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1.
【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 相似文献
2.
【目的】通过转录组测序分析雌激素(17β-Estradiol,E2)对雌性金钱鱼下丘脑中基因表达的影响。【方法】E2体注射后进行雌性金钱鱼下丘脑转录组测序,基因功能注释,差异基因筛选、鉴定,GO(Gene Ontology annotation)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测E2体注射后雌性金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。【结果】雌性金钱鱼下丘脑转录组测序共测得Clean reads为190909756,注释到17687个基因,筛选和鉴定了22个差异表达基因,包括prl、erf3α、pgr和cyp19a1b等11个表达上调基因和chsy1、muc17l、prf1和hla-α等11个下调基因。通过KEGG功能富集分析发现差异基因涉及13个代谢通路。转录组和qPCR结果显示,与对照雌鱼相比,E2注射组雌鱼下丘脑中prl、pgr、cyp19a1b和3β-HSDI的表达显著上调,而生长轴相关基因ghrh、sst1、sst3、sst5和sst6的表达未受影响。【结论】E2通过反馈作用调节下丘脑中部分性类固醇激素合成通路相关基因的表达,但不影响生长相关基因的表达。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】筛选(Pinctadamartensii)金黄壳色选育群体植核后免疫相关基因与代谢通路。【方法】利用转录组对植核前后马氏珠母贝的血细胞进行转录组建库及测序分析。【结果和结论】分别获得61.78×106和62.68×106个高质量转录组数据,且映射到参考基因组的平均映射率分别为70.16%和67.82%。与植核前相比,植核后分别有2 925个和3 097个基因显著上调和下调(差异倍数≥2,校正后P≤0.001),其中包括免疫相关基因凝集素、Toll样受体,热休克蛋白等。对差异基因进行GO分类分析,分为基因的分子功能、细胞组分、生物过程3个大类,并细分为11个子类别,其中结合和催化功能的基因较多。KEGG分类分析差异基因,可将基因参与的KEGG代谢通路分为6个分支,细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病(仅限动物)、代谢、有机系统。KEGG富集结果显示,差异表达基因显著富集到免疫相关通路胞质DNA感应途径、白细胞跨内皮迁移等免疫通路。 相似文献
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【目的】探索波吉卵囊藻胞外滤液对铜绿微囊藻的抑制机理。【方法】采用Illumina平台,对使用BG11培养基(对照组)和波吉卵囊藻胞外滤液(实验组)培养的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,并对部分差异表达基因进行qRT-PCR验证。【结果】与对照组相比,波吉卵囊藻胞外滤液处理后的铜绿微囊藻组中筛选1483个表达差异显著的基因,其中上调表达基因788个,下调表达基因695个。GO功能分析将差异基因划分为35个子类别,包括催化活性、结合、代谢过程、细胞过程、膜、膜部分等。KEGG通路分析中,所有差异基因聚集在108个通路,其中84个差异基因注释在代谢功能类别中,而氧化磷酸化通路富集最显著。氧化磷酸化通路中,相关基因表达以上调为主(26个DEGs,20个上调,6个下调)。qRT-PCR验证结果与转录组测序结果的表达变化趋势一致。【结论】波吉卵囊藻滤液引起铜绿微囊藻氧化磷酸化途径上基因表达上调,ATP合成效率提高。 相似文献
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【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。 相似文献
