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潮间带污泥中厌氧发酵产氢混合菌群组成与 Fe-氢酶基因多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自天津海水浴场潮间带的污泥为研究材料,将污泥热休克处理后富集混合菌群进行厌氧发酵产氢,测定混合菌群在发酵过程中累积产氢量和相关产氢指标(吸光度、酸碱度和氧化还原电位)的变化。结果表明,热休克处理后富集的产氢混合菌群产氢量为0.41mol H2/mol葡萄糖。产氢结束后,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析混合菌群组成和Fe-氢酶基因的多样性。混合菌群基因组DNA的16S rRNAV3区扩增产物经过DGGE电泳分离,结果得到6条丰度比较高的条带,测序结果表明优势菌为Clostridium sp.。利用梭菌氢酶基因保守性引物克隆混合产氢菌群中梭菌Fe-氢酶基因,扩增产物经DGGE电泳分离,电泳结果表明混合菌群中Fe-氢酶基因分为3个分类单元,NCBI-BLAST比对结果与Clostridium roseum和Clostridium perfringens的Fe-氢酶基因相似度分别为79%和98%。分析产氢混合菌群组成和Fe-氢酶基因多样性,可以为扩大产氢微生物种质资源奠定基础。 相似文献
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红树林混合发酵产氢菌群中梭菌属Fe-氢酶基因(hydA)的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用间歇产气试验方法对红树林淤泥中的混合菌群进行产氢菌群富集,并对混合产氢菌群发酵产氢过程中发酵液的pH值和氧化还原电位(ORP)的变化进行分析.此外,在产氢速率最高时段,发酵液中菌群经过常规的基因组提取,分别采用通用的梭菌属Fe-氢酶基因和16S rRNA基因引物进行PCR扩增,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析.结果发现产氢菌群中至少有6种,而Fe-氢酶基因只含有一种.将Fe-氢酶基因的扩增片段切胶纯化之后,经PCR重新扩增、纯化,克隆测序.NCBI序列比对结果表明,该片段序列与产气荚膜梭菌Fe-氢酶基因的序列相似性达99%.根据已知产气英膜梭菌Fe-氢酶基因序列设计引物,经两轮PCR扩增获得Fe-氢酶基因全序列.混合菌群中Fe-氢酶基因GenBank数据库的登录号为EU590683.此外,采用Bioedit和Mega2软件构建了Fe-氢酶的NJ系统进化树,结果表明该Fe-氢酶基因与产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)聚为一类.推测的氨基酸序列与产气英膜梭菌的相应序列相似性达97%-99%.PfamHMM结构域查找结果发现,此氢酶含有五个结构域,分别为1个2Fe-2S铁硫簇结合区域、2个4Fe-4S结合区域、Fe-氢酶大亚基和Fe-氢酶小亚基. 相似文献
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产复合酶菌株Pseudomonas sp.NJ197产酶发酵条件的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
从南极普利兹湾深海900m的沉积物中筛选到一株同时产多种低温复合酶的菌 株NJ197,作者对其进行碳源、氮源、无机盐、起始pH值、培养时间、接种量等发酵条 件的优化实验．实验结果证明,在以0．5％可溶性淀粉为碳源,以0．5％豆饼粉为氮 源,无机盐:0．424％NH4H2PO4、0．075％K2HPO4、0．02％MgSO4、0．5％CaCO3,起始 pH值8．5,接种36h种龄的种子10％,20℃、250r／min的条件下在旋转摇床中培养 72h,产复合酶菌株产脂肪酶和淀粉酶活性最高．最佳的生理条件下复合酶中的碱性 脂肪酶和淀粉酶的产量分别提高到22．4U／cm3和30．9U／cm3,该产复合酶菌株可以 作为诱变育种、基因工程菌改造的出发菌株,在洗涤和制革工业中有良好的应用前 景． 相似文献
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两种光强条件下亚心形扁藻各生长阶段的产氢能力 总被引：1，自引：0，他引：1
海洋亚心形扁藻(Platymonas subcordiformis)在光照生长后,经过暗培养诱导其可逆产氢酶,然后转移到光照下可产生氢气。在300 mL产氢反应器中对海洋亚心形扁藻产氢情况的考察表明,不同的光强条件可导致扁藻产生不同的生长曲线,而在不同的培养阶段,扁藻的产氢能力也有很大的差别。其他培养条件相同,高光照强度(E=13000 lx)条件下,扁藻生长较快,而且可以获得更大的产氢能力,300 mL密度为3×106个/mL、叶绿素质量浓度为5.8 mg/L的藻液最大产氢浓度可达17.5%,比低光照强度(E=5000 lx)时提高了32%,叶绿素含量降低了61%。根据产氢前后以及暗诱导后扁藻生理状态的考察结果,可以推测出是不同生长阶段扁藻的生理状态差异导致了其产氢能力的变化。 相似文献
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褐藻酸降解菌A7的发酵及产酶条件研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以海藻废弃物堆肥中分离到的薄壁杆菌属（Gracillibacillus）的褐藻酸降解菌A7为研究对象,对该菌的生长及产酶条件进行了研究。结果表明,该菌的最适产酶条件为：温度30℃,海藻酸钠的质量分数0．5％,pH9．5,NaCl浓度0．5mol／L,以蛋白胨为主要氮源。在最佳条件下培养96h达到最高酶活力12．79U／mL。 相似文献
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高产壳聚糖酶菌株的筛选和发酵产酶条件研究 总被引：12，自引：1，他引：12
