一株产琼胶酶海洋细菌的分离与鉴定     

梅建凤  李莎  茅鹤婷  王鸿  应国清 《海洋科学》2014,38(2):71-75

为获得琼胶酶活性高产菌株,对采集的海水样品进行了产酶微生物的分离、筛选和鉴定。经过平板培养预筛和两次摇瓶培养筛选,从浙江省舟山市普陀区近海海水样品中分离到一株琼胶酶产生菌G-5,该菌株液体培养产酶活力可达到413.8 U/mL。G-5菌株的菌落呈乳白色、半透明、表面湿润;菌体革兰氏染色阴性,大小0.58~0.69μm×1.50~2.26μm;光学显微镜下呈短杆状,略有弧形。G-5菌株的16S rDNA序列与NCBI数据库中15个弧菌属(Vibrio)菌株的16S rDNA有98%的同源性,可以确定G-5菌株是一株弧菌(Vibrio sp.)。  相似文献   

黄河口邻近水域中华哲水蚤现场食物组成的分子生物学检测   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄有松  徐东晖  陈洪举  张寰  林森杰  刘光兴 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(3)

浮游桡足类是海洋初级生产力和高级营养级之间能量传递的重要中介,对自然海区桡足类食物组成的研究是深入了解其在海洋食物网所处生态地位的关键。然而,由于研究方法的局限,目前很难获取桡足类准确的现场摄食信息。本文用分子生物学方法研究了黄河口邻近水域中华哲水蚤的现场食物组成,对现场采集固定的中华哲水蚤样品进行清洗、去除附肢、镜检等处理,研磨匀浆后提取总基因组DNA。基于对以此DNA为模板扩增出的非桡足类核糖体小亚基基因(non-copepod 18SrDNA)序列的分析,本文共检测出属于8个门的中华哲水蚤的潜在食物种类。研究结果表明,PCR的分子生物学技术在桡足类摄食研究中具有强大的效用,同时,诸多潜在食物类群的发现也意味着利用分子生物学方法对桡足类及其它海洋生物现场食物组成进行深入系统研究,将有利于揭示海洋生态系统结构与功能的真实状态,促进海洋生态系统物质循环和能量流动的研究。  相似文献   

Primers to block the amplification of symbiotic apostome ciliate 18S rRNA gene in a PCR-based copepod diet study   总被引：1，自引：0，他引：1  

衣晓燕  张寰  刘光兴 《中国海洋湖沼学报》2014,32(3):515-521

Pelagic copepods play an important role in the marine food web. However, a full understanding of the ecological status of this zooplankton group depends on the careful study of their natural diets. In previous PCR-based copepod diet studies, we found many apostome ciliates that live symbiotically under the exoskeleton of the copepods, and their sequences were often over-represented in the 18S rRNA gene （18S rDNA） libraries. As a first step to address this issue, we designed three apostome ciliate 18S rDNA blocking primers, and tested their blocking efficiency against apostome ciliate 18S rDNA under various PCR conditions. Using a semi-quantitative PCR method, we optimized the conditions to efficiently amplify the 18S rDNA of the prey while simultaneously excluding the symbiotic apostome ciliates. This technique will facilitate PCR-based diet studies of copepods and other zooplankton in their natural environments.  相似文献   

海洋石油烃降解细菌T1和T2的分子鉴定分类          下载免费PDF全文

田胜艳  王娟  聂利红 《海洋科学》2008,32(9)

从天津滨海潮间带被石油烃严重污染的沉积物（千样含油量0．2g／g）中，筛选分离出能够以柴油为唯一碳源生长的细菌，对其中生物量大、单株菌降解效率较高的两株细菌T1和T2进行16SrDNA克隆，通过测定和比较16SrDNA的部分序列对这两株细菌进行分子鉴定，以期用于石油污染的微生物修复中。结果表明，T1与深红红螺菌（Rhodospirillum rubrum）的同源性为89％，．r2与施氏甲单孢杆菌（Pseudomonas stutzeri）的同源性为99％。  相似文献   

漠河盆地科学钻探井MK-1地下冷环境中嗜热微生物的多样性分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

李建华  张亚丽  吕杰  杨红兵 《冰川冻土》2012,34(3):726-731

在漠河盆地科学钻探井MK-1地下110m冷环境样品中发现大量嗜热微生物存在的证据,针对这些冷环境中的嗜热菌进行了克隆文库分析和分离培养,分别用细菌和古菌16SrDNA引物PCR扩增.结果表明:未发现古菌16SrDNA存在,而嗜热细菌与栖热菌属(Thermus),地芽孢杆菌属(Geoba-cillus)和厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)有较近的亲缘关系,通过分离培养分离出3种地芽孢杆菌属(Geobacillus)的细菌,其相似度均为100%.嗜热微生物多存在于地下温暖有机质丰富的生态系统中,了解它们的来源、分布机制及其多样性对于能源和资源的寻找在一定程度上具有指示意义.  相似文献   

不同养殖区红藻表面假交替单胞菌多样性分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

武洪庆  刘敏  肖天 《海洋科学》2013,37(10):17-23

利用2216E培养基从我国沿海6种养殖红藻的20个样品表面分离了327 株假交替单胞菌。经过16S rDNA序列鉴定, 分别隶属于Pseudoalteromonas carrageenovora、P. haloplanktis、P. marina、P. agarivorans、P. elyakovii和P. lipolytica 6个种。其中P. carrageenovora数量最多, 总共211株, 在14个样品上均有发现。  相似文献   

