微囊藻群体总RNA提取方法的比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

高胜玲  黄亚新  卢亚萍  施丽梅  孔繁翔  张小倩 《湖泊科学》2018,30(2):441-448

微囊藻群体富含多糖类物质是影响微囊藻RNA提取的关键因素.为了获得高质量的微囊藻群体总RNA,对比分析4种针对多糖含量较高的方法——方法 1 PGTX-bead法、方法 2 CTAB-bead法、方法 3 Fast RNAPro Blue Kit和方法 4RNeasy Mini Kit对微囊藻群体总RNA的提取效果.采用琼脂糖凝胶电泳检测微囊藻群体RNA的完整性,Nanodrop ND1000分光光度计检测RNA纯度及浓度,并采用q PCR检测DNA污染情况.结果表明,4种方法都能从微囊藻群体中提取获得RNA,并在去除DNA后都可以进行RT-PCR等后续实验.方法 1 PGTX-bead提取的RNA产量最高,纯度好,DNA污染小,成本低,适合从微囊藻群体中大量提取RNA;方法 2 CTAB-bead提取的RNA样品产量也较高,但DNA污染严重,适合需要同时提取DNA和RNA的样本;方法 3 Fast RNAPro Blue Kit和方法 4 RNeasy Mini Kit提取的RNA产量都较低,但方法 4操作简单,耗时短,所检测目的基因的相对表达量较高,更适合从少量的微囊藻群体中提取总RNA.  相似文献   

不同饲养方式对乌鳢(Ophiocephalus argus)肠道微生物群落结构差异及种类多样性的影响     

盛鹏程  周冬仁  韩新荣  胡晓波  叶雪平  徐磊  周聃  吴琦芳  郝贵杰 《海洋与湖沼》2020,51(1):148-155

以乌鳢(Ophiocephalus argus)为研究对象,采用不同日粮饲喂,试验W1组饲喂冰鲜鱼,试验W2组饲喂畜禽内脏。12周后,取肠道内容物,利用16S rDNA技术研究投喂不同饲粮的乌鳢肠道生物群落结构差异和微生物多样性,分别获得W1组和W2组乌鳢肠道细菌有效序列51124和39298条。结果分析表明;W1组和W2组物种注释(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为2631和4114条,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个属和49个属,W1组和W2组乌鳢肠道细菌种类差异很大。W1组乌鳢肠道细菌的优势类群是邻单胞菌属(Plesiomonas)、狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、鲸蜡菌属(Cetobacterium);W2组乌鳢肠道细菌的优势类群是狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、Spartobacteria、甲基副球菌属(Methyloparacoccus)、杆菌属(Alsobacter)、Saccharibacteria、分支杆菌属(Mycobacterium)。W2组乌鳢肠道细菌香农指数高于W1组乌鳢肠道细菌,表明前者肠道细菌多样性大于后者。本实验揭示了畜禽内脏饲喂乌鳢肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度和物种总数均高于冰鲜鱼饲喂乌鳢;W1组肠道有益菌OTU丰富度大于W2组,且W2组还存在一些潜在致病菌。本研究为乌鳢的健康养殖和后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。  相似文献   

基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性*     

黄景  欧泽奎  刘文广  何毛贤 《热带海洋学报》2020,39(5):1-18

塔形马蹄螺(Tectus pyramis), 海洋软体动物, 广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据, 平均测序深度为337.87倍, 测序质量值(Q₃₀)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签, 获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs), 其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)值分别为0.1441~0.1611和0.2537~0.2695。平均多态性信息含量(PIC)为0.2048~0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析, 将45个个体大致分为3个类群, 每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似, 遗传距离最低(0.2510), 遗传分化系数F_st值最低(0.0818)。但XS与其他两个群体间的遗传分化明显, 尤其是XS和SZ群体(F_st=0.1868)。3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关。  相似文献   

ATS藻板与自然礁石上藻群生物多样性的比较     

王欢欢  谭斯尹  王慧  杜虹  侯涛  陈贤建  黎俊珺  黄莹 《热带海洋学报》2019,38(1):43-48

ATS(algal turf scrubber)系统是一种利用潮间带藻类高效去除富营养化水体中氮(N)、磷(P)元素的水质净化系统, 藻类是支持整个系统最重要的组成部分, 其群落结构与水质净化效果密切相关。该研究基于Illumina MiSeq平台的高通量测序技术对海水水族缸的ATS系统中藻板样品和自然礁石上的藻类进行多样性分析。18S rDNA研究结果表明, ATS系统中经筛选得到藻类优化序列21390条, 其中对丝藻属Antithamnion占主要地位, 占序列总数的22.79%, 其次19.07%序列归入斜纹藻属Psammodictyon; 宋井、展南亭、后宅3个地区的藻类经筛选分别得到88435、87129、106458条优化序列, 主要为分枝色指藻属Chroodactylon、宽果藻属Mastocarpus和日本马泽藻属Mazzaella。ATS系统和自然环境样品共有的优势藻为骨条藻属Skeletonema和仙菜属Ceramium。本实验在研究ATS系统与自然礁石上的藻类群落相似性的同时, 深入探究了其群落结构的差异性, 为进一步优化ATS系统的功能提供了理论依据。  相似文献   

