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转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus) SNP标记开发及多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一, 雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据, 选择其中45个SNP位点, 设计引物63组, 其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测, 21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000, 期望杂合度He的范围为0.276—0.518, 19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区, 其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明, 高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发, 为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。 相似文献
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青岛文昌鱼(Branchiostoma japonicus)采自于青岛沙子口海区,在室内进行周年培育。每月采集样品,经测量、固定以及组织切片观察,研究了其周年卵巢和精巢的发育规律。结果表明,室内培育的文昌鱼一周年内全长没有明显变化,仅体质量在繁殖期即其性腺发育至Ⅴ期时有明显增大(P0.05=,精卵排空后则恢复原来体质量。文昌鱼1 a内在夏季6～7月繁殖1次,能自行排放卵和精子,排空后个体的卵巢或精巢,在适宜的条件下,经历Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ期的发育过程,进行下一轮的性腺发育。文昌鱼精巢在Ⅳ期前先于卵巢发育,两者在Ⅳ期前发育都不同步,精巢处于Ⅳ期时间较长,一般从3月持续到5月,而卵巢处于Ⅳ期一般是在4月～5月。 相似文献
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In order to elucidate the genetic mechanism of growth traits in turbot during ontogeny, developmental genetic analysis of the body weights, total lengths, standard lengths and body heights of turbots was conducted by mixed genetic models with additive-dominance effects, based on complete diallel crosses with four different strains of Scophthalmus maximus from Denmark, Norway, Britain, and France. Unconditional genetic analysis revealed that the unconditional additive effects for the four traits were more significant than unconditional dominance effects, meanwhile, the alternative expressions were also observed between the additive and dominant effects for body weights, total lengths and standard lengths. Conditional analysis showed that the developmental periods with active gene expression for body weights, total lengths, standard lengths and body heights were 15–18, 15 and 21–24, 15 and 24, and 21 and 27 months of age, respectively. The proportions of unconditional/conditional variances indicated that the narrow-sense heritabilities of body weights, total lengths and standard lengths were all increased systematically. The accumulative effects of genes controlling the four quantitative traits were mainly additive effects, suggesting that the selection is more efficient for the genetic improvement of turbots. The conditional genetic procedure is a useful tool to understand the expression of genes controlling developmental quantitative traits at a specific developmental period(t-1→t) during ontogeny. It is also important to determine the appropriate developmental period(t-1→t) for trait measurement in developmental quantitative genetic analysis in fish. 相似文献
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为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。 相似文献
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基于响应面法分析温度和盐度及其交互作用对大菱鲆幼鱼抗氧化酶活性的影响 总被引：3，自引：0，他引：3
为了分析温度和盐度及其交互作用对大菱鲆(Scophthalmus maximus)抗氧化酶活性的影响,作者采用中心组合设计和响应曲面法研究温度(17~23℃)和盐度(20~40)对大菱鲆幼鱼血清超氧化物歧化酶(SOD)活力的效应。结果表明:温度对大菱鲆幼鱼血清SOD活力的线性效应极显著(P0.01),累积效应不显著(P0.05);盐度对大菱鲆幼鱼肠道SOD活力线性效应显著(P0.05),累积效应极显著(P0.01);温度和盐度对SOD活力的互作效应达到显著水平(P0.05)。响应曲面法分析表明,随着温度和盐度的增大,SOD的活力基本上均呈先降后升的趋势。建立SOD活力与温度、盐度及其温度-盐度互作效应的模型方程Y=74.76–9.53 X1+5.31 X2+1.8 X1 X2+5.31 X12+10.53 X22,并据此预测大菱鲆幼鱼血清SOD的活力。对所建模型进行优化,得到SOD活性最低的理论最佳条件为:温度21.84℃,盐度27.97,在此条件下SOD活性值为70.0463 U/mg。 相似文献
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基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。 相似文献
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通过Genome walking方法克隆得到了牙鲆(Paralichthys olivaceus)sox9的基因组全长序列,对其在成鱼各组织的差异表达进行了RT-PCR分析.结果显示:牙鲆sox9基因全长3573 bp,包含3个外显子和2个内含子,编码的蛋白全长478 aa,含有高度保守的HMG结构域;sox9基因在性腺的表达具有两性差异,精巢中的表达明显强于卵巢中的表达,属1个性别相关基因,但其在肝脏、心脏、鳃、脑、眼和胃等多种组织中也有不同程度的表达.据此进一步分析和讨论等sox9基因在牙鲆性腺发育中的作用. 相似文献
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通过基因组步移和3’RACE获得了牙鲆(Paralichthys olivaceus)dmrt1的cDNA全序列,该基因开放阅读框全长909bp,其编码的蛋白具有高度保守的DM结构域,5’UTR区含有性别相关转录因子Sox9和Sox5的结合位点。牙鲆dmrt1基因只在牙鲆的性腺中表达,且在精巢中的表达明显高于卵巢,表明牙鲆的dmrt1可能是一种性别相关基因。同时,对牙鲆的另一性别相关基因P450arom在成体各组织的表达分析结果表明,该基因除在牙鲆的性腺中有表达外,在肾脏、脾脏、鳃和脑等其他组织中也有不同程度的表达。牙鲆P450arom基因在性腺中的表达也存在两性差异,其表达模式与dmrt1的正好相反,在卵巢中的表达量明显高于精巢。 相似文献
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