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1.
为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系。结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021—0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离在0.000—0.009之间,平均0.004。其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍。同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2%)。基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因。同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致。 相似文献
2.
中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
3.
在整理广东珠海高栏岛潮下带的螺类样品时，发现两不同形态类型的织纹螺，一类型鉴定为西格织纹螺（Nassarius siquijorensis），另一类型与前者在内唇和外唇形态上存在明显差异但其他特征基本相同。比较了两类型个体的齿舌形态，并对选取的5个个体的COⅠ基因序列进行了研究。结果表明，两类型个体的齿舌形态基本一致，齿列数53—66排，中央齿上缘小齿8—12枚；COⅠ基因序列存在较大的变异，709bp的DNA片段上共有40个位点变异，其中38个变异位点为密码子第三位碱基，个体间的碱基差异在2—35bp之间；贝壳变异与DNA变异不存在关系，同类型的个体在DNA序列上差异较大，不同类型个体的差异却极小；在基于COⅠ基因序列构建的系统树中两类型的个体明显聚为一支。依据5条COⅠ基因核苷酸序列推导的氨基酸残基序列完全相同。齿舌形态和分子生物学证据都证实两种类型的个体同属于西格织纹螺。 相似文献
4.
轮螺科(Architectonicidae)是一类成体螺壳右旋而面盘幼虫螺壳左旋的腹足类,其面盘幼虫在国内一直被误定为强卷螺属(Agadina)种类,归在螔螺科(Limacinidae)中。本文基于线粒体16SrRNA基因序列和胚壳的形态特征,对轮螺科面盘幼虫进行了物种鉴定。结果表明,根据胚壳壳顶和脐孔的形态特征,面盘幼虫可大致分为2种明显不同的形态类型:形态类型I的个体壳扁,壳顶凹陷,脐孔形状规则,圆而深;形态类型II的个体壳顶突出,脐孔形状不规则,浅或深,肛区龙骨有或无。GMYC(GeneralizedMixedYuleCoalescent)和ABGD(AutomaticBarcodingGapDiscovery)分析显示,轮螺科面盘幼虫16S rRNA基因的50种单倍型形成19个分子可操作分类单元(molecular operationaltaxonomic units,MOTUs),同一MOTU的幼虫具有相同的胚壳形态。其中,11个MOTUs中的幼虫属于形态类型I,8个MOTUs中的幼虫属于形态类型II。此外,不同MOTUs的面盘幼虫,其软体部黑色幼体器官(Black Larval Organ)的位置和大小也不同。根据研究结果推测,轮螺面盘幼虫的形态具有种或属特异性。轮螺科面盘幼虫单倍型形成的MOTU数量明显多于国内目前已记录的物种数,其种类多样性可能被低估。基于16SrRNA序列能直接鉴定到种的仅Psilaxisradiatus和配景轮螺(Architectonica perspectiva)2种。本文也从分子水平订正了国内长期以来的分类错误。 相似文献
5.
节织纹螺(Nassarius hepaticus)贝壳差异的COⅠ基因分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选择在厦门港市场购买的节织纹螺(Nassarius hepaticus),挑选五种典型贝壳形态,每种形态各5个个体,研究其COⅠ基因序列及其分子系统发育。结果表明,节织纹螺五种贝壳类型的齿舌形态基本一致,但个体间齿列数和中央齿上缘小齿数有差异;COⅠ基因序列存在较大的变异,678—679bp的片段上有31个变异位点,其中20个为密码子第三位碱基,6个为密码子第二位碱基,5个为密码子第一位碱基;贝壳、齿舌变异与DNA变异不存在关系,同类型和不同类型的个体在DNA序列上差异较小,根据Kimura 2-parameter法计算25个个体的遗传距离在0.001—0.010之间,平均值为0.007。以COⅠ基因序列计算的遗传距离和构建的系统发育树证实五种贝壳形态的25个个体同属于节织纹螺。 相似文献
6.
《热带海洋学报》2017,(6)
为提高毛颚动物鉴定的准确性,进一步探索毛颚动物箭虫纲箭虫科各属的系统发育地位,文章采用形态学鉴定与DNA条形码技术相结合,对南海北部采集的部分箭虫种类进行鉴定,并初步探讨其系统分类地位。结果表明包括粗壮猛箭虫(Ferosagitta robusta)、小型滨箭虫(Aidanosagitta neglecta)、规则滨箭虫(Aidanosagitta regularis)在内的箭虫,其形态鉴定结果与分子鉴定的结果一致,其COⅠ(线粒体编码的细胞色素氧化酶第一亚基,cytochrome oxidase subunitⅠ)序列在系统发育树中与Gen Bank得到的相应箭虫COⅠ序列以91%~100%高支持率形成各自单系枝。种内遗传距离范围为0.000~0.015,平均值为0.004;种间遗传距离范围为0.081~0.173,平均值为0.127;种内遗传距离和种间遗传距离未重叠,存在明显的条形码间隙,证实了COⅠ基因作为毛颚动物DNA条形码标准基因的可行性。本研究首次将DNA条形码技术应用于箭虫科内各属的系统发育分析,首次从分子层面探讨其系统发育地位。 相似文献
7.
