单条固定线虫基因组DNA提取及18S rRNA基因PCR扩增   总被引：2，自引：0，他引：2  

沈锡权  杨官品  廖梅杰 《海洋科学》2005,29(5):33-36

根据线虫18S核糖体RM基因PCB扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇 0．05mol／L FDTA(pH8．0)和5％海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备RR模板DNA,而5％海水福尔马林固定的样品能最完整地保持样品形态。蛋白酶K处理获得的DNA较碱裂解获得的更适合PCR扩增。结果有助于分子生物学方法在海洋线虫分类、多样性和生态学研究中的应用。  相似文献   

热休克诱导斑马鱼异源三倍体的研究   总被引：11，自引：2，他引：9  

吴玉萍  叶玉珍  吴清江 《海洋与湖沼》2000,31(5):465-470

于１９９７年５月在广东省珠海市集斑马鱼和豹纹斑马鱼,采用热休克方法研究阻止第三极体排放诱导异源三倍体斑马鱼的适宜条件。按正交实验方案组合诱导参数,结果表明：在卵受精后２ｍｉｎ,采用３９℃持续处理２ｍｉｎ,三倍化率可达５３．８％,原肠期相对存活率为９１．０％,尾芽期相对存活率为９１％,孵化期相对存活率为９１．１％。本研究分析了热休克处理的参数与三倍体出现率和胚胎相对存活率的关系,并得出诱导参数中起始  相似文献   

海藻基因工程进展(Ⅱ)     

姜鹏  秦松  曾呈奎 《海洋科学》1998,22(6):23-25

2　海洋真核藻类基因工程真核藻类遗传转化研究开始于80年代,1982年Rochaix与Dillewijn报道了首例淡水单细胞绿藻——莱茵衣藻Chlamydomonasreinhardii的遗传转化,选用壁缺失突变和精氨酸依赖突变株,使来自酵母的精氨酸基因获得了整合表达的效果。其后,C.reinhardii广泛应用于分子遗传学与基因工程的研究,目前已成为唯一的染色体、叶绿体、线粒体3套基因组均能遗传转化的植物[11]。海洋真核藻类基因工程的研究起步更晚,但发展很快,由于几种大型海藻已实现规模化栽培并形成产业,因此,作为第一步是在经济藻类中人工开展建立模式转化系统的研…  相似文献   

瑞氏红鲂(鱼弗)(Satyrichthys rieffeli)基因组survey分析及线粒体基因组注释     

廖贤晖  王乙婷  瞿印权  刘启  高天翔 《海洋与湖沼》2023,54(5):1517-1528

为了解瑞氏红鲂(鱼弗) (Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构, 采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂(鱼弗) 进行基因组survey分析, 为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序, 组装得到的基因组大小为813 Mb, 杂合率为0.92%, 重复序列比例为45.97%, Contigs的N50大小为712 bp。瑞氏红鲂(鱼弗)线粒体基因组长度为16 527 bp, 共38个基因(22个tRNA、12S rRNA、16S rRNA、ND1~ND6、COXI~COXIII、Cyt b、ATP8、ATP6、ND4L和1个D-loop区), 基因之间未发生重排, GC含量45.70%; 蛋白质编码基因中出现不完整的密码子T--和TA-; tRNA中只有tRNA-Ser (GCT)缺失了二氢尿苷臂(DHU臂)的简单环, 其他都是正常二级结构。此外, 联合NCBI中18个鲉形目鱼类的线粒体基因组, 利用最大似然法和贝叶斯法构建了鲉形目鱼类的分子系统发育关系。结果表明, 瑞氏红鲂(鱼弗)与同为黄鲂(鱼弗)科的须叉吻鲂(鱼弗) (Scalicus amiscus)为姐妹分支, 支持瑞氏红鲂(鱼弗)是黄鲂(鱼弗)科鱼类的形态学分类结果, 为开展黄鲂(鱼弗)科鱼类系统发育深入研究奠定了基础。  相似文献   

湖泊底泥中微囊藻DNA的分子检测   总被引：1，自引：0，他引：1  

徐瑶  李仁辉  王国祥  余博识  杨文斌 《湖泊科学》2007,19(4):492-496

通过改进裂解温度和延长裂解时间并增加苯酚/氯仿洗脱次数的DNA提取方法获得南京玄武湖底泥中的DNA,通过PCR法来扩增微囊藻的16SrRNA基因.结果表明在所有采样点中均得到微囊藻基因组DNA,并且纯度较高,OD260/OD280均高于1.54,最高值达到1.89.PCR的扩增结果显示所有样点的DNA都得到212 bp大小的微囊藻16SrRNA基因片断,表明这种方法可以有效的从底泥中提取微囊藻的DNA,从而为研究底泥微囊藻生理生态及其越冬、上浮、形成水华的机理提供更有利的方法.  相似文献   