南海沉积物细菌胞外蛋白酶在家族水平上的多样性   总被引：2，自引：0，他引：2  

杨金玉  冯阳阳  陈秀兰  解彬彬  张玉忠  石梅  张熙颖 《海洋学报(英文版)》2019,38(12):73-83

海洋产蛋白酶细菌及其分泌的胞外蛋白酶在降解有机氮以推动海洋氮循环进行方面发挥着重要作用，但目前对这二者多样性的认识非常有限。本研究自南海沉积物中筛选得到90株产蛋白酶细菌，并通过N-端氨基酸序列，分析了其胞外蛋白酶在家族水平上的多样性。16S rRNA基因序列分析的结果表明，筛选的产蛋白酶细菌均属于Gammaproteobacteria纲，且大多数属于Alteromonadales目和Vibrionales目的不同属。对其中14株菌株的14个胞外蛋白酶的N-端氨基酸序列分析表明，所有这些蛋白酶属于金属蛋白酶的M4家族或丝氨酸蛋白酶的S8家族。本研究提供了海洋沉积物产蛋白酶细菌在类群及其胞外蛋白酶在类型上的新细节，这将有助于全面了解微生物酶促降解海洋沉积物有机氮的过程和机理。  相似文献   

整体原位杂交法研究斑马鱼(Danio rerio)胚胎发育过程中胸苷酸合成酶(TS)的表达          下载免费PDF全文

牛荣丽  梁丽英 《海洋与湖沼》2011,42(1):81-85

收集不同发育时期的斑马鱼胚胎,制备DIG标记的TS反义RNA探针,采用整体原位杂交方法研究胸苷酸合成酶(TS)基因在斑马鱼胚胎发育各期的时空表达状况.结果表明,在所取样的各个阶段,TS基因均有转录,但其部位不同,中囊胚过渡前后mRNA显现的部位仅存在于受精卵的动物极,10hpf时存在于整个胚胎的外围,至24hpf后集中...  相似文献   

条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

牛建峰  高胜寒  骆迎峰  袁野  王广策  胡松年 《海洋科学》2011,35(6):76-81

对条斑紫菜（Porphyra yezoensis）进行Solexa高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220Mbp,GC质量分数53．08％;包含26629个预测基因,其中16409个基因具有内含子,平均每个基因含2．22个内含子;基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2214bp,内含子平均大...  相似文献   

Molecular identification of a species in genus Nannochloropsis     

Si Li  Kehou Pan  Baohua Zhu  Xiaolei Ma  Xin Liang  Guanpin Yang 《中国海洋大学学报(英文版)》2011,10(4):391-396

  相似文献   

饥饿对方斑东风螺形态和组织生化成分的影响     

薛明  柯才焕  狄桂兰 《台湾海峡》2010,29(2):205-211

以室内实验测定了方斑东风螺（Babylonia areolata）在饥饿120d过程中形态、组织生化成分及RNA/DNA比值的连续变化.结果显示,饥饿前期幼螺体重变幅较小,肝体比与体壳比下降迅速,三者分别于饥饿80、40、20d时显著地低于对照组,至饥饿120d时其降幅分别为22.33%、44.02%、30.39%.方斑东风螺在饥饿过程中,螺足肌与肝胰脏的水分含量分别从80.19%、48.44%上升至89.68%、63.97%;灰分含量分别从11.35%、8.92%增加至22.80%、16.52%;肝胰脏蛋白质含量从53.18%上升至56.65%.饥饿40d时,其足肌、肝胰脏脂肪含量均显著低于对照组,糖原含量在其饥饿20、40d时也显著地下降.饥饿120d时,其足肌的脂肪和糖原含量相应降幅分别为32.22%、44.64%,而肝胰脏的脂肪和糖原含量相应降幅则分别为26.87%、47.17%.足肌蛋白质含量在其饥饿80d前较稳定,后期迅速下降,实验结束时降幅为8.61%.这2种组织的RNA/DNA比值也呈逐渐下降趋势.上述结果表明,在饥饿状态下幼螺主要消耗这2种组织中脂肪与糖原的供能,当禁食长达80d后则加大对足肌蛋白质的动用,而相对保留肝胰脏蛋白质.组织含水量、RNA/DNA比值均可作为方斑东风螺饥饿状态下的营养预测指标.  相似文献   

Evidence for the evolution of an oxygen minimum layer at the beginning of S-1 sapropel deposition in the eastern Mediterranean     

K. Strohle  M. D. Krom 《Marine Geology》1997,140(3-4):231-236

The sediments of the eastern Mediterranean basin contain a series of organic-rich sapropels intercalated with organic-poor nannofossil oozes. Until recently the timing of the onset of sapropel formation was not known accurately because of the low resolution achievable by conventional radiocarbon dating. Compilation of all available ¹⁴C-AMS dates show that the base of S-1 (the most recent sapropel) was initiated 8800 years B.P. (¹⁴C age corrected by 400 years for reservoir effect) under a 500 m water column and moved progressively into deeper water reaching depths of 3500 m at 8200 years B.P. The linear correlation between the age of S-1 onset and water depth suggests that formation of sapropels moved into deeper water at a rate of 1000 m/200 year. A model is suggested in which export production which sank below the well-mixed surface layers (500 m) was respired consuming dissolved oxygen in the Levantine deep water until a threshold value was reached when sapropels began to be preserved in the sediment. This resulted in a progressively deepening oxygen minimum zone with time until eventually the entire deep water in the basin was oxygen depleted. Assuming that the threshold value for sapropel formation was complete anoxia, it was calculated that primary productivity in the basin during the deposition of S-1 was a factor of 5 greater than that found at present.  相似文献