强光照和黑暗条件下刺参体壁的基因表达差异     

张立斌  冯其明  孙丽娜  房燕  徐冬雪  张涛  杨红生 《海洋学报(英文版)》2018,37(5):54-66

参对光照变化非常敏感，研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光（“强光”）、正常光照（“对照”）和完全黑暗（“黑暗”）环境下体壁的基因表达谱情况，通过“对照”与“黑暗”，“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较，在|log₂ ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因（DEGs）。基因本体分析表明，“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多，而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对，发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。  相似文献   

罗非鱼源无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)新型AI-2信号分子受体RbsB蛋白结晶生长研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

樊博琳  潘丽霞  王忠良  黎源  简纪常  王蓓 《海洋与湖沼》2020,51(1):132-140

为了开展无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)核糖结合蛋白(Ribose binding protein B,RbsB)结构功能的研究,本实验根据已知无乳链球菌ZQ0910全基因组序列设计相关引物。采用PCR方法扩增其RbsB基因,随后将该基因定向克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中,在大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中进行IPTG诱导表达;采用HRV 3C蛋白酶切除GST标签,分子筛分离获得RbsB蛋白;运用生物信息学软件对RbsB基因序列进行分析,并对RbsB蛋白二级和三级结构进行预测;采用NeXtal Tubes JCSG Core Suite结晶试剂盒筛选蛋白结晶条件。研究结果表明,该基因全长为969碱基,编码322个氨基酸,RbsB蛋白理论分子量33.9ku,等电点为9.41,二级结构中α螺旋结构所占比重最高,建立RbsB蛋白三维结构模式图;经IPTG诱导后表达的融合蛋白分子量为59ku,筛选RbsB蛋白的初始结晶条件为(0.2mol/L di-Potassium hydrogen phosphate,20%(W/V)PEG3350;1.5mol/L ammonium sulfate,25%(V/V)Glycerol),获得RbsB蛋白结晶体。本研究结果可为无乳链球菌核糖结合蛋白(RbsB)的功能解析提供实验及理论基础。  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

Cu2+对序批式反应器中活性污泥胞外聚合物产量及其组分的影响     

李姗姗  朱四富  马丙瑞  于娜玲  赵长坤  信帅帅  潘云浩  吴淑妍  武原原  高孟春 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,(2):107-115

研究了长期暴露条件下Cu2+对序批式反应器(SBR)性能及其活性污泥胞外聚合物(EPS)特性的影响。结果表明,进水中加入10 mg·L-1的Cu2+后,在SBR运行的第16~55天,COD和NH+4-N的去除率保持稳定;在第56~75天,COD和NH+4-N的平均去除率与进水Cu2+浓度为0 mg·L-1时相比分别下降了3.88%和6.41%。浓度为10 mg·L-1的Cu2+长期作用下,活性污泥中EPS、松散附着EPS(LB-EPS)和紧密附着EPS(TB-EPS)产量及LB-EPS和TB-EPS中蛋白质(PN)含量增加。傅里叶变换红外光谱分析表明10 mg·L-1 Cu2+的长期暴露导致TB-EPS中PN的C=O键、N-H键和C-O键相对含量降低。X射线光电子能谱(XPS)测试结果显示在10 mg·L-1 Cu2+长期暴露条件下,LB-EPS和TB-EPS中元素Cu和O百分含量增加。  相似文献   

鲫鱼(Carassius auratus)半胱亚磺酸脱酸酶CSAD基因克隆及其表达研究     

李晓洁  唐建洲  宋鹏  伍琴  瞿符发  刘臻  鲁双庆 《海洋与湖沼》2018,49(1):134-141

本研究以鲫鱼(Carassius auratus)为研究对象,采用巢式PCR和RACE技术克隆鲫鱼半胱亚磺酸脱酸酶CSAD基因c DNA序列,并且利用实时荧光定量PCR检测了CSAD m RNA在鲫鱼不同组织和昼夜节律中的相对表达水平,同时还研究了牛磺酸对鲫鱼肠道CSAD m RNA表达的影响。结果表明:(1)鲫鱼CSAD基因c DNA序列包含186bp的5?UTR序列,675bp的3?UTR序列,1503bp开放阅读框,编码500个氨基酸。同源性分析表明,鲫鱼和鲤鱼的同源性为97.2%。系统发育分析表明,鲫鱼与鲤鱼之间的亲缘关系最接近,置信度为100。经预测,其编码的蛋白质的分子量和等电点分别为56.82k Da和5.77;(2)Ca CSAD m RNA在肌肉、心脏、肠道及肝脏中的表达水平较高,在脑和鳃组织中的相对表达量较低;(3)鲫鱼肠道CSAD m RNA的相对表达量在6:00am点时最高,9:00pm点时相对表达量最低;(4)鲫鱼CSAD的相对表达丰度随着牛磺酸添加量的增加而逐渐下降。本研究结果不仅有助于理解鲫鱼CSAD基因的分子特征,同时将为进一步研究鱼类CSAD营养调控功能提供理论依据。  相似文献   

