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为了利用ISSR分子标记技术对坛紫菜(Porphyra haitanensis)种质资源进行遗传分析及种质鉴定,获得清晰稳定、重复性好、多态性高的扩增结果,对影响ISSR-PCR扩增的多个因素,包括DNA模板含量、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶含量、引物浓度、dNTP浓度以及复性温度进行了全面比较和优化,建立了坛紫菜种质资源ISSR-PCR扩增的最佳反应体系:25μL的反应体系中含2.5μL 10×PCR缓冲液,5 ng模板DNA,2.5 mmol/L Mg2+,1.5 UTaqDNA聚合酶,200 nmol/L引物,200μmol/L dNTP。最佳PCR扩增程序:94℃预变性7 min;每个循环94℃变性1 min,48℃复性45 s,72℃延伸2 min,共进行35个循环;循环结束后72℃再延伸7 min。 相似文献
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利用ISSR-PCR方法对条斑紫菜(Porphyrayezoensis)5个栽培品系进行遗传多态性分析,优化了PCR反应体系和反应参数。从100个ISSR引物中筛选23个引物扩增了217个DNA片段,其中201个片段呈现多态性,占总扩增片段的92.6%。依据扩增结果进行遗传相似性和遗传距离分析,构建分子树状图。结果表明,在条斑紫菜5个品系中,采自南通海区的2个品系首先聚在一起,其遗传距离为0.3897;接着依次和来自青岛的2个野生品系聚类,两个野生品系间的距离为0.4299;原种来自日本的样品与其他4个样品相距最远,平均遗传距离为0.4469。同时,5个紫菜品系的ISSR分析中产生了一些特有的指纹图谱,可进一步应用于种质分析的研究。 相似文献
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采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。 相似文献
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为探求黄东海平滑真刺水蚤(Euchaeta plana)是否存在分化,对南黄海、东海2个海域平滑真刺水蚤进行ISSR分析。利用筛选出的4个ISSR引物对平滑真刺水蚤进行PCR扩增。共获得18个扩增位点,其中多态性位点14个,所占比例为77.78%。利用POPGENE软件计算遗传距离为0.071 8,遗传相似系数为0.930 7,从而说明2个群体之间遗传分化很小,并推断为黄海暖流影响其分布的结果。 相似文献
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本研究目的是通过斑点杂交方法对不同种类的海参进行快速准确的鉴定。采用CTAB沉淀法提取海参的DNA,PCR扩增线粒体COⅠ基因并测序,利用Primer premier 5.0软件设计并筛选了仿刺参(Apostichopus japonicus)、北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)、加州红参(Parastichopus californicus)及梅花参(Thelenota ananas)4种海参的特异性探针,设计并进行斑点杂交实验。实验结果显示:4条探针均具有高度的特异性,灵敏度可达100pg,能够实现对仿刺参、北大西洋瓜参、加州红参和梅花参的准确鉴定。本文建立的斑点杂交方法,为海参品种的快速、准确的鉴定提供了可靠的技术方法。 相似文献
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用RNA提取试剂--TRIZOL Reagent提取刺参(Apostichopus japonicus)肌肉组织总RNA,用SMART cDNA Library Construction Kit构建cDNA文库.经测定原始文库滴度达到 3.2×10~6,扩增后文库滴度达到 5.1×10~9,重组率达到96.7%,从扩增文库随机挑取12 个克隆进行PCR 扩增鉴定,结果显示,插入片段大小为0.5～2.5 kb.通过各项指标验证成功构建了刺参肌肉组织cDNA 文库. 相似文献
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有害藻华治理过程中改性粘土对仿刺参(Apostichopus japonicas Selenka)稚参的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
本文以仿刺参(Apostichopus japonicas Selenka)稚参为实验对象,研究了改性黏土治理有害藻华技术对仿刺参稚参的影响。96h急性毒性试验结果表明,改性黏土对仿刺参稚参的半致死浓度(LC50)为6.01g/L;安全浓度为0.601g/L,高于在现场时的使用浓度0.1g/L;慢性毒性试验显示改性黏土对仿刺参稚参成活率和体重增长率无明显影响;不同浓度的改性黏土添加组中,发现仿刺参稚参的体壁组分(水分、灰分、总糖、总脂和粗蛋白)含量变化不大,改性黏土的加入对减少仿刺参稚参的种内竞争有一定积极作用。另外,针对仿刺参稚参食用包括改性黏土在内的底层颗粒物的现象,考察了不同实验组仿刺参稚参体壁中铝的含量,分析结果显示各实验组与对照组没有显著差异。在此基础上,考察了改性黏土有效去除有害藻华的体系中仿刺参稚参的生长情况,发现与对照组相比,改性黏土有效地去除了有害藻华,还明显降低了仿刺参稚参的死亡率。因此,改性黏土是一种有效治理仿刺参养殖水体有害藻华、对养殖生物无负面影响的藻华治理技术。 相似文献
