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山东近海牙鲆(Paralichthys olivaceus)自然和养殖群体10个微卫星基因座位的遗传多态性分析 总被引：26，自引：7，他引：26
采用微卫星遗传标记技术对山东近海牙鲆自然群体和养殖群体的遗传多样性进行了研究。实验所用牙鲆于2003年5月分别采自山东近海和青岛胶南养鱼场，各20尾，取全血或肌肉组织，以酚-仿抽提方法提取基因组DNA，利用筛选获得的10对微卫星引物进行PCR扩增，反应产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、EB显色，用ImageMasterl D Elite(Version 3．01)软件分析电泳结果，并计算了相应的遗传学参数。结果表明，在自然和养殖群体中，10个基因座位的等位基因平均数(α)分别为6．7和6．1，每个基因座位有效等位基因数(αe)分别为1．8—6．8和2．5—6．7，群体平均杂合度(H)分别为0．8120和0．7310；两个群体间的遗传相似性系数、遗传距离和基因分化系数为0．8558、0．1557和0．0558；自然群体内每个座位上的多态信息含量(PIC)为0．59—0．84、个体识别率(DP)为0．54—0．86、非父排除率(PPE)为0．41—0．72，其累积个体识别率和非父排除率均达到0．9999，表明所选座位属中高识别力的遗传标记，可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。 相似文献
2.
根据自行分离的翘嘴鳜微卫星序列（GenBank登录号：DQ789247-DQ789306）设计并合成20对微卫星引物,对鳜属鱼类4个物种即翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜和暗鳜共80个个体进行了物种鉴定分析.结果表明,20对微卫星引物共检测到293个等位基因,大小在80-301bp之间.它们在4个物种中的多态性位点百分率分别为90%、75%、85%和85%,累积个体识别率和非父排除率均达到0.9999,属于高识别力的微卫星遗传标记系统,可以用来进行鳜属鱼类物种的鉴定分析.UPGMA聚类分析表明,翘嘴鳜与暗鳜之间亲缘关系最近,可归属于第Ⅰ类;大眼鳜为第Ⅱ类;斑鳜独自为第Ⅲ类.本研究可为鳜属鱼类的分类及进化关系、群体遗传结构分析等提供理论支持,为野生原种鳜类遗传多样性的监测和评估以及鳜类优良的种质资源得到合理保护和开发利用奠定基础. 相似文献
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《Limnologica》2017
The signal crayfish Pacifastacus leniusculus (Dana, 1852) is a native species to North America. It was introduced to Europe and Japan where it rapidly spread as an invasive species. In Croatia, it is recorded in the rivers Mura and Drava, where it spread downstream from Slovenia, and in the Korana River, where it has been recently illegally introduced. In the invaded areas, signal crayfish outcompetes native crayfish species. Since the knowledge on the genetic diversity of this invasive species is limited, microsatellite markers and sequences of mitochondrial gene for 16S rRNA were analysed to explore the genetic relations between the two Croatian populations (Mura and Korana rivers) as well as their relation to other already studied European populations. Moreover, 16S rRNA sequence fragments of Croatian samples were compared with those from the native range in the west North America. Morphometric characteristics were also studied to determine if there are significant differences between studied populations and if these are concordant with the genetic analyses results. Also, morphometric data were used to assign Croatian signal crayfish into subspecies classification according to Miller’s discriminant function formula, and to compare claw surface area among Croatian, Japanese and North American populations. Based on the results of morphometric characteristics Croatian samples showed Pacifastacus leniusculus leniusculus-like morphology. Phylogenetic reconstruction based on 16S rRNA, positioned Croatian samples into P. leniusculus sensu Larson et al. (2012). Results on microsatellite markers showed that the genetic diversity of P. leniusculus in the Mura River population is slightly higher compared to the Korana River population, but these two populations do not form separated genetic clusters. This study contributes to the knowledge on genetic variability and morphometric characteristics of signal crayfish in Europe and further understanding of its success as an invasive species. 相似文献
4.