传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P.loveni)和中国珍珠贝(P.chinensis),但基于16S r RNA基因序列,形态学鉴定为P.loveni的标本应为P.lata。P.loveni和P.lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。在基于16S r RNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P.lata,是否有P.loveni的分布尚需进一步证实。 相似文献
8.
中国近海榧螺科的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
榧螺科主要分布在热带和亚热带海区,它所包括的种类色彩丰富,某些种的种内个体之间的颜色和花纹变异甚大,所以过去在种的鉴定上相当紊乱。早期学者象Duclos(1845)、Reeve(1850)、Marrat(1870)、Weinkauf￡(1878)和Tryon( 1883)等人曾记载过数百个种名。以后有些学者,如Vanatta(1915)、Dautzenberg(1927)、Kuroda(1941)等人将某些在形态上近似的种合并起来,在这些种下又分若干变种。根据我们查考到前人记载的中国海榧螺科的种名,计有三属四十三种,其中至少有二十三种的模式标本采自中国海。
根据中国科学院海洋研究所在我国沿海进行的调查(1953-1963)、潮间带生态调查(1958-1963)和全国海洋综合调查(1958-1960)所获的标本,并参考本所和天津、大连两个自然博物馆收藏的国外标本,对中国海的榧螺科重新作了研究。我们的材料包括极大部分前人报道的分布在我国海的“种”,其中许多“种”形态特征差别较小,而且具中间类型的标本。据这些材料我们归并为10种和2亚种, 相似文献
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为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655bp,序列中T?C?G?A碱基的平均含量分别为:27.50%?28.10%?26.00%?18.40%,A+T含量均高于50%.样品种内?种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52%?20.07%?23.96%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 相似文献
10.
蜑螺科Neritidae蜑螺属Nerita的一些种类形态近似,形态鉴定上存在种类混淆、同物异名或错误鉴定等现象。作者在整理中国科学院南海海洋生物标本馆和中国科学院海洋生物标本馆历年来采集的蜑螺科标本时,对4种隶属于蜑螺属的易混淆种进行了比较研究。通过对标本的反复对比,分别找出了它们之间外部形态、地理分布以及生活习性方面的差异,澄清了混淆,确立了其分类地位:1)矮狮蜑螺Nerita chamaeleon Linnaeus,1758和圆蜑螺Nerita histrio Linnaeus,1758两者贝壳形态相近,在我国海区分布重叠,存在混淆以及错误鉴定的现象,根据螺旋部以及壳面雕刻可将它们区分开,即前者壳面螺肋光滑,后者螺肋粗糙,而前者螺旋部较后者高;2)锦蜑螺Nerita polita Linnaeus,1758和杂色蜑螺Nerita litterata Gmelin,1791两个种常被混淆在一起,都鉴定为锦蜑螺,前者在我国见于台湾、海南岛和西沙群岛,后者在我国见于台湾、福建、广东、广西和西沙群岛,其中杂色蜑螺此前在我国仅见于台湾,本文的报道进一步完善了该种的地理分布信息。 相似文献
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本文首次采用RACE技术获得口虾蛄(Oratosquilla oratoria)眼柄部高血糖激素(crustacean hyperglycemic hormone,CHH)基因cDNA全长序列,共2 421 bp,5'UTR长度为180 bp,3'UTR 为1 821 bp,开放阅读框(ORF)长420 bp,编码139个氨基酸。预测蛋白二级结构α-螺旋23.74%,延伸链占23.02%,无规则卷曲占53.24%,预测分子量为15.47 kD,等电点(pI)为7.049。CHH成熟肽包含6个CHH家族中位置保守的Cys残基,C端为GK,推断为ES型CHH基因。聚类分析表明:口虾蛄CHH和十足目CHH聚为同一个分支的两亚群,具有较近的亲缘关系。荧光定量PCR分析结果表明,CHH基因在肠中表达量最高,在眼柄、触角中有较高的表达量,在肌肉中表达量相对较低,在卵巢中表达最低,而在精巢中不表达。 相似文献
