强光照和黑暗条件下刺参体壁的基因表达差异     

张立斌  冯其明  孙丽娜  房燕  徐冬雪  张涛  杨红生 《海洋学报(英文版)》2018,37(5):54-66

参对光照变化非常敏感，研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光（“强光”）、正常光照（“对照”）和完全黑暗（“黑暗”）环境下体壁的基因表达谱情况，通过“对照”与“黑暗”，“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较，在|log₂ ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因（DEGs）。基因本体分析表明，“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多，而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对，发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。  相似文献   

考虑非线性弥散影响的波浪变形数学模型   总被引：3，自引：1，他引：3  

李瑞杰 《海洋学报》2001,23(1):102-108

提出了逼近Kirby和Dalrymple的非线性弥散关系的显式非线性弥散关系的表达式,该显式表达式与他们的非线性弥散关系的精度几乎完全相同.采用显式非线性弥散关系,结合含弱非线性效应的缓坡方程,得到考虑非线性弥散影响的波浪变形数学模型,并对该数学模型进行了数值验证.结果表明,考虑非线性弥散影响的波浪变形数学模型更为精确.  相似文献   

A Compact Explicit Difference Scheme of High Accuracy for Extended Boussinesq Equations     

周俊陶林建国  谢志华 《中国海洋工程》2007,21(3):507-514

Presented here is a compact explicit difference scheme of high accuracy for solving the extended Boussinesq equations.For time discretization,a three-stage explicit Runge-Kutta method with TVD property is used at predicting stage,a cubic spline function is adopted at correcting stage,which made the time discretization accuracy up to fourth order;For spatial discretization,a three-point explicit compact difference scheme with arbitrary order accuracy is employed.The extended Boussinesq equations derived by Beji and Nadaoka are solved by the proposed scheme.The numerical results agree well with the experimental data.At the same time,the comparisons of the two numerical results between the present scheme and low accuracy difference method are made,which further show the necessity of using high accuracy scheme to solve the extended Boussinesq equations.As a valid sample,the wave propagation on the rectangular step is formulated by the present scheme,the modelled results are in better agreement with the experimental data than those of Kittitanasuan.  相似文献   

6-磷酸山梨醇脱氢酶(gutD)基因克隆、测序和表达     

陈启伟  刘广发  邱凤英 《台湾海峡》2004,23(3):314-317

本研究根据6-磷酸山梨醇脱氢酶基因(gutD)两端序列设计引物，以假单胞杆菌(Pseudonmonas XM)的总DNA为模板通过PCR的方法克隆gutD基因并进行序列分析，将克隆得到的gutD基因与原核表达载体pBV220连接并转化大肠杆菌(Escherichia coli)JM101后检测其蛋白表达及菌株生长耐盐性。  相似文献   

Characterization of zebrafish metallothionein gene promoter in a zebrafish caudal fin cell-line,SJD. 1     

Yan CH  Chan KM 《Marine environmental research》2002,54(3-5):335-339

  相似文献   

A cDNA microarray technique applied for analysis of global gene expression profiles in tributyltin-exposed ascidians   总被引：2，自引：0，他引：2  

Azumi K  Fujie M  Usami T  Miki Y  Satoh N 《Marine environmental research》2004,58(2-5):543-546

To analyze global gene expressions, we constructed a cDNA microarray from a basal chordate, the ascidian Ciona intestinalis. Ciona is a cosmopolitan species and a genomic analysis of Ciona revealed that ascidians had approximately 15,500 protein-coding genes. Our "Ciona intestinalis cDNA chip version 1 (Ci cDNA chip ver. 1)" has arrayed 13,400 unique Ciona cDNAs. To establish a detection system for gene expression profiles in wild ascidians using a cDNA microarray, we analyzed gene expressions in the whole body of Ciona adults after exposure to 100 nM tributyltin (TBT) for 24 h. In our preliminary array data using Ci cDNA chip ver. 1, we found more than 200 genes that showed strong differential expressions. These genes encoded proteins that were concerned with stress response, detoxification, oxidoreduction reaction, biosynthesis, and catabolism. This, the first large cDNA microarray of this animal, should facilitate analyses of global gene expressions following exposure to TBT.  相似文献   

沉降监测多项式回归分析与神经网络预测     

田丰  文鸿雁  张静 《海洋测绘》2007,27(4):23-27

使用多项式和切比雪夫(Tchebyshev)多项式分别对沉降监测数据进行回归分析以预测未来沉降值,其中切比雪夫多项式的外推效果较好;应用前向BP神经网络对两种不同的单因子输入模式进行非线性函数逼近,并进行了不同采样步长的比较,实例表明将时间点作为网络的输入对沉降进行预测效果较好。  相似文献   

显式完全平方守恒差分格式在近岸海流数值模拟中的应用     

王斌  季仲贞  李荣凤 《热带海洋学报》1994,(3)

用显式完全平方守恒差分格式及其改进分解算法对南海月平均流和海面起伏进行了数值模拟，与隐式完全平方守恒差分格式相比，计算时间可省３—５倍，具有良好的时间效益，而且，其计算效果不比隐式完全平方守恒差分格式差。因此，显式完全平方守恒差分格式及其改进分解算法具有良好的实用价值。  相似文献   

结构动力反应分析的三阶显式方法   总被引：14，自引：6，他引：14  

张晓志  程岩  谢礼立 《地震工程与工程振动》2002,22(3):1-8

本通过对传统动力反应分析方法的总结，阐明了建立隐式和显式方法的一般思路及数学本质，提出了使用系统位移反向向量三阶导数的隐工和实用显式积分方法－3阶显式方法，分析了该显式方法的精度和稳定性，并对建立更高阶隐式和显式方法以及方法的精度和稳定性作了初步讨论。最后，通过算例对本方法、献[1]方法和经典的常平均加速度法（隐式方法、视为精确解）的精度和稳定性进行了比较分析。结果表明，本方法具有明显的优点。  相似文献   

Time-domain, spectral finite-element approach to transient 2-D geomagnetic induction in a spherical heterogeneous Earth     

Zden&#;k Martinec  Mark E. Everett  Jakub Velímský 《Geophysical Journal International》2003,155(1):33-43

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