EPS的分子量分布呈三段式,分别为>200 kDa, 10～200 kDa和<10 kDa; 2)16种EPS单糖组成中除甘露糖、葡萄糖外,还有稀有单糖氨基葡萄糖、鼠李糖、葡萄糖醛酸、氨基半乳糖、半乳糖、岩藻糖; 3)EPS的总糖含量为14.06%～21.40%,蛋白含量为10.66%～31.05%,硫酸基含量为2.91%～26.53%。通过对相应菌株进行16SrDNA全序列分析并与GenBank比对,完成了活性菌株的鉴定,通过MEGA7.0和Figtree构建系统进化树。鉴定结果表明,16株深海细菌归属于3门8科9属16种,分布在三个门类:厚壁菌门(Firmicutes, 9/16),变形菌门(Proteobacteria, 6/16)和...  相似文献   

烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析     

宁璇璇  纪灵  王刚  刘艳  于道德  宋培高  唐海田  伯云台 《海洋通报》2010,29(1)

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。  相似文献   

一株海洋金藻的18S rRNA 基因序列分析及分类     

刘艳如  庄惠如  田宝玉  江贤章  张国海 《海洋科学》2010,34(4):53-57

Isochrysis sp.strain HG是一株分离自福建长乐自然海区的金藻,是一种良好的西施舌育苗饵料藻。显微形态观察表明,Isochrysis sp.strain HG的形态特性与等鞭金藻属的球等鞭金藻(I.galbana)和湛江等鞭金藻(I.zhanjiangensis)比较接近。进一步克隆Isochrysis sp.strain HG的核糖体小亚基(small subunit,SSU)18S rRNA基因,获得了长度为1780bp的基因序列。同源性分析表明,该序列与在NCBI数据库中登录的等鞭金藻属的18S rRNA基因序列同源性最高,说明结果与形态鉴定的结果相一致。基于18S rRNA基因序列的系统发育分析表明,Isochrysis sp.strain HG与等鞭金藻属的I.zhangjiangensis、Isochrysis sp.strain CCAP927/14、I.galbana和Isochrysis sp.strain Santou聚在一个分支类群上,其中I.zhangjiangensis与Isochrysis sp.strain CCAP927/14聚为一个独立的子类群,和I.galbana、Isochrysis sp.strain Santou以及目标菌株Isochrysis sp.strain HG形成4个并列独立的分支。根据形态及分子系统分析结果,Isochrysis sp.strain HG可能是不同于I.zhangjiangensis、I.galbana的等鞭金藻种类。  相似文献   

烟台海域中度嗜盐菌分离、鉴定和系统进化研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

冯二梅  宿红艳  王磊 《海洋通报》2010,29(1)

为研究山东烟台海域中度嗜盐菌的分布情况及种群特征,从烟台近海盐场采集的土样和水样中利用高氏一号培养基分离得到22株中度嗜盐菌。通过菌落形态观察、生理生化特征分析比较,选取其中的9株进行16SrDNA序列分析和系统进化分析,结果表明这些中度嗜盐菌分别属于7个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)、薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus)、刘氏菌属(Liuella)、产微球茎菌属(Microbulbifer)、拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和交替单胞菌属(Alteromonas),其中菌株YTM-8、YTM-12和YTM-13可能是潜在的新种。以上研究结果表明烟台海域中存在有较为丰富的嗜盐微生物多样性,并且潜藏着新类型的嗜盐菌资源。  相似文献   

带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵DNA的提取及其18S rDNA初步分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

张继民  刘霜  赵建民  马兆党  张洪亮 《海洋通报》2009,28(6)

目前应用显微镜技术很难进行鱼卵种类的准确鉴定,本文尝试采用DNA技术开展鱼卵的鉴定工作。以带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵为研究对象,采用苯酚-氯仿法提取了其DNA基因组,并采用PCR及克隆测序的方法,对其18S rDNA序列进行了测定与初步分析。结果表明,提取的带鱼(T.haumela)鱼卵DNA基因组片段长度约23kb,PCR扩增片段长度约1.8kb;带鱼(T.haumela)鱼卵18S rDNA与其它已知鱼类的18S rDNA序列具有一定的差异性,可以用其进行带鱼(T.haumela)鱼卵的初步鉴定。  相似文献