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本研究基于线粒体DNA分子标记NADH脱氢酶亚基1基因(ND1)部分序列分析了印度-西太平洋海域的胡椒鲷属及少棘胡椒鲷属共16种胡椒鲷鱼类的系统进化关系。采用最大简约法及最大似然法构建了系统进化树。进化树上,16种胡椒鲷鱼类共形成两个形态特征截然不同的类群,其中类群一的种类体表具有各种鲜艳的颜色与多变的斑纹,主要分布在西太平洋地区;类群二的种类颜色灰暗单一,少数体表具有暗色斑点与条纹,大多数分布在印度洋地区。此外,进化树上,少棘胡椒鲷属的种类都位于胡椒鲷属的类群一内部,与斑胡椒鲷,暗点胡椒鲷形成的姐妹种有较近的亲缘关系。基于遗传距离的数据,少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属间的平均遗传距离小于胡椒鲷属内部种间的遗传距离,显示出少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属有非常近的亲缘关系,支持少棘胡椒鲷归类于胡椒鲷属的观点。 相似文献
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S7核糖体蛋白基因片段序列变异与花鲈属鱼类系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国和日本海域花鲈属的3个种:花鲈(Lateolabrax maculatus)、鲈鱼(L. japoni-cus)和高体鲈(L. latus)的S7核糖体蛋白基因片段序列进行了扩增和序列测定,分析比较了3个种23个个体间的序列差异。在456bp的S7核糖体蛋白基因片段中,3个高体鲈个体中出现了3种单倍型,种内个体间有2个碱基差异;7个花鲈个体中出现了7种单倍型,种内个体间有21个碱基差异;13个鲈鱼个体中出现了12种单倍型,种内个体间有22个碱基差异。结果表明,花鲈属S7核糖体蛋白基因片段序列具有丰富的遗传信息,在亲缘关系较近的物种间也存在显著的序列差异,基于S7核糖体蛋白基因片段序列的NJ和ME系统树经1000次重复抽样检验后得到相似结果,表明S7基因内含子2是适合于研究分子系统发育的分子标记。利用Modeltest选取最佳核苷酸替代模型构建的NJ树表明:花鲈属鱼类由高体鲈分化,花鲈与鲈鱼的亲缘关系很近,而与高体鲈的亲缘关系较远。 相似文献
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对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段.2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似.通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型.另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系.用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致. 相似文献
16.
CAI Xiaopeng QU Meng DING Shaoxiong WANG Hangjun WANG Hongjie HU Luyi SU Yongquan 《海洋学报(英文版)》2013,32(6):40-46
Two morphotypes of Plectropomus leopardus have been identified; morphometric and meristic analyses show that there is no diagnostic difference between them. A difference in color pattern was the most appropriate phenotypic character with which to distinguish between the two morphotypes. Complete mitochondrial DNA sequencing, however, indicated a clear difference between the two morphotypes. Barcoding analysis revealed no significant difference (P>0.05) in CO1 or ND2 divergence among intramorphotypic individuals, even between geographically separated populations, whereas the intermorphotypic CO1 and ND2 divergences were large enough (averaging 0.95% for CO1 and 1.37% for ND2) to clearly discriminate between the two morphotypes. The color pattern difference, geographical distribution, together with the mtDNA and barcode sequencing data, suggest that the two morphotypes should be of two subspecies or even two species. 相似文献
17.
