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1.
文蛤属(Meretrix)16S rRNA基因及ITS1序列的系统学分析 总被引：8，自引：5，他引：8
利用线粒体16SrRNA基因片段及核糖体DNA转录间隔区ITS1序列分析的方法,以近缘属的青蛤(Cyclinasinensis)为外群,对文蛤属的文蛤(M.meretrix)、丽文蛤(M.lusoria)、帘文蛤(M.lyrata)和斧文蛤(M.lamarckii)4种贝类进行了系统学研究。经ClustalX多重比对及DNAsp软件分析后,用PAUP4.0分析软件,计算出种间序列的碱基转换/颠换频率,利用邻接法NJ构建系统发育树。结果表明,帘文蛤与该属其他三种的分歧时间较早,两类序列与其他种类间的相对遗传距离分别在0.25866—0.28218和0.15644—0.20104之间。文蛤与丽文蛤间的16SrDNA及ITS1序列间的遗传距离仅为0.04805和0.04201,拓扑结构图显示关系很近,并且二者的分布区大面积重叠,其序列间的转换/颠换频率接近种内单元型(haplotype)间的序列变化,鉴于它们的贝壳形态有一定差别,应归为同一个种内的不同地理亚种比较恰当。 相似文献
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利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。 相似文献
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6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
对文蛤(Meretrix meretrix L.,1758)、青蛤(Cyclina sinensis G.,1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L.,1758)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis L.,1874)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata R.,1850)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A.,1850)6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤(大连、连云港、湛江、防城港)的细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A+T含量(62.2%~67.6%)明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COI基因片段序列为标记,用大竹蛏(Solen grandis)作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COI基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记. 相似文献
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龙须菜5.8S rRNA和ITS区的克隆与系统学分析 总被引：4，自引：0，他引：4
研究青岛产龙须菜居群内的遗传多样性和系统学分类,通过对龙须菜居群内不同个体的5.8S rRNA-ITS区(包括ITS1-5.8S rRNA-ITS2)进行PCR扩增和序列分析,得到扩增DNA片段长度均为1 066 bp,包含完整的ITS1(250 bp)、5.8S(159 bp)和ITS2(657 bp);利用GenBank数据库对Cracilaria(江蓠属)和Gracilariopsis属共20个物种的rRNA-ITS相应序列进行了比较和系统进化分析.结果表明,龙须莱和江蓠科19个物种中rRNA的5.8S区的长度和序列非常保守,而ITS区的长度和序列则变异较大,20种江蓠科物种的遗传距离在0.013～0.596之间,龙须菜在5.8S rRNA-ITS区特性上相比江蓠属物种与Gracilariopsis属物种更为相似;采用UPGMA法构建了这20种江蓠科物种的系统发育树;分析结果表明青岛产龙须菜的居群内不存在遗传差异,且应属于Gracilariopsis属,并且在江蓠科中较早分化,而龙须菜处于Gracilariopsis属中比较古老的位置. 相似文献
5.
