黑脊倒刺鲤线粒体DNA多样性分析     

黄种持  黄柳婷  林学文  凌伟专 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(2):259-263

黑脊倒刺喜巴（Spinibarbus caldwelli）是分布于中国南方各水系，具有重要经济价值鱼类。文中对来自赣江、九龙江、漓江等3水系的瑞金、长泰、桂林等3个黑脊倒刺喜巴种群共61个样品的线粒体DNA细胞色素b基因（mtDNA cyt b）进行PCR扩增和测序。对序列进行分析。结果发现，在全长（1141bp）cyt b共检测到45个变异位点，61个样品分属16个单倍型，与其它鲤科鱼类比较，黑脊倒刺钯的遗传多样性水平比较低。分子方差分析（AMOVA）及系统发育分析显示，瑞金和长求种群没有显著遗传差异，而它们与桂林种群存在显著遗传分化，提示黑脊倒刺啻巴可能存在多个地理种群。  相似文献   

基于全基因组重测序对ARTP诱变的一株高产淀粉酶韩国普李斯特氏菌的关键基因研究          下载免费PDF全文

何伟  王灵  刘景川  黄仕新  李菁菁  黄家琪  龙腾  吴鹏  范坚强  邓小华  陈善义  陈义强  唐旭 《应用海洋学学报》2024,43(1):171-182

为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌（Priestia koreensis FS 1）产淀粉酶的能力，对该株菌采用常压室温等离子体（atmospheric and room temperature plasma, ARTP）技术进行了诱变选育。结果显示：经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P. koreensis FS 103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制，对突变菌株P. koreensis FS 103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示：首先，P.koreensis FS 103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异；其次，对COG（clusters of orthologous groups）功能和变异基因进行富集分析，P. koreensis FS 103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P. koreensis FS 103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。  相似文献   

纯培养节旋藻全基因组提取方法的比较研究     

李善策  李勇勇  夏金兰  秦松 《海洋科学》2013,37(9):29-36

本研究从实验室保藏的节旋藻(Arthrospira)藻种出发, 挑取形态不同的单藻丝体进行纯化培养,采用6 种方法进行全基因组DNA 提取的比较研究, 而后以16S rRNA-ITS 区基因作为分子标记对藻株进行相关序列测定和分子系统进化分析。结果表明, 冻融CTAB 法能够提取出包含染色体外DNA 在内的节旋藻全基因组, 高质量样品可以满足分子生物学实验要求; 分子系统研究表明, 纯化藻株皆为钝顶节旋藻, 节旋藻与螺旋藻在分子鉴定中属间差异明显。  相似文献   

漳州西施舌线粒体基因组全序列:腔蛤蜊属存在新种的证据     

孟学平  申欣  赵娜娜  田美  梁猛  郝珏  程汉良  阎斌伦  董志国 《海洋学报》2013,35(3):204-214

利用长PCR扩增漳州西施舌线粒体DNA(ZZ-mtDNA),用引物步移法测序,获得线粒体基因组DNA全序列,研究其基因组特点。结合双壳类49个物种线粒体全基因组,分析基因间核苷酸和蛋白质氨基酸序列的差异,构建系统进化树,探讨漳州西施舌系统演化地位。研究结果表明:漳州西施舌线粒体基因组DNA全长17 199 bp,A+T含量为64.2%,编码36个基因,其中12个蛋白质编码基因,22个转运RNA基因(tRNAs),2个核糖体RNA基因(lrRNA 和srRNA),全部基因均位于重链上,tRNASer为单拷贝,tRNAMet为双拷贝;非编码区占10.9%(1 882 bp/17 199 bp),其中,主非编码区为882 bp,与RZ-mtDNA主非编码区差异明显,另有一个较大(400 bp)的非编码区为漳州西施舌特异性非编码区;以双壳纲帘蛤目文蛤属3种贝类、贻贝目贻贝属4种贝类、珍珠贝目牡蛎科的6种贝类为参照,对编码基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列进行差异分析显示,漳州西施舌与日照西施舌达到了种间差异水平。线粒体基因组编码的基因、tRNA组成、非编码区均揭示漳州西施舌是腔蛤蜊属的一个新种。  相似文献   

