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1.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(6)
东太平洋结核区位于东北太平洋,在深海海底含有丰富的多金属结核,而微生物在多金属结核的形成过程中发挥着重要的作用。本研究通过DY29航次获得了该区域多个实验样品,包括结核、结核覆盖的沉积物、无结核覆盖的沉积物和底层海水,并对这些样品进行了细菌的分离培养和活性检测。结果表明,东太平洋结核区拥有丰富的微生物资源,共分离保藏细菌1 200株,其中402株细菌完成16SrRNA基因测序,分属于4个门,65个属和135个种。4个门分别为变形菌门(Proteobacteria,占81.59%)、放线菌门(Actinobacteria,占8.21%)、厚壁菌门(Firmicutes,占8.21%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,占1.99%);优势属为盐单胞菌属(Halomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、亚硫酸盐杆菌属(Sulfitobacter)等。两种沉积物样品中可培养放线菌门和厚壁菌门的细菌丰度较高,结核中分离得到的细菌包含较高比例的α-变形菌纲,4种样品类型中γ-变形菌纲的细菌均占最大比例。对结核样品分离得到的细菌进行酶学性质检测发现具有过氧化氢酶及酯酶(吐温20和吐温40)活性的菌株所占比例较高,并首次筛选出一些未报道的具有锰氧化能力的菌株。综合以上结果,东太平洋结核区不同样品的可培养细菌多样性较高,微生物资源丰富,而具有锰氧化能力菌株的分离鉴定对研究深海多金属结核的形成及深海矿产资源的开发都具有重要的意义。 相似文献
2.
冬季刺参养殖环境与肠道内细菌菌群的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
运用传统细菌分离培养与分子生物学技术相结合的方法,对2008年11月至2009年1月冬季刺参(Apostichopus japonicus Liao)养殖池塘环境(养殖水、底泥、附着基)及刺参肠道内的细菌菌群进行了分析。应用平板稀释涂布培养计数法测得刺参养殖池塘水体、底泥、附着基和肠道细菌数量分别为0.75×102～1.4×104cfu/mL、8.7×104～8.1×105cfu/g、3.8×105～2.8×106cfu/g、7.1×105～1.5×107cfu/g;根据形态学差异从培养所得的细菌中筛选得到22株菌,用限制性内切酶Rsa I和Msp I对所分离菌株进行ARDRA(Amplified rDNA Restriction Analysis)分析,这22株菌被分为8种不同的分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU),其中OTU2与OTU3所包含的菌株分别占分离菌株种数的30%和20%;此外,作者对不同环境培养所得的优势度最高的细菌进行分子鉴定分析。结果表明:水环境中优势菌为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)及巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium),沉积物中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、施氏假单胞菌(P.stutzeri)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis),附着基中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis),灿烂弧菌(Vibrio splendidus),肠道中优势菌为巨大芽孢杆菌(B.megaterium)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis),灿烂弧菌(V.splendidus)、施氏假单胞菌(P.stutzeri)。通过对冬季刺参池塘细菌菌群多样性分析和优势菌鉴定,为筛选低温益生菌和防治刺参疾病提供了有益参考。 相似文献
3.
针对长江口10个站位样品,采用HM培养基和ZMCA培养基分离培养耐(嗜)盐菌,通过PCR方法获取156株细菌的16S rDNA序列。其中,由HM培养基分离获得136株菌株,可划分为33个分类单元(OUT),分属α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)的芽孢杆菌纲(Bacilli)3个类群,其中γ-变形菌纲为优势耐(嗜)盐细菌;靠近海岸的站点M5-1,N6-2和M4-1耐(嗜)盐细菌均属于厚壁菌门,而远离海岸的站点耐(嗜)盐细菌均属于变形菌门。以ZMCA培养基分离获得的20株菌株分属α-变形菌纲和放线菌纲(Actinobacteria),可划分为10个OTU。由HM培养基分离获得的菌株中,70.5%属于耐盐菌,29.5%属于中度嗜盐菌;由ZMCA培养基分离获得的菌株均为耐盐菌。HM培养基分离得到的136株细菌的硝酸盐和亚硝酸盐还原性分析表明,亚硝酸盐还原菌数量仅为硝酸盐还原菌的1/3左右。 相似文献
4.