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【目的】研究雌激素相关受体(Estrogen-related receptor,ERR)在雌性罗氏沼虾生殖过程中的功能。【方法】通过注射双链RNA(Double-strandedRNA,dsRNA)干扰罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)ERR的表达,对干扰组和对照组的卵巢样本进行转录组测序,筛选与生殖相关的差异表达基因,并通过qPCR检测它们在卵巢发育过程中的表达。【结果】注射ERR-dsRNA后,卵巢中ERR mRNA和ERR蛋白的表达显著下降。ERR-dsRNA干扰组和对照组卵巢转录组测序获得的差异表达Unigene中,9条被富集到生殖GO条目,3条被富集到生殖过程GO条目,21条被富集到卵母细胞减数分裂Pathway条目。这些生殖相关的Unigene中差异倍数较大的有9条,经qPCR验证,5条在ERR干扰组和对照组间的表达差异有统计学意义。这5条Unigene中有3条在卵巢发育过程中的表达差异有统计学意义,其中2条(CL7112.Contig4_All和Unigene4600_All)与卵母细胞减数分裂有关,1条(CL4888.Contig2_All)与生殖相关激素的合成及释放有关。【结论】ERR可通过调控卵母细胞减数分裂和生殖相关激素的合成与释放调控罗氏沼虾卵巢发育。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2016,(6)
采用甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP)检测马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)近交(F1)与杂交(Z1)家系闭壳肌的DNA甲基化修饰水平,对部分甲基化修饰片段进行回收、测序和注释分析。结果表明:使用20对引物进行选扩增PCR,最终F1和Z1分别获得(632.20±22.58)和(588.60±25.09)条条带,差异显著(P0.05);F1和Z1之间的组织甲基化水平分别为(9.93±1.60)%和(8.04±1.25)%,差异显著(P0.05)。对回收片段进行注释,F1家系共获得9条甲基化修饰片段,其中8条为功能蛋白,分别为E3泛素连接酶、逆转录病毒多聚蛋白、神经肽受体、交叉结点核酸内切酶、磷酸糖器、苯丙氨酸解氨酶、隐花色素蛋白、脆性位点相关蛋白;Z1家系共获得5条甲基化修饰片段且均为功能蛋白,分别为脆性位点相关蛋白、神经元乙酰胆碱受体α亚基、无调性的同源蛋白、麦芽糖酶、甲基胞嘧啶双加氧酶。初步阐明马氏珠母贝近交家系F1与杂交家系Z1间的DNA甲基化修饰水平和部分具甲基化修饰位点。 相似文献
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初始体重(0.27±0.01)g的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)分别于盐度2和30中饲养56 d,采用抑制性消减杂交技术构建低渗胁迫诱导的凡纳滨对虾肝胰脏差异表达基因消减cDNA文库。消减杂交效率分析显示,正反向消减文库差异表达的基因各富集大约25和25~10倍。从正反向两个文库中随机挑选200个阳性克隆进行测序(正向文库80个,反向文库120个),共获得179条序列长度大于100 bp的ESTs序列,经CAP3在线拼接程序得到73条Unigenes(19条contigs和54条singlets)。生物学信息分析表明,这些Unigenes所代表的相应基因的功能包括免疫相关蛋白、代谢相关蛋白、核蛋白、细胞凋亡和转移蛋白。这些基因信息表明,凡纳滨对虾在低盐胁迫诱导所导致的生理变化非常复杂,构建的差异表达cDNA文库可较好地反映低盐胁迫对凡纳滨对虾影响的基因信息。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2020,(3)
【目的】研究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)血细胞基因组DNA的甲基化修饰情况及其在脂多糖(LPS)刺激后的变化,为探究甲基化修饰在珍珠贝免疫防御中的作用提供理论基础。【方法】运用甲基化敏感扩增多态性法(MSAP)分析马氏珠母贝血细胞(正常养殖贝)以及注射LPS后(6、12、24 h)基因组CCGG位点甲基化的修饰水平变化,并对甲基化修饰位点进行回收测序。【结果】共获得1 102个清晰可辨的DNA条带,其中全甲基化位点条带215个,半甲基化位点条带127个,非甲基化位点条带760个。对照组血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰比例为23.76%,注射LPS后,甲基化比例为28.10%～48.25%,注射6 h时最低,12 h时最高;对特异性片段测序后,经Blast比对,得到5条存在甲基化修饰的基因序列,其中2条具有注释信息,分别是干扰素调控因子(Interferon regulatory factor)和磷脂酶BL2(Putative phospholipase B-like 2)。【结论】马氏珠母贝血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰参与调控LPS诱导的免疫反应,在免疫防御中发挥重要作用。 相似文献