Analysis of the 16S-23S rDNA intergenic spacers (IGSs) of marine vibrios for species-specific signature DNA sequences   总被引：7，自引：0，他引：7  

Lee SK  Wang HZ  Law SH  Wu RS  Kong RY 《Marine pollution bulletin》2002,44(5):412-420

Vibrios are widespread in the marine environment and a few pathogenic species are known to be commonly associated with outbreaks of diarrheal diseases in humans due to the consumption of raw or improperly cooked seafood. However, there are also many Vibrio species which are potentially pathogenic to vertebrate and invertebrate aquatic animals, and of which little is known. In an attempt to develop rapid PCR detection methods for these latter class of vibrios, we have examined the 16S-23S intergenic spacers (IGSs) of 10 lesser-known Vibrio species and successfully developed species-specific primers for eight of them--Vibrio costicola, V. diazotrophicus, V. fluvialis, V. nigripulchritudo, V. proteolyticus, V. salmonicida, V. splendidus and V. tubiashii. The IGS amplicons were amplified using primers complementary to conserved regions of the 16S and 23S rRNA genes, and cloned into plasmid vectors and sequenced. Analysis of the IGS sequences showed that 37 ribosomal RNA (rrn) operons representing seven different IGS types have been cloned from the 10 vibrios. The three IGS types--IGS(0), IGS(IA) and IGS(Glu)--were the most prevalent forms detected. Multiple alignment of representative sequences of these three IGS types from different Vibrio species revealed several domains of high sequence variability, which were used to design species-specific primers for PCR. The specificity of the primers were evaluated using total DNA prepared from different Vibrio species and bacterial genera. The results showed that the PCR method can be used to reliably detect eight of the 10 Vibrio species in marine waters in this study.  相似文献   

Screening for and Identification of an Anti‐clam Vibrio Marine Bacterium from an Aquaculture Pond in the Yellow Sea          下载免费PDF全文

Xing Sun  Gengmao Zhao  Chenhao Gu  Ling Liu  Ming Zhu  Zhaopu Liu 《洁净——土壤、空气、水》2016,44(3):304-308

  相似文献   

南黄海和渤海近海海域中华哲水蚤的现场摄食研究     

衣晓燕  黄有松  庄昀筠  陈洪举  杨菲菲  王为民  徐东会  刘光兴  张寰 《海洋学报(英文版)》2017,36(6):68-79

桡足类是海洋生态系统中初级生产者和较高营养级消费者之间的关键联系环节,掌握桡足类的现场食物组成对于准确评估海洋食物网中的营养关系和能量转移至关重要。本研究中,我们以中华哲水蚤这一在中国、日本以及韩国近海具有重要生态地位的大型哲水蚤属桡足类为研究对象,应用之前开发的基于PCR的克隆技术,通过分析中华哲水蚤所摄食生物的18S rDNA序列,研究了中华哲水蚤的现场食物组成。结果揭示了南黄海（Y19站位）和渤海（B49站位）中华哲水蚤食物组成的多样性。共检测出43个操作分类单元（OTUs）,分别隶属于13个类群：硅藻（Bacillariophyta）、甲藻（Dinoflagellata）、硅鞭藻（Dictyochophyceae）、金藻（Chrysophyta）、Katablepharidophyta、浮生藻（Pelagophyceae）、无根虫（Apusozoa）、水螅水母（Hydrozoa）、栉水母（Ctenophora）、棘皮动物（Echinodermata）、被囊动物（Tunicata）、毛颚动物（Chaetognatha）以及海洋真菌。结果还表明,当发生藻类暴发时,中华哲水蚤可以摄食引发藻类暴发的藻种。当周围海域浮游植物的丰度相对较低时,中华哲水蚤可以选择摄食各种后生动物尤其是水螅水母和栉水母的卵、幼虫或者有机碎屑。我们的研究结果表明中华哲水蚤是一种杂食性桡足类,它对食物的选择依赖其生活海域中食物的可获得性。  相似文献   

