大黄鱼(Pseudosciaena crocea)转铁蛋白(Tf)基因克隆及序列分析     

李明云  陈炯  张祖兴  管丹东  张呈念 《海洋与湖沼》2007,38(6):563-568

提要应用RNeasy animal mini试剂盒抽提大黄鱼total RNA,逆转录合成模板cDNA;同时综合分析从GenBank数据库查询到已报道的转铁蛋白(Tf)基因序列,先设计并合成扩增引物扩增出大黄鱼转铁蛋白部分基因序列,再应用RACE技术,克隆出大黄鱼转铁蛋白全长cDNA基因,全长2461个核苷酸,编码661个氨基酸。应用WCG软件包,采用DNADIST和NEIGHBOR分析方法,构建了转铁蛋白系统进化树。树图显示与传统的分类地位大致相符,可以看出转铁蛋白在海水鱼和淡水鱼的进化上的差异,同时也显示大黄鱼Tf与真鲷的同源性最高。  相似文献   

牙鲆(Paralichthys olivaceus)秦皇岛弧菌感染症及其病原细菌研究   总被引：1，自引：1，他引：1  

陈翠珍  张晓君  房海  靳晓敏  王秀云 《海洋与湖沼》2006,37(1):35-40

采用病原分离与鉴定、人工感染试验等方法,在对养殖牙鲆病例进行发病情况、病理变化特征检验的基础上,进行病原学检验。结果表明,此病例属于由弧菌属(VibrioPacini1854)细菌引起的败血感染症。经对12株纯培养菌(HQ010712-1—HQ010712-12)进行形态特征、理化特性等表观分类学指征的检验,选择代表菌株(HQ010712-1株)进行16S rRNA基因的测定与系统发育学分析等,判定为弧菌属的一个新种。将HQ010712-1株送中国典型培养物保藏中心(CCTCC)进行了复核鉴定与分类定名,依据分离地定名为秦皇岛弧菌(Vibrioqinhuangdaorasp.nov.);参考菌株为HQ010712-1。  相似文献   

南极菌Pseudoalteromonas sp．S-15-13产胞外多糖的研究及其分子鉴定   总被引：2，自引：1，他引：2       下载免费PDF全文

李江  陈靠山  林学政  李光友 《极地研究》2006,17(2):130-135

本文对影响南极细菌S-15-13生长和胞外多糖产量的主要环境因子进行了研究,同时采用16S rDNA序列分析及系统发育分析方法对其进行了分子鉴定。结果表明：菌株S-15-13最佳产糖条件为：培养时间,56h；培养温度,8℃；碳源,1．0%葡萄糖；NaCl浓度,3．0%；pH,6．0-7．0。16S rDNA序列分析和系统发育分析表明,菌株S-15-13属于假交替单胞菌属(Pseudoaltero- monas)。  相似文献   

中国海洋无脊椎动物分类学与系统演化研究进展与展望     

李新正  寇琦  王金宝  甘志彬  杨梅  龚琳  隋吉星  马林  曲寒雪  初雁凌  曾宥维  王伟娜  张祺  董栋 《海洋科学》2020,44(7):26-70

综述了我国海域无脊椎动物的分类学和系统演化研究的历史和概况，以及我国分类系统学工作者在海洋无脊椎动物分类学、区系与动物地理学、系统发育与分子系统学领域的主要工作，重点介绍了中国科学院海洋研究所的海洋无脊椎动物分类学工作。涉及类群包括原生动物、海绵动物、刺胞动物、线虫、多毛类环节动物、星虫、螠虫、软体动物、节肢动物、苔藓动物、毛颚动物、棘皮动物、半索动物等主要的无脊椎动物门类。涉及海域以我国管辖海域，特别是中国近海为主，也涉及了西太平洋、西南印度洋等深海环境的无脊椎动物类群的分类学报道。本文总结过去，展望未来，对于在我国在海洋无脊椎动物分类与系统演化研究领域成就基础上，发现薄弱环节，研讨今后本学科的发展方向，填补研究空白，赶超本领域国际前沿，都有重要借鉴意义。  相似文献   

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

徐岩  潘红平  阎冰  高霆炜  吴斌  杨明柳 《海洋学报》2019,41(8):63-71

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析，结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%，均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示，14种相手蟹分别为独立有效物种，但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹，没有分别形成2个独立的支系，而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支，再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支，表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源，也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。  相似文献   