一株深海中等嗜热嗜酸菌的分离及鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
从太平洋热液区样品中分离纯化到一株中等嗜热嗜酸菌,命名为TPY。文中对该菌株的形态、生理生化特征1、6S rDNA序列以及亚铁和单质硫氧化活性进行了研究。TPY菌株为短杆状,革兰氏阳性菌,大小为(0.3~0.5)μm×(1~3)μm;最适生长温度为50℃,最适生长pH值为1.8;该菌既能利用亚铁盐、单质硫自养生长,也能利用酵母粉、葡萄糖、蛋白胨和甘油等有机物异养生长;TPY菌与Sulfobacillus acidophilus(AB089842)的16S rDNA序列高度相似,其同源性为99%。这些结果表明,TPY菌是一株来自深海的嗜酸硫化芽孢杆菌(Sulfobacillus acidophilus),该菌的成功分离将有助于对太平洋热液区微生物种群结构的全面了解。同时,TPY菌对亚铁和单质硫的良好氧化能力显示出其在生物浸矿中的应用潜力。 相似文献
5.
山东省渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
海洋微生物在生态系统循环中发挥重要作用。为系统了解山东省渤海海洋保护区表层海水微生物群落多样性,作者利用Illumina高通量测序及生物信息学分析技术研究了12个水体样本的菌群构成和多样性特征。实验结果表明,山东渤海海洋保护区典型海域表层海水微生物群落丰富,12个水体样品OTU分属于25门、56纲、103目、163科、227属;门、纲、目、科、属分类等级上的优势类群分别为变形菌门(Proteobacteria)(57.95%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(21.88%)、黄杆菌目(Flavobacteriales)(4.31%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)(10.68%)、Candidatus portiera(7.94%);保护区内表层海水微生物具有其独特的菌群特征和多样性。本研究结果为进一步认识海洋微生物多样性与海洋生态环境保护的关系奠定了基础。 相似文献
6.
为获得琼胶酶活性高产菌株,对采集的海水样品进行了产酶微生物的分离、筛选和鉴定。经过平板培养预筛和两次摇瓶培养筛选,从浙江省舟山市普陀区近海海水样品中分离到一株琼胶酶产生菌G-5,该菌株液体培养产酶活力可达到413.8 U/mL。G-5菌株的菌落呈乳白色、半透明、表面湿润;菌体革兰氏染色阴性,大小0.58~0.69μm×1.50~2.26μm;光学显微镜下呈短杆状,略有弧形。G-5菌株的16S rDNA序列与NCBI数据库中15个弧菌属(Vibrio)菌株的16S rDNA有98%的同源性,可以确定G-5菌株是一株弧菌(Vibrio sp.)。 相似文献
7.
本文研究了2008年7月黄海冷水团海域可培养细菌的多样性。AODC和DVC计数总菌数和活菌数分别为(1.3~4.8)×105/mL和(0.6~1.6)×105/mL;2216E平板以菌落计数法可培养细菌浓度为(0.56~2.2)×103cfu/mL。从分离到的475株中选取163株进行16S rDNA扩增,并用HhaⅠ酶进行ARDRA(扩增性rDNA限制酶切片段分析)多态性分析,取114株不同带型测序。结果显示,冷水团细菌归为4个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Acti-nobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),共24个属,其中包括α-,β-,γ-变形菌纲;非冷水团细菌也归为这4个门类,共15个属,但未分离到β-变形菌纲。γ-变形菌纲在冷水团和非冷水团区域的不同深度都是优势菌群,不同的是冷水团区域α-变形菌纲比例较高(26.8%),而非冷水团区域α-变形菌纲比例相对较低(15.6%)。这表明黄海冷水团和非冷水团区域细菌多样性都很丰富,但其群落组成和优势菌群有所不同。此外,16S rDNA测序结果表明,6株细菌可能为海洋细菌新种。 相似文献
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于2013年4月从宁德患内脏白点病大黄鱼(Pseudosciaena crocea)中分离得到两株优势菌NZBD9和NZBD11, 这两株菌在16—19°C条件下回归感染能引起大黄鱼内脏白点病, 而在7—10°C和24—27°C条件下同样的人工感染不能致病, 从而证实这两株菌为大黄鱼内脏白点病的病原菌。经16S rDNA基因的测序和时间飞行质谱微生物鉴定仪分析, NZBD9 和NZBD11同为变形假单胞菌。药敏性实验结果显示NZBD9对庆大霉素、诺氟沙星和四环素等7种药物高度敏感。组织病理学观察结果显示病鱼的肝脏、脾脏、头肾等组织中均出现明显病症, 如变性和坏死。 相似文献
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于2013年4月从宁德患内脏白点病大黄鱼(Pseudosciaena crocea)中分离得到两株优势菌NZBD9和NZBD11,这两株菌在16—19°C条件下回归感染能引起大黄鱼内脏白点病,而在7—10°C和24—27°C条件下同样的人工感染不能致病,从而证实这两株菌为大黄鱼内脏白点病的病原菌。经16S rDNA基因的测序和时间飞行质谱微生物鉴定仪分析,NZBD9和NZBD11同为变形假单胞菌。药敏性实验结果显示NZBD9对庆大霉素、诺氟沙星和四环素等7种药物高度敏感。组织病理学观察结果显示病鱼的肝脏、脾脏、头肾等组织中均出现明显病症,如变性和坏死。 相似文献
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带鱼(Trichiurus lepturus)在低温条件运输和贮藏过程中,易受微生物和内源性蛋白酶的影响而产生胺类和醛类物质导致腐败。为了研究低压变频电场对微冻带鱼在贮藏过程中的微生物群落特征,采用Miseq基因组测序技术,对贮藏至40d的舟山带鱼的微生物群落进行碱基信息测序。将产生的碱基序列通过OTU聚类、多样性分析、相关性分析等手段分析了影响带鱼保鲜效果的微生物群落组成和发育信息。在此基础上,研究了不同强度电场(0,2,2.5,3 kV/m)处理对带鱼微生物群落组成的影响。根据菌属相对丰度结果,推测希瓦氏菌属(Shewanella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)是带鱼微生物腐败主要致腐菌。结果表明,40 d后,经3 kV/m处理的样品其OTU6嗜冷菌属和OTU13假单胞菌属c的相对丰度均小于1%,而且OTU7、OTU14、OTU8、OTU9等菌属未被OTU聚类。结果表明,经3kV/m电场强度的低压静电场处理的抑菌保鲜效果最好,表现为在贮藏过程中杂菌种类最少,样本微生物群落物种丰度和多样性均最低,腐败程度最低。 相似文献