利用15对微卫星标记对人工繁育的岱衢族(DQ1和DQ2)、闽-粤东族(MY1和MY2)及正交(DM1和DM2)和反交(MD和MD21)F2及F3连续两代共8个群体的250个样品进行了遗传多样性及遗传差异检测.15个位点在所有检测群体中均为高度多态,共检测等位基因215个.每个位点的平均等位基因数是8.1-11.7,平均观察和期望杂合度分别是0.598-0.790和0.732-0.794.F2和F3代内的等位基因频率无明显差异(P>0.05),而两代间在15个位点的等位基因频率上存在约34.13%的遗传差异;Fst值检测发现,F2的4个群体间的Fst值是0.028-0.067,平均0.0429,F3的Fst值是0.037-0.068,平均0.0535.经过一代繁殖,F2和F3之间的遗传分歧平均增加了1%(0.0106);群体间的N-J聚类图显示,8个群体虽然聚成一族,但是F2和F3之间的遗传距离有增大的趋势.以上结果表明,随着人工选育力度的加强,岱衢族和闽-粤东族大黄鱼群体间的遗传距离由近及远,遗传分歧有加大的趋势. 相似文献
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黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用40个黄颡鱼微卫星分子标记对吉林省月亮湖野生黄颡鱼(YL,30尾)、四川野生黄颡鱼(SC,30尾)、黑龙江省哈尔滨市松花江段黄颡鱼(SH,18尾)、湖北省荆州市长湖野生黄颡鱼子代(YY,30尾)及其亲本(QQ,30尾)、天津市换新国家级原良种场黄颡鱼1号(TJ,30尾)6个黄颡鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,x2检验估计Hardy-weinberg平衡,采用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源.同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树.6个群体共检测到5042个扩增片段,长度在150-650bp,40个基因座扩增出等位基因数从1-8个不等,共计143个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.575个等位基因.结果显示:(1)6个黄颡鱼群体的多态性指标均适中,PIC在0.00-0.79之间,平均值为0.40、0.37、0.35、0.39、0.35和0.19,有效等位基因数(Ae)1.00-5.44个不等,平均有效等位基因数依次为2.05、2.30、1.93、2.07、1.93和1.47,无偏期望杂合度(He)在0.00-0.83之间,平均值为0.45、0.46、0.36、0.46、0.41和0.23;(2)遗传相似系数YY与QQ遗传相似度最高(0.9947),TJ与SC遗传相似系数最低(0.4846),聚类结果与地理分布呈一定相关性. 相似文献
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罗非鱼4个选育群体遗传结构SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用SSR分子标记分析了吉富品系罗非鱼的两个家系(GF1和GF2)以及奥利亚罗非鱼(Fo)和奥本尼罗罗非鱼(Fn)群体的遗传结构。结果显示,扩增后等位基因数为3～8个,随引物不同而异,14对引物共扩增60个等位基因,扩增片断大小在102～267 bp之间。微卫星分析表明,奥本尼罗罗非鱼(Fn)的平均观测杂合度(0.764 3)和平均期望杂合度(0.519 6)均最高,吉富尼罗罗非鱼(GF1)平均多态信息含量(0.419 5)最高;吉富尼罗罗非鱼(GF2)平均观测杂合度(0.614 2),奥利亚罗非鱼(Fo)的平均期望观测度(0.446 6)、平均多态信息含量(0.359 2)最低;因此,吉富鱼(GF1)的遗传多样性最高,奥利亚的遗传多样性最低。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(D)奥利亚(Fo)和尼罗(Fn)(0.463 4和0.478 9)明显高于吉富的两家系(0.234 1和0.250 0)。Fo与GF2间遗传距离(0.477 0)最大;而GF1和GF2间的遗传距离(0.302 7)最小,遗传相似系数(0.607 3)最大,可推断新一代吉富罗非鱼与本地选育群体有相对较远的亲缘关系,更具杂种优势。 相似文献
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Martin Laporte Zhaojun Shao Patrick Berrebi Mohamed Laabir Eric Abadie Nicolas Faivre Fabien Rieuvilleneuve Estelle Masseret 《Marine pollution bulletin》2014
Alexandrium catenella (group IV) and Alexandrium tamarense (group III) (Dinophyceae) are two cryptic invasive phytoplankton species belonging to the A. tamarense species complex. Their worldwide spread is favored by the human activities, transportation and climate change. In order to describe their diversity in the Mediterranean Sea and understand their settlements and maintenances in this area, new microsatellite markers were developed based on Thau lagoon (France) samples of A. catenella and A. tamarense strains. In this study twelve new microsatellite markers are proposed. Five of these microsatellite markers show amplifications on A. tamarense and ten on A. catenella. Three of these 12 microsatellite markers allowed amplifications on both cryptic species. Finally, the haplotypic diversity ranged from 0.000 to 0.791 and 0.000 to 0.942 for A. catenella and A. tamarense respectively. 相似文献
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大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。 相似文献
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长牡蛎(Crassostrea gigas)微卫星克隆快速分离及特性分析 总被引：22，自引：2，他引：22
采用磁珠杂交选择和PCR筛选法，从长牡蛎DNA选择片段文库中，快速分离含有微卫星序列的阳性克隆。结果表明，在筛选的200个白色菌落中，56个克隆含有重复次数5以上的微卫星序列，其中41个(20．5％)有随机侧翼区，可以进行引物设计，12个缺乏足够的侧翼序列，3个为中断的微卫星序列。此外，还获得两个小卫星克隆。在获得的微卫星序列中，完全的占54．7％，不完全的占20．8％，复合的占24．5％。除探针中使用的CA重复单元外，还观察到CT、ACT、CGCA、CACT、GACT、GCAC、CCTTA和CCTCA的重复序列。微卫星重复次数主要集中在5-30次之间，占71．7％，最高为60次。本研究中构建的长牡蛎(CA)n富集微卫星文库将为以后开发未知微卫星标记提供帮助。 相似文献