长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析     

杨敏  孔晓瑜  时伟  龚理 《热带海洋学报》2019,38(1):55-66

为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~ 505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)>ITS1 (65.37%)>28S (62.22%)>5.8S (57.67%)>18S (54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式。  相似文献   

Effects of UV radiation on the RNA/DNA ratio of Copepods from Antarctica and Chile     

Paulo F. Lagos  M. Jesús Valdés  Karen Manríquez 《极地研究(英文版)》2015,(2)

The effect of ultraviolet (UV) radiation on marine organisms has been an important focus of recent research, with depletion of the ozone layer resulting in increased UV radiation at high latitudes. Sev...  相似文献   

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

徐敬明  孙翰昌  孙世春 《海洋学报》2011,33(5):124-132

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...  相似文献   

Novel active kinetoplastids associated with hypersaline anoxic basins in the Eastern Mediterranean deep-sea     

V.P. EdgcombW. Orsi  H.-W. BreinerA. Stock  S. FilkerM.M. Yakimov  T. Stoeck 《Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers》2011,58(10):1040-1048

The combination of nearly saturated salt concentration and corresponding high density, high hydrostatic pressure, absence of light, anoxia, and a sharp chemocline make the deep hypersaline anoxic basins in the Eastern Mediterranean Sea some of the most polyextreme habitats on Earth. Using kinetoplastid-specific primers, we detected kinetoplastid flagellates in some of the harshest deep-sea environments known to date, including some whose small subunit ribosomal RNA gene sequences are not closely related to cultured representatives. Kinetoplastids, including presumably novel representatives appear to be specialists of halocline environments in the Eastern Mediterranean, and to comprise a significant fraction of the protist communities in the brines and haloclines of several basins. Fluorescent in situ hybridization data indicate a novel ‘unidentified’ sequence clade of kinetoplastids related to bodonids represents as much as 10% of the total protist community in the Discovery Basin halocline. Different kinetoplastid groups are unevenly represented in the different basins and habitats we sampled, which we discuss as a result of environmental selection.  相似文献   

南海有毒塔玛亚历山大藻的分子地理标记分析   总被引：10，自引：0，他引：10  

陈月琴  邱小忠  屈良鹄  曾陇梅  齐雨藻  郑磊 《海洋与湖沼》1999,30(1):45-51

采用聚合酶链扩增反应（ＰＣＲ）和限制性片段长度多态性分析（ＲＦＬＰ）方法,对１９９２年５月和１９９４年１２月采自中国南海大鹏湾,大亚湾,香港海域的赤潮有毒甲藻塔玛亚历山大藻８个不同地理株的核糖体小亚基ＲＮＡ基因（Ｓｓ－ｒＤＮＡ）进行分析,并与北美,西欧等地的比较。结果表明,中国南海的塔玛业历山大藻缺少Ｂ基因,这与北美等地的塔玛亚历山大藻（包括有毒和无毒株）不同,而与西欧,澳洲等地的有毒和无毒株相似  相似文献   

Post‐planktqnic stages of pinnotheres novaezelandiae filhol, 1886 (Brachyura: Pinnqtheridae)     

J. B. Jones 《新西兰海洋与淡水研究杂志》2013,47(1):145-158

  相似文献   

RNA干扰技术与对虾病毒病防治     

杨官品  董超华 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(1)

RNA干扰,是1种由双链RNA引发的转录后基因沉默现象.作为1种有力的反向遗传学研究工具,RNA干扰被广泛用于阻断各种基因的表达.建立在RNA干扰技术基础上的基因治疗,被认为是治疗病毒性疾病的有效手段.在水产科学领域,RNA干扰在对虾病毒病控制上的应用近几年受到广泛的关注.病毒性疾病已经在世界范围内给对虾养殖业造成了严重的经济损失,目前还没有有效的控制手段.利用RNA干扰技术控制对虾病毒的侵染,是一个很有前途的方法.本文综述RNA干扰技术在对虾病毒病防治中的最新进展,并对RNA干扰技术控制病毒侵染的可能性进行探讨.  相似文献   