刺参(Apostichopus japonicus)不同组织基因组甲基化状态MSAP分析     

郭婷婷  孙国华  杨建敏  赵强  李雪燕 《海洋与湖沼》2013,44(1):77-82

利用MSAP技术分析成体刺参的呼吸树、肠、肌肉和体壁等组织的基因组DNA甲基化水平,获得了四个组织基因组甲基化率.甲基化水平由高到低依次是呼吸树、体壁、肌肉和肠,分别是35.77％、33.51％、32.72％和28.0％,其中全甲基化位点各占19.46％、18.39％、19.18％和15.97％.统计学分析结果显示肠组织的甲基化水平与其它组织的差异显著(P＜0.05),其余三个组织间差异不显著(P＞0.05),但呼吸树与肌肉的半甲基化水平差异显著(P＜0.05).由MSAP分析差异位点克隆得到四个甲基化特异性片段,经测序分析功能未知,推测为刺参基因足非编码区或新功能基因序列.  相似文献   

基于线粒体COI序列的矛尾复虾虎鱼5个野生群体的遗传多样性分析     

祝斐  应博凯  贾超峰  孟乾  高波  孙瑞健  宋双双  徐大凤  卢瑶瑶  张志伟  陈淑吟  张志勇  陈心 《海洋通报》2021,40(6):636-643

由于近年来过度捕捞及滩涂开发,野生矛尾复虾虎鱼资源量急剧下降.因此,对我国矛尾复虾虎鱼开展遗传多样性研究,有利于掌握矛尾复虾虎鱼种质资源现状.本文基于线粒体COI序列对大连、如东、连云港、长江口和宁波的5个矛尾复虾虎鱼群体开展了遗传多样性研究.结果 表明,5个群体中共有17个单倍型,在427个位点中,共检测到15个变异位点,其中简约信息位点11个,单独位点4个.碱基A、T、G、C的平均含量分别为24.6％、29.6％、20.1％、25.7％.5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0652和000255.野生矛尾复虾虎鱼整体的遗传多样性水平为中等偏下,宁波群体的遗传多样性最高,如东群体最低.群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明,宁波群体与其他群体遗传距离相对较远,并存在显著的遗传分化;AMOVA分析表明,群体内的遗传变异高于群体间变异(81.45％＞ 18.55％);中性检验结果显示,大连、连云港、长江群体在历史上可能经历过扩张.本研究为野生矛尾复虾虎鱼种质资源保护和合理开发利用提供了理论依据.  相似文献   

基于聚类及简化基因组联合分析的浙江洞头栽培羊栖菜(Sargassum fusiforme)品系筛选研究     

林立东  吴明江 《海洋与湖沼》2021,52(5):1224-1235

以浙江洞头栽培羊栖菜(Sargassumfusiforme)群体为研究对象,运用主成分分析法对其鲜重、藻体长度、茎宽、气囊形态和大小等表型特征进行分析,确定了羊栖菜簇生气囊中的"特征"大气囊为表型主成分;运用聚类分析法分析了21个羊栖菜差异表型样品的"特征"大气囊表型聚类特征,定量分析归纳了栽培羊栖菜表型品系类别;运用简化基因组分析法构建了34个羊栖菜样品的系统进化树,分析了栽培羊栖菜各样品及韩国丽水、辽宁大连、浙江舟山野生羊栖菜样品间的亲缘关系,定量分析归纳了栽培羊栖菜基因型品系类别。在栽培羊栖菜表型品系和基因型品系总重合率为86%的基础上,将浙江洞头栽培羊栖菜群体分为球囊、锥囊、宽棒囊、狭棒囊和梭镖囊等5个品系,并运用林奈的"双名法"加以学名命名。提供了一种科学的羊栖菜品系分类方法,以期为深度开展浙江洞头栽培羊栖菜的群体结构、亲缘关系、遗传稳定性和品质差异等基础研究,以及定向选育优质高产、逆境高耐受性和活性物质高富集品系等应用研究,提供方法和理论支撑。  相似文献   