利用生物压片技术,通过形态学和解剖学方法,对采自我国沿岸海洋的仙菜科红藻(Ceramiaceae,Rhodophyta)进行了分类学研究,发现了我国仙菜科新记录属——盖氏藻属(新拟名)Gayliella T.O.Cho,L.McIvor et S.M.Boo。该属目前在我国共有5个种,即短毛盖氏藻(新拟名)Gayliella pmbriatum (Setchell et N. L. Gardner). T. O. Cho et S. M. Boo、优美盖氏藻(新拟名) Gayliella βaccidum (Kützing) T. O. Cho et L. McIvor、泰式盖氏藻(新拟名) Gayliella taylorii (E. Y. Dawson) T. O.Cho et S. M. Boo、马沙盖氏藻(新拟名) Gayliella mazoyerae T. O. Cho, Fredericq et Hommersand和横轴盖氏藻(新拟名) Gayliella transversalis (Collins et Hervey) T. O. Cho et Fredericq,其中前3个种为由仙菜属Ceramium归并的物种,后2个为我国的新记录种。本文对此2个新记录种进行了详细的形态学描述,并讨论了它们与中国已报道的横列仙菜Ceramium gracillimum间的关系。该研究结果丰富了我国海洋仙菜科的物种多样性。 相似文献
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近来的研究表明,一些所谓的环球或环极地分布的广布种实际上包含着一些局限性分布的隐存种,物种多样性可能被低估。本文采用形态学和DNA条形码技术相结合的方式,对印度洋和西北太平洋海域的龟螺属(Cavolinia)和小龟螺属(Diacavolinia)的种类进行了分类学研究和物种鉴定。结果表明,线粒体16S rRNA基因数据不支持小龟螺属形态种的划分,分布于西北太平洋的D. grayi、D. vanutrechti、D. pacifica、D. elegans、D. angulosa等多个形态种可能属同一个种,即长吻小龟螺(D. longirostris)。COI基因数据也不支持钩龟螺(C. uncinata)亚种和变形的划分。许多形态特征不能作为种或种下分类单元的区分依据。钩龟螺、球龟螺(C. globulosa)和长吻小龟螺在COI系统树中均形成2个地理支系,其内部可能存在隐存种。西北太平洋海域长吻小龟螺的核基因组中存在线粒体假基因,对DNA条形码分析产生严重干扰。 相似文献
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红壳色文蛤选育子代各壳色的形态分化及养殖效果的比较 总被引：2，自引：0，他引：2
以红壳色为目标性状,于2009年进行了文蛤(Meretrix meretrix)的群体选育研究,建立了红壳色选系子一代(Fl),对子一代壳色种类、分布频率及其数量性状进行了统计、测量和分析,并对各壳色的形态、生长速度做了研究.结果表明,文蛤壳色具有多态性,红色、黄色、白双、黄双、波纹的分布频率分别为75.58%、8.55%、0.53%、14.83%、0.50%.红壳色亲本的子代中出现红色∶花色=3∶1,符合孟德尔遗传模式.聚类分析与欧氏距离矩阵结果表明,文蛤波纹与黄色遗传距离最近,白双与黄双遗传距离相近,与红壳色的遗传距离最远.主成分分析显示白双文蛤与黄双文蛤在空间分布上相对重叠,波纹文蛤与黄色文蛤具有较高的重叠率,而红壳色文蛤相对分散,从而进一步说明5种壳色文蛤的遗传距离关系.经过1a同池养殖,子代壳长多数已达到10～30 mm,红壳色文蛤的日生长率为0.20%,花壳色文蛤的日生长率为0.18%,且红壳色文蛤的相对比较生长速度比花壳色文蛤快10.41%.红壳色文蛤选育子代的壳长与壳宽、壳高、粒重存在一定的回归关系.红壳色文蛤壳长对壳宽、壳高、粒重的回归方程分别为:y1=0.502 4x1-0.556 0(R2=0.992 0)、y3=0.8103x3+0.620 0(R2=0.995 6)、y5=0.000 3x25.9029(R2=0.991 9),花壳色文蛤壳长对壳宽、壳高、粒重的回归方程分别为:y2=0.495 3x2-0.419 2(R2=0.990 9)、y4=0.798 5x4+0.793 5(R2=0.995 6)、y6=0.000 4x26.845 8(R2=0.993 4).研究结果为文蛤的红壳色定向选育奠定了理论基础. 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(8)
本研究基于线粒体DNACOI及核DNARAG2基因部分序列分析了印度-太平洋金线鱼科4属15种鱼类分子系统进化关系,综合2基因序列采用最大似然法构建了系统进化树。研究获得15种金线鱼科鱼类COI基因序列651bp及RAG2基因序列726bp,2基因片段均不存在插入与缺失。构建的进化树上,(1)15种金线鱼科鱼类种内不同个体间均聚为一支,形成物种内的单系,节点支持率为100%。(2)金线鱼科4个属主要分成2个分支,金线鱼属与锥齿鲷属聚为一支,眶棘鲈属与副眶棘鲈属聚为另一支,与形态分类一致。(3)对于金线鱼属物种间的聚类情况,六齿金线鱼与深水金线鱼,印度洋金线鱼与金线鱼,苏门答腊金线鱼与日本金线鱼均紧密聚成姐妹分支,红金线鱼与姬金线鱼分类地位较为原始,位于上述金线鱼大分支的基部。而该物种间聚类结果与Mohd在形态上根据尾鳍上下叶的长度性状把金线鱼分成2大组群的结果不同。对于该分歧是由于分子进化速率与表型进化速率不一致导致,还是体色斑纹、鳍条数等性状不能作为区分金线鱼属鱼类分类关系的有效指标,还需今后进一步的研究。 相似文献
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基于16S rRNA序列初步探讨贻贝属的系统发育 总被引：2，自引：0，他引：2
