日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  李晓  徐启华 《海洋学报》2012,34(5):147-153

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。  相似文献   

中国传统聚落景观基因组图谱特征   总被引：5，自引：2，他引：3  

胡最  刘沛林 《地理学报》2015,70(10):1592-1605

传统聚落是优秀的民族文化遗产,现阶段迫切需要加强相关研究方法的探索,这对中国经济和社会发展具有重要意义。针对目前不能有效解释传统聚落景观要素与整体意象之间的关系这一问题,结合生物基因组图谱和传统聚落景观基因理论开展了景观基因组图谱的探索。根据基因的特性,首先阐述了传统聚落景观基因组的概念。在此基础上,本文提出了传统聚落景观基因组图谱的概念并分析了其与景观基因、景观基因组三者之间的关系,进一步分析了传统聚落景观基因组图谱的类型、功能和意义。根据前述理论研究成果,以湖南省具有代表性的30个传统聚落为例,构建了传统聚落景观基因组图谱的案例,据此分析了湖南省传统聚落的群系性特征;同时,以汝城金山村为例进行了传统聚落景观基因组的识别。结果表明,传统聚落景观基因组图谱对于实现传统聚落景观数字化、挖掘传统聚落的规划模式、识别不同区域的传统聚落景观特征等具有实际意义。  相似文献   

泥蚶(Tegillarca granosa)基因组SSR和EST-SSR的开发及比较研究     

周小龙  朱靖华  董迎辉  林志华  富凯立  姚韩韩  齐晓艳 《海洋与湖沼》2013,44(2):467-475

采用SSPHunter软件在泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2—6核苷酸重复序列,根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计47对引物,可成功扩增17对且均为多态性引物,多态率100%,平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点,检出率14.83%,平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物,62对可扩增出目的片段,其中29个位点具有多态性,多态率为46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明,46个多态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关,Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.6640  相似文献   

Characterization of the cyp19a1a gene froma BAC sequence in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) and analysis of its conservation among teleosts     

SHAO Changwei  LIU Geng  LIU Shanshan  LIU Changlin  CHEN Songlin 《海洋学报(英文版)》2013,32(8):35-43

  相似文献   

基于宏基因组测序研究中太平洋海山富钴结壳区非培养微生物生态功能     

霍颖异  程虹  Anton F. Post  王春生  江夏薇  潘杰  吴敏  许学伟 《海洋学报(英文版)》2015,34(4):92-113

富钴结壳是一种重要的海底矿产资源.富钴结壳是生物地球化学和微生物学的研究热点,但目前我们对富钴结壳区的微生物群落结构仍缺乏认识.本研究针对中太平洋海山富钴结壳区沉积物,采用非培养方法获得微生物基因组信息并分析其生态学功能.采用PCR的方法筛选得到78个带有16S rRNA基因的克隆.变形杆菌门和奇古菌门MGI类群分别为古菌和细菌的主要类群.测序并分析了9个带有16S rRNA 基因的fosmid克隆.这些克隆中含有较多的代谢相关和重金属抗性相关基因,表明多样的代谢和抗逆途径在微生物适应富钴结壳环境中发挥了重要作用.代谢途径分析表明,氮循环是富钴结壳区一种重要的生物地球化学过程.此外,发现多个水平基因转移事件,这些基因大部分转移自细菌,少量转移自古菌或植物.比较基因组分析表明,属于奇古菌门MGI类群的克隆W4-93包含一段共线性的基因簇.以上结果说明水平基因转移和基因组分歧进化在微生物适应深海环境过程中发挥了重要作用.  相似文献   

对虾白斑综合症病毒基因组同源重复区结合蛋白的筛选   总被引：2，自引：0，他引：2  

朱艳冰  杨丰 《台湾海峡》2006,25(3):318-323

对对虾白斑综合症病毒（WSSV）基因组序列分析发现，基因组3％的区域均匀分布有与昆虫杆状病毒类似的9个同源重复区，很可能具有昆虫杆状病毒同源重复区参与病毒复制起始或转录调控的功能．以WSSV基因组同源重复区中一个包含高度保守结构域的小重复片断DNA（210bp）作为配体，利用WSSV基因组噬菌体展示库，经过5轮淘选出一个可与DNA特异结合的重组噬菌体克隆，包含的外源DNA片断长度为306bp．通过与WSSV基因组序列对比，发现该序列为WSSV的ORFs中wsv 021的5’端部分．推测wsv 021是一个可能与病毒复制或调控相关的重要功能基因．  相似文献   

蓝藻基因组研究进展     

周赞虎  刘仁海  楼士林 《台湾海峡》2004,23(3):386-393

本文对近年来蓝藻基因组研究进展进行了综述.介绍了聚胞藻PCC6803基因组研究方法和成果,包括最佳分析软件的选择,所获得的基因组基本信息,以及后基因组研究的部分成果.蓝藻基因组间差异很大,文中介绍了其它蓝藻基因组的基本信息和在各个藻种里的重要发现.文章最后探讨了蓝藻基因组的研究意义和前景.  相似文献   

鱼类微卫星标记的研究进展   总被引：1，自引：0，他引：1  

王伟  尤锋  高天翔  张培军 《海洋科学》2006,30(10):81-86

微卫星DNA(microsatellite DNA),又称短串联重复(short tandem repeats,STRs)、简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs),由2~6个碱基对的核心序列串联重复而成,与其它常用的分子遗传标记(例如同工酶、RFLP、RAPD、AFLP)相比,微卫星标记具有座位数目巨大并随机分布于基因组  相似文献   

褶纹冠蚌基因组中c—myc和c—ras基因同源物的初步研究     

何毛贤  张锡元 《南海研究与开发》1996,(4):20-22

用地高辛配基标记的ｃ－ｍｙｓ，ｃ－ｒａｓ基因作探针进行斑点杂交，在褶纹冠蚌基因组中检测到了其同源物；对其研究的意义作了讨论。  相似文献   

六种海产虾类基因组DNA多态性的RAPD标记研究   总被引：10，自引：1，他引：9  

宋林生  相建海  周岭华  张首临  刘瑞玉 《海洋与湖沼》1999,30(1):62-67

于１９９６年１０月在青岛胶州湾附近海域采集中国对虾,细巧仿对虾,周氏新对虾,鹰爪虾,脊尾白虾和脊腹褐虾等６种不同科或不同属的海产虾类,用ＲＡＰＤ技术对其基因组ＤＮＡ的多态性进行了研究。在事先优化的反应条件下,经２０个随机引物扩增,共得到２８２条多态性片段,片段长度在２３０￣２８００ｂｐ之间,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用ＵＰＧＭＡ和ＮＪ程序进行聚类分析,结果所显示的６种虾的亲缘  相似文献