泛地图学理论研究框架   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭仁忠  陈业滨  赵志刚  贺彪  闾国年  李志林  应申  马丁 《测绘地理信息》2021,46(1):9-15

信息与通信技术的快速发展带动人类进入地理空间、人文社会空间和信息空间相融合的三元空间。地图制图的目的、人员、对象和环境等均发生巨大变化,地图的类型、空间对象、表达维度、地图角色等呈现出显著泛化特征,现有地图学理论无法引领和指导当代的地图实践。地图学理论亟待"突围"。从地图学研究的角度出发,重新梳理泛地图的对象空间理论、表达维度模型,以及表达机制与方法,构建适应新环境背景,满足地图新视角、新思维、新制图需求的泛地图学理论框架,以适应地图学在新时期发展的需要。  相似文献   

饲料中不同蛋白质和脂肪水平对克氏螯虾（Procambarusclarkii）生长性能、体组成和消化酶活性的影响   总被引：3，自引：0，他引：3       下载免费PDF全文

徐维娜  刘文斌  沈美芳  王莹  朱杰  徐刚  程龙 《海洋与湖沼》2011,42(4):521-529

采用3×3因子方法,进行了饲料中不同蛋白质和脂肪水平对克氏螯虾f均重（7．03±0．05）g]生长性能、体组成和消化酶活性的影响研究。试验设3个蛋白质水平（24％、27％和30％1和3个脂肪水平（4％、7％和10％）,共9组,每组4个重复,每个重复10尾虾,为期8周。结果表明,蛋白质和脂肪水平对成活率无显著影响（P〉0...  相似文献   

迟缓爱德华氏菌OppA蛋白的免疫原性及免疫保护分析          下载免费PDF全文

王妍妍  李贵阳  李杰  肖鹏  莫照兰 《海洋科学》2011,35(5):19-23

迟缓爱德华氏茵(Edwardsiella tarda)是水产养殖动物重要的病原茵,引起鱼类爱德华氏茵病,免疫防治是针对该病的一个有效途径.OppA是迟缓爱德华氏茵的一个寡肽透过酶组分,作者开展OppA的免疫原性及免疫保护性的研究,旨在评价其作为鱼类爱德华氏菌病疫苗候选抗原的可行性.将致病性的迟缓爱德华氏菌LSE40的o...  相似文献   

壳聚糖酶基因在解脂耶氏酵母中的表达及重组酶性质研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘万顺  王娇  杨艳  韩宝芹  董文  刘光磊  池振明 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(12):58-62

为构建高效表达壳聚糖酶工程菌株,以Microbacteriumsp.基因组为模板扩增壳聚糖酶基因,目的基因与表达载体pINA1317连接构建重组质粒,重组质粒NotⅠ酶切线性化后转化解脂耶氏酵母Y.liPolytica Po1h。所得结果为PCR扩增得到约1000bp的特异性片段,序列分析表明含有壳聚糖酶全长基因,开放阅读框801bp,编码266个氨基酸残基。转化子酶活力为10.4U/mL,是原菌株酶活力的3.15倍。重组蛋白经DEAE-Sepharose FF分离纯化,达到电泳纯,SDS-PAGE显示单一条带,分子量约41kDa。重组酶反应最适温度为45℃,最适pH为5.6,Km和Vmax分别是0.926mg/mL和6.15U/mL。质谱分析酶解产物主要为三糖和五糖。实现了壳聚糖酶在解脂耶氏酵母中的分泌表达,为壳聚糖酶的工业化生产奠定了理论基础。  相似文献   

Empirical modeling of plate load test moduli of soil via gene expression programming     

Ali Mollahasani  Amir Hossein Alavi  Amir Hossein Gandomi 《Computers and Geotechnics》2011

New empirical models were developed to predict the soil deformation moduli using gene expression programming (GEP). The principal soil deformation parameters formulated were secant (E_s) and reloading (E_r) moduli. The proposed models relate E_s and E_r obtained from plate load-settlement curves to the basic soil physical properties. The best GEP models were selected after developing and controlling several models with different combinations of the influencing parameters. The experimental database used for developing the models was established upon a series of plate load tests conducted on different soil types at depths of 1–24 m. To verify the applicability of the derived models, they were employed to estimate the soil moduli of a part of test results that were not included in the analysis. The external validation of the models was further verified using several statistical criteria recommended by researchers. A sensitivity analysis was carried out to determine the contributions of the parameters affecting E_s and E_r. The proposed models give precise estimates of the soil deformation moduli. The E_s prediction model provides considerably better results in comparison with the model developed for E_r. The simplified formulation for E_s significantly outperforms the empirical equations found in the literature. The derived models can reliably be employed for pre-design purposes.  相似文献