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WANG Guoliang TAN Xiaolong SHEN Junling LI Jian ZHANG Lei SUN Jianwei WANG Bin WENG Manli LIU Tao 《海洋学报(英文版)》2011,30(3):112-117
Laminaria (Saccharina) is one of the economic important seaweeds.Through sequence analysis of 4 099 ESTs from Laminaria (971 were generated from our own cDNA laboratories and 3 128 were downloaded from updated EST databases) with SSRIT software,two hundred and fifty-four SSRs in 206 ESTs were found.From the 254 SSRs,sixty-three SSR primer-pairs were designed. In order to test their practicability, the 63 primer-pairs were tested in commonly used SSR reaction conditions using 12 Laminara DNA samples as templates. The results show that 23 SSR primer-pairs gave good amplification patterns on most (more than 80%) of the 12 Laminara DNA templates. Genetic diversity study of 12 Laminaria lines,which were widely used in breeding and economic cultivation in China,was performed based on the obtained SSR data. 相似文献
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采用ISSR标记技术对来自不同产地的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系和两个条斑紫菜(P.yezoensis)无性系进行了遗传差异的分析。结果表明,7条ISSR引物在8个紫菜系中共扩增出59条片段,全部表现出多态性。根据Nei等的相似性系数得出8个紫菜系间的遗传距离在0.274—0.746之间。用UPGMA方法作出的系统树中各紫菜基本上是按照产地进行聚类,从而推测紫菜的遗传差异可能与地域分布相关。本文结果也证明了ISSR与RAPD、AFLP等标记技术一样适用于紫菜的遗传多样性分析。 相似文献
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利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生赤眼鳟30个个体的遗传多样性。用11个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得101个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在100—3000bp之间,其中多态性位点63个,多态位点比例为62.38%;个体间遗传距离在0.1049—0.3417之间,平均为0.1742。用10个ISSR引物共检测到88个位点,其中多态性位点61个,多态位点比例为69.32%;个体间遗传距离在0.1088—0.3847之间,平均为0.1907。结果显示,丹江口水库野生赤眼鳟群体的多态位点比例和平均遗传距离均较大,说明其有较高的遗传多样性。 相似文献
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进口大菱鲆Scophthalmus maximus L.苗种的遗传结构分析 总被引：20，自引：6，他引：20