10种蟹类18S rDNA 和COⅠ基因序列分析及其分子系统发育研究          下载免费PDF全文

邢炳鹏  林荣澄  徐宪忠  牛文涛 《海洋学研究》2012,30(2):86-92

应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨。实验共获得10 条18S rDNA序列,长度为1780~1787 bp,其中A、T, G,C平均含量分别为23.72%, 24.58%,24.52%和27.17%;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp 到130 bp 约 50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017。18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同-海洋蟹类祖先提供了分于生物q证惦,开上火亚N内尔量分别为26.88%.弓蟹科。获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T,G、C平均含量分别为26.88%,37.62%,17.50%和18.00%;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138。COⅠ基因系统发育树真实地反映了住属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的姆类鉴定提供了-种快速准确的方法。  相似文献   

First record of freshwater sponge Trochospongilla horrida Weltner, 1893 in Serbia – A morphological and genetic study     

《Limnologica》2019

Trochospongilla horrida Weltner, 1893 (Spongillidae, Spongillida) has a relatively wide, though discontinuous, distribution in the Northern Hemisphere. The aim of this paper was to report the first finding of T. horrida in Serbia. During 2017, research was carried out on ten tributaries of the Sava and the Danube. T. horrida was identified at three localities in Tisa, Juzna Morava and Zapadna Morava rivers, out of 51 inspected sites. For the first time ribosomal 28S DNA was used for T. horrida identification.  相似文献   

浒苔(Ulva prolifera)共附生细菌群落结构分析的引物优化     

刘晓杰  赵瑾  郭扬  吴春辉  陈华新  姜鹏 《海洋科学》2019,43(12):35-41

海藻共附生细菌密切参与宿主的生长发育、营养吸收等重要过程,浒苔(Ulva prolifera)是构成黄海绿潮的唯一优势种,对其共附生细菌开展群落结构分析,有望为成灾机制研究提供重要线索。由于植物叶绿体基因组同时具备原核特征和高拷贝数,会严重干扰共附生细菌基于16S rDNA的序列扩增。高等植物中开发了通用引物799F,利用其3′末端与植物同源区的非配对双碱基,可实现对细菌来源序列的特异性扩增。本文针对多个浒苔群体样本,首次评价了引物799F在藻类中的适用性,发现799F的3′末端与浒苔叶绿体同源区仅存在非配对单碱基,其扩增仍会受到浒苔叶绿体严重干扰。在引物799F的基础上,设计了新引物800F,与通用反向引物1492R配对扩增细菌16S rDNA中具高分辨率的V5-V9可变区,配合使用具热启动功能、同时不具校对功能的DNA聚合酶,可基本完全避免浒苔叶绿体来源序列的扩增,并阐明了方法的原理。优化的引物扩增方案可用于浒苔共附生细菌群落结构分析。  相似文献   

黄渤海底栖纤毛虫分子多样性和生物地理学研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

李桂豪  苏蕾  张倩倩  张晓黎  龚骏 《海洋学报(英文版)》2019,38(2):78-86

对中国渤海、北黄海和南黄海三个海域底栖纤毛虫的分子多样性与生物地理学进行了研究。从底栖真核微生物18S rDNA的焦磷酸测序数据中提取出隶属于纤毛门的序列，并在此基础上分析了纤毛虫群落的阿尔法多样性和贝塔多样性。结果表明，纤毛虫操作分类单元的丰富度在渤海比北黄海和南黄海都高，但夏冬两季无显著差异。在所有检测的环境因子中，水体深度与阿尔法多样性的相关性最强。就纤毛虫群落组成上看，总体上旋唇纲的序列及操作分类单元丰富度均占优势地位（占比分别为77.0%和66.5%）；旋唇纲主要由环毛亚纲以及未能进一步分类的类群组成。底栖纤毛虫群落结构在三个海域之间显著不同，但夏冬两季无显著差异。从各主要类群的相对比例来看，唯有侧口纲的序列比例在三个区域间呈现显著的不同。偏门特尔分析表明，相对于地理距离和环境因子而言，水体深度在调控底栖纤毛虫群落结构中扮演者更为重要的角色。本研究同时也发现，超过60%的操作分类单元未能被进一步分类到纲或目级水平，约45%的操作分类单元与GenBank数据库中已描述种类的序列相似度低于或等于97%，表明在近海沉积物中可能存在大量待发现的纤毛虫类群或物种。本研究发现底栖纤毛虫阿尔法多样性从北黄海到南黄海降低的趋势，这一点与之前基于形态学方法的调查结果相似。然而，测序数据显示旋唇纲是最主要类群，而形态学调查表明前口纲和核残迹纲是主要类群。本文也探讨了可能造成分子与形态学研究结果差异的一些潜在原因。  相似文献   