青藏高原高寒区生物地理学研究进展     

宋艾  杨久成  丁文娜  刘佳 《冰川冻土》2021,43(3):786-797

近年来,随着DNA测序技术的发展,青藏高原及周边地区的生物地理学研究取得重大成果,从生物演化方面着手探讨了青藏高原隆升历史及其气候效应。综合近年来地质学、古生物学与生物地理学研究进展,我们发现高原及周边地区高寒生物类群的起源和分化时间以及多样性演化过程表明早在渐新世青藏高原部分地区就已经存在高寒生态系统,晚中新世以来青藏高原不同组成部分的地貌与气候格局发生重大改变,高寒生物的祖先类群不断迁入正在生长的高原或在高原上就地演化出适应高寒生境的新物种。晚上新世高寒区物种分化速率快速升高,多样性增加,可能是高原巨大山系和水系以及冰川作用造成地理隔离的结果。同时,生物地理学研究发现青藏高原及周边地区的高寒区与北半球高纬度地区存在密切联系,在第四纪冰期期间并未形成覆盖整个青藏高原的大冰盖,高原面上仍存在很多生物避难所。地质学、古生物学与生物地理学等进行的多学科交叉研究对全方位理解青藏高原隆升历史及其气候效应具有重要意义。  相似文献   

产过氧化氢酶菌株CE-1 的筛选与鉴定     

张增祥  王伟  郝建华  牛瑞  孙谧 《海洋科学》2010,34(11):54-58

经过含H2O2的平板初筛和摇瓶发酵复筛,从保存的水样中筛选到一株过氧化氢酶高产菌株CE-1,其所产过氧化氢酶活性和比活分别为1 356.2 U/mL和3 401 U/mg。菌株CE-1为革兰氏阴性杆状细菌,根据其形态特征、16S rRNA基因序列系统进化树分析和生理生化特性,以及属内不同种间性状差异等因素的综合分析,将菌株CE-1鉴定为气单胞属(Aeromonas)细菌。  相似文献   

帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析          下载免费PDF全文

彭永兴  程汉良  夏德全  吴婷婷  孟学平  吉红九  董志国 《海洋科学》2008,32(1):45-51

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。  相似文献   

条斑紫菜SSU 中内含子分析     

李星辰  徐佳杰  林中姮  沈颂东 《海洋科学》2015,39(3):12-18

根据GenBank中已知的条斑紫菜(Porphyra yezoensis)SSU和LSU r RNA基因序列分别设计引物,分别以混合个体和单个个体的基因组DNA以及c DNA为模板进行扩增,测序分析后推测SSU r RNA基因中的内含子转录后加工可能仍被保留,而在LSU r RNA基因上游序列中没有发现内含子。长511bp的内含子位于SSU r RNA基因序列的上游,其插入位点为TCTGGTG-CCAGCAGCC,内含子5′和3′端的核苷酸序列分别为AAC-和-ATGG。该内含子的剪接位点以及保守区P,Q,R,S与I型内含子是不同的。研究发现,在同种紫菜中,不同个体SSU基因中内含子的有无、分布及结构特征是不同的,说明内含子对于分类是不太适合的。但是内含子的长度以及核苷酸序列在种间又具有一定的特异性,可以为红藻种间以及种内亲缘关系较远的亚种和不同地理群的区分和鉴定提供参考。  相似文献   

基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究     

董鑫  邢坤  隋宥珍  刘海映 《海洋科学》2015,39(7):29-36

为比较中国不同海域口虾蛄(Oratosqilla oratoria)群体的遗传特性, 作者对采自皮口、绥中、青岛和广州4 个海域的口虾蛄群体的线粒体COI基因序列进行扩增和测序, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。获得585bp 的口虾蛄线粒体COI基因序列, 发现变异位点54 个, 占总位点数的9.2%。COI基因序列A+T 含量(64.8%)显著高于G+T 含量(35.2%), 符合节肢动物线粒体DNA 碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84, 碱基替换未达到饱和。100 个样本的线粒体COI基因序列共定义35 个单倍型, 单倍型多样性(Hd)为0.9162, 平均核苷酸多样性(π)为0.0203。4 个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点, 说明4 个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平, 但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA 分析表明, 来自于群体间的遗传差异(84.53%)明显高于来自群体内的差异(15.47%)。遗传分化系数(F_st)表明皮口、绥中、青岛3 个海域间几乎没有发生分化(F_st<0), 而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从GenBank 上下载了19 条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ 系统发育树, 结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支, 广州和粤东(深圳和汕尾)聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。  相似文献