下调心肌CPT1b的表达对肥胖小鼠心肌细胞钙调控的影响     

ZuHan Liu  JianHua Xu  WeiHong Li 《寒旱区科学》2017,9(5):476-487

目的 研究干扰心肌组织中肉毒碱脂酰转移酶-1b（CPT1b）的表达对高脂饮食诱导的肥胖小鼠心肌细胞钙调控的影响。方法 4周龄的雄性C57小鼠,随机分为正常对照组（N-mock）、肥胖对照组（O-mock）及肥胖干预组（O-CPT1b）,采用高脂饮食诱导肥胖。6周龄时,经心肌分别注射靶向CPT1b（O-CPT1b）或靶向无关基因（N-mock、O-mock）的重组慢病毒,以下调目标基因的表达。10周后,取小鼠左心室组织检测RNA干扰的效率;采用Western blot法检测左心室组织中肌浆网钙泵（SERCA2a）的蛋白表达;并分离单个心室肌细胞,使用活细胞工作站检测心肌细胞钙瞬变。结果 肥胖小鼠心肌组织中CPT1b的表达增加,慢病毒介导的RNA干扰显著下调其表达。肥胖引起心肌细胞SERCA2a的蛋白表达降低及肌质网钙处理能力的下降,下调CPT1b的表达增加了SERCA2a的含量,并改善了钙调控异常。结论 下调心肌组织中CPT1b的表达可改善肥胖所导致的心肌细胞钙调控异常。  相似文献   

不同积温情况下栉孔扇贝雌性生殖腺中磷脂、核酸及水分的含量变化     

周丽青  杨爱国  刘志鸿  王清印 《海洋科学》2007,31(9):19-23

为研究某些生化组分与栉孔扇贝(Chlamys farreri)雌性生殖腺成熟情况的关系,在亲贝促熟的后期,对不同积温情况下栉孔扇贝雌性生殖腺中的磷脂、核酸及水分的含量进行测定。结果表明,磷脂含量、RNA/DNA值及水分含量均随着积温升高(从210℃到300℃)而增加,但成熟的卵子一经产出后,雌性生殖腺中的磷脂含量、RNA/DNA值及水分含量均降到最低。组织切片的结果表明雌性生殖腺中的卵子在成熟过程中体积明显增大,以至于滤泡中充分成熟的卵子被挤压成不规则形状,细胞核的核膜和核仁在卵子排出去之前一般都消失。成熟卵子产出后的滤泡中出现空泡,未能排出的卵子部分被滤泡吸收,形态模糊。  相似文献   

泰国近海习见有毒立方水母和钵水母的遗传分析   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

刘瑞娟  肖洁  张学雷  Charatsee Aungtonya 《海洋学报》2016,38(6):51-61

本研究利用线粒体16S rDNA和核基因18S rDNA片段,对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析,并比较了2个基因片段作为通用分子标记,在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用。研究发现,泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性,所获得的32个样品可以分为9个种,包括4种钵水母、4种立方水母和1种水螅水母。然而,完全确定各种的分类地位,还需要更多的形态、生活史等方面信息。两个基因片段均能明确区分各种类,但核基因18S序列比线粒体基因片段更为保守。根据16S基因片段序列计算水母种内和种间的K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,发现所研究的9个水母种类,种内遗传距离在0~0.050之间,其中94%的种内遗传距离小于0.040,同纲种间的遗传距离为0.204~0.474,其中91%的种间遗传距离大于0.250;而利用18S基因,种内距离在0~0.002之间,同纲种间距离为0.008~0.066(平均为0.038,SE=0.006)。16S的AT碱基含量明显高于核基因18S,且16S的碱基含量在不同纲之间有显著差异,进一步表明水母线粒体16S基因的突变率相对较高,适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异。  相似文献