通过比较贻贝属5个物种包括中国的两种贻贝的线粒体16S rRNA基因部分序列,来初步确定它们的系统发育关系和了解中国沿海两种贻贝的遗传多样性情况.以Perna viridis为外群,采用NJ法和MP法构建分子系统树.系统发育分析表明,5种贻贝(Mytilus californianus, M. corcuscus, M. galloprovincialis, M. edulis, M. trossulus)在系统树上依次进行分叉,呈放射状.M. californianus最为原始,M. corcuscus次之.每一个贻贝物种都形成单系.其中,M. edulis和M. trossulus是非常相似的,M. corcuscus和M. californianus的亲缘关系近.同时发现,我国沿海分布的紫贻贝(M. galloprovincialis)和厚壳贻贝(M. corcuscus)的遗传多样性都较高,但厚壳贻贝的遗传多样性要低于紫贻贝,可能是由于厚壳贻贝过度被渔民开采等导致厚壳贻贝群体大小降低的缘故.这里系统发育分析为将来进行物种进化、迁移和育种方面的比较研究提供理论基础. 相似文献
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采用双向电泳技术,对浙江乐清无花纹和有花纹文蛤外套膜的全蛋白进行了研究,并利用质谱和软件对差异蛋白进行了分析。经PDQuest软件分析,在pH4—7,分子量14.3—200kD之间,无花纹文蛤样品中检测到682±24个蛋白质点,有花纹样品检测到600±35个蛋白质点,平均匹配率为84.5%。研究结果显示,两种文蛤共有256个点存在差异表达,这些差异点可能与贝壳的颜色和花纹形成有关。其中98个点为无花纹文蛤特有,57个点为有花纹文蛤特有,另有101个点在表达量上存在两倍以上差异。在无花纹贝壳中发现分子量为42kD左右,等电点为6.4左右,与库蚊的肌动蛋白(分子量为41.7kD,等电点为5.3)匹配率较高;分子量为29kD,等电点为5.6,与飞鱿的肌动蛋白(分子量为29kD,等电点为5.25)匹配率较高的两个蛋白质。在有花纹文蛤中发现了分子量为27kD左右,等电点为4.8,与丽文蛤属的肌浆钙结合蛋白(分子量为20.8kD,等电点为4.98)匹配率较高。 相似文献
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沙菜属Hypnea海藻作为提取卡拉胶的原料之一, 具有重要的经济价值。但由于该属物种地理分布广泛, 表型可塑性强, 且缺乏详细的解剖学特征, 故有关其物种鉴定也就一直存在争议。本文利用冷冻切片技术, 通过形态学和解剖学方法, 对2013—2014年采自粤东汕头的沙菜属海藻进行了形态特征描述。经鉴定, 该地区沙菜属共有4种, 分别为密毛沙菜Hypnea boergesenii、裸干沙菜H. chordacea、长枝沙菜H. charoides和冻沙菜H. japonica。通过对这几种沙菜进行了较详细的内、外部结构特征分析, 给出了它们在国内外的地理分布及习性等信息, 并对沙菜属的科级分类系统(沙菜科Hypneaceae/赤叶藻科Cystocloniaceae)划分以及密毛沙菜是否为独立物种进行了讨论。 相似文献
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采用GC-MS联合二维核磁的方法,对文蛤均多糖结构进行解析。运用双酶辅助水提的方法,提取文蛤粗多糖(MMPX),分离纯化得到文蛤均多糖,并通过气质联用技术(GC-MS)和核磁共振波谱(1D,2D NMR),对文蛤均多糖的结构进行了分析。结果表明,从文蛤中提取得到文蛤粗多糖(MMPX),经分离纯化得到高纯度文蛤均多糖Fr.2A,其单糖组成为葡萄糖(Glc)。GC-MS分析发现,Fr.2A存在三种残基单元1,4-Glcp、T-Glcp和1,4,6-Glcp,摩尔比为5.58︰1.26︰1.0;核磁共振波谱分析表明,Fr.2A是以α-(1→4)与少量α-(1→6)连接为主链,并存在少量的α-(1→6)和β-(1→4)支链的新型水溶性D型吡喃葡聚糖。 相似文献
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从文蛤体中分离纯化得到了抗癌多肽,研究该多肽对N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶(NAGase)活力的影响,结果显示文蛤抗癌多肽对该酶有明显的抑制作用.在本文中,我们将深入地研究其抑制作用机理和抑制效应类型,结果表明:随着文蛤多肽加入量的增大,该酶活力呈指数下降,测得导致酶活力下降50%的抑制剂浓度(IC50)为112.9 μg/cm3,该多肽对酶的抑制作用是一种可逆过程,抑制机理表现为混合型抑制类型,对游离酶(E)的抑制常数(KI)和酶-底物络合物的抑制常数(KIS)分别为77.03和697.44μg/cm3,说明文蛤抗癌多肽与游离酶的结合导致酶活力的丧失,明显的强于对酶-底物络合物的抑制效应,底物的存在对该酶被文蛤抗癌多肽抑制作用起了保护作用. 相似文献
