多毛类18S rDNA和GOⅠ基因序列片段及其分子系统发育研究     

廖秀珍  林荣澄 《台湾海峡》2006,25(4):490-497

应用分子系统发育学的方法,以多毛类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨.结果显示,四索沙蚕-梯斑海毛虫分枝的遗传距离为0.044,(四索沙蚕-梯斑海毛虫)-小头虫分枝的遗传距离为0.072,四索沙蚕分枝与岩虫分枝的遗传距离比较大,为0.091.分析结果显示18S系统发育树将仙女虫科定位为矶沙蚕目的内群分类单元,100%的Bootstrap值进一步表明仙女虫科和索沙蚕科的姐妹群关系;分析结果还显示了小头虫目与矶沙蚕目的亲缘关系密切.  相似文献   

赤潮异弯藻和海洋原甲藻LSU Rdna扩增及序列分析   总被引：1，自引：1，他引：1  

董云伟  董双林 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2004,34(3):358-364

利用引物D1R和D2C扩增并测定了赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo Hada)和海洋原甲藻(Prorocentrum micans Ehrenberg)的LSU rDNA D1与D2序列,并与GenBank中相关序列进行比较分析.结果表明:在种内水平,所测的H.akashiwo 6个株系之间共有5个变异位点,序列H.k与H.k-2,H.k-4均存在碱基替换;原甲藻属不同种内各株系之间的遗传距离为0.002～0.023之间,所测序列P.mi与P.micans其他株系之间均存在碱基替换.在种间水平上,原甲藻属不同种之间的遗传距离在0.045～0.139之间,大于种内遗传距离,每个种都具有特定的保守序列.根据序列间的遗传变异,可设计特异性的探针对不同株系和物种进行检测和计数.  相似文献   

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)中抗生素耐受细菌多样性研究     

栗洋洋  贾梦雪  王锦乙  吴紫琪  羊妍珂  严小军  廖智  何建瑜 《海洋与湖沼》2022,53(2):405-413

抗生素的滥用是当前水产养殖业发展及食品安全面临的重大威胁。贻贝体内含有丰富的附生菌群,但目前尚不清楚贻贝附生菌群在抗生素残留背景下的动态变化和耐受性特征。为此进行了厚壳贻贝中抗生素耐受细菌多样性研究。将厚壳贻贝暴露于含有青霉素、链霉素和卡那霉素的养殖水体中,之后采用超声法获取含贻贝软体部组织表面附着菌群的超声液,经Zobell 2216E液体培养基培养后,将组织超声液和培养液一并经16S rDNA高通量测序来分析厚壳贻贝微生物的群落组成。结果表明,超声处理后获得的微生物主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。多重抗生素的处理可以显著下降贻贝体内微生物的OTU数,对微生物群落结构有明显影响。经264h恢复养殖后,在门水平上观察到贻贝体内微生物群落可以恢复重建,表明其具有一定的韧性。研究结果将为今后进一步探索宿主相关微生物群落构建机制及特殊抗性微生物奠定基础。  相似文献   

产胞外黑色素海洋菌的鉴定及发酵条件优化     

田欣欣  ;王琛  ;曹为  ;曲凌云 《台湾海峡》2014,(2):290-296

从山东近海海域沉积物的微生物筛选中获得了一株高产胞外黑色素的菌株QJNY82,通过对该菌株菌落形态特征观察、生理生化检验及16S rDNA序列测定,初步确定该菌株为发光杆菌属细菌.通过对菌株QJNY82的胞外产物进行红外光谱分析,得到该细菌的胞外产物为黑色素,纯化后的黑色素的红外光谱图与标准黑色素（SIGMA）的红外光谱图一致,且该细菌所产黑色素的理化性质与标准黑色素具有一致性.该海洋菌株具有产黑色素速度快,产量高且不需要L-酪氨酸诱导的特点,而且经L-酪氨酸诱导后,可显著提高菌株QJNY82胞外黑色素的产量,在L-酪氨酸的含量为0.75 g/dm3、盐度为30、pH值为8.0、温度为28℃的条件下,菌株黑色素产量是未加L-酪氨酸的3.5倍,其产量达1.325g/dm3.鉴于菌株QJNY82具有产黑色素的特性,将成为发光杆菌属的一个新的菌种资源.  相似文献   

Phylogeny and phylogeography of the land hermit crab Coenobita purpureus (Decapoda: Anomura: Coenobitidae) in the Northwestern Pacific Region          下载免费PDF全文