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Characterization of bacterial community structure in vestimentiferan tubeworm Ridgeia piscesae trophosomes 总被引：1，自引：0，他引：1
Terminal‐restriction fragment length polymorphisms (T‐RFLPs) were used to address the question whether there are multiple phylotypes of bacteria within the trophosome of the vestimentiferan tubeworm Ridgeia piscesae in addition to the known endosymbiont. Clone libraries were constructed to aid in the identification of the additional bacterial phylotypes. Individual R. piscesae specimens were collected from Juan de Fuca Ridge, Axial Caldera and Explorer Ridge, Magic Mountain. Clone library analyses revealed only one bacterial phylotype (expected R. piscesae endosymbiont) within the Explorer Ridge trophosomes. However, the Axial Caldera clone library revealed five operational taxonomic units (OTUs). Three of the resulting phylotypes detected (designated RAE) were putative thioautotrophic symbionts within the γ‐Proteobacteria which belonged to the anticipated endosymbiont group (RAE OTU 1), the Maorithyas hadalis symbiont II group (RAE OTU 3), and the Halothiobacillus group (RAE OTU 4). The remaining two phylotypes were most likely opportunistically derived. RAE OTU 5 was an α‐Proteobacterium within the Roseobacter group and RAE OTU 2 was within the Cytophaga–Flavobacterium–Bacteroidetes. T‐RFLP analyses revealed that all 15 trophosomes evaluated contained at least RAE OTUs 1 and 4. Five of the 15 trophosomes contained at least RAE OTUs 1, 3, and 4 and two of the trophosomes contained at least five RAE OTUs. Cluster analysis of the T‐RFLP data revealed three distinct clusters. The number of taxa within the trophosome may be an indication of the general health of the tubeworm. This study strongly suggests that we have discovered and identified more than one bacterial phylotype within the trophosome of vestimentiferan R. piscesae. 相似文献
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Ecohydrographic constraints on biodiversity and distribution of phytoplankton and zooplankton in coral reefs of the Red Sea,Saudi Arabia 
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下载免费PDF全文 Benjamin Kürten Hisham S. Khomayis Reny Devassy Saskia Audritz Ulrich Sommer Ulrich Struck Mohsen M. El‐Sherbiny Ali M. Al‐Aidaroos 《Marine Ecology》2015,36(4):1195-1214
An integral concept of ecological research is the constraint of biodiversity along latitudinal and environmental gradients. The Red Sea features a natural example of a latitudinal gradient of salinity, temperature and nutrient richness. Coral reefs along the Red Sea coasts are supported with allochthonous resources such as oceanic and neritic phytoplankton and zooplankton; however, relatively little is known about how the ecohydrography correlates with plankton biodiversity and abundance. In this article we present the biodiversity of phytoplankton and zooplankton in Red Sea coral reefs. Oceanographic data (temperature, salinity), water samples for nutrient analysis, particulate organic matter, phytoplankton and