为探讨专一性地降解甲壳质或壳聚糖的甲壳质酶或壳聚糖酶 ,从采集的土样中分离到 4株产壳聚糖酶能力较强的菌株 ,经摇瓶复筛 ,菌株YJ0 2产酶能力最强。对其发酵产酶条件的研究结果表明其产酶最适培养基组分为 (% ,w/v) :粉末壳聚糖 2 .0 ,葡萄糖 0 .1,NH4NO3 1.0 ,酵母提取物 0 .5 ,K2 HPO40 .0 7,KH2 PO40 .0 3 ,NaCl0 .5 ,MgSO4·7H2 O 0 .0 5 ,起始 pH 6.0。最适产酶培养条件是 :5 0 0mL三角烧瓶装瓶量为 15 0mL ,2 .0 % (v/v)接种量 ,3 0℃ ,15 0r/min培养 72h。在最适产酶培养条件下 ,72h时菌株YJ0 2发酵液中壳聚糖酶活力可达到 17.0 4U/mL。 相似文献
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在10℃恒温培养条件下,从第29次南极科学考察获得的南极深海沉积物样品中分离筛选到产脂肪酶细菌3株,产脂肪酶真菌1株,对其进行分子生物学鉴定,确定为假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas arctica）、芽孢杆菌属（Bacillus pumilus）、Glaciecola sp.以及白冬孢酵母属（Leucosporidium sp.）.通过测定各酶的最适反应温度,获得产低温脂肪酶芽孢杆菌XZ18,该菌所产脂肪酶最适反应温度为30℃,在0℃仍有部分活性.从NaCl浓度和pH值2个条件对产酶条件进行研究,最终确定了该菌最适产酶NaCl浓度5.0%、最适产酶pH值为6,最高产酶量为4.65 U/cm3.通过PCR扩增,获得了脂肪酶全长序列,对该序列进行系统发育分析,发现该脂肪酶基因处于较独立的分支. 相似文献
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对海洋来源的Vibro sp．QY102的产褐藻胶裂解酶的发酵条件进行研究。结果表明，该菌株最适液体培养基成分为（w／v）：0．5％褐藻酸钠；0．4％蛋白胨；0．3％KH2PO4；0．7％K2HPO4·3H2O；2％NaCl；0．01％MgSO4·7H2O，pH=6．0。按3％的接种量接入培养基，30℃150r／min振荡培养120h，产酶达到10．2u／mL，为优化前的4．5倍。Mg^2＋是该菌株产酶所必需的，这在其他褐藻胶裂解酶生产菌株中未见报道。该菌株产酶发酵条件的研究，为褐藻胶裂解酶的大规模制备及应用奠定了基础。 相似文献
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Dinoflagellates are unicellular eukaryotic protists that dominate in all coastal waters, and are also present in oceanic waters. Despite the central importance of dinoflagellates in global primary production, the relationship between dinoflagellates and bacteria are still poorly understood. In order to understand the ecological interaction between bacterial and dinoflageUates communities, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and SSU rRNA sequencing were applied to monitoring the population dynamics of bacteria and dinoflagellates from the onset to disappearance of a dinoflagellates bloom occurred in Baltimore Inner Harbor, from April 15 to 24, 2002. Although Prorocentrum minimum was the major bloom forming species under the light microscopy, DGGE method with dinoflagellate specific primers demonstrated that Prorocentrum micans, Gymnodinium galatheanum and Gyrodinium uncatenum were also present during the bloom. Population shifts among the minor dinoflagellate groups were observed. DGGE of PCR-amplified 16S rRNA gene fragments indicated that cyanobacteria, α, β, γ-proteobacteria, FlavobacteriumBacteroides-Cytophaga (FBC), and Planctomcetes were the major components of bacterial assemblages during the bloom. DGGE analysis showed that Cytophagales and α-proteobacteria played important roles at different stages of dinoflagellates bloom. DGGE can be used as a rapid tool to simultaneously monitor population dynamics of both bacterial and dinoflagellates communities in aquatic environments, which is demonstrated here. 相似文献
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Masahiko Nishimura Kumiko Kita-Tsukamoto Kazuhiro Kogure Kouichi Ohwada Usio Simidu 《Journal of Oceanography》1993,49(1):51-56
