环介导等温扩增联合横向流动试纸条快速检测扁浒苔(Ulva compressa)的研究   总被引：2，自引：1，他引：1  

陈先锋  周前进  王瑞娜  段维军  苗亮  陈炯 《海洋与湖沼》2015,46(4):819-827

本研究将环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)与横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)的可视化检测方法结合,建立了扁浒苔(Ulva compressa)的LAMPLFD快速检测技术。该方法以扁浒苔的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)序列为检测靶标,设计了3对特异性引物(其中,上游内引物由生物素标记)和1条异硫氰酸荧光素标记的探针。结果表明,LAMP最适反应温度为63°C,扩增时间为60 min,从核酸扩增到LFD结果判读需70 min。利用LAMP-LFD可特异性检出扁浒苔,对浒苔、曲浒苔、缘管浒苔和孔石莼等石莼属绿藻以及塔玛亚历山大藻、无纹环沟藻、东海原甲藻、锥状斯克里普藻和赤潮异弯藻等常见微藻的检测结果为阴性。该方法最低可检测到0.1 pg的扁浒苔基因组DNA,是以Uco ITS-F3和Uco ITS-B3为特异性引物的PCR方法的100倍。对实际样品的检测结果表明,LAMP-LFD方法检测扁浒苔与传统的形态学观察的结果一致。因此,该方法可快速、特异地检测出扁浒苔,而且操作简单,仪器设备依赖性低,有潜力成为扁浒苔现场检测的常规技术手段。  相似文献   

光强和二氧化碳浓度变化对浒苔幼苗生长及生理的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

高秀秀  李亚鹤  段维军  徐年军 《海洋学报》2015,37(10):80-87

大气CO2浓度升高引起的海洋酸化如何在光变环境下影响大型海藻固碳量的问题,关系到未来海洋初级生产力的变化趋势。为研究大型海藻对CO2浓度升高和光强变化的响应,本文选取浒苔(Ulva prolifera)幼苗为实验材料,探讨其在不同光强下[80、260μmol/(m2·s)]和两种CO2浓度(正常CO2浓度:400μL/L和高CO2浓度:1 000μL/L)下的生理变化。研究发现,在正常CO2浓度、高光条件下,浒苔幼苗的生长最快,超氧化物特化酶(SOD)活性最高,而过氧化氢酶(CAT)活性在低光、高CO2处理下有最大值。光合色素含量和光系统Ⅱ的光化学效率在不同处理间没有显著性差异,但叶绿素a与类胡萝卜素的比值在低光正常CO2处理下有最大值。同时,高光高CO2处理下,浒苔幼苗的可溶性蛋白含量最低。  相似文献   

Development and evaluation of a DNA microarray assay for the simultaneous detection of nine harmful algal species in ship ballast and seaport waters     

陈先锋  周前进  段维军  周成旭  段丽君  张慧丽  孙爱丽  严小军  陈炯 《中国海洋湖沼学报》2016,34(1):86-101

Rapid, high-throughput and reliable methods are urgently required to accurately detect and monitor harmful algae, which are responsible for algal blooms, such as red and green tides. In this study, we successfully developed a multiplex PCR-based DNA microarray method capable of detecting nine harmful algal species simultaneously, namely Alexandrium tamarense, Gyrodinium instriatum, Heterosigma akashiwo, Karenia mikimotoi, Prorocentrum donghaiense, Prorocentrum minimum, Ulva compressa, Ulva ohnoi and Ulva prolifera. This method achieved a limit of detection (LOD) of 0.5 ng of genomic DNA (orders of magnitude of the deci-nanogram range) in the tested algae cultures. Altogether, 230 field samples from ship ballast waters and seaport waters were used to evaluate the DNA microarray. The clinical sensitivity and specificity of the DNA microarray assay in detecting field samples were 96.4% and 90.9%, respectively, relative to conventional morphological methods. This indicated that this high-throughput, automatic, and specific method is well suited for the detection of algae in water samples.  相似文献   

扁浒苔PCR 快速检测方法研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

段维军  郭立新  陈先锋  朱水芳  朱文荣 《海洋科学》2012,36(1):30-35

扁浒苔(Ulva compressa)能够导致绿潮灾害,对其开展快速检测技术研究是预防和控制其危害的重要技术手段。根据石莼属不同种类核糖体基因转录间隔区域(ITS)的序列设计了一对检测扁浒苔的特异性引物,并对其反应条件和体系进行了优化。PCR特异性检测结果表明,供试扁浒苔均扩增出与预期大小相一致的330 bp产物,而对缘管浒苔(Ulva linza)、浒苔(U.prolifera)、曲浒苔(U.flexuosae)、孔石莼(U.pertusa)的检测结果全为阴性。PCR灵敏度试验表明,该PCR体系最低可以检测到10 pg的扁浒苔DNA模板。本快速检测方法为扁浒苔的早期识别与有效治理提供了科学依据,对相关扁浒苔产业和生态学等研究也具有一定参考意义。  相似文献   

孔石莼(Ulva pertusa)LAMP-LFD快速检测方法的建立     

周前进  陈先锋  蔡怡  段丽君  段维军  苗亮  陈炯 《海洋与湖沼》2016,47(2):380-389

采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,凭借横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)完成扩增产物检测,建立了可快速检测孔石莼(Ulva pertusa)的LAMP-LFD方法。该方法首先在孔石莼的内转录间隔区序列(internal transcribed spacer,ITS)的8个种内保守区域设计6条特异性引物(上游内引物由生物素标记),进行由生物素标记的LAMP反应;同时,在两条外引物的有效扩增区段内设计1条异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针,生物素标记的LAMP产物与FITC标记的探针特异性杂交后,在LFD上完成结果显示。优化后LAMP的反应条件为63°C反应50min,加上探针杂交与LFD检测共需60min。结果表明,利用该LAMP-LFD方法可特异性地检出孔石莼,对浒苔(Ulva prolifera)等9种常见藻类的检测均呈阴性。利用该方法最低可检测到3.04×10~(–2) pg/μL的孔石莼基因组DNA,是以LAMP外引物进行的常规PCR方法的1000倍。针对一定数量的实际样本的检测结果表明,LAMP-LFD方法与传统的形态学观察的结果一致。因此,本研究建立的孔石莼LAMP-LFD快速检测方法,具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,有望成为我国东部沿海孔石莼快速检测和定期监测的有效技术手段。  相似文献