Katsuyuki Hamasaki  Chikako Iizuka  Tetsuya Sanda  Hideyuki Imai  Shuichi Kitada 《Marine Ecology》2017,38(1)

Hermit crabs of the family Coenobitidae comprise the land hermit crabs, with 16 Coenobita species, and the coconut crab Birgus latro. They are terrestrial but spend their marine life as planktonic larvae. Some coenobitid crabs are widely distributed in the Indo‐West Pacific region, and some species occupy narrower ranges. To improve our knowledge of coenobitid crab speciation and geographical distribution patterns, we examined the phylogenetic relationship between Coenobita purpureus, which has a narrow distribution in the Northwestern Pacific, and its more widely distributed coenobitids including B. latro, Coenobita brevimanus, Coenobita cavipes, Coenobita perlatus, Coenobita rugosus and Coenobita violascens based on the mtDNA cytochrome c oxidase subunit I (COI) and 16S rDNA genes. We also assessed the phylogeography of Co. purpureus populations based on the COI gene. Our phylogenetic and phylogeographical analyses revealed that (i) Co. purpureus clustered with Co. rugosus and (ii) the Co. purpureus population in the Ogasawara Islands was genetically distinct from those in other regions, which showed genetic panmixia. It has been hypothesized that Co. purpureus evolved in the isolated landmasses of the Ryukyu region during the Pliocene, and that its population expanded and colonized the Ogasawara Islands in the late Pleistocene. Further phylogeographical studies on Coenobita species with relatively narrow distributions coupled with characterization of their phylogenetic relationships with widely distributed congeners will advance our knowledge of the speciation and geographical distribution history of coenobitid crabs.  相似文献   

东海陆架表层沉积物微生物多样性初步研究   总被引：2，自引：2，他引：0  

王健鑫  许贤恩  周链链  陶诗  刘雪珠  石戈 《海洋与湖沼》2012,43(4):805-813

提要从东海陆架DH-13站点的表层沉积物中提取环境基因组DNA,通过PCR和TA克隆构建了细菌和古菌的16SrDNA基因文库,并对克隆子文库进行系统发育分析。结果表明:细菌序列以变形菌门(Proteobacteria,41.5%)居多,其次是浮霉菌门(Planctomycetes,10.9%)、放线菌门(Actino-bacteria,8.9%)和CFBgroup(7.9%),另外还有少量酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verru-comicrobia)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)和厚壁菌门(Firmicutes)等;古菌序列全部来自泉古生菌门(Crenarchaeota),其中Marine Crenarchaeotic Group Ⅰ(MGⅠ,93.6%)是绝对优势菌,还有少量序列属于Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)、Marine BenthicG roup C(MBGC)和Marine Benthic Group A(MBGA)。文库多样性分析结果显示东海陆架表层沉积物中有着丰富多样的微生物群落,细菌的多样性更为显著。  相似文献   

环境16S rDNA和16S rcDNA序列分析湖光岩玛珥湖的浮游细菌组成     

秦青英  曾永辉  郭倩茹  简纪常  鲁义善  吴灶和 《广东海洋大学学报》2013,(3):1-9

通过提取环境总16S rDNA和总16S rRNA分别构建DNA克隆文库和反转录cDNA文库,并进行克隆测序和序列分析,探讨湖光岩玛珥湖浮游细菌和浮游活性细菌的遗传多样性。结果表明:构建两个水层的4个克隆文库,即1 m和10 m水层总菌的16S rDNA文库和总活性菌的16S rcDNA文库,共获得413条序列,分属15门、32目、52科;1 m水层的rDNA文库与rcDNA文库中Verrucomicrobia类群所占比例最大(36.8%和32.1%),其次为Alphaproteobacteri(a 15.1%和16%)和Betaproteobacteri(a 17.9%和16%);在10 m水层的2个文库中,Alphaproteobacteria类群均占绝对优势,分别为63.5%(rDNA)和43.8%(rcDNA),其次为Verrucomicrobia(11.5%和14.3%),其他细菌类群包括Acidobacteria、Chloroflexi、Firmicutes、待定门OD1、Planctomycetes、Spirochetes和Deltaproteobacteria,比例在0.8%~3.8%之间;在科的水平上,SAR11为湖光岩玛珥湖最为丰富的类群,占总克隆数的26.9%,其中在10 m水层的比例高达51.5%。序列同源性分析表明,绝大多数序列(89.8%)来源于新种,其中19.6%的序列可能来自于新属,69%的序列可能来自于全新的科。湖光岩玛珥湖浮游细菌群落结构较为独特,有大量的浮游细菌种类尚未获得相应的纯培养物,蕴含着丰富而新颖的微生物资源。  相似文献   