棘头梅童鱼的细胞遗传学特征和X1X1X2X2/X1X2Y性染色体系统     

张寿康  郑娇  张静  王志勇  王艺磊  蔡明夷 《海洋学报(英文版)》2018,37(4):34-39

我们通过荧光染色、自身基因组原位杂交（Self-GISH）和多色荧光原位杂交（FISH），首次研究了棘头梅童鱼（Richardson，1844）的核型特征。雌性核型有24对端部着丝粒染色体（2n=48a，NF=48），而雄性核型包含22对端部着丝粒染色体，2条端部着丝粒染色体单体和1条中间着丝粒染色体（2n=1m+46a，NF=48）。雌性和雄性核型之间的差异表明，棘头梅童鱼的性染色体系统为X₁X₁X₂X₂/X₁X₂Y型，其中Y为雄性中特有的中间着丝粒染色体。三色FISH结果显示，5S rDNA和18S rDNA位点定位在最大的端着丝粒染色体（X₁）以及Y染色体的短臂；X₁染色体上有一个特异的臂间端粒信号（ITS），与5S rDNA位点部分重叠。Self-GISH结果显示，在推定的性染色体DNA重复序列聚集。根据实验结果我们提出关于棘头梅童鱼Y染色体起源的假说：Y染色体起源于祖先核型（2n=48a）中的两条端部着丝染色体融合，并且在此过程中伴随着片段缺失。本研究首次在石首鱼科中描述了异形的性染色体，将为其他石首鱼的性染色体研究提供线索。  相似文献   

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)中抗生素耐受细菌多样性研究     

栗洋洋  贾梦雪  王锦乙  吴紫琪  羊妍珂  严小军  廖智  何建瑜 《海洋与湖沼》2022,53(2):405-413

抗生素的滥用是当前水产养殖业发展及食品安全面临的重大威胁。贻贝体内含有丰富的附生菌群,但目前尚不清楚贻贝附生菌群在抗生素残留背景下的动态变化和耐受性特征。为此进行了厚壳贻贝中抗生素耐受细菌多样性研究。将厚壳贻贝暴露于含有青霉素、链霉素和卡那霉素的养殖水体中,之后采用超声法获取含贻贝软体部组织表面附着菌群的超声液,经Zobell 2216E液体培养基培养后,将组织超声液和培养液一并经16S rDNA高通量测序来分析厚壳贻贝微生物的群落组成。结果表明,超声处理后获得的微生物主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。多重抗生素的处理可以显著下降贻贝体内微生物的OTU数,对微生物群落结构有明显影响。经264h恢复养殖后,在门水平上观察到贻贝体内微生物群落可以恢复重建,表明其具有一定的韧性。研究结果将为今后进一步探索宿主相关微生物群落构建机制及特殊抗性微生物奠定基础。  相似文献   

运用PCR-DGGE技术对3种原甲藻18S rDNA部分序列的差异性分析     

孙静  于志刚  甄毓  张涛  赵丽媛  袁健  米铁柱 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(2)

采用3对特异性引物,对中国近海常见3种原甲藻的18S rDNA的部分序列进行PCR扩增,运用变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)对PCR产物进行了差异性分析。结果表明,各对引物具有不同的区分效果,选择包含较多差异碱基的短片段进行扩增,可以对藻种进行更好的区分;PCR-DGGE技术具有较高的灵敏性,不同藻种间即使1个碱基的差异也可以区分开;PCR-DGGE技术可以对3种原甲藻进行区分。  相似文献