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【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 相似文献
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为了分析人工养殖军曹鱼(Rachycentron canadum)亲鱼营养储备情况与性腺发育的相关性,作者采用生化的方法,对其肌肉、肝脏及性腺氨基酸含量进行测定。结果表明:(1)雄性亲鱼从Ⅳ期发育到Ⅴ期的过程中,精巢和肝脏牛磺酸含量、精巢总氨基酸含量均呈显著递增(P0.05);肌肉氨基酸总量呈显著下降趋势(P0.05);而肝脏氨基酸总量则无显著性差异(P0.05);(2)雌性亲鱼从Ⅳ期发育到Ⅴ期的过程中,肝脏牛磺酸含量呈显著升高(P0.05);卵巢无显著变化(P0.05);总氨基酸含量差异变化规律与雄性亲鱼相类似。(3)亲鱼总氨基酸含量、必需氨基酸含量在不同组织间存在显著差异(P0.05),表现为肌肉含量最高,其次是性腺,肝脏中最低。肌肉、肝脏及性腺氨基酸组成类似,含量较高的为谷氨酸、天冬氨酸和赖氨酸;含量较低的为组氨酸、蛋氨酸和半胱氨酸。(4)发育处于同期性腺雌雄亲鱼,雄性亲鱼肌肉、性腺必需氨基酸含量和总氨基酸含量显著高于雌性亲鱼(P0.05),而肝脏必需氨基酸含量总和氨基酸含量无显著性变化(P0.05)。 相似文献
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