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本文为中国海缨鳃虫科(多毛纲、缨鳃虫目)的麦缨虫属Megalomma物种的报道。除模式种麦缨虫M.vesiculosum(Montagu,1815)外,异眼麦缨虫M.heterops Rerkins,1984和双眼麦缨虫M.bioculatum(Ehlers,1887)为我国首次记录。麦缨虫属MegalommaJohansson,1927Type speciesAmphitrite ve 相似文献
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本文为中国海缨鳃虫科(多毛纲、缨鳃虫目)的麦缨虫属 Megalomma 物种的报道。除模式种麦缨虫 M.vesiculosum (Montagu, 1815)外, 异眼麦缨虫 M.heterops Rerkins,1984和双眼麦缨虫 M.bioculatum (Ehlers, 1887)为我国首次记录。 相似文献
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根据2012—2013年秋、春两个航次在南沙群岛西南部海域探捕调查数据,系统整理了调查海域鱼类物种组成并分析其季节更替,通过计算调查海域鱼类相对重要性指数(IRI)、分类阶元包含指数(TINCLi)以及分类学多样性指数(Δ~+和∧~+),初步探讨了该海域鱼类分类多样性现状。结果显示,调查海域鱼类共有27目104科206属340种,其中鲈形目种类数目占绝对优势。当采用IRI≥500标准定义优势种时,秋季优势种有2种,春季有4种,不同季节鱼类优势种存在差异,并且主要鱼种的季节更替现象明显。分类阶元包含指数分析结果显示,鱼类物种组成中,目、科、属各分类阶元包含各低级分类阶元的平均数目分别为(3.85、7.63、12.59),(1.98、3.27)和(1.65)。调查海域Δ~+值和∧~+值分别为66.3和100.2,其中Δ~+值高于大亚湾(62.2)和北部湾(63.5),最接近于东海陆架区(65.7)。研究结果显示南沙群岛西南部海域鱼类分类多样性目前并未发生显著变化,但仍应关注人类活动对该海域鱼类多样性的影响。 相似文献
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研究了热带西太平洋雅浦Y3海山冬季和马里亚纳M2海山春季网采浮游植物群落结构,对调查区浮游植物的物种组成、优势种类、细胞丰度以及多样性指数进行了分析。结果表明,两个海山区共鉴定浮游植物4门50属219种,其中硅藻门30属106种,甲藻门17属112种,蓝藻门1属2种,金藻门2属3种。两个航次研究区浮游植物优势种均以链状硅藻如根管藻(Rhizosolenia)、半管藻(Hemiaulus)和角毛藻(Chaetoceros)等属的种类为主,此外太阳漂流藻(Planktoniella sol)、铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii)以及部分角藻(Ceratium)物种优势度也比较明显。Y3海山区浮游植物细胞丰度介于1.60～16.61 cells/L,平均值为5.02 cells/L; M2海山区浮游植物细胞丰度介于1.36～10.20 cells/L,平均值为4.12cells/L。两个海山区浮游植物细胞丰度的分布趋势均受硅藻影响较大,甲藻细胞丰度相对较低。在属的水平上,角毛藻、根管藻、角藻和半管藻等属的细胞丰度对两个海山区浮游植物总细胞丰度的贡献较大。多样性指数方面, Y3海山区浮游植物群落香农-威纳指数H′(shannon-wiener index)介于3.95～4.69,平均值为4.30; M2海山区浮游植物群落香农-威纳指数介于3.23～4.46,平均值为3.83。两个海山区浮游植物群落多样性指数均处于较高水平,但站位间的变化不明显。目前,关于热带西太平洋海山区浮游植物群落结构的研究还非常缺乏,亟需后续研究的补充。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(11)
本研究选用DNA条形码的通用基因片段,采用特异性扩增测序及与GenBank已有序列结合分析的方法,进行了鲻科(Mugilidae)6属17种鱼类的COI基因片段的序列比较、分子树构建和系统进化研究。研究表明,在所得的17种鲻科鱼类共有的555bp COI基因片段中平均GC含量为46.9%。其中,第二密码子位点含量最高(49.8%~56.2%),平均54.9%;第一密码子变化范围最大(31.9%~48.6%),平均42.9%;第三密码子差别不显著(42.5%~43.4%),平均42.7%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P),17种鲻科鱼类种内遗传距离的平均值为0.004 5,种间遗传距离为0.191,是种内遗传距离的42倍。在分子系统树上,所有物种均呈单系,5属为独立分支,只有隶属于梭属(Liza)的尖头梭(Liza tade)与莫鲻属(Moolgarda)聚类,表现出与传统形态学分类不一致的结果。本研究结果验证了线粒体COI基因作为DNA条形码对鲻科鱼类进行物种鉴定的有效性,可用于辅助探讨鲻科科下属、种分类阶元系统发育问题。 相似文献