zooplankton, the latter with special reference to Copepoda (Crustacea), were collected at nine coral reefs over ~1500 km distance along the Red Sea coast of Saudi Arabia. The trophic state of ambient waters [as indicated by chlorophyll a (Chl a)] changed from strong oligotrophy in the north to mesotrophy in the south and was associated with increasing biomasses of Bacillariophyceae, picoeukaryotes and Synechococcus as indicated by pigment fingerprinting (CHEMTAX) and flow cytometry. Net‐phytoplankton microscopy revealed a Trichodesmium erythraeum (Cyanobacteria) bloom north of the Farasan Islands. Several potentially harmful algae, including Dinophysis miles and Gonyaulax spinifera (Dinophyceae), were encountered in larger numbers in the vicinity of the aquaculture facilities at Al Lith. Changes in zooplankton abundance were mainly correlated to the phytoplankton biomass following the latitudinal gradient. The largest zooplankton abundance was observed at the Farasan Archipelago, despite high abundances of copepodites, veligers (Gastropoda larvae) and Chaetognatha at Al Lith. Although the community composition changed over latitude, biodiversity indices of phytoplankton and zooplankton did not exhibit a systematic pattern. As this study constitutes the first current account of the plankton biodiversity in Red Sea coral reefs at a large spatial scale, the results will be informative for ecosystem‐based management along the coastline of Saudi Arabia. 相似文献
13.
真核微生物是海洋生态系统中生物多样性高且功能重要的组成部分,但因个体微小且形态特征不明显,传统的分类学方法很难全面评估其多样性。环境DNA结合高通量测序技术为真核微生物多样性研究提供了可靠技术支撑,然而采水量对于评估寡营养海域浮游真核微生物多样性的影响仍知之甚少。本研究在吕宋海峡及菲律宾海盆中设置5个采样点,每个站点各取4个10 L表层海水样品用于真核微生物高通量测序分析。对各站每个重复所获得的真核微生物多样性进行研究,并分析了采水量与真核微生物OTU数量、群落结构及优势种和稀有种之间的关系。研究发现,采水量和真核微生物OTU数量之间呈正相关关系,10 L水所获得的平均OTU数量为40 L水的64%,20 L水可获得82%,30 L水为92%。10 L样品所获得的群落多样性指数显著低于30 L和40 L样品检获的群落,而20 L样品与30 L和40 L样品在多样性指数上无显著差异。随着采水量增加,更多的稀有OTUs被检获,而丰富OTUs数量变化不明显。但统计分析显示,10 L与40 L组样品检获的真核微生物群落结构无显著差异。因此,综合考虑样品的可得性和现场处理时间,最低20 L的采水量可用于评估这一寡营养海域的真核微生物多样性和群落结构特点。 相似文献
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岛礁珊瑚砂环境中存在着大量未被培养和利用的微生物资源, 微生物多样性研究是了解微生物生态功能、开发和利用微生物资源的基础。文章采用多种寡营养培养基选择性分离南海岛礁珊瑚砂中的可培养细菌, 共获得纯培养细菌菌株349株, 通过16S rRNA基因序列分析, 发现它们隶属于4门(Actinobacteria、Proteobacteria、Firmicutes和Bacteroidetes)、6纲、26目、43科、73属、134种, 可培养细菌的优势类群为放线菌门, 占所有分离菌株数量的60%; 而且还发现18个16S rRNA 基因序列相似性低于97%的潜在新种。本研究使用改良优化的寡营养培养基进行分离, 较好地显示出样品中微生物的群落组成, 且获得了大量潜在的稀有新物种资源。研究结果表明, 岛礁珊瑚砂样品的可培养细菌资源十分丰富、细菌群落所涉及的生态功能完整、潜在新种比例较高, 为后期岛礁微生物资源挖掘打下了良好的基础, 也为后期开发应用积累了丰富且稀有的菌种资源。 相似文献
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射阳河口互花米草入侵对大型底栖动物群落的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
2008年11月至2009年10月,在盐城自然保护区射阳河口滩涂分别于潮间带、潮上带和潮沟中设置互花米草区与非米草区2类对照样地(共6类生境),按月份取样来研究大型底栖动物群落特征的差异,探讨互花米草入侵对底栖动物的影响。共发现大型底栖动物22种,隶属3门4纲17科,其中软体动物13种,节肢动物6种,环节动物3种。米草区和非米草区的物种组成不同,各生境在不同月份大型底栖动物的物种数、密度、生物量和Shannon-Wiener多样性指数均在不断波动,在潮间带上述指标均为In>Ig,潮上带除密度外均为Sn>Sg,潮沟边滩除个别月份外均为Cg>Cn;3类互花米草生境中大型底栖动物群落各项指标月间变动趋势基本一致(仅个别月份例外),均表现为Cg>Sg>Ig,互花米草生境存在共同的优势种,但数量有一定的差异。分别对潮间带、潮上带和潮沟中互花米草区与非米草区2类对照样地的物种数、密度、生物量以及Shannon-Weiner多样性指数H’进行生境-月份间无重复双因素方差分析,结果显示潮间带2类对照样地各项指标在生境间差异均极显著,月份间差异均不显著;潮上带2类对照样地各项指标生境间存在极其显著的差异(除密度外),月份间差异显著(除多样性外);潮沟2类对照样地生境间差异显著(除生物量外),月份间差异均显著。研究结果表明不同生境中的互花米草对底栖动物的影响不甚相同:潮间带互花米草的入侵降低了大型底栖动物的物种数、密度、生物量和多样性;潮沟米草的入侵提高了大型底栖动物的物种数、密度和多样性;而潮上带米草入侵对大型底栖动物的各指标影响不一。 相似文献