Fluorescent oligonucleotide probes were used to detectVibrio cholerae directly under epifluorescence microscope. The probe which is complementary to the specific 16SrRNA sequence ofVibrio cholerae was labelled with Texas-Red, whereas the universal probe was labelled with Fluorescein. These probes allowed the distinctionVibrio cholerae from other eubacteria under the same microscopic field. In order to detect and enumerate specific bacteria in natural seawater, this method was combined with the direct viable count (DVC) technique. The combined method increased intracellular rRNA levels in the sample, and made it possible to detect the target bacteria with the specific gene probe. The applicability of this new method was confirmed both for the laboratory mixed culture system and natural seawater. 相似文献
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在相同的分离培养条件下,为比较地域差别较大的福建海域海绵动物(山海绵Mycale sp.和网架海绵Stylissa sp.)和海南海域海鞘动物(皱瘤海鞘Styela plicata和乳突皮海鞘Molgula manhattensis)之间可培养放线菌多样性的差异,作者采用5种放线菌分离培养基和1种细菌通用培养基,对海绵和海鞘中的放线菌进行分离培养。采用16S rRNA 基因限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)分析和序列分析,揭示其多样性。共获得可培养放线菌198株,其中从海绵中分离到87株放线菌,从海鞘中分离到111株放线菌。RFLP分析表现为38种不同的图谱类型。16S rRNA基因序列分析表明,从海绵中分离到的放线菌包括6个放线菌属,其中有2株菌的16S rRNA基因序列与最相近的菌株相似性低于97%,可能是潜在的新菌株;从海鞘中分离到的放线菌包括7个放线菌属,有8株可能是潜在的新菌株。比较海绵和海鞘中可培养放线菌的多样性发现,从海绵中分离到的放线菌,除节细菌(Arthrobacter)以外,均包括在海鞘分离的放线菌属中。海鞘相关放线菌多样性水平不容忽视,是除海绵之外另一获得新型放线菌资源以及药用天然活性产物的重要来源。 相似文献
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A Nel BI Pletschke CLW Jones J Kemp G Robinson PJ Britz 《African Journal of Marine Science》2017,39(2):183-192
The effect of kelp Ecklonia maxima inclusion in formulated feeds on abalone growth and gut bacterial communities has not been previously investigated in South Africa. An eight-month on-farm growth trial was conducted with sub-adult Haliotis midae (～43 mm shell length) fed graded levels of kelp in formulated feeds. Kelp inclusion (0.44–3.54% of pellet dry mass) promoted faster growth (65.7–74.5% total mass gain), with better feed and protein conversions (apparent feed conversion ratio [FCR] 1.4–1.8, apparent protein efficiency ratio [PER] 2.3–2.7), as compared with the non-supplemented feed (52.3% total mass gain, FCR 2.1, PER 1.9; p < 0.001). Abalone-gut bacterial DNA was sequenced using 16S rRNA gene pyrosequencing and the sequences were clustered into operational taxonomic units (OTUs) at a 97% similarity level. A supplementary 16S rRNA gene denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis was employed. The dominant OTUs differed in terms of their relative abundances, with an autochthonous Mycoplasma strain being significantly more abundant (p = 0.03) in the gut of abalone fed a kelp-supplemented feed. The DGGE band patterns displayed higher within-group variability for abalone fed the control diet, suggesting that dietary kelp inclusion promotes gut-bacteria homeostasis. This may contribute to better feed utilisation and growth in abalone fed kelp-supplemented feeds. 相似文献