原生动物单细胞PCR应用初探——以天蓝喇叭虫为例     

刘志新  余育和 《湖泊科学》2008,20(5):669-674

以天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)为研究对象,探索了单细胞单基因PCR扩增及单细胞全基因组PCR扩增技术在原生动物中的应用.经过不断探索和优化条件后,试验取得了理想的结果.在40例单细胞单基因(SSU rDNA基因全序列)PCR的一次性扩增中,新鲜细胞和经过中性红染色的细胞都获得了100%的成功率,室温下酒精(95%)保存一周的细胞获得了82.5%的成功率.在单细胞全基因组PCR扩增中,采用高效高保真的phi29 DNA聚合酶结合随机引物(Random Primer)进行扩增,获得了丰富且质量较高的PCR产物.以全基因组扩增产物(稀释10倍)对四个常用的基因位点(TEF1、SSU rRNA、18S-ITS1-5.8S、a-tubulin)进行扩增,均成功获得相应的基因片断.  相似文献   

褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)线粒体基因组特征及重排机制研究     

董江星  时伟  孔晓瑜  陈世喜 《热带海洋学报》2018,37(1):1-11

冠鲽科(Samaridae)隶属于鲽形目(Pleuronectiformes), 包含冠鲽属(Samaris)、沙鲽属(Samariscus)和斜鲽属(Plagiopsetta)。目前研究表明, 冠鲽(Samaris cristatus)和满月沙鲽(Samariscus latus)的线粒体基因组结构都有重排, 并且两者的基因数量也有差别。为检测斜鲽属鱼类中是否也有不同的特征结构, 我们选用褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)作为代表种进行斜鲽属鱼类线粒体基因组特征分析, 同时与冠鲽属及沙鲽属鱼类的线粒体基因组特征进行对比。分析显示, 褐斜鲽的线粒体基因组全长为18723bp, 包括39个基因: 13个蛋白基因、24个tRNA基因、2个rRNA基因、2个控制区、1个轻链复制起点和比典型基因组多的13个间隔子。和经典鱼类的线粒体基因组相比, 褐斜鲽和满月沙鲽都多了tRNA-Cys和tRNA-Tyr两个tRNA, 冠鲽只多了tRNA-Cys, 且3个种类都多了一个控制区, 但褐斜鲽与满月沙鲽的基因排列顺序相同。褐斜鲽线粒体基因的重排导致不同位置的6个tRNA形成了六连体基因簇“tRNA-Cys₁-Tyr₁- Ser1-Lys-Arg-Ser2”, “ND5-ND6-Glu-Cytb-Thr”则位于六连体之后, 但这11个基因相对的排序没有发生变化。采用双复制随机丢失模型(double replications and random loss, DRRL)对褐斜鲽基因的重排现象进行分析, 认为该鱼类基因数量、排列顺序以及比典型基因组多13个间隔子等特征为该模型提供了新的依据。  相似文献   

CO₂倍增对我国东部极端降水的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

邹用昌  杨休群  潘志祥  孙旭光  房佳蓓  廖玉芳 《气候变化研究进展》2008,4(2):84-089

 利用GFDL-CM2.1耦合模式控制试验和CO₂增长试验逐日降水输出结果,评估了CO₂浓度加倍对我国极端降水变化的影响。结果表明：CO₂浓度加倍导致我国东部地区年极端降水的强度增强、降水量显著增多及降水频次显著增加（除华北南部外）; CO₂浓度加倍对我国春夏季极端降水影响较大,导致东部多数地区春夏季极端降水频次增加,强度增强;而CO₂浓度加倍导致华北南部和长江中下游春夏季雨日减少以及小雨、中雨减少,从而导致年总降水量减少。  相似文献   

合浦珠母贝基因组DNA多态性的RAPD标记   总被引：2，自引：0，他引：2  

杜晓东  叶富良 《广东海洋大学学报》2000,20(2):83-84

  相似文献   

北极深海沉积物中细菌和古菌群落结构研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

LI Yan  LIU Qun  LI Chaolun  DONG Yi  ZHANG Wenyan  ZHANG Wuchang  XIAO Tian 《海洋学报(英文版)》2015,34(2):93-113

在北极深海沉积物生态系统中,微生物的群落结构由有机质输入、能量的可用性及其他环境因素决定.然而,全球气候变暖及其导致的冰盖提前融化正在影响微生物的多样性.为描述北极深海沉积物中的微生物群落结构及其与环境因素的相关性,我们利用罗氏454对北极深海沉积物样品的16S rDNA扩增子进行了测序,对细菌和古菌群落的丰富度、成分、结构及其系统发育分类地位进行了描述.硫还原和化能有机营养类是细菌群落中的主要类群;而古细菌群落主要是由微生物的关系最为密切的氨氧化奇古菌门(96.66%)和产甲烷古生菌界(3.21%).这项研究描述了北极极点附近深海沉积物(> 3500米)中的微生物多样性,将为以后研究类似环境中微生物代谢过程和途径等功能分析奠定基础.  相似文献