Endogenous viral elements in algal genomes   总被引：1，自引：1，他引：0  

WANG Liang  WU Shuangxiu  LIU Tao  SUN Jing  CHI Shan  LIU Cui  LI Xingang  YIN Jinlong  WANG Xumin  YU Jun 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):102-107

Endogenous viral elements （EVEs） are host-genomic fragments originated from viral genomes. They have been found universally in animal and plant genomes. Here we carried out a systematic screening and analy-sis of EVEs in algal genomes and found that EVEs commonly exist in algal genomes. We classified the EVE fragments into three categories according to the length of EVE fragments. Due to the probability of sequence similarity by chance, we ignored the potential function of medium-length EVE fragments. However, long-length EVE fragments probably had capability to encode protein domains or even entire proteins, and some short-length EVE fragments had high similarity with host＇s siRNA sequences and possibly served functions of small RNAs. Therefore, short and long EVE fragments might provide regulomic and proteomic novelty to the host＇s metabolism and adaptation. We also found several EVE fragments shared by more than 3 algal genomes. By phylogenetic analysis of the shared EVEs and their corresponding species, we found that the integration of viral fragments into host genomes was an ancient event, possibly before the divergence of Chlorophytes and Ochrophytes. Our findings show that there is a frequent genetic flow from viruses to algal genomes. Moreover, study on algal EVEs shed light on the virus-host interaction in large timescale and could also help us understand the balance of marine ecosystems.  相似文献   

Phylogenomic analysis of transcriptomic sequences of mitochondria and chloroplasts of essential brown algae (Phaeophyceae) in China   总被引：1，自引：1，他引：0  

JIA Shangang  WANG Xumin  LI Tianyong  QIAN Hao  SUN Jing  WANG Liang  YU Jun  REN Lufeng  YIN Jinlong  LIU Tao  WU Shuangxiu 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):94-101

The chloroplast and mitochondrion of brown algae （Class Phaeophyceae of Phylum Ochrophyta） may have originated from different endosymbiosis. In this study, we carried out phylogenomic analysis to distinguish their evolutionary lineages by using algal RNA-seq datasets of the 1 000 Plants （1KP） Project and publicly available complete genomes of mitochondria and chloroplasts of Kingdom Chromista. We have found that there is a split between Class Phaeophyceae of Phylum Ochrophyta and the others （Phylum Cryptophyta and Haptophyta） in Kingdom Chromista, and identified more diversity in chloroplast genes than mitochondrial ones in their phylogenetic trees. Taxonomy resolution for Class Phaeophyceae showed that it was divided into Laminariales-Ectocarpales clade and Fucales clade, and phylogenetic positions of Kjellmaniella crassi-folia, Hizikia fusifrome and Ishige okamurai were confirmed. Our analysis provided the basic phylogenetic relationships of Chromista algae, and demonstrated their potential ability to study endosymbiotic events.  相似文献   

星斑川鲽、大菱鲆及其杂交后代的线粒体DNA 序列比较分析     

肖永双  肖志忠  刘清华  滕照军  徐世宏  马道远  李军 《海洋科学》2014,38(6):5-9

为了揭示星斑川鲽(Platichthys stellatus)♀×大菱鲆(Scophthalmus maximus)♂杂交后代的种质遗传属性,作者采用线粒体(mt)DNA COI基因片段和控制区(D-loop)序列对星斑川鲽、大菱鲆及两种间的杂交后代(星斑川鲽♀×大菱鲆♂)遗传特性进行研究。研究结果显示,基于mtDNA COI和D-loop序列结果显示星斑川鲽和大菱鲆的种间遗传距离分别为22.9%和41.2%,相似的研究结果显示星斑川鲽♀×大菱鲆♂杂交后代与大菱鲆的遗传距离分别为22.9%和41.2%,遗传差异极其显著。而基于mtDNA D-loop序列结果显示星斑川鲽♀×大菱鲆♂杂交后代与星斑川鲽的遗传距离仅为0.4%,并且在mtDNA COI基因片段上两者序列完全一致,杂交后代在线粒体DNA上呈现明显的偏母遗传。  相似文献