南黄海和渤海近海海域中华哲水蚤的现场摄食研究     

衣晓燕  黄有松  庄昀筠  陈洪举  杨菲菲  王为民  徐东会  刘光兴  张寰 《海洋学报(英文版)》2017,36(6):68-79

桡足类是海洋生态系统中初级生产者和较高营养级消费者之间的关键联系环节,掌握桡足类的现场食物组成对于准确评估海洋食物网中的营养关系和能量转移至关重要。本研究中,我们以中华哲水蚤这一在中国、日本以及韩国近海具有重要生态地位的大型哲水蚤属桡足类为研究对象,应用之前开发的基于PCR的克隆技术,通过分析中华哲水蚤所摄食生物的18S rDNA序列,研究了中华哲水蚤的现场食物组成。结果揭示了南黄海（Y19站位）和渤海（B49站位）中华哲水蚤食物组成的多样性。共检测出43个操作分类单元（OTUs）,分别隶属于13个类群：硅藻（Bacillariophyta）、甲藻（Dinoflagellata）、硅鞭藻（Dictyochophyceae）、金藻（Chrysophyta）、Katablepharidophyta、浮生藻（Pelagophyceae）、无根虫（Apusozoa）、水螅水母（Hydrozoa）、栉水母（Ctenophora）、棘皮动物（Echinodermata）、被囊动物（Tunicata）、毛颚动物（Chaetognatha）以及海洋真菌。结果还表明,当发生藻类暴发时,中华哲水蚤可以摄食引发藻类暴发的藻种。当周围海域浮游植物的丰度相对较低时,中华哲水蚤可以选择摄食各种后生动物尤其是水螅水母和栉水母的卵、幼虫或者有机碎屑。我们的研究结果表明中华哲水蚤是一种杂食性桡足类,它对食物的选择依赖其生活海域中食物的可获得性。  相似文献   

黑潮源区沉积物微生物多样性初步研究     

魏玉利  王鹏  赵美训  张传伦 《地球科学进展》2010,25(2):212-219

从黑潮源区采集上层沉积物,进行DNA提取,以细菌和古菌的16S rDNA通用引物PCR扩增黑潮源区沉积物中细菌和古菌群落的16S rDNA,并构建细菌和古菌的16S rDNA文库,经限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP),DNA序列测定和系统发育分析,对黑潮源区表层沉积物的细菌和古菌多样性进行了研究。研究结果表明:黑潮源区细菌包括了变形杆菌(Proteobacteria)、酸杆菌(Acidbacterium)、浮霉菌(Planctanycene)、疣微菌(Verrucomicro-bia)和Candidate division OP8和拟杆菌(Bacteroidetes)共6个类群,其中变形杆菌是优势类群。古菌包括了泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中泉古菌占优势;泉古菌包括MCG、C3、MBGA和MGI 4个类群,而广古菌包括SAGMEG、MBGE和MEG 3个类群,其中MBGE是优势类群。  相似文献   

Adaptations of araphid pennate diatoms to a planktonic existence     

Wiebe H. C. F. Kooistra  Gandi Forlani  & Mario De Stefano 《Marine Ecology》2009,30(1):1-15

Pennate diatoms are monophyletic. Their principal cell wall elements, called valves, are shaped like a ship's hull. Within the pennates, the araphids are paraphyletic; they possess rimoportulae and pore fields located at the valve apices. The pore fields exude mucilage pads with which cells attach to one another to form chains. Many taxa use the pads also for attachment to substrata. Only a few genera are truly planktonic. The main question addressed in this study is whether the planktonic lifestyle is ancestral or derived. Phylogenies inferred from nuclear SSU rDNA gene sequences of diatoms indicated that the attached lifestyle is ancestral among the araphids, whereas a typically planktonic lifestyle seems to have developed at least three times and possibly four times independently. Acquisition of a planktonic lifestyle from benthic ancestry was accompanied by a reduction in the silicification of cell-wall elements, but changes in morphological characters shared by all four clades were not detected. The reason why only three or four araphid pennate clades have adopted a planktonic lifestyle may be related to constraints associated to their sexual reproduction mode. Partner cells of opposite mating type align with one another and produce isogametes. These gametes lack flagella; they move to one another in an amoeboid fashion, which functions well on surfaces, but seems a liability in a turbulent water column. The planktonic lineages must have overcome this constraint, e.g. by sinking to the bottom, or aggregating, to perform sexual reproduction. Members of the four araphid pennate lineages are now common constituents of the plankton, suggesting that they are ecologically successful.  相似文献   

以rDNA为同源重组位点酵母表达鲑鱼降钙素基因多拷贝整合载体的构建     

姜勇  张学成  孙平楠  陈云松 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(3)

根据酵母整合质粒的设计要求,PCR扩增2.2 kb rDNA片段,导入酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)整合载体pYD1中,设计并合成适合在酵母中表达的鲑鱼降钙素(Salmon Calcitonin),以此为目标基因,构建适合酿酒酵母多拷贝整合的表达载体p-r-sCT.通过载体p-r-sCT引入到酿酒酵母菌株EBY100中,得到酵母重组菌株yAGA2-r-sCT.流式细胞检测结果表明,目标基因鲑鱼降钙素在重组菌株的yAGA2-r-sCT中得到了表达,实现了外源基因在酿酒酵母菌株中的稳定表达.  相似文献