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本研究采集了分布在西太平洋的石斑鱼亚科10属共40种鱼类,采用PCR扩增及测序技术获得所有样品16S rRNA、COI基因部分序列,利用最大似然法构建系统进化树并分析。结果表明:40种鱼类COI基因为651 bp,编码227个氨基酸,16S rRNA基因同源序列566 bp,序列存在一定的碱基插入与缺失,各物种16S rRNA基因序列变异比COI要少,序列较为保守。构建的系统进化树上,在本研究的石斑鱼亚科10个属中,鳃棘鲈属分类地位最原始,位于进化树基部,6种鳃棘鲈能聚成一个单系;烟鲈属与九棘鲈属关系较近,两者聚为一支,侧牙鲈属的进化地位介于鳃棘鲈属与九棘鲈属之间;石斑鱼属的进化地位最高,位于进化树顶部,形成两个平行分支,但是石斑鱼属种类未能聚成一个单系;驼背鲈属、鸢鮨属、下美鮨属、光腭鲈属及宽额鲈属均未能形成独立分支,而是与石斑鱼属种类聚在一起,显示其与石斑鱼属有很近的亲缘关系,部分可能是石斑鱼属的特化类群。 相似文献
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对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。 相似文献
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从胶州湾海洋异养细菌同小球藻(Chlorella vulgaris)的共存体系中,分离出6株形态特征差异较大的异养细菌,并做变性凝胶梯度电泳(Denature Gel Gradient Electrophoresis,DGGE)分析.其中一株对小球藻的生长有较大的促进作用,而其余菌株则没有明显的效果.6株细菌能在小球藻产生的胞外溶解有机物(Dissolved Organic Mate rials,DOM)溶液中生长良好,共存细菌对提高菌藻体系对无机营养盐的吸收具有较大的贡献. 相似文献
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One strain of unicellular greenish algae embedded by mucilage was successfully isolated from equatorial area in the Indian Ocean. Microscopic observation, ultrastructure features and genetic identification confirmed that the strain was closely related to Cyanothece sp., which was a cyanobacteria species with great ecological significance.Cells were solitary with oval or bacilliform shapes. Diameters of this strain were relatively small, ranging from 2.5 to 6.5 μm on average. Ultrastructure of cells was simple. Thylakoids were arranged parietal and keritomized content were observed in the thylakoid region. Various electron-transparent granules with low electron-dense region as well as cyanophycin or glycogen granules-like organelle and carbonxysomes were also observed. For pigment composition, the dominant pigments were chlorophyll a, β-Carotene, Zeaxanthin and an unknown pigment, contributing 23.8%, 26.1%, 14.7% and 15.7% to total pigments respectively. The phylogenetic analysis of16 S rRNA gene and nif H gene confirmed that Strain EIO409 was closely related with Cyanothece sp.. 相似文献
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为研究高效产氢菌株成团泛菌(Pantoea agglomerans)BH-18中依赖型磷酸甘油酸变位酶(cofactor-dependent phosphoglycerate mutase, dPGM)与产氢之间的关系,本研究根据GenBank上已登录的肠杆菌中编码 dPGM的基因序列设计一对引物,从细菌基因组 DNA中克隆得到编码 dPGM基因的完整开放阅读框,其长度为753 bp,编码250 aa。采用BLAST对其与NCBI GenBank中的核苷酸序列进行比较分析,结果表明该基因保守性相对较高,与肠杆菌科众多菌株中的 dPGM 基因相似性达100%。采用Bioedit和Mega4软件构建NJ系统进化树,结果表明成团泛菌BH-18的dPGM氨基酸序列与Enterobacter asburiae的dPGM聚为一类,而与成团泛菌属中其他菌株的该蛋白关系较远, dPGM的氨基酸序列在属内不保守。最后,根据已获得的基因序列设计引物,采用RT-PCR的方法分析了成团泛菌BH-18产氢过程中dPGM基因的转录情况,结果表明dPGM基因的转录与产氢呈正相关,依赖型磷酸甘油酸变位酶是产氢过程中的关键酶。 相似文献