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白令海和楚科奇海表层沉积物中多环芳烃降解微生物多样性 总被引：4，自引：0，他引：4
为了研究白令海(海盆及陆架)至楚科奇海陆架表层沉积物中多环芳烃(PAHs)降解菌的多样性,并获得新的PAHs降解菌资源。在GC-MS分析沉积物中PAHs种类和含量的基础上,以萘、菲和芘的混合物为唯一碳源和能源对表层沉积物样品进行富集,通过平板分离鉴定可培养菌株,并验证其降解能力;同时利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和Illumina高通量测序技术分析降解菌群结构。GC-MS测定结果表明,14个表层沉积物中PAHs总干质量介于32.99~276.97ng/g。富集菌群中共分离获得51株可培养细菌,平板纯培养、PCR-DGGE及Illumina测序结果均表明,菌群中优势的降解菌是γ-proteobacteria的Marinobacter,Pseudoalteromonas,Pseudomonas和Actinobacteria门的Dietzia菌。此外,Illumina测序结果还表明14个降解菌群在菌群结构组成上,可分为海盆区和陆架区两种类群;同时检测到一些低丰度的海洋专属PAHs降解菌,如Cycloclasticus,Alteromonas和Neptunomonas等。本文结果将加深对白令海及楚科奇海表层沉积物中PAHs降解菌资源与生物多样性的认识。 相似文献
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Isolation and phylogenetic assignation of actinomycetes in the marine sediments from the Arctic Ocean 总被引：2，自引：0，他引：2
Actinomycetes in five marine sediments collected from the Arctic Ocean at depths of 43 to 3 050 m were cultivated using a variety of media. A total of 61 actinomycete colonies with substrate mycelia only were observed, and no colonies with aerial mycelia were observed under aerobic conditions at 15 ℃. From these colonies, 28 were selected to represent different morphological types.Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was used to check the purity of isolates and select representatives for subsequent sequencing. Phylogentic analyses based on nearly full-length 16S ribosomal RNA gene (rDNA) sequences indicated that the actinomycetes isolated were accommodated within genus Rhodococcus of family Nocardiaceae, genus Dietzia of family Dietziaceae,genera Janibacter and Terrabacter of family Instrasporangiaceae and genera Kocuria and Arthrobacter of family Micrococcaceae. One of the strains (P27-24) from the deep-sea sediment at depth of 3 050 m was found to be identical in 16S rDNA sequence(1474/1474)with the radiation-resistant Kocuria rosea ATCC 187T isolated from air. More than halfofthe isolates showed the similarities ranging from 99.5% to 99.9% in 16S rDNA sequence to dibenzofran-degrading, butyl 2-ethylhexanoate-hydrolysising and nitrile-metabolizing actinomycetes. All the strains isolated were psychrotolerant bacteria and grew better on the media prepared with natural seawater than on the media prepared with deionized water. Three of them (Dietzia sp. P27-10, Rhodococcus sp. S11-3 and Rhodococcus sp.P11-5)had an obligate growth requirement for salt, confirming that these strains are indigenous marine actinomycetes. 相似文献
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1 IntroductionRibulose-1, 5-bisphosphatecarboxylase/oxyge-nase(RubisCO)isthem ostim portantenzymeforpho-tobiosynthesis. Itcatalyzesboth thereduction ofCO2and the oxygenolysisofribulose-1, 5-bisphosphate.Asthemostabundantproteinonearth (Ellis, 1979),RubisC… 相似文献