利用PCR-SSCP技术对379尾凡纳滨对虾组织蛋白酶Cathepsin L（CTSL）基因多态性进行检测,采用最小二乘法对多态性与生长性状的相关性进行分析;利用Real-time quantitative PCR检测CTSL基因mRNA的差异表达情况。结果表明:引物C6 （F/R）扩增片段具有多态性,其扩增产物具有CC、CT和TT 3种基因型,TT基因型与CC基因型相比在第6外显子92 bp处发生了C→T的突变,为沉默突变。最小二乘法分析结果表明,在体重、体长、第一腹节长和尾节长这4个指标上CC和CT基因型显著高于突变型TT（p<0.05）,而在头胸甲长和头胸甲宽2个指标上,CC基因型显著高于CT和TT基因型（p<0.05）。CTSL基因mRNA在凡纳滨对虾各组织、不同性别个体肌肉组织、极端体重个体肌肉组织中相对表达量大小顺序分别为:肝胰脏>胃>眼柄>心脏>消化腺;雌虾>雄虾;极大个体>极小个体。结论:CTSL基因多态性对凡纳滨对虾生长性状有显著影响,可以作为影响该虾生长性状的候选基因,为该虾的选育提供分子遗传标记;CTSL基因mRNA的分布情况表明此基因可能正向调控对虾生长。 相似文献
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Tadeu José Pereira Gilda Silva Maria José Costa José Lino Costa 《Estuarine, Coastal and Shelf Science》2011
The Lusitanian toadfish, Halobatrachus didactylus (Bloch and Schneider, 1801), is a subtropical sound-producing marine teleost that inhabits estuaries and other brackish water ecosystems in its northern distribution area. The relative isolation of populations within estuaries may cause important modifications in the bio-ecology of this species. The males of this species present two morphotypes which are more accurately distinguishable during the reproductive season. In the Tagus estuary population, the two types of reproductive males were present: type I, the “characteristic” morphotype, and type II, the alternative morphotype. The opportunistic males had more developed testis while type I males had more developed accessory glands. Type I males presented more developed swimbladders and larger body size and live longer than type II males. On the contrary, type II males grew faster and matured earlier. The feeding habits of the two male morphotypes were similar during the reproductive season but differences were found between reproductive specimens and non-reproductive specimens. The diet of reproductive specimens was mainly composed of benthic prey in contrast to predominance of nectobenthic prey in the diet of non-reproductive specimens. The females of H. didactylus generally had an intermediate pattern between the two male morphotypes. The percentage of type II males tended to be higher in denser areas of the estuary. In comparison with populations from different size ecosystems, smaller ecosystems revealed important modifications on the bio-ecology of the species due to the increased competition for nesting sites and mating partners, favouring alternative male tactics. 相似文献
19.
泥蚶血红蛋白的制备及其抗菌活性研究 总被引：3，自引：2，他引：1
利用凝胶层析技术从泥蚶血细胞裂解物中分离纯化得到两种血红蛋白,回收率为74.3%,并通过Tricine-SDS-PAGE和质谱技术鉴定为Tg-HbⅠ(同源二聚体)和Tg-HbⅡ(异源四聚体)。分别通过琼脂扩散法和分光光度法测其抗菌活性和过氧化物酶活性,结果发现,两种Tg-Hb对大肠杆菌和恶臭假单胞杆菌均有抗菌活性,Tg-HbⅡ对于恶臭假单胞菌和大肠杆菌的MIC值分别为0.063mg/mL和0.13mg/mL,Tg-HbⅠ对两种菌的MIC均为0.048mg/mL;两种Tg-Hb均具有过氧化物酶活性,能催化愈创木酚、邻苯二酚、对苯二酚、苯酚、左旋多巴等多种酚类物质。在Tg-Hb中添加GSH后,两种Tg-Hb均不再对恶臭假单胞杆菌具有抗菌活性。可见,两种Tg-Hb对恶臭假单胞杆菌等的抗菌活性均是通过其过氧化物酶活性发挥作用的。 相似文献
20.
环境饵料丰度的季节变化对筼筜湖3种大型底栖动物食性的影响——来自稳定同位素的证据 总被引：4，自引：1，他引：3
测定了不同时期筼筜湖3种大型底栖动物(沙筛贝Mytilopsis sallei、日本大螯蜚Grandidierella japonica和腺带刺沙蚕Neanthes japonica)及其潜在食源的稳定同位素组成(δ13C和δ15 N),研究环境饵料丰度的季节变化对筼筜湖3种大型底栖动物食性的影响。结果显示,筼筜湖悬浮颗粒有机物(Particulate organic matter∶POM)的δ13C和δ15 N存在明显的季节变化。3月,受到输入筼筜湖的西海域海水大量陆源有机碎屑以及湖区周围的生活污水以及餐饮业输入的影响,筼筜湖POM的δ13 C和δ15 N明显贫化;而在9月,POM中δ13 C和δ15 N明显富集的内源性浮游植物的贡献增加。沙筛贝是典型的底栖滤食者,主要以POM为食,但它比POM富集的δ13 C值(3月和9月二者之间的Δδ13 C分别为2.9‰和1.6‰)表明它还摄入其他δ13 C相对富集的食物来源:石莼来源的有机碎屑可能是3月份沙筛贝δ13C富集的原因,而9月份则是由于再悬浮的底栖微藻对沙筛贝食源的贡献引起的。食碎屑的腺带刺沙蚕和日本大螯蜚在3月以石莼及其表面的附生生物为食,而9月份底栖微藻和浮游植物来源的POM是它们食源的主要贡献者。本研究的结果显示,筼筜湖3种大型底栖动物的δ15 N都出现明显的季节变化(Δδ15 N介于2.2‰~4.3‰),这是由于它们食源稳定同位素的季节性波动及其食性的季节变化引起的,而消费者食性的季节性变化则受到不同时期环境食物可利用性的影响。 相似文献