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荧光标记微卫星分析人工饲养中华绒螯蟹的遗传多样性 总被引：5，自引：1，他引：5
分析中华绒螯蟹的遗传多样性，采集来自无锡、苏州和上海人工养殖样品102个，运用毛细管电泳检测荧光标记（FAM或HEX）的10个中华绒螯蟹微卫星DNA位点。在所有的3个群体中，单一位点等位基因数从15～42个，平均值为22．9；多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（E）分别高达0．826和7．699。结果表明10个位点均为高度多态位点，中华绒螯蟹人工养殖群体具有较高的遗传多样性。欧氏遗传距离、遗传相似性和群体各亚群体内固定系数（Fst）平均值分别为0．439，0．825和0．099，结果显示不同的人工养殖群体之间也存在较大的遗传多样性。除上海群体在同步突变模式（SMM）下，近期不会有瓶颈（P=0．35）；所有群体在SMM和无限等位基因模式（IAM）下均有显著或极显著的瓶颈（P〈0．01或0．05），结果说明科学的品种保护计划的迫切性。本研究首次选择遗传标记微卫星DNA评估中华绒螯蟹的遗传多样性，并采用高精度的毛细管电泳检测技术，将对中华绒螯蟹的品种保护和合理利国提倡科学依据。 相似文献
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为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。 相似文献
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对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70 497条Unigenes中共检测到9 237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR的数量最多,分别占SSR总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO功能分类结果均表明,大量含有SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。 相似文献
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为了筛选与暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)生长相关的分子标记,作者采用SSR结合BSA技术对同龄孵化群体的同池养殖暗纹东方鲀生长差异性状标记进行筛选。利用85对微卫星引物对暗纹东方鲀生长快、慢各30尾个体构建的两个基因池进行分析,共筛选到14个差异位点。然后分析这14个差异微卫星位点在这60个暗纹东方鲀个体中的基因型差异,结果表明:位点TOP03、TOG01、fms15、fms75与生长性状呈现极显著负相关关系(P0.01),fms89与生长性状呈现极显著正相关关系(P0.01)。用另外30个个体(生长快慢各15个)进行验证实验后,结果只有位点fms15、fms75与生长性状显著相关,相关系数分别为–0.411和–0.384。这两个微卫星位点对于暗纹东方鲀生长性状有显著效应,为开展暗纹东方鲀的分子标记辅助育种提供了有价值的参考标记。 相似文献
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采用紫外线照射的方式使精子遗传物质失活,通过细胞松弛素B(CB)的处理来抑制受精卵第二极体的释放,人工诱导紫贻贝(Mytilus gallopovincialis)雌核发育二倍体。将精子在强度为2561μW/(cm~2·s)的紫外线(254 nm)下进行时间梯度的照射,之后与正常的卵子受精,实验发现随照射时间的增加,卵裂率、早期胚胎存活率和D形幼虫发生率总体呈下降趋势,在照射55 s时D形幼虫发生率降为0。受精后25 min,用浓度0.5μg/mL的细胞松弛素B(CB)持续处理受精卵20 min,诱导出紫贻贝第二极体抑制型雌核发育二倍体。通过微卫星分析鉴定所得的子代个体均为雌核发育二倍体。 相似文献
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Microsatellites are a ubiquitous component of the eukaryote genome and constitute one of the most popular sources of molecular markers for genetic studies. However, no data are currently available regarding microsatellites across the entire genome in oysters, despite their importance to the aquaculture industry. We present the fi rst genome-wide investigation of microsatellites in the Pacifi c oyster Crassostrea gigas by analysis of the complete genome, resequencing, and expression data. The Pacifi c oyster genome is rich in microsatellites. A total of 604 653 repeats were identifi ed, in average of one locus per 815 base pairs(bp). A total of 12 836 genes had coding repeats, and 7 332 were expressed normally, including genes with a wide range of molecular functions. Compared with 20 different species of animals, microsatellites in the oyster genome typically exhibited 1) an intermediate overall frequency; 2) relatively uniform contents of(A)n and(C)n repeats and abundant long(C)n repeats(≥24 bp); 3) large average length of(AG)n repeats; and 4) scarcity of trinucleotide repeats. The microsatellite-fl anking regions exhibited a high degree of polymorphism with a heterozygosity rate of around 2.0%, but there was no correlation between heterozygosity and microsatellite abundance. A total of 19 462 polymorphic microsatellites were discovered, and dinucleotide repeats were the most active, with over 26% of loci found to harbor allelic variations. In all, 7 451 loci with high potential for marker development were identifi ed. Better knowledge of the microsatellites in the oyster genome will provide information for the future design of a wide range of molecular markers and contribute to further advancements in the fi eld of oyster genetics, particularly for molecular-based selection and breeding. 相似文献
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采用转录组454 GS FLX测序和PCR技术,以海蜇(Rhopilema esculentum)和沙海蜇(Nemopilema nomurai)的基因组DNA为模板,分别克隆了包含EST-SSR和EST-SNP标记的β-连环蛋白基因目的片段。生物信息学分析显示,海蜇和沙海蜇的β-连环蛋白基因目的片段长度分别为166/169 bp和157/160 bp,均没有内含子。海蜇个体之间β-连环蛋白基因目的片段除了微卫星重复差异外,只有一个碱基的差异;沙海蜇个体之间除了微卫星重复差异外,其余完全一致。在海蜇和沙海蜇β-连环蛋白基因目的片段的相同位置均包含微卫星重复,但其重复单元截然不同:海蜇为:(TGC)4-6(TGT)1-2(TGC)4-5,而海蜇为(TGT)5-6。同时两物种间还存在14个单核苷酸多态位点:(T/C)1,(T/C)2,(C/T)3,(C/T)4,(C/T)5,(T/G)6,(G/C)7,(T/G)8,(A/G)9,(C/T)10,(G/A)11,(A/G)12,(C/T)13,(A/T)14。聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱也直接客观地反映了两个群体之间目的片段的长度和微卫星多态性差异。上述结果显示,EST-SSR和EST-SNP标记的β-连环蛋白基因目的片段,可以作为一种简单、有效的分子标记,快速、准确地识别不同发育阶段的海蜇和沙海蜇。 相似文献
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采用生物素标记的(AC)_(15)探针和磁珠富集法构建合浦珠母贝(Pinctada fucata)基因组DNA微卫星富集文库。随机挑选2097个克隆进行筛选,得到483个候选克隆(23.03%),对其中135个阳性克隆测序分析发现122个克隆含有微卫星重复单元(90.37%)。进一步通过序列比对,最终得到65个具有特异微卫星序列的阳性克隆(53.28%),其中包含85个微卫星DNA结构域,其中完美型(perfect)70个,占82.36%;非完美型(imperfect)7个,占8.24%;混合型(compound)8个,占9.41%,重复次数主要分布在5~20(95.74%),平均重复次数为7.83,(AC/GT)n重复所占比例最高(75.53%)。基于微卫星两端的侧翼序列,利用Primer Premier 5.0设计引物,获得11对具有多态性的微卫星引物。本研究为开展合浦珠母贝分子育种及资源评价分析提供了基础资料。 相似文献