Phylogenetic analyses of four species of Ulva and Monostroma grevillei using ITS, rbc L and 18S rDNA sequence data     

林中姮  沈颂东  陈伟洲  李慧慧 《中国海洋湖沼学报》2013,31(1):97-105

Chlorophyta species are common in the southern and northern coastal areas of China. In recent years, frequent green tide incidents in Chinese coastal waters have raised concerns and attracted the attention of scientists. In this paper, we sequenced the 18S rDNA genes, the internal transcribed spacer (ITS) regions and the rbcL genes in seven organisms and obtained 536-566 bp long ITS sequences, 1 377-1 407 bp long rbcL sequences and 1 718-1 761 bp long partial 18S rDNA sequences. The GC base pair content was highest in the ITS regions and lowest in the rbcL genes. The sequencing results showed that the three Ulva prolifera (or U. pertusa) gene sequences from Qingdao and Nan’ao Island were identical. The ITS, 18S rDNA and rbcL genes in U. prolifera and U. pertusa from different sea areas in China were unchanged by geographic distance. U. flexuosa had the least evolutionary distance from U. californica in both the ITS regions (0.009) and the 18S rDNA (0.002). These data verified that Ulva and Enteromorpha are not separate genera.  相似文献   

砾间接触氧化反应器中填料表面细菌多样性及其主要功能     

林山杉  金玉花  付丽丽  全成实 《吉林大学学报(地球科学版)》2007,37(2):361-366

采用分子生物学手段,通过构建16S rDNA基因文库,对新型剩余污泥减量化处理系统—生物砾间接触氧化反应器 (GCOR) 中载体表面附着细菌多样性进行了系统发育分析,并讨论了多种细菌共存对剩余污泥减量化的贡献。结果表明,附着细菌可分为好氧呼吸菌群、兼性厌氧菌群、厌氧水解发酵菌群和生长缓慢菌群等4大类。其中,优势菌群分别是以兼具呼吸/发酵代谢方式的β变形菌、嗜水气单胞菌及以发酵为主要代谢方式的拟杆菌属。此外,好氧菌群中还发育有假单胞菌属、硝化螺菌属细菌和黄杆菌属细菌等。慢速生长菌群包括Caldimonas taiwanensis strain On 1和Ideonella sp.。填料表面生物膜微生态环境复杂,微生物多样性较高,好氧、厌氧菌群以及慢速生长菌群等多种细菌共同作用,为在降解污水有机物的同时,达到剩余污泥减量化做出巨大贡献。结果分析表明,细菌的主要功能可归纳为：能量解偶联、共代谢作用、生物溶胞作用和慢性生长种群的影响。  相似文献   

用16S rDNA序列初步探讨部分真虾类的系统发育关系     

徐琰  宋林生  李新正 《海洋科学》2005,29(9):38-43

利用DNA序列测定技术测定了真虾下目7科8个种的线粒体16S rDNA部分序列,与从GenBank检索得到的12个相关种的16S rDNA部分序列进行同源性比对,探讨其系统发育关系及16S rDNA在真虾类系统发育研究中的应用。比对序列长353bp,其中变异位点221个、简约信息位点180个。碱基转换替代速度比颊换替代速度慢。以螯虾下目的Austropotamobius pallipes为外群构建了这20种真虾的系统发育关系分支图,结果展示：（1）长臂虾科隐虾亚科的Awhistus custos远离长臂虾亚科分支。而且它的16S rDNA序列在Genbank中,首先与六足纲（Hexapoda）的昆虫比对上。（2）长臂虾科长臂虾亚科的两个近缘属Palaemon和Palaemonetes问的4个种混合相聚,说明传统形态分类中以大颚有无触须作为这两个属的属级形态鉴定特征尚需进一步审定。（3）鼓虾总科藻虾科的Exhippolysmata ensirostris与褐虾总科褐虾科的Crangon affinis处在同一分支,而没与鼓虾科的种类形成姐妹群。研究结果表明,16S rDNA片段的序列很适合研究真虾类的属间系统发育关系,而在研究属上高级阶元或种下阶元间的系统发生关系时较不敏感,因其变异对于种级水平显得过于保守,而对于科级以上阶元又显得太快。  相似文献