利用随机扩增多态性DNA(RAPD)和微卫星两种分子标记技术分析了从法国(F)、英国(E)、西班牙(S)引进我国的三个大菱鲆群体的遗传结构。20个RAPD随机引物对每个群体各20尾大菱鲆的基因组DNA进行扩增，共获得125个重复性好且谱带清晰的RAPD标记，片段大小在200—2500bp之间，三群体的多态位点比例在12．80％—20．00％之间，Nei基因多样性指数在0．0142—0．0352之间，Shannon多样性指数在0．0423—0．0720之间。微卫星引物的分析结果与RAPD一致。总体上，三个群体的遗传多样性均较低，其中西班牙群体遗传多样性水平最高，英国群体次之，而法国群体最低。利用Shannon多样性指数和Nei多样性指数估算群体遗传变异的来源，两者得出一致的结论：群体问遗传分化很弱。AMOVA分析结果进一步证实了shannon多样性指数和Nei基因多样性指数的分析结果：群体的遗传变异有97％以上是由群体内个体问的遗传变异引起的，遗传变异主要来自于群体内个体间，显著性检验表明群体间的变异对总变异的影响不显著。实验结果证明我国进口大菱鲆群体种质较单一。 相似文献
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龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)选育品系及其野生型的ISSR指纹分析 总被引：13，自引：2，他引：13
采用ISSR标记对龙须菜一个野生型群体和选育品系两个不同年代的栽培群体，进行了亲缘关系分析，构建了龙须菜选育品系的指纹图谱。通过实验从22个ISSR引物中筛选出16条引物，可以产生清晰稳定及可重复的带，共扩增出118个位点；野生型和选育品系两个群体的遗传相似率分别为0．7301、0．7189，选育品系的两养殖种群间的遗传相似率为0．9375；遗传距离聚类分析证明，龙须菜选育品系与其青岛野生型亲缘关系很近。7条引物产生的12条特异片段可用于龙须菜选育品系的种质鉴定，每条引物都能将龙须菜选育品系和其野生型分开；根据引物S848扩增的位点构建了指纹图谱，可用于区分龙须菜选育种群及野生种群。 相似文献
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摘 分子遗传标记是随着分子生物学技术的发展而出现的遗传标记技术，它突破了形态和细胞水平上遗传标记的局限性，发挥着独特的优势。本文简要介绍了同工酶、RFLP、RAPD、AFLP、mtDNA、SSR等几种常用的分子遗传标记技术方法，并比较了各种技术的优点和局限性；概述了这些遗传标记技术在海洋经济贝类群体遗传结构和变异、遗传分化、遗传育种、种质鉴定、基因定位和构建遗传图谱研究等方面的应用和取得的研究成果。 相似文献
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采用ISSR分子标记对中国沿海4个厚壳贻贝群体进行遗传多样性和遗传结构分析,筛选出13条引物对4个群体120个样品共扩增出192个清晰的扩增位点,其中多态位点188个,多态位点百分率为97.92%,在物种水平上遗传多样性较为丰富。群体遗传多样性结果表明,PPL在81.77%—89.58%之间,H在0.2950—0.2818之间,I在0.4213—0.4447之间,其中福州群体多样性指数最低,温州群体最高。4个群体间GST为0.1519,Nm值范围介于3.0576—5.9714之间,AMOVA分析显示遗传变异主要来自群体内个体间。群体间遗传距离和聚类分析显示,温州群体和宁德群体首先聚为一支,再与舟山群体聚类,最后与福州群体聚在一起。表明地理位置较远的群体,遗传距离也较大,地理距离和遗传距离一致。 相似文献
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为获得用于裙带菜种质结构和遗传多样性研究的微卫星标记,采用近缘物种转移法分析了15个海带微卫星引物在裙带菜中的应用情况。对38个裙带菜个体进行多样性分析,结果显示:标记SSR002和SSR115不能扩增裙带菜基因组,位点SSR194能扩增,但不具有多态性,其他12个标记均能扩增裙带菜DNA,且都具有检出多态性,其中9个符合哈迪-温伯格平衡。这9个海带微卫星标记检出的等位基因数为34个,从3～5个不等,平均每个位点扩增得到3.8个等位基因。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.238～1.000、0.500～0.692、0.413～0.780,9个位点提供的多态性较高,适用于裙带菜遗传学研究。 相似文献
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木榄属3种红树植物的遗传变异和亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用随机扩增多态性DNA(RAPD)和inter-简单重复序列(ISSR)分子标记技术对木榄属(Bruguiera)3种红树木榄(Bruguiera gynmorrhiza)、海莲(B．serangula)、尖瓣海莲(B．serangula var．rhynchopetala)进行遗传亲缘关系研究。12个RAPD引物和10个ISSR引物分别扩增出240和191条带,多态位点百分率分别为38．75％和52．88％,ISSR检测到的多态位点率高于RAPD。运用Nei指数法计算木榄-海莲、木榄-尖瓣海莲、海莲-尖瓣海莲之间的遗传距离．RAPD分析结果为0．47、0．36、0．29,ISSR分析结果为0．62、0．4l、0．32。同时运用UPGMA统计法进行聚类分析,结果显示,海莲和尖瓣海莲聚为一组,木揽单独一组。结合宏观形态和等位酶资料,作者把尖瓣海莲确定为海莲的变种。 相似文献